Situation of and phenotypic markers of susceptibility to helminth infection among sheep on farms in the Brazilian cerrado biome / Diagnóstico de situação e marcadores fenotípicos das parasitoses gastrintestinais em ovinos de fazendas localizadas no Distrito Federal: bioma cerrado brasileiro

Abstract This study aimed to determine the intensity, seasonality, and distribution by genera of, as well as to identify phenotypic markers of susceptibility to, gastrointestinal parasites among sheep on farms within the Brazilian savanna (cerrado) biome. We evaluated 1271 sheep, on seven farms, during the rainy season (in December 2017 and December 2018) and dry season (in July 2018 and July 2019). Parasitological evaluation was based on culture and EPG. We calculated hematocrit, as well as the body condition score and feces score. Of the sheep evaluated, 34.15% had moderate-to-severe parasitic infection. The factors of herds' phenotypic characterization about helminth infections were (p ≤ 0.05 for all): anemia (OR = 5.72); leanness (OR = 1.80); loose stools or diarrhea (OR = 1.54); breed other than Santa Inês (OR = 2.31); "weaned lamb" category (OR = 4.76); "lambing ewe" category (OR = 4.66); and dry season (OR = 2.37). Haemonchus, Trichostrongylus, Oesophagostomum, and Cooperia accounted for 76.40%, 20.23%, 2.89%, and 0.47%, respectively, of the helminth genera identified, with their proportional distributions being comparable between the rainy and dry seasons. Changes in health management, with regard to helminth infection control, are urgently needed in order to combat the disease more effectively and sustainably.

Resumo A presente pesquisa objetivou determinar a intensidade, sazonalidade, predominância de gêneros e marcadores fenotípicos às parasitoses gastrointestinais em fazendas de criação de ovinos do Distrito Federal, no bioma cerrado brasileiro. Foram avaliados 1.271 ovinos oriundos de sete propriedades, durante os períodos chuvoso (dezembro de 2017 e dezembro de 2018) e seco (julho de 2018 e julho de 2019). Procedeu-se a avaliação parasitológica por coprocultura e OPG, dosagem de hematócrito, escore de condição corporal e de fezes. Dos indivíduos avaliados, 34,15% deles apresentaram infecção parasitária moderada a grave. Os fatores de caracterização fenotípica dos rebanhos quanto às infecções helmínticas (p ≤ 0,05), foram: anemia (OR = 5,72),magreza (OR = 1,80), fezes pastosas/diarreicas (OR = 1,54), raças distintas à raça Santa Inês (OR = 2,31), categorias de produção animal "jovens" (OR = 4,76) e "fêmeas paridas" (OR = 4,66), e período seco (OR = 2,37). Haemonchus, Trichostrongylus, Oesophagostomum e Cooperia foram os gêneros de helmintos observados nas seguintes proporções: 76,40%, 20,23%, 2,89% e 0,47%, respectivamente, sem distinção em sua distribuição entre os períodos chuvoso e seco. Mudanças no manejo sanitário com relação às helmintoses são urgentemente necessárias, para um controle da doença de forma mais eficaz e sustentável.

Primer reporte de la variabilidad genética del gato (Felis catus), con marcadores fenotípicos en Coveñas, Sucre / First report of genetic variability in cats (Felis catus), with phenotypic markers, in Coveñas, Sucre / Primeiro repórter da variabilidade genética do gato (Felis catus), com marcadores fenotípicos em Coveñas, Sucre

