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1.
Rev. MVZ Córdoba ; 25(1): 34-41, ene.-abr. 2020. tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1279652

ABSTRACT

RESUMEN Objetivo. Caracterizar y asociar el polimorfismo FecB con la prolificidad natural en los biotipos de Ovino de Pelo Colombiano (OPC) Etíope y Sudán. Materiales y métodos. En 300 nacimientos provenientes de 167 ovejas de OPC, de los biotipos, Sudán (n=73) y Etíope (n=94), se midió el efecto del genotipo FecB, y de los factores no genéticos: número de parto de la madre, el padre, la época y el año de concepción, sobre la prolificidad natural (coderos/hembra/parto). Para esto, los animales fueron genotipados por PCR-RFLP (Avail) para FecB y los registros productivos del rebaño fueron analizados. Se calcularon las frecuencias alélicas y genotípicas, las cuales junto con los factores no genéticos fueron asociados a la prolificidad usando un modelo GLM de efectos fijos. Resultados. El alelo FecBB presentó menor frecuencia (0.379±0.152) que el alelo FecB+ (0.622±0.152) para todo el OPC. Estas frecuencias variaron (p<0.05) entre biotipos (Sudán: 0.486, Etíope: 0.271), lo mismo ocurrió con el genotipo FecBBB (0.078 en Etíope y 0.236 en Sudán). El genotipo FecB++ fue más frecuente en Etíope (0.526) y el genotipo heterocigoto en Sudán (0.5) y para el OPC (0.448±0.070). No se encontraron diferencias significativas entre biotipos para los factores no genéticos. La prolificidad varió (p<0.05) entre biotipos (1.45±0.22 en Etíope y 1.34±0.03 en Sudán), con un promedio de 1.40±0.11 para el OPC. Ninguno de los factores no genéticos al igual que los genotipos FecB afectaron la prolificidad natural del OPC (p>0.05). Sin embargo, esta fue más alta en el genotipo FecBBB. Conclusiones. El locus estudiado fue polimórfico. La prolificidad no se afectó por los factores no genéticos ni por el genotipo FecB. Estos resultados podrían ser utilizados en planes de selección asistida para aumentar la productividad del OPC.


ABSTRACT Objective. Characterize and associate the FecB polymorphism with the natural prolificacy in the biotypes of Colombian creole sheep (OPC) Etíope and Sudán. Materials and methods. At 300 births from 167 OPC sheep, from the biotypes, Sudan (n = 73) and Ethiopian (n = 94), the effect of the FecB genotype was measured, and of the non-genetic factors: number of parturitions of the mother, the father, the season and the year of conception, on the natural prolificacy (litter size). For this, the animals were genotyped by PCR-RFLP (Avail) for FecB and the productive records of the herd analyzed. The allelic and genotypic frequencies were calculated, which, together with the non-genetic factors, were associated with litter size using a fixed-effect GLM model. Results. The FecBB allele presented lower frequency (0.379±0.152) than the FecB+ allele (0.622±0.152) for the whole OPC. These frequencies varied (p<0.05) between biotypes (Sudán: 0.486, Etíope: 0.271), the same occurred with the FecBBB genotype (0.078 in Etíope and 0.236 in Sudán). The FecB++ genotype was more frequent in Etíope (0.526) and the heterozygous genotype in Sudán (0.5) and for the OPC (0.448±0.070). No significant differences were found between biotypes for non-genetic factors. The prolificacy varied (p<0.05) between biotypes (1.45±0.22 in Etíope and 1.34±0.03 in Sudán), with an average of 1.40±0.11 for the OPC. None of the non-genetic factors, as well as the FecB genotypes, affected the litter size of the OPC (p>0.05). However, this was higher in the FecBBB genotype. Conclusions. The lucus studied was polymorphic. The litter size was not affected by non-genetic factors or the FecB genotype. These results can be used in assisted selection plans to increase OPC productivity.


