Natural history museums and zoological collections of São Paulo State / Museus de história natural e coleções zoológicas do Estado de São Paulo

Abstract Scientific collections constitute a valuable source for contributions to scientific research and the training of human resources in systematics, but also other areas of biological knowledge. In this contribution, we intend to discuss these advancements in collections and the role played by FAPESP in sponsoring them, as well as a general overview of the zoological collections in São Paulo state. We also aim to stress the importance of zoological collections and the need for continuous logistic and financial support from institutions and research agencies to maintain and develop these unique repositories of biodiversity. From 1980 to the present, FAPESP supported 118 research projects focused on several areas of zoology that are directly or indirectly associated with collections. There is a constant growth in the number of projects, and the financial support provided by FAPESP through the Biota Program was paramount for the advancement of our knowledge of biodiversity in Brazil. Parallel to the scientific advances, but not less important, this support allowed curators to increase the number of specimens, and to organize, maintain and digitize them in these valuable and irreplaceable collections. Regarding the lack of new taxonomists, it is essential that FAPESP and universities in São Paulo encourage the formation of new academics in zoological groups where specialists are rare. Considering the investment provided by FAPESP, it is quite important that the institutions that benefited from these resources took greater responsibility to safeguard these collections, and they should consider including resources on their budgets to obtain safety certificates, ensuring their permanence for many generations to come. Zoological collections are a heritage of humanity and are essential not only for the improvement of our knowledge of biodiversity but also with direct applications, among other services provided by these biological resources. It is important that research and teaching institutions in São Paulo that house specimens under their care start to value more this important patrimony and this heritage, as these collections represent the most valuable testimony of our impressive biodiversity, records of our past, and windows to our future, essential to our academic, scientific, cultural and social sovereignty.

Resumo As coleções científicas constituem uma fonte valiosa para contribuições à pesquisa científica e para a formação de recursos humanos em sistemática, mas também em outras áreas do conhecimento biológico. Nesta contribuição, pretendemos discutir esses avanços nas coleções e o papel desempenhado pela FAPESP no seu patrocínio, bem como um panorama geral das coleções zoológicas do estado de São Paulo. Também pretendemos enfatizar a importância das coleções zoológicas e a necessidade de apoio logístico e financeiro contínuo de instituições e agências de pesquisa para manter e desenvolver esses repositórios únicos de biodiversidade. Ao longo de 1980 até os dias atuais, a FAPESP apoiou 118 projetos de pesquisa focados em diversas áreas da zoologia, direta ou indiretamente associados a coleções. Há um crescimento constante no número de projetos, e o apoio financeiro da FAPESP por meio do Programa Biota foi fundamental para o avanço do nosso conhecimento sobre a biodiversidade no Brasil. Paralelamente aos avanços científicos, mas não menos importante, este apoio permitiu aos curadores aumentar o número de exemplares, e organizá-los, mantê-los e digitalizá-los nestas valiosas e insubstituíveis coleções. Em relação à falta de novos taxonomistas, é fundamental que a FAPESP e as universidades paulistas estimulem a formação de novos acadêmicos em grupos zoológicos onde os especialistas são raros. Considerando o investimento realizado pela FAPESP, é de suma importância que as instituições beneficiadas com esses recursos tenham maior responsabilidade na salvaguarda desses acervos, devendo considerar a inclusão de recursos em seus orçamentos para obtenção de certificados de segurança, garantindo sua permanência por muitas gerações. As coleções zoológicas são patrimônio da humanidade, e são essenciais não apenas para o aprimoramento do nosso conhecimento sobre a biodiversidade, mas também com aplicações diretas, entre outros serviços prestados por esses recursos biológicos. É importante que as instituições de pesquisa e ensino paulistas que abrigam exemplares sob seus cuidados passem a valorizar mais esse importante patrimônio e essa herança, pois essas coleções representam o testemunho mais valioso de nossa impressionante biodiversidade, registros do nosso passado e janelas para o nosso futuro, essenciais à nossa soberania acadêmica, científica, cultural e social.

BIOTA-FAPESP - supporting biodiversity, building partnerships, and filling the knowledge gaps / BIOTA-FAPESP - apoiando a biodiversidade, construindo parcerias e preenchendo as lacunas de conhecimento

Abstract ECO92, a United Nations Conference on Environment and Development, hosted by Brazil in 1992 was a catalyst for much activity on biodiversity in the State of São Paulo and eventually led to the establishment of BIOTA-FAPESP. BIOTA-FAPESP quickly evolved into a world-leading research program that has broadened to cover all aspects of biodiversity in the State from genes through species and to ecosystems and the interactions between them. Through the funding of multi-disciplinary projects, the development of collaborative links within the State, nationally and internationally, and the astute use of databases to link the program's project outputs it has set a platform for filling the biodiversity knowledge gaps. Having achieved much in the last two decades, it still has some way to go, but the stage is set.

A ECO92, Conferência das Nações Unidas sobre Meio Ambiente e Desenvolvimento, realizada no Brasil em 1992, foi catalisadora de muita atividade sobre a biodiversidade no Estado de São Paulo e levou à criação do Programa BIOTA-FAPESP. O BIOTA-FAPESP rapidamente evoluiu para um programa de pesquisa líder mundial que se ampliou para cobrir todos os aspectos da biodiversidade do Estado, desde os genes, passando pelas espécies, até os ecossistemas e as interações entre eles. Por meio do financiamento de projetos multidisciplinares, do desenvolvimento de parcerias e colaborações estaduais, nacionais e internacionais, e do uso engenhoso de bancos de dados para integrar os resultados dos projetos do programa, o programa estabeleceu uma plataforma para preencher as lacunas de conhecimento da biodiversidade. O Programa BIOTA-FAPESP realizou muito nas últimas duas décadas e ainda tem um caminho a percorrer, mas a estrada já está pavimentada.

