Distribución de genotipos del virus de hepatitis C en la población Argentina / Distribution of hepatitis C virus genotypes in an Argentine population / Distribuição dos genótipos do vírus da hepatite C na população Argentina

Mundialmente se han identificado 6 genotipos (1 al 6) del virus de la hepa­titis C (HCV). Dichos genotipos se subdividen en diferentes subtipos (a, b, c y otros). La respuesta al tratamiento instaurado depende del genotipo del virus infectante. El objetivo del trabajo fue determinar la frecuencia de los diferentes genotipos del HCV en la población de Argentina. Se estudiaron 510 pacientes infectados con HCV; la genotipificación del virus se realizó utilizando el equipo Versant HCV genotype assay 2.0 (LiPA). Los resultados obtenidos indican que el genotipo predominante del HCV en Argentina es el 1 (67,6%), con una prevalencia similar de subtipos 1a y 1b (33,3% y 34,5%, respectivamente). Se observó también una frecuencia similar de los genotipos 2 y 3 (14,5% cada uno). Con este estudio se actualizan los datos de las frecuencias de los diferentes genotipos de HCV que circulan en Argentina utilizando la nueva versión del reactivo para diagnóstico, el cual permitió una correcta subtipificación de las muestras.

Six hepatitis C virus genotypes have been identified worldwide so far. The­se genotypes have been subclassified into different subtypes (a, b, c and others). It is known that the response to treatment is highly dependent on the genotype involved. The aim of this work was to assess the frequency of occurrence of the different HCV genotypes in the population of Argentina. To this end, 510 infected patients were subjected to HCV genotyping using the commercial kit Versant HCV genotype assay 2.0. Results indicated that the genotype 1 was the most frequent (67.6%), and that subtypes 1a and 1b showed a similar prevalence (33.3% and 34.5%, respectively). Genotypes 2 and 3 also displayed a similar frequency (14.5% and 14.5% respectively). This study provides an update regarding the frequency of all HCV genotypes circulating in Argentina. The results were obtained by the novel version of the genotyping kit, which enabled a correct subtyping of samples.

Globalmente foram identificados 6 genótipos (1 ao 6) do vírus da hepatite C (HCV). Estes genótipos são subdivididos em vários subtipos (a, b, c, etc.). A resposta ao tratamento depende do genótipo do vírus infectante. O objetivo do estudo foi determinar a freqüência dos diferentes genótipos do HCV na população Argentina. Foram estudados 510 pacientes infectados com o HCV, a genotipagem do vírus foi realizada utilizando o kit Versant HCV genotype assay 2.0 (LiPA). Os resultados obtidos indicam que o genótipo predominante na Argentina é o tipo 1 (67,6%), observando-se uma prevalência dos subtipos 1a e 1b (33,3% e 34,5% respectivamente). Observou-se também uma freqüência semelhante do genótipos 2 e 3 (14,5% e 14,5% respectivamente). Este estudo atualiza os dados das freqüências dos diferentes genótipos do HCV em circulação na Argentina usando a nova versão do kit, o que permitiu uma correta subtipagem das amostras.

Evaluación de una técnica de hibridación reversa para identificación rápida de micobacterias en Chile / Evaluation of a reverse hybridization assay for the identification of Mycobacterium in Chile

Objective: Identification for Mycobacterium assay based in the new technology of reverse hybridization DNA probe assay was evaluated (Line Probe Assays-LiPAs). Methods: 74 strains belonging to 23 mycobacterial species or complex classified previously by classical biochemical methods, genetic probes and PRA (patterns of restriction analysis), with and without specific pattern expected to be identified at specie level were analysed.The utilized test, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), is able of identifying 14 of the most common mycobacterial species after a multiplex PCR technique targeting a 23S rRNA gene region followed by reverse hybridization technology. Results: Sensitivity of 94.0 percent (95 percent CI: 84.4-98.0 percent) and specificity of 88.0 percent (95 percent CI:46.7-99.3 percent) were obtained with the assay. Conclusion: GenoType CM is an appropriated tool for the identification of Mycobacteria, rapid, sensitive, operational in the current working conditions of the National Reference Laboratory of Mycobacteria in Chile and it might constitute a real breakthrough for shortening the time delay in the procedure, providing a better opportunity to use treatment only in cases where it is required.