Subject(s)
Sheep
2.
Rev. MVZ Córdoba ; 24(1): 7113-7118, ene-abr. 2019. tab
Article in English | LILACS | ID: biblio-1013270

ABSTRACT

ABSTRACT Objetive. Characterize the genetic polymorphism type SNPs in the calpain (CAPN) and calpastatin (CAST) genes of Colombian creole hair sheep (OPC). Materials and methods. In 300 individuals belonging to two OPC subpopulations from the departments of Sucre (SC) and Valle del Cauca (VC) were genotyped by PCR-RFLP (MspI) for the CAST locus and by PCR-SSCP for the CAPN locus. The allelic and genotypic frequencies, the observed (Ho) and expected heterozygosity (He), the fixation index (F) and the deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were calculated and a molecular analysis of variance to estimate the values of FST, FIS and FIT. Results. In the CAST locus, the MM genotype was the most frequent (83.9±1.1%), followed by the other genotypes (MN: 15.5±1.1, NN: 6.0±0.0%) and the allelic frequency of M (91.7±0.4%) exceeded that of N (8.3±0.4%). For the CAPN locus the heterozygous genotype (48.2±0.7%) was the most frequent, the other genotypes presented frequencies TT:44.7 ± 1.9 and CC:7.0 ± 1.4%. The T allele reached a frequency of 68.8±1.5% (C: 31.3±1.5%). Similar percentages of allelic and genotypic frequencies were found in the subpopulations. The He was less than the Ho in both loci, with negative values of F and deviations of EHW only in CAPN. All the variation found was due to differences within the individuals, with non-significant values (p>0.05) of FST, FIS, and FIT (0.002, -0.093 and -0.095, respectively). Conclusions. The loci studied has high variability, these results can be used for future gene-assisted selection plans to increase OPC productivity.


RESUMEN Objetivo. El propósito del presente estudio fue caracterizar el polimorfismo genético tipo SNPs en los genes calpaína (CAPN) y calpastatina (CAST) en el ovino de pelo criollo colombiano (OPC). Materiales y métodos. 300 individuos pertenecientes a dos subpoblaciones de OPC de los departamentos de Sucre (SC) y Valle del Cauca (VC) fueron genotipados por PCR-RFLP (MspI) para el locus CAST y por PCR-SSCP para el locus CAPN. Se calcularon las frecuencias genotípicas, alélicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice de fijación (F), los desvíos del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y un análisis de varianza molecular para estimar los valores de FST, FIS y FIT. Resultados. En el locus CAST, el genotipo MM fue el más frecuente (83.9±1.1%), seguido por los otros genotipos (MN: 15.5±1.1; NN:6.0±0.0%) y la frecuencia alélica de M (91.7±0.4%) superó la del N (8.3±0.4%). Para el locus CAPN el genotipo heterocigoto (48.2±0.7%) fue el más frecuente; los otros genotipos presentaron frecuencias de TT:44.7±1.9 y CC:7.0±1.4%. El alelo T alcanzó una frecuencia de 68.8±1.5% (C:31.3±1.5%). Similares frecuencias alélicas y genotípicas se encontraron en las subpoblaciones. La He fue menor que la Ho en ambos loci, con valores negativos de F y desvíos de EHW solo en CAPN. Toda la variación encontrada fue debida a diferencias dentro de los individuos, con valores no significativos (p>0.05) de FST, FIS y FIT (0.002, -0.093 y -0.095, respectivamente). Conclusiones. Los loci estudiados tiene alta variabilidad, estos resultados pueden ser utilizados para futuros planes de selección asistida por genes para aumentar la productividad del OPC.


Subject(s)
Animals , Polymorphism, Genetic , Sheep , Calpain
3.
Rev. med. vet. (Bogota) ; (35): 93-101, jul.-dic. 2017. graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-902140

ABSTRACT

Resumen El objetivo de este trabajo fue evaluar la diversidad genética de las poblaciones de palomas domésticas (Columba livia) por medio del uso de genes que codifican la coloración y diseño del plumaje, en Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Se realizaron muestreos aleatorios en cinco colonias de Ciénaga de Oro, en el periodo comprendido entre junio y agosto de 2015. Mediante excursiones urbanas, observación directa y registros fotográficos, se estudiaron 325 palomas. Se utilizaron los marcadores autosómicos que codifican la coloración y diseño del plumaje: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) y el locus ligado al sexo Ash-Red (B). Los parámetros genéticos -frecuencia alélica, diversidad genética, equilibrio Hardy-Weinberg y estructura poblacional- fueron calculados con el programa PopGene 1.31. La estructura genética y la distancia genética se evaluaron mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2. La elaboración del dendrograma se realizó con el programa MEGA 5.2. El marcador de mayor frecuencia alélica fue Spread, mientras que el marcador Ash-Red presentó los valores más bajos. Se obtuvo escasa diferenciación genética entre las poblaciones y un elevado flujo génico. Se observó un exceso de heterocigotos; a esto se le suma la ausencia de equilibrio Hardy-Weinberg. Se evidenció posible selección natural para el marcador Spread.