Research in education and communication in science: contributions from the Biota-Fapesp program to biodiversity education / Pesquisa em educação e comunicação em ciências: contribuições do programa Biota-Fapesp para a educação em biodiversidade

Abstract In this article, we aim to understand the contributions of the Biota-Fapesp Program to the research in biodiversity education and communication. Our research questions are: (i) is the Biota-Fapesp Program following or contributing to the significant advances in conceptual, technological/methodological, and management/governance aspects of biodiversity education/communication research?; (ii) if yes, how do the projects contribute to these advances?; and (iii) what are the main expectations for the future of Biota in education and communication research? Our analyzes highlighted a qualitative contribution from the Biota-Fapesp Program at institutional, methodological, conceptual, and educational levels. However, due to the few projects, it can be considered a summative contribution and not a transformative one. Perspectives for the Biota-Fapesp Program in these areas were divided into three approaches: 1. Research lines and concepts that could be encouraged through specific calls or inclusion in other calls of interest to the Program; 2. Innovative methodological approaches for the area that should be encouraged; 3. Suggestions for scientific research management and infrastructure. Through data and discussions presented below, we hope to contribute to the understanding of the role of Biota-Fapesp in the area, and point out ways to develop research, practices and public policies that promote the strengthening of science as culture.

Resumo Neste artigo, buscamos compreender as contribuições do Programa Biota-Fapesp para a pesquisa em educação e comunicação em biodiversidade. Nossas questões de pesquisa são: (i) o Programa Biota-Fapesp está acompanhando e/ou contribuindo para os principais avanços nos aspectos conceituais, tecnológicos/metodológicos e/ou de gestão/governança da pesquisa em educação/comunicação em biodiversidade?; (ii) se sim, como os projetos contribuem para esses avanços?; e (iii) quais são as principais expectativas para o futuro do Biota na pesquisa em educação e comunicação? Nossas análises destacaram uma contribuição qualitativa do Programa Biota-Fapesp nos níveis institucional, metodológico, conceitual e educacional. No entanto, devido ao baixo número de projetos, esta contribuição pode ser considerada somativa, mas não transformadora. As perspectivas do Programa Biota-Fapesp para essas áreas foram divididas em três abordagens: 1. Linhas de pesquisa e conceitos que podem ser incentivados por meio de editais específicos ou inclusão em outros editais de interesse do Programa; 2. Abordagens metodológicas inovadoras para a área que devem ser incentivadas; 3. Sugestões para gestão e infraestrutura da pesquisa científica. Por meio dos dados e discussões apresentados a seguir, esperamos contribuir para a compreensão do papel do Biota-Fapesp na área, bem como apontar caminhos para desenvolver pesquisas, práticas e políticas públicas que promovam o fortalecimento da ciência como cultura.

Marine and coastal biodiversity studies, 60 years of research funding from FAPESP, what we have learned and future challenges / Estudos de biodiversidade marinha e costeira, 60 anos de financiamento à pesquisa da FAPESP, o que aprendemos e desafios futuros

Abstract In this study we survey and analyze 300 projects related to marine biodiversity funded by FAPESP from 1972 to 2021, of which 46 were nested in the BIOTA Program. From a unique project in the 1970's, the number gradually increased until 2009, when BIOTA promoted a call on marine biodiversity, which led to a boost in the number of funded projects in the subsequent years. The geographical range of the projects expanded over the years and, from studies based on the coast of São Paulo State, the focus gradually shifted to broader areas of the Brazilian coast, then to other areas of the Atlantic, and eventually became global. The majority of projects focused on coastal benthic organisms living on hard-bottom. In terms of taxa, six groups accounted for about 60% of the projects (viz. Crustacea, Actinopterygii, Mollusca, Chondrichthyes, Cnidaria, and Rhodophyta), but it is observed an increase in the number of groups studied over the decades. The 300 projects refer to a set of 82 different topics, of which the top five are taxonomy, phylogeny, community, "omics", and pollution. The analyses show a long-standing effort in marine biodiversity surveys, with ongoing updated approaches regarding scope and methods. Research on strategic areas is discussed, including deep-sea and marine microbiota. Climate change and the increasing pressure of human activity on the ocean, including pollution, acidification and invasive species, are among the main challenges for the future. Projects producing and using basic research data in an integrative and transdisciplinary way offer multiple perspectives in understanding changes in ecosystem functioning and, consequently, are essential to support public policies for the conservation and sustainable use of marine biodiversity at different scales. UNESCO's Decade of Ocean (starting 2021) is a window of opportunity to strengthen marine research, to promote national and international collaboration, to build up networks involving the public and private sector, but particularly to draw society's attention to the importance of knowing marine environments and using ocean resources in a sustainable way. The advancement of ocean literacy is one of the main legacies for future generations promoted by integrated research programs such as BIOTA-FAPESP.

Resumo Neste estudo levantamos e analisamos 300 projetos relacionados à biodiversidade marinha financiados pela FAPESP entre 1972 a 2021, dos quais 46 foram realizados no Programa BIOTA. De um projeto único na década de 1970, o número foi aumentando gradativamente até 2009, quando o BIOTA promoveu uma chamada sobre biodiversidade marinha, o que impulsionou o número de projetos financiados nos anos seguintes. A abrangência geográfica dos projetos se expandiu ao longo dos anos e, a partir de estudos baseados no litoral do Estado de São Paulo, o foco gradualmente se deslocou para áreas mais amplas da costa brasileira, depois para outras áreas do Atlântico, e acabou se tornando global. A maioria dos projetos se concentrou em organismos costeiros, bentônicos, em substrato consolidado. Em termos de táxons, seis grupos responderam por cerca de 60% dos projetos (Crustacea, Actinopterygii, Mollusca, Chondrichthyes, Cnidaria e Rhodophyta), mas observa-se um aumento no número de grupos estudados ao longo das décadas. Os 300 projetos referem-se a um conjunto de 82 temas diferentes, dos quais os cinco principais são taxonomia, filogenia, comunidade, "ômicas" e poluição. As análises mostram um esforço de longa data em pesquisas de biodiversidade marinha, com abordagens atualizadas em relação ao escopo e métodos. A pesquisa em áreas estratégicas é discutida, incluindo os estudos sobre a microbiota marinha e em águas profundas. As mudanças climáticas e a crescente pressão da atividade humana sobre o oceano, incluindo poluição, acidificação e espécies invasoras, estão entre os principais desafios para o futuro. Projetos de produção e uso de dados de pesquisa básica de forma integrada e transdisciplinar oferecem múltiplas perspectivas de compreensão das mudanças no funcionamento dos ecossistemas e, consequentemente, são essenciais para subsidiar políticas públicas de conservação e uso sustentável da biodiversidade marinha em diferentes escalas. A Década do Oceano da UNESCO (a partir de 2021) é uma janela de oportunidade para fortalecer a pesquisa marinha, promover a colaboração nacional e internacional, construir redes envolvendo os setores público e privado, mas principalmente para chamar a atenção da sociedade para a importância de conhecer os ambientes marinhos e utilizar os recursos oceânicos de forma sustentável. O avanço da "alfabetização" oceânica é um dos principais legados para as gerações futuras promovidos por programas integrados de pesquisa como o BIOTA-FAPESP.

