Presence of bovine leukemia virus genotypes 1 and 3 in antioquia, colombia / Presencia de los genotipos 1 y 3 del virus de la leucosis bovina en antioquia, colombia

SUMMARY Bovine leukemia virus (BLV) is an immunosuppressant retrovirus that primarily affects dairy livestock, its target cells are B lymphocytes in which it integrates its genome infecting cattle for life. It is important to identify the distribution of the BLV in the region and to reconstruct its evolutionary history through phylogenetic trees, for the province of Antioquia this is the first report of the BLV genotypes. The aim of this study was to identify the genotype of BLV circulating in dairy cattle of different regions of the province of Antioquia, Colombia. DNA was extracted from 8 Holstein cows. Nested PCR was performed to amplify a fragment of 444 pb of the env gene. The env viral gene codes for surface protein gp51, gene is highly conserved and it is used for phylogenetic analysis. Obtained amplicons were sequenced, manually aligned in MEGA V7 program, and compared to 53 viral env gene sequences registered in GenBank. Phylogenetic analysis was performed by Maximum Likelihood and Bayesian methods. Two circulating genotypes were found: the most common genotype was 1, found in seven samples; they grouped with sequences from EE. UU, Argentina and Japan; only one sample was classified as genotype 3 and was grouped with samples from EE. UU and Japan. At least two genotypes (1 and 3) of BLV are circulating in Antioquia; however, more cattle and herds should be evaluated to elucidate the diversity and distribution of BLV in Colombia.

RESUMEN El virus de la leucosis bovina (BLV) es un retrovirus inmuno-supresor que afecta, principalmente, al ganado lechero; sus células diana son los linfocitos B, en los cuales, integra su genoma, infectando al ganado de por vida. Es importante identificar la distribución del BLV en la región y reconstruir su historia evolutiva, a través de árboles filogenéticos; para el departamento de Antioquia, este es el primer reporte de los genotipos del BLV. El objetivo de este estudio fue identificar el genotipo de BLV que circula en ganado lechero de diferentes regiones del departamento de Antioquia, Colombia. Se extrajo ADN de 8 vacas Holstein. Se realizó una PCR anidada, para amplificar un fragmento del gen env de 444 pb. El gen env viral codifica la proteína de superficie gp51, altamente conservado y es usado en análisis filogenéticos. Los amplicones obtenidos se secuenciaron, se alinearon manualmente en el programa MEGA V7 y se compararon con 53 secuencias del gen env viral, registradas en GenBank. El análisis filogenético, se realizó por métodos de Máxima Verosimilitud y Bayesianos. Se encontraron dos genotipos circulantes: el genotipo más común fue 1, hallado en siete muestras, agrupadas con secuencias de EE. UU, Argentina y Japón; solo una muestra se clasificó como genotipo 3 y se agrupó con muestras de EE. UU y Japón. Al menos dos genotipos (1 y 3) de BLV están circulando en Antioquia; sin embargo, se deben evaluar más bovinos y hatos para elucidar la diversidad y la distribución de BLV en Colombia.

Molecular analysis of a fragment of bovine leukemia virus env gene by Nested-PCR in dairy cows from Pasto, Nariño / Análisis molecular de un fragmento del gen env del virus de leucosis bovina, por PCR anidada en vacas lecheras de Pasto, Nariño / Análise molecular pela reação em cadeia da polimerase de um fragmento do gene env do vírus de leucose bovina aninhada em vacas leiteiras de Pasto, Nariño

Abstract: Introduction: Routine diagnosis for bovine leukemia is performed using indirect serologic tests, although it is recommended to use polymerase chain reaction (PCR), which allows a reliable diagnosis in early stages and in young animals. Moreover, by amplifying the DNA, it is possible to sequence fragments of the virus, which allows to identify genotypes and to construct phylogenetic trees. Objective: To analyze a fragment of the env gene of bovine leukemia virus (BLV) isolated from indirect ELISA-positive animals in dairy farms in the municipality of Pasto (Nariño). Materials and methods: Once the presence of BLV was established in 48 animals over two years old in seven dairy farms in the municipality of Pasto by indirect ELISA test, a nested PCR test was performed to confirm diagnosis and to sequence a fragment of the env gene in positive animals and their daughters. The sequences obtained were compared with the seven genotypes described worldwide by MEGA 6 program. Results: The sequences of the compared fragments do not differ from those described; but they allow their grouping into different clusters according to their similarity. The genotypes found in these farms correspond to genotype 1 and 2 described in the literature. Conclusions: Only one genotype was found on farms with proper recovery and adequate biosecurity measures, and on farms with less control in management and recovery practices, both genotypes described for the region were evident.

Resumen: Introducción: El diagnóstico de rutina para la leucosis bovina se realiza con pruebas serológicas indirectas, aunque se recomienda usar la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), que permite un diagnóstico confiable en fases iniciales y en animales jóvenes. Además, mediante la amplificación del ADN se pueden secuenciar fragmentos del virus, que permite identificar los genotipos presentes y construir árboles filogenéticos. Objetivo: Analizar un fragmento del gen env del virus de leucosis bovina (VLB) aislado de animales positivos a ELISA indirecta en fincas lecheras del municipio de Pasto, Nariño. Materiales y métodos: Una vez establecida la presencia del VLB en 48 animales mayores de dos años en siete fincas lecheras del municipio de Pasto mediante la prueba de ELISA indirecta, se realizó una prueba de PCR anidada para confirmar el diagnóstico y secuenciar un fragmento del gen env en los animales positivos y sus hijas. Las secuencias obtenidas se compararon con los siete genotipos descritos en el mundo mediante el programa MEGA 6. Resultados: Las secuencias de los fragmentos comparados no difieren de las descritas; pero permiten su agrupación en diferentes clústeres de acuerdo con su similitud. Los genotipos encontrados en estas fincas corresponden al genotipo 1 y 2 descritos en la literatura. Conclusiones: En las fincas con reposición propia y adecuadas medidas de bioseguridad solo se encontró un genotipo y en las fincas con menor control en las prácticas de manejo y de reposición se encontraron los dos genotipos descritos para la región.

Resumo: Introdução: O diagnóstico de rotina para a leucose bovina se realiza com provas serológicas indiretas, mesmo que se recomenda usar a reação em cadeia da polimerase (PCR), que permite um diagnóstico confiável em fases iniciais e em animais jovens. Além do mais, mediante a amplificação do ADN se podem sequenciar fragmentos do vírus, que permite identificar os genótipos presentes e construir árvores filogenéticas. Objetivo: Analisar um fragmento do gene env do vírus de leucose bovina (VLB) isolado de animais positivos a ELISA indireta em fazendas leiteiras do município de Pasto, Nariño. Materiais e métodos: Uma vez estabelecida a presença do VLB em 48 animais maiores de dois anos em sete fazendas leiteiras do município de Pasto mediante a prova de ELISA indireta, se realizou uma prova de PCR aninhada para confirmar o diagnóstico e sequenciar um fragmento do gene env nos animais positivos e suas filhas. As sequências obtidas foram compararam com os sete genótipos descritos no mundo mediante o programa MEGA 6. Resultados: As sequências dos fragmentos comparados não diferem das descritas; mas permitem a sua agrupação em diferentes clusters de acordo com sua similitude. Os genótipos encontrados nestas fazendas correspondem ao genótipo 1 e 2 descritos na literatura. Conclusões: Nas fazendas com reposição própria e adequadas medidas de biossegurança somente se encontrou um genótipo e nas fazendas com menos controle nas práticas de manejo e de reposição se encontraram os dois genótipos descritos para a região.