Abstract This study aimed to evaluate the genetic diversity of domestic pigeon populations (Columba livia), using genes that are responsible for encoding plumage color and design, in Ciénaga de Oro (Córdoba, Colombia). Random samplings were performed in 5 colonies of Ciénaga de Oro from June to August 2015. By means of urban excursions, direct observation and photographic records, 325 pigeons were studied. Autosomal markers encoding plumage color and design were used: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C), and the sex-linked Ash-Red locus (B). Genetic parameters-allele frequency, genetic diversity, Hardy-Weinberg equilibrium, and population structure-were calculated using the PopGene 1.31 program. Genetic structure and genetic distance were evaluated using the FSTAT v. 2.9.3.2 program. A dendrogram was elaborated using the MEGA 5.2 program. The marker with the highest allele frequency was Spread, while the Ash-Red marker showed the lowest values. Little genetic differentiation between populations and high gene flow were obtained. An excess of heterozygotes was observed, in addition to the absence of Hardy-Weinberg equilibrium. A possible natural selection for the Spread marker was evidenced.


Resumo O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade genética das populações de pombos domésticos (Columba livia) por meio do uso de genes que codificam a coloração e desenho da plumagem, em Ciénaga de Oro (Córdoba, Colômbia). Se realizaram amostragens aleatórias em 5 colônias de Ciénaga de Oro, no periodo compreendido entre junho e agosto de 2015. Mediante excursões urbanas, observação direta e registros fotográficos, se estudaram 325 pombos. Se utilizaram os marcadores autossômicos que codificam a coloração e desenho da plumagem: Grizzle (G), Spread (S), Checker (C) e o locus ligado ao sexo Ash-Red (B). Os parâmetros genéticos - frequência alélica, diversidade gené tica, equilíbrio Hardy-Weinberg e estrutura populacional - foram calculados com o programa PopGene 1.31. A estrutura genética e a distância genética foram avaliadas mediante o programa FSTAT v. 2.9.3.2. A elaboração do dendrograma se realizou com o programa MEGA 5.2. O marcador de maior frequência alélica foi Spread, em quanto que o marcador Ash-Red apresentou os valores mais baixos. Obteve-se escassa diferenciação genética entre as populações e um elevado fluxo génico. Pôde-se observar um excesso de heterozigotos; a isto soma-se a ausência de equilíbrio Hardy-Weinberg. Constatou-se possível seleção natural para o marcador Spread.

4.
Rev. colomb. psiquiatr ; 41(1): 86-100, ene.-abr. 2012. ilus, graf, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-639933

ABSTRACT

Introducción: Los polimorfismos indel en la región promotora y los polimorfismos de tamaño en el intrón 2 del gen transportador de serotonina se han asociado con el trastorno afectivo bipolar 1 (TAB 1) en diferentes poblaciones. El objetivo fue analizar las frecuencias genotípicas y alélicas en ambas regiones del gen en un estudio de casos y controles en Risaralda y Quindío (Colombia) para encontrar una asociación con TAB 1 y compararlas con estudios similares. Métodos: Se analizaron 133 pacientes y 120 controles. Con PCR se analizaron los polimorfismos indel L y S de la región promotora y los de tamaño (VNTR) STin 2.10 y STin 2.12 del segundo intrón del gen SLC6A4. Resultados: Las frecuencias genotípicas y alélicas en los polimorfismos S y L fueron muy similares en casos y controles. Sin embargo, el genotipo LL se encontró incrementado no significativamente en la población general con TAB 1 (OR=1,89; IC95%= 1,1-3,68) y al separarla por género. Los OR para este genotipo en la oblación general (OR=1,89; IC95%=1,1-3,68) en mujeres (OR=2,22; IC95%=1,04-5,66) y en hombres (OR=1,62; IC95%=0,71-4,39). En los polimorfismos VNTR STin 2.10 y STin2.212 tampoco se observaron diferencias significativas entre las frecuencias genotípicas y alélicas. Conclusiones: No encontramos asociación entre los polimorfismos de las regiones 5-HTTLPR y el intrón 2 del gen transportador de serotonina en los pacientes con TAB 1, ni en la población total, ni al separarla por género. Nuestros resultados son similares a los encontrados en poblaciones caucásicas y difieren de los encontrados en asiáticas y brasileras…