From genes to ecosystems: a synthesis of amphibian biodiversity research in Brazil / De genes a ecossistemas: uma síntese da pesquisa em biodiversidade de anfíbios no Brasil

Abstract Here, we summarize examples of significant advances in amphibian research supported by the São Paulo Research Foundation (FAPESP), focusing on recent discoveries in the fields of community ecology, habitat change, infection diseases, and multipurpose DNA sequencing. We demonstrated that FAPESP has been fundamental not only by directly funding research projects and scholarships, but also through its science training policy, fostering international collaborations with world-class research institutions, improving and consolidating new lines of research that often depended on a synergetic combination of different knowledge and complex tools. We emphasized that future studies will continue to focus on basic questions, such as description of new species, as well as taxonomic and systematic corrections. Furthermore, we also expect that there will be a strong integration among different disciplines using novel bioinformatics tools and modeling approaches, such as machine learning. These new approaches will be critical to further develop our understanding of foundational questions of amphibian life-history trait variation, disease transmission, community assembly, biogeography, and population forecasts under different global change scenarios such as agricultural expansion, agrochemical use, habitat loss, and climate change.

Resumo No presente estudo apresentamos exemplos de avanços significativos nas pesquisas com anfíbios financiadas pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP), focando em descobertas recentes nos campos de ecologia de comunidades, modificação do habitat, doenças infecciosas e o sequenciamento de DNA com múltiplos propósitos. Demonstramos que a FAPESP tem sido fundamental não somente pelo financiamento direto de projetos de pesquisa e bolsas de estudo, mas também através de sua política de formação científica, fomentando colaborações internacionais com instituições de pesquisa de excelência mundial, melhorando e consolidando novas linhas de pesquisa que frequentemente dependem da combinação sinérgica entre diferentes linhas de conhecimento e ferramentas complexas. Enfatizamos que futuros estudos continuem com foco em questões básicas, como a descrição de novas espécies, bem como correções taxonômicas e sistemáticas. Além disso, esperamos uma forte integração entre diferentes disciplinas usando novas ferramentas de bioinformática e abordagens de modelagem, como o aprendizado de máquina. Essas novas abordagens serão críticas para desenvolver ainda mais nossa compreensão a respeito de questões fundamentais sobre as características da história de vida dos anfíbios, transmissão de doenças, estrutura de comunidades, biogeografia e previsões populacionais em diferentes cenários de mudanças globais, como a expansão da agricultura, uso de agrotóxicos, perda de habitat e mudanças climáticas.

Checklist dos peixes de água doce do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of fresh water fishes from São Paulo State, Brazil

As espécies de peixes de água doce encontradas no estado de São Paulo distribuem-se entre quatro bacias hidrográficas principais: Alto Paraná, Paraíba do Sul, Ribeira de Iguape e um conjunto de pequenas drenagens costeiras que desembocam diretamente no oceano Atlântico. Como estas bacias drenam áreas com diferentes tipos de vegetação, solos, etc., cada uma tem uma composição de espécies diferente. No Alto Paraná, o grande Rio Paraná e alguns de seus maiores afluentes (Tietê, Paranapanema e Grande) possuem espécies de grande porte que sustentam a pesca comercial e de subsistência, mas 70 a 80% da ictiofauna é composta por espécies de pequeno porte de pequenos riachos, incluindo os de cabeceira, onde muitas são endêmicas. O inventário da ictiofauna foi incrementado através de três projetos de pesquisa apoiados pelo programa BIOTA/FAPESP, mas ainda resta muito trabalho de coleta e descrição de novas espécies de áreas pouco exploradas, como calhas de rios, regiões de cabeceiras, alagadiços em áreas marginais de reservatórios e lagos. A ictiofauna do Estado de São Paulo tem sofrido da ação deletéria de poluição, desmatamento, esgotos urbanos e construção de reservatórios para produção de energia elétrica, etc., de tal forma que atualmente 66 espécies são consideradas ameaçadas em vários níveis, de acordo com os critérios da "International Union for Conservation of Nature and Natural Resources" (IUCN).

The fish species living in the freshwaters of the São Paulo state (393) are distributed among four major river basins: upper Paraná, Paraíba do Sul, Ribeira de Iguape and a set of small coastal drainages flowing directly into the Atlantic Ocean. Since these river basins drain areas with distinct vegetation types, soils, etc., each one has a different species composition. In the Upper Paraná the large Rio Paraná and some of its large tributaries (Tietê, Paranapanema, and Grande) contain large species that support commercial fisheries, however, 70 to 80% of the ichthyofauna is composed by small species found in small streams, including those in headwaters where many are endemic. The inventory of the ichthyofauna greatly benefited from three research projects supported by the BIOTA/FAPESP program, but much work remains to be done to collect and describe new species from areas such as deep channels, headwaters and marginal and swampy áreas around ponds and man-made lakes and reservoirs. The ichthyofauna of the São Paulo State has suffered from deforestation, sewage, damming of rivers for construction of power plants, urbanization, etc., so that 66 species are currently considered threatened at various levels according to the criteria of the International Union for Conservation of Nature and Natural Resources (IUCN).