Resumen El objetivo de esta investigación fue determinar la variabilidad genética de las poblaciones de gatos domésticos (Felis catus) utilizando genes que codifican la coloración, el diseño y la longitud del pelaje en Coveñas, Sucre, Colombia. Se realizaron muestreos aleatorios entre septiembre y diciembre de 2014, en 187 animales adultos presentes en cinco barrios de Coveñas, donde se caracterizó fenotípicamente cada animal. La nomenclatura utilizada está en concordancia con el Committee Standardized Genetic Nomenclature For Cats (1968), y atiende a los marcadores autosómicos de codificación morfológica: el locus ligado al sexo Orange (O) y los loci autosómicos non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) y dominant white (W). Se calcularon los parámetros genéticos poblacionales: frecuencia alélica, diversidad genética, flujo génico, equilibrio Hardy-Weinberg y distancia genética, y se infirieron las relaciones filogenéticas entre las poblaciones de gatos. Se encontró que el marcador non-agouti fue el de mayor frecuencia, mientras los genes tabby blotched y dominant white presentaron los valores más bajos. La mayor parte de la diversidad genética se encontró dentro de las poblaciones (HS) y poca entre las poblaciones (D) y un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos en la población. No hubo equilibrio Hardy-Weinberg. Las poblaciones se encuentran muy relacionadas genéticamente. Además, se evidenció una posible selección natural y artificial del locus non-agouti.

Abstract This research aimed to determine genetic variability in domestic cat populations (Felis catus) using genes that codify the coloration, design and length of the coat in Coveñas, Sucre, Colombia. Random samples were collected between September and December 2014 from 187 adult animals in five neighborhoods of Coveñas, and each animal was characterized phenotypically. The nomenclature used in this research follows the Standardized Genetic Nomenclature for the Domestic Cat (1968), and examines the autosomal markers of morphological coding: the locus linked to sex Orange (O) and the autosomal loci Non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) and dominant white (W). The genetic parameters of the population were calculated: allele frequency, genetic diversity, gene flow, Hardy-Weinberg equilibrium, and genetic distance; and phylogenetic relationships among cat populations were inferred. It was found that the Non-agouti marker was the most frequent, while the tabby blotched and dominant white genes had the lowest values. Most genetic diversity was found within the studied populations (HS), with little diversity between populations (D), and high gene flow was evidenced. An excess of heterozygotes was observed in the population. There was no Hardy-Weinberg equilibrium. Populations are genetically closely related. In addition, a possible natural and artificial selection of the Non-agouti locus was evidenced.

Resumo O objetivo desta pesquisa foi determinar a variabilidade genética das populações de gatos domésticos (Felis catus) utilizando genes que codificam a coloração, o desenho e a longitude da pelagem em Coveñas, Sucre, na Colômbia. Realizaram-se amostras aleatórias entre setembro e dezembro de 2014, em 187 animais adultos presentes em cinco bairros de Coveñas, onde se caracterizou fenotipicamente cada animal. A nomenclatura utilizada está em concordância com o Committee Standardized Genetic Nomenclature For Cats (1968), e atende a os marcadores autossômicos de codificação morfológica: o locus ligado a sexo Orange (O) e os loci autossômicos Non-agouti (a), tabby blotched (Tb), dilution (d), long hair (l) spotting white (s) e dominant white (W). Calcularam-se os parâmetros genéticos populacionais: frequência alélica, diversidade genética, fluxo génico, equilíbrio Hardy-Weinberg e distância genética, e se inferiram as relações filogenéticas entre as populações de gatos. Constatou-se que o marcador Non-agouti foi o de maior frequência, e enquanto que os genes tabby blotched e dominant white apresentaram os valores mais baixos. A maior parte da diversidade genética foi encontrada dentro das populações (HS) e pouca entre as populações (D) e um elevado fluxo génico. Observouse um excesso de heterozigotos na população. Não houve equilíbrio Hardy-Weinberg. As populações encontram-se muito relacionadas geneticamente. Além do mais, evidenciou-se uma possível seleção natural e artificial do locus Non-agouti.