Introduction: The indel polymorphisms in the promoting region and the 2nd intron polymorphisms in the serotonin transporter gene (SLC6A4) have been associated to bipolar disorder 1 (BD1) in several population studies. The objective was to analyze the genotypic and allelic frequencies in both gene regions in a study of cases and controls with individuals from Risaralda and Quindío (Colombia) so as to establish possible associations to BD1, and compare results with previous and similar studies. Methods: 133 patients and 120 controls were studied. L and S indel polymorphisms in the promoting region were analyzed by PCR, together with VNTR STin2.10 and STin 2.12 VNTRs polymorphisms in the 2nd intron of the SLC6A4 gene Results: Genotypic and allelic frequencies for the S and L polymorphisms were similar both in cases and controls. However, the LL genotype was significantly increased both in BD1 population (OR=1.89; CI95%=1.1-3.68), and when discriminated by gender. This particular genotype in general population is OR=2.22; IC95%=1.04-5.66 for women, and OR=1.62; IC 95%=0.71-4.39 for men. No significant genotypic and allelic differences were found for VNTR STin2.10 and STin 2.12. polymorphisms. Conclusions: No association was found between polymorphisms of 5-HTTLPR polymorphisms and the 2nd intron of the serotonin ransporting gene in general patients with BD1, nor when compared by gender. Our results are similar to those reported for Caucasian populations and differ from those of Asian and Brazilian populations…


Subject(s)
Case Reports , Genotype , Serotonin Plasma Membrane Transport Proteins
5.
Rev. argent. transfus ; 38(3): 199-204, 2012. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-722029

ABSTRACT

Los antígenos especifícos de neutrófilos NA1 (HNA-1a), NA2 (HNA-1b) y SH (HNA-1c) son formas alotípicas del Fc gamma RIIIb y los blancos más frecuentes de los aloanticuerpos antigranulocitarios. El objetivo de este estudio fue determinar las frecuencias alélicas de los antígenos específicos de neutrófilos pertenecientes al sistema HNA-1 en donantes de sangre y amerindios de la etnia Toba de la ciudad de Rosario, Argentina. Se genotipificaron doscientos dieciocho individuos no relacionados para HNA-1a, HNA-1b y HNA-1c mediante reacción en cadena de polimerasa con cebadores secuencia específica (PCR-SSP). Las frecuencias alélicas en los donantes de sangre para HNA-1a y HNA-1b fueron 0,44 y 0,56 respectivamente y en la población amerindia Toba fueron 0,77 y 0,23 respectivamente. El alelo HNA-1c presentó una frecuencia de 0,023 en los donantes de sangre, pero no se detectó en ninguno de los individuos amerindios estudiados. Los presentes datos mostraron que las frecuencias de los alelos que codifican al sistema HNA-1 en la población mayoritaria de Rosario y en la minoritaria amerindia Toba son similares a las descriptas en europeos y otras poblaciones amerindias distantes, respectivamente.


The neutrophil-specific antigens NA1 (HNA-1a), NA2 (HNA-1b) and SH (HNA-1c) are allotypic forms of Fc gamma RIIIb and the most frequent targets of neutrophil alloantibodies. The aim of this study was to determine to gene frequencies of the neutrophil-specific antigens bolonging to the HNA-1 system in blood donors and Toba amerindians fron Rosario, Argentina. Two hundred and eighteen unrelated individual from Rosario were typed for HNA-1a, HNA-1b and HNA-1c, using polymerase chain reaction with sequence-specific primers (PCR-SSP). For the argentinean blood donors, the HNA-1a and HNA-1b gene frequencies were 0.44 and 0.56 and for the amerindians Toba were 0.77 and 0.23 respectively. The HNA-1c gene frequency in blood donors was 0.023 but the allele was absent within the amerindian individuals. The present data showed that the HNA-1 allele frequencies in the major population and the Toba amerindian from Rosario are similar to those described in European and others distant amerindians populations, respectively.