Checklist dos peixes marinhos do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of marine fishes from São Paulo State, Brazil

O número de espécies de peixes marinhos listadas para a costa do estado de São Paulo é razoavelmente alto em comparação com outras áreas do Brasil com extensão semelhante, a maior parte representada por espécies demersais que resultaram de coletas realizadas ao longo da plataforma continental. Espécies de fundos rochosos e áreas de recifes e de regiões profundas do oceano são menos abundantes. Como o inventário ainda é incompleto e nenhum projeto foi realizado através do programa BIOTA/FAPESP, espera-se que grupos de pesquisa engajados no estudo de sistemática, biologia e outros aspectos relativos aos peixes marinhos sejam estimulados a contribuir para aumentar o conhecimento atual do grupo.

The number of marine fish species listed for the coast of the São Paulo state is reasonably high in comparison with other Brazilian coastal regions of similar extension and mostly represented by demersal species that resulted from collecting efforts along the continental shelf. Species from rocky bottoms and reef areas as well as those from the deep sea are less abundant. Since the inventory is far from complete and no projects related to marine fishes have been carried out through the BIOTA/FAPESP program, it is expected that research groups involved in systematics, biology and other aspects related to the study of marine fishes be stimulated to contribute to increase of the knowledge of the group.

Anfíbios do Estado de São Paulo, Brasil: conhecimento atual e perspectivas / Amphibians of São Paulo State, Brazil: state-of-art and perspectives

A última lista de espécies do Estado de São Paulo foi atualizada, totalizando 236 espécies de anfíbios, das quais 230 são anuros e seis são Gymnophiona. Foram removidos da lista Bokermannohyla gouveai e Sphaenorhynchus surdus por não ocorrerem no Estado de São Paulo. O número de espécies de anuros registrado representa 27% da riqueza de espécies do país e um aumento de 31% em relação ao número de espécies registradas para o Estado em 1998, demonstrando que, a despeito do Estado de São Paulo ser a região brasileira onde os anuros foram mais estudados, o número de espécies conhecidas deve aumentar nos próximos anos. Foram evidenciadas duas lacunas geográficas importantes: a região sudoeste do Estado, principalmente na bacia hidrográfica do rio Paranapanema e a região nordeste, principalmente na divisa entre os Estados de Minas Gerais e São Paulo. Apesar de ambas terem sido amostradas recentemente, ainda há carência de informações. O estado atual do conhecimento e perspectivas nas áreas de taxonomia, sistemática, ecologia e conservação são avaliados.

The last list of species of the state of São Paulo State was updated and totaled 236 species of amphibians, 230 of which are anurans and six are caecilians. Bokermannohyla gouveai and Sphaenorhynchus surdus were removed from this list, because they did not occur in the State of São Paulo. The number of anuran species recorded comprise 27% of the species richness of the country and an increase by 31% in the number of species recorded for the state since 1998. Thus, despite the State of São Paulo be the Brazilian region where the anurans have been most studied, these data show that the number of known species tends to increase in the next years. We have identified two major geographical gaps of inventory: the southwest of the state, especially in the Paranapanema river basin and the northeast region, mainly at the border between the States of Minas Gerais and São Paulo. Although both have been sampled recently, information is still lacking. The current state of knowledge and perspectives in the areas such as taxonomy, systematics, ecology and conservation are evaluated.

Répteis do Estado de São Paulo: conhecimento atual e perspectivas / Reptiles from São Paulo State: current knowledge and perspectives

Elaboramos uma lista das espécies de répteis do Estado de São Paulo com base nos registros confirmados de exemplares depositados nas três maiores coleções científicas do estado, complementando esta informação com a bibliografia disponível. Registramos a presença de 212 espécies de répteis no Estado de São Paulo, distribuídas em 23 famílias, incluindo 12 quelônios, três crocodilianos e 197 Squamata (142 serpentes, 44 "lagartos" e 11 anfisbenas). Destas, onze são endêmicas do Estado de São Paulo (Mesoclemmys cf. vanderhaegei, Amphisbaena sanctaeritae, Mabuya caissara, Mabuya macrorhyncha, Liotyphlops caissara, Liotyphlops schubarti, Corallus cropanii, Atractus serranus, Phalotris lativittatus, Bothropoides alcatraz, Bothropoides insularis). Entre os Squamata, quatro lagartos e uma serpente correspondem a espécies ainda não descritas. Destas 212 espécies, 32 estão incluídas na Lista das Espécies Ameaçadas do Estado de São Paulo, enquanto que apenas nove constam na Lista das Espécies Ameaçadas do Brasil. A riqueza de répteis atualmente registrada no Estado de São Paulo representa cerca de 30% da riqueza conhecida para o grupo em todo o território brasileiro, que abrange 721 espécies. Entretanto, concluímos que estudos mais detalhados sobre a taxonomia e a distribuição de espécies bem como os esforços de coleta em áreas com lacunas de amostragem devem ainda aumentar o número de espécies de répteis no estado.

The present study provides a list of species of reptiles known to occur in the State of São Paulo, based on specimens with confirmed localities, housed in the three largest scientific collections of the state, and published information. We registered the presence of 212 species of reptiles within the boundaries of the state that belong to 23 families and include 12 chelonians, three crocodilians, and 197 squamates (142 snakes, 44 "lizards," and 11 amphisbenians). Eleven species are endemic to the State of São Paulo (Mesoclemmys cf. vanderhaegei, Amphisbaena sanctaeritae, Mabuya caissara, Mabuya macrorhyncha, Liotyphlops caissara, Liotyphlops schubarti, Corallus cropanii, Atractus serranus, Phalotris lativittatus, Bothropoides alcatraz, Bothropoides insularis). Within Squamata, four lizards and one snake correspond to valid species that are still in need of formal description. Thirty-two species are included in the List of Threatened Species from the State of São Paulo, while only nine belong to the Brazilian List of Threatened Species. Reptile species richness for the state represents already approximately 30% of species richness known to occur in all the Brazilian territory, which includes 721 species. However, we conclude that more detailed taxonomic and distributional studies as well as more surveys targeting poorly known localities will have the effect of augmenting the number of species for the state.