Prevalence of ambler class a extended-spectrum- ß -lactamases (ESBLS) among Uropathogenic Escherichia coli strains isolated from Rasht city, Iran / Prevalência de ambler extended-spectrum classe A- ß -lactamases (ESBLs) entre Uropathogenic Escherichia coli isolados da cidade de Rasht, Irã

Extended spectrum -lactamases (ESBLs), a group of bacterial enzymes which are the major cause of resistance to penicillins, broad spectrum cephalosporins and monobactams, are found among the member of Enterobacteriaceae. The class A ESBLs are mainly encoded by the plasmid mediated blaSHV, blaTEM and blaCTX-M genes. In this study, prevalence of Ambler class A ESBL genes among uropathogenic E. coli (UPEC) isolates associated with community acquired infections and their antibiotic susceptibility pattern was investigated. Seventy UPEC strains were isolated from urine samples and subjected to antimicrobial susceptibility assay using disk diffusion method. Phenotypic screening of ESBL production was evaluated according to the CLSI combined disk method. Genotyping of Ambler class A ESBLs was investigated using PCR. According to the results, ESBLs was identified in 37 isolates while molecular assay showed 47 isolates harbored ESBL genes. The most prevalence was recorded for blaTEM (74.2%) followed by blaCTX-M (43.2%) and blaSHV (12.2%). Imipenem was the most effective drug and ESBL producing isolates showed higher resistance to CAZ, CRO, CFZ, CTX and FOX compared to non ESBL isolates. In conclusion, high prevalence of class A ESBL genes was observed in our study which needs more consideration and rational antibiotic prescription.

As -lactamases de espectro alargado (ESBLs), um grupo de enzimas bacterianas que são a principal causa de resistência às penicilinas, cefalosporinas de largo espectro e monobactamas, encontram-se entre os membros das Enterobacteriaceae. As ESBLs de classe A são principalmente codificadas pelos genes blaSHV, blaTEM e blaCTX-M mediados por plasmídeo. Neste estudo, foi investigada a prevalência dos genes ESBL de classe A de Ambler entre isolados de E. coli uropatogênicos (UPEC) e seu padrão de suscetibilidade aos antibióticos. Setenta cepas UPEC foram isoladas a partir de amostras de urina e submetidas a ensaio de susceptibilidade antimicrobiana utilizando o método de difusão em disco. O rastreio fenotípico da produção de ESBL foi avaliado de acordo com o método de disco combinado CLSI. A genotipagem de ESBL de classe A de Ambler foi investigada usando PCR. De acordo com os resultados, as ESBLs foram identificadas em 37 isolados enquanto que o ensaio molecular mostrou 47 isolados portadores de genes ESBL. A maior prevalência foi registrada para blaTEM (74,2%), seguida de blaCTX-M (43,2%) e blaSHV (12,2%). O imipenem foi o fármaco mais eficaz e os isolados produtores de ESBL apresentaram maior resistência a CAZ, CRO, CFZ, CTX e FOX em comparação com os isolados não ESBL. Em conclusão, a alta prevalência de genes ESBL de classe A foi observada em nosso estudo, que necessita de maior atenção e prescrição de antibióticos racionais.

Molecular characterization of Enterobacteriaceae resistant to carbapenem antimicrobials / Caracterização molecular de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos

ABSTRACT The present study aimed to genotypically and phenotypically characterize clinical isolates of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae collected from inpatients at the University Hospital of Santa Maria, during seven months. Among the clinical isolates subjected to the modified Hodge test (MHT), 62.5% were positive, indicating possible production of carbapenemase. Polymerase chain reaction (PCR) demonstrated that blaKPC was the most frequently found gene (31%), followed by blaIMP (12.5%). Combined use of the methods is needed to identify carbapenem resistance in enterobacteria to prevent their spread and control the infections caused by these organisms.

RESUMO Objetivou-se caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados clínicos de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos (CRE) provenientes do Hospital Universitário de Santa Maria (RS). Entre os isolados clínicos submetidos ao teste modificado de Hodge (MHT), 62,5% apresentaram positividade, indicando possível produção de carbapenemase. A reação em cadeia da polimerase (PCR) demonstrou que o blaKPC foi o gene mais encontrado (31%), seguido de blaIMP (12,5%). O uso conjunto de distintas metodologias faz-se necessário para identificar a resistência aos carbapenêmicos produzida pelas enterobactérias, de modo a auxiliar o controle de infecção prevenindo a disseminação desses microrganismos.