Subject(s)
Humans , Gene Frequency , Indians, South American/genetics , Isoantigens/genetics , Neutrophils/immunology , Alleles , Argentina , Ethnicity/genetics , Population
6.
Univ. med ; 51(3): 284-289, jul.-sept. 2010. tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-601546

ABSTRACT

El análisis de marcadores del cromosoma X ha sido ampliamente usado en el área de la genética clínica, particularmente, para el análisis molecular de enfermedades ligadas al X. Recientemente, se han reconocido muchas repeticiones cortas en tándem (Short Tandem Repeats, STR) sobre este cromosoma, por su importancia en análisis forense y de paternidad. Los marcadores gonosómicos son especialmente eficientes para resolver casos difíciles, ya que las probabilidades de exclusión media son mayores que con los marcadores STR autosómicos. Objetivo. Determinar la frecuencia alélica y haplotípica de 10 marcadores STRs sobre el cromosoma X en 200 muestras de hombres no relacionados de la ciudad de Bogotá. Materiales y métodos. Se analizaron 200 muestras de sangre de hombres no emparentados nacidos en Bogotá. El ADN genómico fue extraído mediante la técnica Whatman FTA y amplificados por PCR. Los productos se analizaron en un secuenciador automático ABI Prism 310, con el software GeneMapper, versión 3.2. Resultados. Los sistemas evaluados indicaron la presencia de 6 a 11 alelos, con el mayor polimorfismo para los sistemas DXS6809 y DXS6789, seguido por el sistema DXS9902. Las frecuencias alélicas oscilaron entre 0,005 y 0,565, mientras que la frecuencia haplotípica fue de 0,005. Los parámetros forenses utilizados en este estudio reportaron que el sistema DXS7132 mostró una mayor diversidad y PD (0,832211 y 0,82805) respectivamente indicando que este sistema es altamente informativo; el sistema que presentó menor diversidad y PD fue el sistema DXS7133. Conclusión. Los diez marcadores analizados en este estudio permiten la genotipificación simultánea de los 10 STRs en solo una PCR, adicionalmente se evidenció que los marcadores analizados son ampliamente informativos y que su utilización puede ser de gran aporte en la práctica forense, particularmente en los casos de parentesco u otras deficiencias.


X chromosome markers analysis has been used widely in the clinical genetics area, particularly in molecular diseases X-linked analysis. Recently, many short tandem repeats (Short Tandem Repeats, STRs) on this chromosome has been recognized, by importance in forensic and paternity analysis. The gonosomal markers are particularly efficient resolve difficult cases, since the odds of half exclusion outweigh the STR autosomes markers. Objective. Determine the allelic frequency and haplotype frequency of 10 STRs markers located on the X chromosome, in 200 samples of unrelated men in the Bogotá city. Materials and methods. 200 blood samples were analyzed from unrelated males born in Bogotá. DNA extraction was performed using the Whatman FTA technique and PCR amplified. The products were analyzed in automatic sequencer ABI Prism 310, software GeneMapper, version 3.2. Results. The systems tested, showed of 6-11 alleles, with greater polymorphism DXS6809 and DXS6789 systems and this followed for DXS9902 system. The range of Allele frequencies from 0.005 to 0.565, while the haplotype frequency was 0.005. The forensic parameters used in this study, reported that the DXS7132 system showed greater diversity and PD (0.832211 and 0.82805) respectively, suggesting that this system is highly informative, the system had lower PD and diversity DXS7133 system. Conclusion. The ten analyzed markers in this study allow simultaneous genotyping of 10 STRs in only one PCR additionally revealed that informative markers are widely analyzed and their use can greatly contribute in forensics practice, particularly in cases of family or other deficiencies.


Subject(s)
X Chromosome , Gene Frequency
7.
Rev. cient. (Maracaibo) ; 20(2): 176-180, mar. 2010. ilus, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-631058

ABSTRACT

Con el objeto de caracterizar el gen de la beta-lactoglobulina (BLG) en la raza Criollo Limonero, se utilizó la técnica PCR-RFLP en 163 animales puros de la estación local Carrasquero (Carrasquero-estado Zulia), los genotipos fueron determinados a través de electroforesis en geles de agarosa. Las frecuencias obtenidas del locus de la BLG fueron A (0,22) y B (0,78) y las frecuencias genotípicas fueron AA (0,07 ); AB (0,29) y BB (0,64), la población estudiada se encuentra en equilibrio de Hardy-Weinberg (P<0,05), los resultados indican que la frecuencia alélica del alelo B fue más alta que la de A, siendo esto importante, ya que se han determinado los efectos de esta variante alélica de la BLG sobre la cantidad de grasa y proteínas en la leche, la selección a favor del alelo B en la población conllevará a una mejora en la calidad y rendimiento en la producción de queso, estos resultados representan un valioso aporte al conocimiento de esta raza y de su importancia, ya que, representa una alternativa para sistemas dirigidos a la producción de queso.