Checklist das aves do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of birds from São Paulo State, Brazil

As listas de espécies são fundamentais para entender os padrões de distribuição espaciais e temporais dos táxons. A partir das bases de dados compiladas pelo CEO - Centro de Estudos Ornitológicos, do levantamento de Willis & Oniki (2003) e de buscas feitas em mais de 50 teses e dissertações, além de monografias e trabalhos técnicos, foram listadas todas as aves já registradas no Estado de São Paulo. Esses registros são compostos por peles ou outros materiais coletados e depositados em coleções, além de fotografias ou gravações. No total, foram registradas 793 espécies, distribuídas em 25 ordens e 85 famílias, correspondendo a cerca de 45% da avifauna brasileira. Um dos principais motivos para essa alta diversidade é a diversidade de ambientes encontrados no Estado, influenciados pelo gradiente altitudinal e geográfico, as diferentes fitofisionomias, a presença da região costeira, e o contato entre áreas florestais e Cerrados. O projeto Biota contribuiu principalmente no entendimento de como esse grupo responde às mudanças antrópicas do ambiente, como a fragmentação do habitat. Os principais grupos de pesquisa em ornitologia ainda estão alocados nas universidades e nos museus. As principais lacunas do conhecimento sobre as aves estão relacionadas à falta de padronização das metodologias para se inventariar este grupo, aos espaços geográficos sem amostragens, à falta de monitoramento em longo prazo das espécies ameaçadas de extinção, ao conhecimento limitado da capacidade das espécies em usarem as matrizes do entorno e ao pouco refinamento das delimitações das unidades evolutivas, que podem ser usadas na reintrodução das espécies em áreas em que estas não mais ocorrem.

Species lists are essential to understand both temporal and distributional patterns of taxa. Based on data compiled by CEO (Centro de Estudos Ornitológicos), Willis and Oniki (2003), and from a search of more than 50 theses, dissertations, monographs and technical works, we listed all bird species recorded in the State of São Paulo. These records are composed of skins and other evidence collected and deposited in collections, and on photographs and voice samples. A total of 793 species were registered, distributed in 25 orders and 85 families, and corresponding to 45% of the Brazilian avifauna. Reasons for this high diversity are related to the environmental diversity found in the state, influenced by altitudinal and geographical ranges, different phytophysiognomies, presence of a coastal region, and areas of contact between forest ecosystems and Cerrado. Results of the Biota project contributed to a better understanding of how birds respond to anthropogenic alterations of the environment, such as habitat fragmentation. The main ornithological research groups are still based in universities and museums. Deficiencies of knowledge concerning bird studies in São Paulo are related to the lack of standardization of survey methodologies; paucity in the monitoring of threatened species in the long term; restricted knowledge about species capacity to use matrix; and lack of refinement in the delimitation of evolutionary units and their distribution, which is essential for species reintroduction in regions where they have gone extinct.

Checklist dos mamíferos do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of mammals from São Paulo State, Brazil

A fauna de mamíferos do estado de São Paulo consta de 231 táxons, sendo este número uma estimativa da real diversidade presente na região, dado a falta de amostragem em grandes extensões do estado, e também de revisões taxonômicas para determinados grupos. Ainda assim, nosso conhecimento aumentou em 20% desde a última estimativa em 1998, principalmente em relação aos quirópteros e roedores. Estes dados são provenientes de inventários faunísticos, e também do estudo de espécimes depositados em coleções científicas oriundos de revisões taxonômicas. Também temos um maior volume de dados a respeito da distribuição dos mamíferos em relação às diferentes paisagens presentes no estado, o que nos permite dividir a mastofauna em três componentes distintos: o mais importante desses é o das espécies generalistas, que ocorrem em todas as principais paisagens do estado; o segundo grupo concentra espécies das formações abertas, e o terceiro grupo inclui as espécies essencialmente florestais. Além disso, o número de estudos que tem se preocupado com o efeito da fragmentação de hábitats sobre as comunidades de mamíferos, bem como a respeito da permeabilidade das espécies em áreas alteradas, também aumentaram. Dados a respeito da ocorrência, abundância e vulnerabilidade das espécies foram essenciais para traçar estratégias em relação à escolha de áreas e à indicação de ações prioritárias para a conservação dos mamíferos no estado, assim como classificar as espécies nas diferentes categorias de ameaças propostas, culminando na Lista das Espécies Ameaçadas do Estado de São Paulo. Entretanto, ainda existem inúmeras lacunas de conhecimento, que vão desde o número limitado de amostras zoológicas, até a falta de informações acerca da ecologia e história natural de várias espécies. É imprescindível que aumentemos as amostras de mamíferos em coleções zoológicas, principalmente em áreas de Floresta Ombrófila Densa, nos fragmentos de Cerrado, bem como em áreas do centro e oeste do Estado, que permanecem ainda pouco estudadas, com o objetivo de produzir um maior número de revisões taxonômicas em diversos grupos de mamíferos, e de estudos com abordagens filogeográficas e de genética de populações, para diagnosticarmos de forma efetiva a riqueza de mamíferos no estado, bem como os mecanismos evolutivos responsáveis por esta diversificação. Aliados a esses estudos serão necessárias abordagens ecológicas para gerarmos conhecimento, que em conjunto, nos permitirá avaliarmos o estado de conservação dos mamíferos de São Paulo e tomarmos decisões sobre as melhores estratégias para manejarmos e preservarmos estas espécies.