Marcadores fenotípicos de atenuación en cepas de virus Junín recuperadas de individuos vacunados con la cepa Junín Candid#1 / Phenotypic markers of attenuation in Junin virus strains recently isolated from individuals vaccinated with Junin Candid#1 strain

La Fiebre Hemorrágica Argentina es una enfermedad producida por el virus Junín. Para la prevención de esta enfermedad se obtuvo una vacuna efectiva denominada Candid#1. Durante un ensayo clínico realizado en el INEVH, dos cepas de virus Junín fueron aisladas de sangre periférica de dos voluntarios mediante co-cultivo de células mononucleares. El objetivo de este trabajo fue comparar las características fenotípicas de atenuación de esas dos cepas recuperadas de humanos con las de la vacuna Candid#1 utilizando los indicadores de atenuación desarrollados por Contigiani y Sabattini en 1977. A tal fin se midieron los índices de letalidad, infección y protección en cobayos y ratones de diferentes edades. Las tres cepas investigadas resultaron letales para ratones recién nacidos pero no para ratones de 10 a 12 días, ratones adultos ni cobayos, aun a la más baja dilución inoculada. Los cobayos inoculados con las cepas recuperadas de humanos y con la cepa Candid#1 no presentaron síntomas de enfermedad y mostraron estar protegidos cuando fueron desafiados con una cepa patógena. Los índices de infección y de protección hallados indican que estas cepas poseen elevada capacidad infectante y protectora en las especies animales aquí estudiadas. Estos resultados demuestran que las cepas de virus Junín aisladas de voluntarios inmunizados con Candid#1 mantienen el mismo fenotipo atenuado de la vacuna Candid#1 después de un pasaje por humanos.

Argentine hemorrhagic fever is a severe acute disease caused by Junin virus. For prevention of this disease an effective vaccine called Candid#1 has been developed, composed of a live attenuated Junin virus strain. During a clinical trial conducted at Instituto Nacional de Enfermedades Virales Humanas (INEVH) in 2005, Junin virus was isolated from two vaccinated volunteers by co-culture of peripheral mononuclear blood cells. The aim of this study was to compare the strains isolated from these human volunteers with Candid#1 strain regarding phenotypic characteristics of attenuation according to the indicators developed by Contigiani and Sabattini in 1977. The three strains were lethal to suckling mice but not to 10-12 days old mice and guinea pigs. Surviving guinea pigs from primary infection were protected when challenged by intra-muscular inoculation with lethal doses of a virulent strain. Infection and protection rates indicate that these strains are highly infective and protective in the hosts studied herein. These results demonstrate that Junin virus strains isolated from volunteers immunized with Candid#1 maintain the same attenuated phenotype of Candid#1 vaccine after one passage in humans.

The life span of Drosophila melanogaster is affected by melatonin and thioctic acid / El ciclo de vida de la Drosophila melanogaster es afectado por la melatonina y el ácido tióctico

Aging and reduced longevity are due in part to the action of free radicals (FR). Melatonin (Mel) and thioctic acid (TA) are effective in protecting against the damage caused by FR. In this study, the effect of Mel and TA on the life cycle of Drosophila melanogaster was determined. We used a control group of flies, another group that was provided with Mel (0.43 mM) throughout their life cycle (Mel-c), a third group received Mel upon reaching adulthood (Mel-a) and two groups were fed with TA (2.15 mM) in the same manner (TA-c and TA-a). The number of eclosed, survival, phenotype changes, motor activity and the content of malondialdehyde (MDA) was evaluated in each group. Mel-c increased the eclosion rate and the motor activity of the flies. Mel-c and Mel-a increased the life span and decreased the concentrations of MDA. By contrast, TA-c diminished the eclosion rate, produced phenotypic changes and increased MDA levels and motor activity of the flies. TA-a extended the life span of flies, and did not alter MDA levels and motor activity when compared with the control group. In conclusion, Mel mitigated the effects caused by FR generated during aging, while TA-c increased lipid peroxidation and altered the phenotype of flies.