In order to characterize the beta-lactoglobulina gene (BLG) in the Limonero Creole cattle through PCR-RFLP technique, 163 purebreed animals were used from the Carrasquero local station (Carrasquero-Zulia State), genotypes were determined through gel electroforesis in agarosa. Gene and genotypic frequencies obtained were A (0.22) and B (0.78) and AA (0.07), AB (0.24) and BB (0.64) respectively, the population is in equilibrium of Hardy-Weinberg with (P<0.05), the results indicate that the alelic frequency of was more high B but that A, being this important one, since the effects of the variants of the BLG on the amount of fat and proteins in milk have been determined, the selection in favor of allele B in the population will entail to an improvement in the quality and yield in the cheese production, these results represent a valuable contribution the knowledge of this race and its importance, since, represents an alternative for systems directed to the cheese production.

8.
Colomb. med ; 40(4): 361-372, nov.-dic. 2009. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: lil-573462

ABSTRACT

Introducción: El fenómeno de sub-estructura en las poblaciones ha tenido desde hace varios años un abordaje amplio, que se enfocó, entre otros, en la identificación y cuantificación de la mezcla étnica presente en estudios de mapeo asociativo, para comprobar la asociación de marcadores polimórficos en el desarrollo de enfermedades comunes complejas, como responsable de falsos positivos. No obstante el reconocimiento de este problema, no se tiene suficiente información genética en el contexto nacional ni local que permita determinar la posible diferenciación de subgrupos poblacionales en cada región en particular. Objetivo: Determinar la estructura genética en una muestra poblacional de la ciudad de Bucaramanga, a partir del análisis de 19 marcadores microsatélites autosómicos en distintos subgrupos poblacionales. Metodología: De la base de datos del Laboratorio de Genética Humana de la Universidad Industrial de Santander, se seleccionaron aleatoriamente 350 muestras de ADN, y se amplificaron 19 marcadores autosómicos Short Tandem Repeat mediante los "kits Powerplex® 16 y FFFL (Promega)".Resultados: En el análisis de equilibrio Hardy Weinberg, no se obtuvieron diferencias estadísticamente significativas en 18 de 19 marcadores Short Tandem Repeat autosómicos analizados en la población de Bucaramanga. El único marcador que mostró no estar en equilibrio Hardy Weinberg en la población de Bucaramanga fue el F13B (valor de significancia de p=0.00264, después de aplicar la corrección de Bonferroni). Discusión: Las poblaciones representadas en los seis estratos socioeconómicos mostraron alta diversidad genética intragrupos, que ratificó una alta variabilidad entre los individuos de la ciudad de Bucaramanga, acorde con el bajo valor de FST entre distintos grupos, determinado en el análisis molecular de varianza con base en frecuencias alélicas observadas para los 19 Short Tandem Repeat analizados.


Introduction: The phenomenon of substructure in the populations has been greatly analyzed for several years, and it has been focused especially on the identification and quantification of ethnic mixture present in studies of associative mapping to verify the association of polymorphic markers in the development of complex and common diseases responsible for false positives. Nevertheless, despite the recognition of this issue, there is insufficient genetic information within the national or local contexts that allow assessing the possible differentiation of population sub-groups in each particular region. Objective: To determine the genetic structure in the city of Bucaramanga through the analysis of 19 autosomal microsatellite markers in different subgroups of the population. Methodology: A total of 350 DNA samples were randomly selected from the database of the Human Genetic Laboratory at Universidad Industrial de Santander by using Epi Info version 6.04 2001. Also, 19 Short Tandem Repeat markers were amplified using "kits Powerplex® 16 and FFFL (Promega)". Results: In the Hardy Weinberg equilibrium analysis (100 steps in Markov chain and 1000 dememorization steps), no statistically significant differences in 18 out of the 19 analyzed STRs markers in the population of Bucaramanga were obtained. A unique marker that proved not present in HWE in the population of Bucaramanga was the F13B (for a significance value of p=0.00264, after applying the Bonferroni correction). Discussion: The populations represented in the six socioeconomic levels presented high genetic diversity intragroups, which ratified the high variability among the individuals in this city according to the low value of FST for different groups, determined via the molecular analysis of variance based on the allelic frequencies observed for the 19 analyzed Short Tandem Repeats.


Subject(s)
Genetic Association Studies , Population Groups/ethnology , Population Groups/genetics , Population Studies in Public Health , Population/genetics
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