São Paulo harbors 231 mammal species until now. This is an estimate of its real diversity since many regions of the State continue poorly surveyed, and also reflects the lack of taxonomic work for certain mammal taxa. Nevertheless, our knowledge of the São Paulo mammals has increased in 20% in the last 12 years, especially in relation to bats and rodents. These new data are based in mammal inventories and also in the analysis of specimens housed in scientific collections associated with taxonomic revisions. We also know better about the mammal distribution in the distinct vegetation units present in the State, permitting us to divide the mammals in three distinct components: the most important one is the generalists, represented by species occurring in every landscape in the State, while the second one concentrates species inhabiting the open formations, and the third component the species associated with the forest formations. Besides, the number of studies dealing with the effect of fragmentation and the permeability of mammals in altered areas also has increased. Occurrence, abundance and vulnerability data were essential to raise strategies in order to choose priority areas and to indicate priority actions to conserve the mammals of the State, as well as to classify the species in the different proposed threaten categories, culminating in the List of the Threaten Species of the São Paulo State. However, there are many points yet poorly developed or poorly known, such as the limited number of zoological samples, and the lack of information about the ecology and natural history of many species, respectively. It's extremely important that we increase our samples in the scientific collections, especially in areas of Dense Ombrofilous Forests, in the Cerrado fragments, as well as in central and western areas of the State that continue poorly surveyed. The objective is to produce more taxonomic work in several mammalian groups, and also studies focusing in the phylogeography and in the population genetics in order to effectively diagnose the mammal richness of the State, as well as the evolutionary processes responsible for this diversification. Additionally, ecological data accompanying this information is needed in order to evaluate the conservation status of the São Paulo mammals to decide about the better strategies to manage and conserve these mammals.

"Check List" das Charophyceae do Estado de São Paulo / "Check List" of Charophyceae from São Paulo State

A primeira referência à ocorrência de material de Characeae no Estado de São Paulo está em Braun (1883). Nesse trabalho, foram citadas duas espécies de Nitella : N. acuminata A. Braun var.subglomerata A. Braun e N. microcarpa A. Braun subsp. glaziovii (Zeller) Nordstedt f. santosa Nordstedt. Seguem a esse, dois outros trabalhos que trataram as Characeae em nível espécie, o de Edwall (1896) e o de Horn af Rantzien (1950). A partir de 1969, tem início a contribuição marcante de Rosa Maria Teixeira Bicudo à contribuição das Characeae do Estado de São Paulo. A Dra. Bicudo foi pesquisadora no Instituto de Botânica em São Paulo até 1980, quando faleceu prematuramente. Deixou dois catálogos (Bicudo 1968a, 1968b) que fundamentaram os estudos sobre as Characeae no Brasil. Finalmente, Picelli-Vicentim, Bicudo e Bueno et al.(2004) atualizaram o levantamento original de Picelli-Vicentim (1990) para publicar o volume referente às Charophyceae da "Flora ficológica do Estado de São Paulo", onde se encontram reunidas 16 espécies e 27 táxons infraespecíficos de representantes da classe entre subespécies, variedades e formas taxonômicas. A lista foi elaborada a partir de duas fontes, quais sejam: 1) o material depositado no Herbário Científico do Estado "Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo" (SP); e 2) a monografia sobre o grupo publicada pelo Programa BIOTA e, mais especificamente, pelo projeto "Flora ficológica do Estado de São Paulo.

The first reference to the occurrence of Characeae in São Paulo state is Braun (1883). In this work, two species of Nitella are quoted: N. acuminata A. Braun var. subglomerata A. Braun and N. microcarpa A. Braun subsp. glaziovii (Zeller) Nordstedt f. santosa Nordstedt. Two other papers follow this regarding Characeae at species level, Edwall (1896) and Horn af Rantzien (1950). From 1969, the important contribution of Rosa Maria Teixeira Bicudo to Characeae studies at São Paulo state. Dr Bicudo researched at Botanic Institute of São Paulo until 1980, suddenly died. She left two catalogues (Bicudo 1968a, 1968b) that based the studies in Characeae at Brazil. Finally, Picelli-Vicentim, Bicudo and Bueno et al.(2004) updated the original assessment of Picelli-Vicentim (1990) to publish the recent volume on Charophyceae in the "Flora ficológica do Estado de São Paulo", where 16 species and 27 infra-specific taxons where gathered representing class among subspecies, varieties and taxonomic forms. The list was elaborated from two sources: 1) vouchers deposited at Herbário Científico do Estado "Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo" (SP); and 2) the monography about the group published by BIOTA-FAPESP Program and, more specifically, the Project "Flora ficológica do Estado de São Paulo".

Lista de Ulvophyceae do estado de São Paulo / Checklist of Ulvophyceae of the São Paulo State

A presente lista tem como base levantamento realizado a partir de 1999 pelo Programa BIOTA/FAPESP e conseqüente comparação com inventários realizados desde a década de 1950. A lista também é complementada com registros da Coleção de Algas do Herbário do Estado (SP), do Instituto de Botânica, que incluem espécimes coletados desde o início do século passado. O número total de clorófitas marinhas bentônicas mencionadas para o Estado é de 70 espécies, além de alguns táxons não identificados em nível infragenérico. De 1990 até 2010 o número de táxons registrados foi de 60, sendo alguns apenas em nível de gênero. As novas citações para o Estado somam 17 espécies, enquanto outras nove deixaram de ser citadas na última década.

The checklist comprises an inventory achieved from 1999 by BIOTA/FAPESP Program, comparing with those realized from 1950. The list was also complemented with data from the State Herbarium Algae Collection (SP). The number of benthic marine chlorophytes mentioned for the State is 70 species, besides some in level of genera. From 1990 to 2010 the number of registered taxa was 60, some in level of genera. New citations for the State are 17 species, while other nine were no more mentioned at the last decade.