Objetivos: Se evalúa una técnica para la identificación de micobacterias basada en la nueva tecnología de hibridación en tiras con sondas (Line Probe Assays-LiPAs). Métodos: Se analizaron 74 cepas, correspondientes a 23 especies y/o complejos, preclasificadas mediante pruebas bioquímicas tradicionales, sondas genéticas y PRA (análisis de patrones de restricción), identificables y no identi-ficables a nivel de especie por el kit utilizado. El kit evaluado, GenoType CM (Hain Lifescience, Nehren, Alemania), permite la identificación genética molecular de 14 de las especies micobacterianas más comunes, mediante una PCR múltiple e hibridación reversa del producto en tiras con sondas de regiones genéticas de ARNr de 23S. Resultados: Con la utilización de este ensayo para identificación de Micobacterias se obtuvo 94,0 por ciento(CI95 por ciento 84,4-98,0) de sensibilidad y 88,0 por ciento (CI95 por ciento 46,7-99,3) de especificidad totales. Conclusiones: Se concluye que GenoType CM constituye una herramienta adecuada para la identificación de micobacterias, rápida, sensible, operativa en las actuales condiciones de trabajo del Laboratorio de Referencia Nacional de Micobacterias en Chile y que podría constituir un avance para el acortamiento en los tiempos que demora el proceso, lo que implica una mejor oportunidad de aplicación de tratamiento sólo en los casos en que éste sea requerido.

Determinación de las mutaciones más frecuentes en pacientes con fibrosis quística, Ecuador. Análisis de mutaciones en el gen CFTR por técnica de hibridación reversa in situ y heterodúplex: junio 1996–enero 2004 / The most frequent mutation in patients with Cystic Fybrosis in Ecuador. Using the techniques of reverse in situ hybridization and heteroduplex to analyze mutations of the CFTR gene: june 1996–january 2004

La fibrosis quística (FQ) es la enfermedad hereditaria más común y letal que existe; es de carácter autosómico recesivo, de afección multisistémica, causada por una mutación en el gen CFTR (cystic fibrosis transmembrane regulator) ubicado en el brazo largo del cromosoma 7 (7q31.2). Tipo de estudio: descriptivo. Justificativo: Ecuador es uno de los pocos países latinoamericanos en los que aún no se conoce la verdadera incidencia y frecuencia de las mutaciones que afectan a los pacientes que padecen de fibrosis quística. Objetivos: Establecer el primer registro molecular de las mutaciones más frecuentes de la población de FQ ecuatoriana. Establecer la incidencia estimada de la enfermedad en el Ecuador. Resultados: Se incluyeron 62 pacientes en el estudio desde 1996 al 2004. Se determinó una incidencia estimada de 1:11.252 nacidos vivos durante el año 2004, con un estimado de 25 nacidos vivos afectos de fibrosis quística durante el referido año. La frecuencia de las mutaciones halladas fue ∆F508 37.1%, G85E 8.9%, G542X 2.4%, N1303K 2.4%, G551D 1.6% y R334W 0.8%. La frecuencia de la mutación G85E (8,9%) encontrada en Ecuador es la más alta a nivel mundial, incluso mayor a la del sur de Grecia de donde se cree que es originaria dicha mutación. Conclusiones y recomendaciones: La sensibilidad de los métodos utilizados (heterodúplex e hibridación reversa in situ) en relación a la población ecuatoriana fue 53,22%, que representa el porcentaje de mutaciones que se pudieron encontrar. Aunque aceptable en relación a los resultados encontrados a nivel mundial, este porcentaje plantea la imprescindible necesidad de utilizar secuenciación para establecer ese gran porcentaje de mutaciones que permanecen como no conocidas (WT).

Cystic Fybrosis is a autosomal recessive disease that is very common. It affects multi-organs and caused by the mutation of CFTR gene ( cystic fibrosis transmembrane regulator) which is found on the long arm of chromosome 7. Type of study: descriptive. Justification: Ecuador is one of the countries in Latin America that we still don’t know the incidence and frequency of the mutations that affect patients with Cystic Fybrosis. Objectives: To establish which are the most common mutations in patients with Cystic Fybrosis in Ecuador. To establish the incidence of this disease in Ecuador. Results: In this study 62 patients were found during 1996 to 2004. An incidence of 1:11252 born alive a total of 25 newborns had cystic fybrosis during this year. The frequencies for the mutations found were: ∆F508:37.1%, G85E: 8.9%, G542X: 2.4%, N1303: 2.4%, G551D: 1.6%, R334W: 0.8%. The frequency of gene mutation G85E has been found to be the highest in Ecuador other to other countries including South of Greece where the mutation originated. Conclusion and Recommendations: The sensitivity of the techniques used was 53.22% which represents the percentage of mutations that were found. Even though this is acceptable in relation to the results found worldwide, this percentage shows us how important it is to use mutation screening to establish the percentage of mutations that are unknown.