False-negative result in molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in samples with amplification inhibitors / Resultado falso negativo no diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 em amostras com inibidores de amplificação

ABSTRACT Introduction: Although reverse transcription-polymerase chain reaction (rRT-PCR) is the gold standard method for detecting severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), some factors, such as the presence of amplification inhibitors, lead to false-negative results. Objective: Here we describe the differences between rRT-PCR results for SARS-CoV-2 infection in normal and diluted samples, simulating the need for dilution due to the presence of amplification inhibitors. Material and method: Viral ribonucleic acid (RNA) from samples of nasopharyngeal swabs from 20 patients previously detected as "Negative" and 21 patients detected as "Positive" for SARS-CoV-2 was performed with the EasyExtract DNA-RNA kit (Interprise®). The rRT-PCR was performed with the OneStep/COVID-19 kit (IBMP), with normal and diluted (80 µl of H2O RNAse free) samples, totaling 82 tests. Results: The results indicate that there is an average variation (a < 0.05) delaying the Cq between the results of amplification of the internal control (IC), N gene (NG), and ORF1ab (OF), 1.811 Cq, 3.840 Cq, and 3.842 Cq, respectively. Discussion: The extraction kit does not completely purify the inhibitor compounds; therefore, no amplified product result may occur. In this study, we obtained a 19.04% false-negative diagnosis after sample dilution; this process reduces the efficiency of rRT-PCR to 29.8% in detecting SARS-CoV-2. Conclusion: Knowing the rRT-PCR standards of diluted samples can assist in the identification of false-negative cases and, consequently, avoid incorrect diagnosis.

RESUMEN Introducción: Aunque la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa en tiempo real (rRT-PCR) sea el método de referencia para detección del coronavirus tipo 2 del síndrome respiratorio agudo grave (Sars-CoV-2), algunos factores como la presencia de inhibidores de amplificación conducen a resultados falsos negativos. Objetivo: Describimos las diferencias entre los resultados de rRT-PCR para infección por Sars-CoV-2 en muestras normales y diluidas, simulando la necesidad de dilución debido a la presencia de inhibidores de amplificación. Material y método: La extracción de ácido ribonucleico (ARN) viral de muestras de hisopos nasofaríngeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos" y 21 pacientes detectados como "positivos" para Sars-CoV-2 se realizó con el kit Easy Extract DNA-RNA (Interprise®). La rRT-PCR se realizó con el kit OneStep/Covid-19 (IBMP), con muestras normales y diluidas (80 µl de H2O libre de ARNasa), totalizando 82 pruebas. Resultados: Los resultados indican que hay una variación media (a < 0,05) retrasando el ciclo de cuantificación (Cq) entre los resultados de amplificación del control interno (CI), gen N (GN) y ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq y 3,842 Cq. Discusión: El kit de extracción no purifica completamente los compuestos inhibidores; por lo tanto, puede ocurrir no amplificación. Obtuvimos un diagnóstico falso negativo de 19,04% después de la dilución de la muestra; ese proceso reduce la eficiencia de la rRT-PCR hacia 29,8% en la detección de Sars-CoV-2. Conclusión: Conocer los patrones de la rRT-PCR de muestras diluidas puede ayudar en la identificación de casos falsos negativos y, por consiguiente, evitar un diagnóstico equivocado.

RESUMO Introdução: Embora a reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa (rRT-PCR) seja o método padrão-ouro para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 (SARS-CoV-2), alguns fatores como a presença de inibidores de amplificação levam a resultados falso negativos. Objetivo: Descrevemos as diferenças entre os resultados de rRT-PCR para infecção por SARS-CoV-2 em amostras normais e diluídas, simulando a necessidade de diluição devido à presença de inibidores de amplificação. Material e método: A extração de ácido ribonucleico (RNA) viral de amostras de suabes nasofaríngeos de 20 pacientes previamente detectados como "negativos" e 21 pacientes detectados como "positivos" para SARS-CoV-2 foi realizada com kit o EasyExtract DNA-RNA (Interprise®). A rRT-PCR foi realizada com o kit OneStep/COVID-19 (IBMP), com amostras normais e diluídas (80 µl de H2O RNAse-free), totalizando 82 testes. Resultados: Os resultados indicam que existe uma variação média (a < 0,05) atrasando o Cq entre os resultados de amplificação do controle interno (CI), gene N (GN) e ORF1ab (OF) de 1,811 Cq, 3,840 Cq e 3,842 Cq, respectivamente. Discussão: O kit de extração não purifica completamente os compostos inibidores, portanto, pode ocorrer não amplificação. Obtivemos um diagnóstico falso negativo de 19,04% após a diluição da amostra; esse processo reduz a eficiência da rRT-PCR para 29,8% na detecção de SARS-CoV-2. Conclusão: Conhecer os padrões da rRT-PCR de amostras diluídas pode auxiliar na identificação de casos falso negativos e, consequentemente, evitar um diagnóstico incorreto.

Expressão gênica de IGF-I e GHR no fígado e no músculo do peito de codornas de corte suplementadas com diferentes níveis de metionina em duas gerações sucessivas / IGF-I and GHR gene expression in liver and breast muscle of meat quails supplemented with different levels of methionine in two successive generations

Este estudo foi desenvolvido com o objetivo de avaliar a expressão gênica do fator de crescimento semelhante à insulina I (IGF-I) e do receptor do hormônio do crescimento (GHR) no fígado e no músculo do peito de codornas de corte, alimentadas com dietas contendo diferentes níveis de suplementação de metionina, em duas gerações sucessivas. Foram utilizadas codornas dos 22 aos 42 dias de idade, distribuídas em três e cinco tratamentos na primeira e na segunda geração, respectivamente. Ao final, as aves foram abatidas por deslocamento cervical, sendo coletados fígado e músculo do peito para extração de RNA total. O cDNA foi amplificado usando primers específicos para os genes analisados. Os resultados mostraram que a expressão dos genes GHR e IGF-I sofreu influência da suplementação. No quinto tratamento, em que apenas a primeira geração recebeu uma suplementação acima do padrão das exigências para o período, houve uma expressão significativamente maior do GHR tanto no músculo do peito como no fígado e igualmente do IGF-I no músculo, levando a concluir que o excesso de metionina na dieta torna-se tóxica para as aves. Apesar de a expressão dos genes ter sofrido influência da adição de metionina nos níveis estudados, não foi observada diferença no consumo alimentar, na conversão alimentar e no peso das aves.(AU)

This study was conducted to evaluate the gene expression of the insulin-like I growth factor (IGF-I) and growth hormone receptor (GHR), in the liver and chest muscle of slaughter quails fed with diets containing different levels of methionine supplementation, in two successive generations. Twenty-two to 42 day-old quails were used, distributed in three and five treatments in the first and second generation, respectively. At the end, the birds were killed by cervical dislocation, and their liver and chest muscle were collected for total RNA extraction. The cDNA was amplified using specific primers for the genes analyzed. The results showed that the expression of GHR gene and IGF-I were influenced by the supplementation. In the fifth treatment, where only the first generation received supplementation above the standard requirements for the period, there was a significantly higher expression of GHR both in muscle chest and in the liver, and also IGF-I on muscle, leading to the conclusion that the excess dietary methionine becomes toxic to birds. Despite the gene´s expression seeming to be influenced by the addition of methionine levels in the study, there was no difference in feed intake, feed conversion and weight of the birds.(AU)