ABSTRACT
ABSTRACT Objetive. Characterize the genetic polymorphism type SNPs in the calpain (CAPN) and calpastatin (CAST) genes of Colombian creole hair sheep (OPC). Materials and methods. In 300 individuals belonging to two OPC subpopulations from the departments of Sucre (SC) and Valle del Cauca (VC) were genotyped by PCR-RFLP (MspI) for the CAST locus and by PCR-SSCP for the CAPN locus. The allelic and genotypic frequencies, the observed (Ho) and expected heterozygosity (He), the fixation index (F) and the deviations from the Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) were calculated and a molecular analysis of variance to estimate the values of FST, FIS and FIT. Results. In the CAST locus, the MM genotype was the most frequent (83.9±1.1%), followed by the other genotypes (MN: 15.5±1.1, NN: 6.0±0.0%) and the allelic frequency of M (91.7±0.4%) exceeded that of N (8.3±0.4%). For the CAPN locus the heterozygous genotype (48.2±0.7%) was the most frequent, the other genotypes presented frequencies TT:44.7 ± 1.9 and CC:7.0 ± 1.4%. The T allele reached a frequency of 68.8±1.5% (C: 31.3±1.5%). Similar percentages of allelic and genotypic frequencies were found in the subpopulations. The He was less than the Ho in both loci, with negative values of F and deviations of EHW only in CAPN. All the variation found was due to differences within the individuals, with non-significant values (p>0.05) of FST, FIS, and FIT (0.002, -0.093 and -0.095, respectively). Conclusions. The loci studied has high variability, these results can be used for future gene-assisted selection plans to increase OPC productivity.
RESUMEN Objetivo. El propósito del presente estudio fue caracterizar el polimorfismo genético tipo SNPs en los genes calpaína (CAPN) y calpastatina (CAST) en el ovino de pelo criollo colombiano (OPC). Materiales y métodos. 300 individuos pertenecientes a dos subpoblaciones de OPC de los departamentos de Sucre (SC) y Valle del Cauca (VC) fueron genotipados por PCR-RFLP (MspI) para el locus CAST y por PCR-SSCP para el locus CAPN. Se calcularon las frecuencias genotípicas, alélicas, la heterocigocidad observada (Ho) y esperada (He), el índice de fijación (F), los desvíos del equilibrio de Hardy-Weinberg (EHW) y un análisis de varianza molecular para estimar los valores de FST, FIS y FIT. Resultados. En el locus CAST, el genotipo MM fue el más frecuente (83.9±1.1%), seguido por los otros genotipos (MN: 15.5±1.1; NN:6.0±0.0%) y la frecuencia alélica de M (91.7±0.4%) superó la del N (8.3±0.4%). Para el locus CAPN el genotipo heterocigoto (48.2±0.7%) fue el más frecuente; los otros genotipos presentaron frecuencias de TT:44.7±1.9 y CC:7.0±1.4%. El alelo T alcanzó una frecuencia de 68.8±1.5% (C:31.3±1.5%). Similares frecuencias alélicas y genotípicas se encontraron en las subpoblaciones. La He fue menor que la Ho en ambos loci, con valores negativos de F y desvíos de EHW solo en CAPN. Toda la variación encontrada fue debida a diferencias dentro de los individuos, con valores no significativos (p>0.05) de FST, FIS y FIT (0.002, -0.093 y -0.095, respectivamente). Conclusiones. Los loci estudiados tiene alta variabilidad, estos resultados pueden ser utilizados para futuros planes de selección asistida por genes para aumentar la productividad del OPC.
Subject(s)
Animals , Polymorphism, Genetic , Sheep , CalpainABSTRACT
La diabetes tipo 2 (DT2) es elevada en Yucatán; 52% de los afectados presentan falla al tratamiento con sulfonilureas y metformina. Una posible explicación es por polimorfismos en los genes IRS1, CAPN10, PPARG2, involucrados en la disfunción de la célula b pancreática y respuesta baja a la acción de insulina. Se determinó la asociación de los polimorfismos Gly972Arg, SNP43 y Pro12Ala con el riesgo a la falla al tratamiento con sulfonilurea y metformina, en pacientes con DT2 de Yucatán, México. Se estudiaron ciento treinta y dos pacientes, clasificados con base al control de la hiperglucemia con sulfonilureas y metformina, en grupos de respondedores (HbA1c<8%) y no respondedores (HbA1c > 8%) al tratamiento. De cada sujeto, se obtuvieron datos demográficos, antropométricos, clínicos y metabólicos. Los polimorfismos se identificaron mediante el análisis del ADN por PCR/RFLP y PCR/OAL. Se calcularon las frecuencias genotípicas y alélicas y el equilibrio de Hardy-Weinberg. Se analizó estadísticamente con X² y regresión logística múltiple (Epi-Info 2000 y SPSS versión 12). Se observó diferencia significativa (p = 0,027) en el riesgo a la falla al tratamiento 4,69 veces mayor en sujetos obesos con genotipo AA SNP43, comparado con sujetos con genotipo GA: X² (OR= 4,69, IC: 1,15-20,59) y regresión logística múltiple, p= 0,048, (OR= 3,72, IC: 1,009-13,718). Se identificó interacción entre el genotipo AA y el IMC>27 (p=0,009). Los hallazgos sugieren que el polimorfismo SNP43 podría influir en la respuesta al tratamiento con sulfonilureas y metformina, con expresión dependiente de obesidad.
In Yucatán, 52% of patients with type 2 diabetes (DT2) present secondary failure to treatment associated with sulphonylurea and metformin. A possible explanation may be due to polymorphisms in the genes IRS1, CAPN10, PPARG2, which are involved in pancreatic b cell dysfunction and a poor response to the action of insulin. The association of the polymorphisms Gly972Arg, SNP43, and Pro12Ala, of the genes IRS1, CAPN10, PPARG2, with the risk of failure to sulphonylurea and metformin therapies was determinated in patients with DT2 in Yucatán, México. One hundred and thirty and two subjects with DT2 were classified in groups of responders (HbA1c< 8%) and non-responders (HbA1c> 8%) to the treatment, according to the control of hyperglucemia with sulphonylurea and metformin. Demographic, anthropometric and metabolic data were obtained from each subject. The polymorphisms were identified by means of DNA analysis by PCR/RFLP and PCR/OAL. Genotypic and allelic frequencies and the Hardy-Weinberg equilibrium were determined. Statistical analyses consisted of X² and multiple logistic regression tests (Epi-Info 2000 and SPSS version 12). Obese subjects carrying the genotype AA SNP43 showed 4.69 times more risk of failure to respond to treatment (p=0.027), when compared with subjects sharing GA genotype: X² (OR= 4.69, IC: 1.15-20.59) and multiple logistic regression, p= 0.048, (OR= 3.72, IC: 1.009-13.718). The interaction between genotype AA and the BMI> 27 showed also a significant difference (p=0.009). The findings suggest the fact that polymorphism SNP43 may influence the response to treatment with sulphonylurea and metformin, the expression being dependent on obesity.