Checklist das Cryptophyceae do estado de São Paulo, Brasil / Checklist of Cryptophyceae from São Paulo State, Brazil

Usando como base de informações a monografia sobre o grupo publicada pelo projeto Flora Ficológica do Estado de São Paulo (Programa BIOTA), o acervo depositado no Herbário Científico do Estado de São Paulo "Maria Eneyda P. Kauffmann Fidalgo" (SP), a Lista de Espécies da Flora do Brasil e artigos científicos, dissertações e teses (com descrições e ilustrações) temos: nove gêneros e 39 espécies de criptoficeas, sendo 16 espécies exclusivas para o Estado de São Paulo, todas registradas em ambientes de água doce. A carência de especialistas no Estado de São Paulo e no Brasil, além de problemas de estratégia amostral, necessidade de uso da microscopia eletrônica e ausência de estudos de biologia molecular, são fatores que devem ter subestimado o conhecimento taxonômico de Cryptophyceae no Estado.

Based on the information provided by the monograph on the group published by the project Phycology Flora of São Paulo (BIOTA), the collection deposited in the Scientific Herbarium "Mary P. Eneyda Kauffmann Fidalgo " of the State of São Paulo, the List of Endangered Species of the Flora of Brazil and scientific papers, dissertations and theses (with descriptions and illustrations), there are nine genera and 39 species of cryptophytes, 16 of which are unique species to the State of São Paulo, all recorded in freshwater environments. The lack of specialists in the State of São Paulo and Brazil as well as problems in the sampling strategy, the necessary use of electronic microscopy and the absence of molecular biology studies are factors that must have underestimated the taxonomic knowledge of Cryptophyceae in the state.

Checklist das licófitas e samambaias do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of lycophytes and ferns of São Paulo State, Brazil

O presente checklist usou como base a lista de licófitas e samambaias do estado de São Paulo, extraída do Catálogo de Plantas e Fungos do Brasil publicado em 2010, pelo Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ). Aqui é apresentada uma atualização desta lista e algumas novidades melhoraram a lista básica. O número total de táxons para o estado, incluindo ambos os grupos de plantas, aumentou de 561 para 573. Dois novos registros de ocorrência foram recentemente registrados para o estado e foram incorporados no presente checklist (Pellaea flavescens Fée e P. ovata (Desv.) Weath.). Esses dados sugerem que mais estudos são necessários para o conhecimento da diversidade no estado.

The present checklist used as base the list of lycophytes and ferns of São Paulo State, extracted from the Catálogo de Plantas e Fungos do Brasil published in 2010, by the Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ). An update of this list is here presented and some novelties improved the base list. The current total number of taxa for the state, including both plant groups, increased from 561 to 573. Two new records were recently reported to the state and were also added to the present checklist (Pellaea flavescens Fée and P. ovata (Desv.) Weath.). These data suggest that more studies are necessary to know the diversity in the state.

Checklist dos "protozoários" de água doce do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of "protozoans" from São Paulo State , Brazil

Listagens de espécies são importantes para o conhecimento da biota de um local, sua ecologia e para podermos dimensionar sua exploração econômica, biotecnológica e conservação. Neste trabalho foram levantados os dados de protozoários (ciliados, amebas nuas, amebas com carapaça, heliozoários e flagelados heterotróficos) de água doce do Estado de São Paulo. De 75 ambientes que foram analisados até o momento, foram registrados um total de 471 diferentes taxa de protozoários distribuídos em 218 generos e 304 espécies. Dos grupos de protozoários avaliados, os mais bem representados foram os ciliados com 160 gêneros e 219 espécies. Dentre os ciliados ocorrerem dois novos registros: Neobursaridium gigas Balech, 1941 para o Brasil e Loxodes rex Dragesco, 1970 para a América do Sul.

Species checklists are important to know the local biodiversity, its ecology and scale its biotechnological and economic exploration and conservation. In this work the protozoan data (ciliates, naked amoebas, tecamoebas, heliozoans and heterotrophic flagellates) from São Paulo State have been listed. From 75 environments analized to this moment, 471 different protozoan taxa were recorded, distributed in 218 genera and 304 species. From the protozoan groups analyzed, the most representative was the ciliate with 160 genera and 219 species. Among the ciliates, two were new records: Neobursaridium gigas Balech, 1941 to Brazil and Loxodes rex Dragesco, 1970 to South America.

Checklist de Porifera do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of Porifera from São Paulo State, Brazil

As esponjas (Filo Porifera) são um dos metazoários mais antigos existentes, mas ainda facilmente encontradas em uma grande variedade de ambientes aquáticos. São um componente fundamental em diversos ecossistemas, influenciando diretamente a qualidade da água em seus habitats. Em tempos recentes são um dos grupos que mais fornece novas moléculas bioativas ou com estruturas incomuns. No entanto, são historicamente considerados um grupo de taxonomia complexa e ainda são comuns discussões acerca da sistemática ao nível de ordens ou mesmo da monofilia do grupo. Este cenário começou a ser alterado de forma marcante na última década, a partir de iniciativas multinacionais voltadas a fornecer uma base taxonômica mais sólida. No Brasil, este processo foi acompanhado pela publicação de guias de identificação para as esponjas do nosso litoral. Partindo dos dados esporádicos disponíveis em períodos anteriores, diversas iniciativas foram feitas especificamente voltadas para o levantamento das espécies de Porifera, principalmente nas regiões costeiras. Tais ações fornecem atualmente aos pesquisadores iniciantes uma base de conhecimento bem mais abrangente do que a disponível na década anterior. Nos dez anos passados desde as últimas listagens feitas para o Estado de São Paulo, houve uma alteração significativa no quadro apresentado. Conforme pôde ser verificado neste trabalho, o período foi sem sombra de dúvida o mais prolífico no que se refere ao conhecimento da espongiofauna local.