El envejecimiento y la disminución de la longevidad se deben, en parte, a la acción de los radicales libres (RL). La melatonina (Mel) y el ácido tióctico (AT) son antioxidantes efectivos contra el daño ocasionado por los RL. En este estudio se determinó el efecto de la Mel y el AT en el ciclo de vida de la Drosophila melanogaster. Se utilizó un grupo de moscas control, otro grupo al que se le suministró Mel (0,43 mM) durante todo su ciclo de vida (Mel-c), un tercer grupo recibió Mel al alcanzar la adultez (Mel-a) y dos grupos a los que se le suministró AT (2,15 mM) de la misma manera (AT-c y AT-a). Se evaluó el número de eclosionados, la sobrevida, el fenotipo, la actividad motora y el contenido de malondialdehído (MDA) en cada uno de los grupos. Mel-c incrementó la tasa de eclosión y aumentó la actividad motora. Mel-a y Mel-c aumentaron la sobrevida y disminuyeron las concentraciones de MDA. Por el contrario, el AT-c disminuyó la tasa de eclosión, produjo cambios fenotípicos, no afectó la sobrevida de las moscas, aumentó los niveles de MDA y la actividad motora. El AT-a extendió la duración de la vida de los animales, no alteró los niveles de MDA, ni la actividad motora al comparar con el grupo control. En conclusión, la Mel mitigó los efectos causados por los RL generados durante el envejecimiento, mientras que el AT-c aumentó la peroxidación lipídica y alteró el fenotipo de las moscas.

Detección de los cambios fenotípicos en productos de ratas long evans infectadas con trichinella spiralis y tratadas con albendazol / Phenotypic changes detection in new born Long Evans Rat infected with T. spiralis and Albendazol treated

Trichinella spiralis es uno de los agentes causantes de la Trichinellosis, es una zoonosis de distribución mundial, afecta a gran número de mamíferos así como al humano. En México la causa principal de infección se asocia con el consumo de carne de cerdo infectada con T. spiralis. En este trabajo se detectaron los cambios fenotípicos en productos de ratas Long Evans infectas con T. spiralis y tratadas con Albendazol. Utilizamos ratas cepa Long Evans en edad reproductiva. Divididas en grupos, incluidos controles y con tratamiento de uno a catorce días de tratamiento, para sincronizar la gestación en las ratas se realizaron frotis vaginales. Para la detección del parásito se utilizaron técnicas directas de compresión en placa y digestión artificial y la técnica indirecta de MIDD, para los cambios fenotípicos de crías obtenidas se realizo análisis detallado con microscopio estereoscópico

Trichinella spiralis is one of the causative agents of the Trichinellosis, is a zoonosis of world-wide distribution, affects to big number of mammals like this as to the human. In Mexico the main cause of infection associate with the consumption of pig infected meat with T. spiralis. In this work detected the phenotypical changes in long Evans rats products infected with Trichinells spiralis and threated with albendazol medication. Use rats cepa long evans ina reproductive age. Divided in groups, included controls and with treatment varying of one to fourteen days of treatment, to synchronize the management in the rats realized vaginal.smears For the detection of the parasites used direct techniques of understanding in plate and artificial digestion and the indirect technician of MIID, for the phenotypical changes of baby rats obtained realized a detailed analysis with stereoscopic microscope

Diferentes métodos fenotípicos para isolamento e identificação de espécies de Candida / Different phenotypic methods for isolation and identification of Candida species