The sponges (Porifera) are one of the oldest extant metazoans, but still easily found in a wide variety of aquatic environments. They are key components in several ecosystems, directly influencing the quality of water in their habitat. In recent times, these organisms have become one of the most productive groups in providing new compounds with bioactivity or unusual structures. However, sponges are historically considered a group of complex taxonomy, and systematic discussions at order level or even about the monophyly of the group are still common. This situation began to change markedly in the last decade, with multinational initiatives aimed at providing a more solid taxonomic basis. In Brazil, this process was accompanied by the publication of identification guides of the native species. Starting from the sporadic data available in earlier periods, several initiatives were specifically targeted at the survey of Porifera species, particularly in coastal regions. Such actions now provide the researchers with a knowledge base far more comprehensive than that available a decade earlier. In the ten years since the last checklists for the São Paulo State were published, there was a significant change in the scenario. As verified by this study, the period was undoubtedly the most prolific regarding the knowledge of the local spongiofauna.

Checklist dos Cnidaria do Estado de São Paulo, Brasil / Checklist of Cnidaria from São Paulo State, Brazil

Usando como base a Lista dos Cnidaria registrados na costa Brasileira de 1999, os novos registros adicionados no SinBiota/OBIS e examinando as publicações conhecidas no período 2000-2010 temos: 91 novos registros de táxons já conhecidos; 55 novas ocorrências em São Paulo. É sugerido que a falta de especialistas em Anthozoa nos últimos anos em São Paulo deve ter diminuído o conhecimento taxonômico no grupo.

Using as baseline Lista dos Cnidaria registrados na costa Brasileira of 1999, the new records visible in SinBiota/OBIS and extracting information out of the publications for 2000-2010 we have: 91 new records of already known taxa; 55 new records for São Paulo. It is suggested that the lack of Anthozoa taxonomists over the last years in São Paulo may explain the significant decrease of new findings in the group.

Lista de Cyanobacteria do Estado de São Paulo / Checklist of Cyanobacteria from São Paulo State, Brazil

Com base no levantamento bibliográfico realizado sobre as cianobactérias citadas para o Brasil e para o Estado de São Paulo em particular, além de consulta à lista de espécies da flora brasileira e aos bancos de dados de coleções paulistas, encontramos um total de 460 espécies citadas para o Brasil e 378 para o estado de São Paulo. Considerando que o grupo tem ao redor de 2800 espécies, estes números representam bem menos de 20% das espécies conhecidas. Assim, frente a diversidade de ambientes e habitats existentes nos biomas tropicais/subtropicais, o reduzido número de espécies já conhecidas indica que certamente essa biodiversidade está subestimada e deve ser muito maior do que identificamos até agora.

Based on the literature about the cyanobacteria from Brazil and particularly from São Paulo State, the list of Brazilian flora and the data bank of herbaria collections, a total of 460 species were referred to Brazil and 378 to São Paulo State. Taking into account that the group of cyanobacteria presents around 2800 species, these numbers represent much less than 20% of the known species. Considering the diversity of environments and habitats in the tropical/subtropical biomes compared to the reduced number of known species, this biodiversity is certainly underestimated and should be much larger.

Checklist dos Entoprocta do Estado de São Paulo, Brasil / Entoprocta Checklist of the State of São Paulo

O Filo Entoprocta compreende cerca de 180 espécies de metazoários aquáticos e sésseis, na grande maioria marinho. Esses animais são encontrados em substratos diversos, incluindo seixos, algas, conchas e outros animais. Apesar da semelhança com outros organismos coloniais, como hidrozoários e briozoários, os entoproctos são distintos pelo corpo constituído por um cálice distal com tentáculos ciliados, sustentado por um pedúnculo fixo no substrato através do pé ou estolão. A relação do grupo é bastante obscura, e estudos taxonômicos e morfológicos são escassos em todo mundo. Devido sobretudo ao trabalho de Ernest Marcus e Eveline Du Bois-Reymond-Marcus, realizado entre as décadas de 1930 e 1970, são conhecidas 18 espécies na costa brasileira, 16 das quais relatadas para o estado de São Paulo. Infelizmente, grande parte do material tipo descrito por eles está provavelmente perdido, sendo localizados apenas alguns nas coleções do Museu de Zoologia da Universidade de São Paulo (MZUSP) e Natural History Museum em Londres (NHMUK). Assim, o conhecimento sobre a taxonomia, biologia e ecologia é restrito a algumas espécies e localidades. A ausência de levantamentos faunísticos e monitoramentos dificulta uma avaliação detalhada da composição e alteração da fauna em regiões impactadas. Atualmente, não existem especialistas em Entoprocta em São Paulo ou no Brasil, e devido à baixa diversidade do filo, só se justifica a capacitação de especialistas que se dediquem também a outros grupos, como Ectoprocta (Bryozoa). A formação de coleções científicas, como a do MZUSP, pode atrair o interesse de pesquisadores para estudo taxonômicos e de outros aspectos dos espécimes brasileiros, até agora pouco conhecidos.

The phylum Entoprocta comprises about 180 species of aquatic, sessile metazoans, the vast majority marine. These animals are found on many substrata, such as stones, algae, shells and other animals. Despite the similarity with other colonial organism, such as hydrozoans and bryozoans, the entoprocts are distinct by having a body that comprises a cuplike calyx with ciliated tentacles, supported by a stalk attached on substrata by a foot or stolon. The evolutionary history of the group is still obscure, and taxonomic and morphological studies are scarce. Due to the work of Ernest Marcus and Eveline Du Bois-Reymond-Marcus, published between the 1930's and 1970's, 18 species are so far known for the Brazilian coast, 16 of those reported from São Paulo state. Unfortunately, most of type material of species described by them is probably lost, only a few being preserved in the Museum of Zoology, University of São Paulo (MZUSP), and at the Natural History Museum, London (NHMUK). Thus, the knowledge on taxonomy, biology and ecology is restricted to some species and localities. The absence of biological surveys and monitoring makes it difficult to evaluate changes in the composition of fauna in impacted regions. Today, there are no experts on Entoprocta neither in São Paulo nor in Brazil, and due the low diversity of this phylum, it is only justified the capacitation of experts who also embrace other taxa, such as Ectoprocta (Bryozoa). The formation of scientific collections like the one of MZUSP, can be an attractive for researches to investigate taxonomy and other aspects of the Brazilian specimens, hitherto little known.