C. albicans é o mais frequente agente responsável pela candidíase e está também associada a doençasimunossupressoras como, por exemplo, diabetes. Entretanto, outras espécies não-albicans como C.dubliniensis inicialmente associada com candidíase da orofaringe de pacientes infectados pelo vírus HIV,onde ainda é mais prevalente, tem sido reconhecida como causa de infecção em pacientes com câncer,com fibrose cística e pacientes com diversas patologias e diferentes graus de imunocomprometimento.Utilizando-se métodos fenotípicos para identificação de Candida spp. é possível discriminar rotineiramenteisolados orais em laboratórios de microbiologia. Um dos problemas que interferem na realização de identificaçãodas espécies do gênero Candida em estudos epidemiológicos mais amplos é a dificuldade da rápidaidentificação, a partir de meios de triagem de baixo custo. Dessa forma, alguns métodos fenotípicos sãoapresentados com o objetivo de contribuir na busca de testes alternativos que possam com segurança, seremaplicados às rotinas de laboratórios.

C. albicans is the frequent agent for the oral candidosis and it is also associated to immunosuppressivediseases as, for example, diabetes. However, other non-albicans species such as C. dubliniensis initiallyassociated with candidosis in orofaringe patients infected by the virus HIV, where is still more prevalent,it has been recognized as infection cause in patients with cancer, cystic fibrosis and patients with severalpathologies. Phenotypics methods for Candida spp. are easy-to-use procedures for routine discriminationof oral isolates in the clinical microbiology laboratory. One of the problems that interfere in the identificationaccomplishment of the species of Candida in more wide epidemic studies is the difficulty of the fast identification,starting from screen methods of low cost. In that way, some phenotypics methods are presented withthe objective of contributing in the search of alternative tests to be applied as routine in laboratories.

Detección fenotípica y molecular de resistencia a meticilina en S. aureus / Phenotypic and molecular detection of methicillin resistance in S. aureus

La detección de resistencia a meticilina es complicada debido a la heterogeneidad de su expresión fenotípica; dificultando su detección en el laboratorio, lo que ha conducido al desarrollo de varias técnicas para incrementar su expresión in vitro. A fin de evaluar cuatro técnicas para la detección de resistencia a meticilina: método de difusión del disco con oxacilina (OX, 1 ug) y cefoxitin (FOX, 30 ug); screening test, concentración inhibitoria mínima (CIM) y detección de PBP2a, utilizando la presencia del gen mecA como método de referencia, se procesaron 286 cepas de S. aureus. Se determinó la sensibilidad (SEN), especificidad (ESP), valor predictivo positivo (VPP), valor predictivo negativo (VPN) y eficiencia (EFC) de cada uno de los métodos. Se obtuvo un total de 50 cepas resistentes a oxacilina, PBP2a positivos (mecA positivos). La sensibilidad del disco de OX fue de 99.14 por ciento y la de FOX fue de 100 por ciento. La SEN, VPP, VPN y EFC de los otros métodos fue de 100 por ciento. Todas, a excepción del método de difusión del disco de OX (ESP de 99.14), resultaron 100 por ciento específicos.

Detecting methicillin resistance is complicated due to the heterogeneity of its phenotypic expression, making its detection difficult in the laboratory; this has led to the development of several techniques to increase its expression in vitro. Four techniques for detecting methicillin resistance were evaluated: the disk diffusion method with oxacillin (OX, 1 ug) and cephoxitin (FOX, 30 ug); the screening test, minimum inhibitory concentration (MIC) and detection of PBP2a, using the presence of mecA gen as a reference method; 286 strains of S. aureus, were processed. The sensibility (SEN), specificity (SPE), positive predictive value (PPV), negative predictive value (NPV) and efficiency (EFC) of each method were determined. A total of 50 oxacillin resistant, PBP2a positive (mecA positive) strains were obtained. Sensibility of the OX disk was 99.14 percent; and of the FOX disk was 100 percent. The SEN, PPV, NVP and EFC of the other methods were 100 percent. All the tests, except the OX disk diffusion method (99.14 percent of ESP), were 100 percent specific.