Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients / Epidemiologia molecular de Pseudomonas aeruginosa isolada em pacientes com infecções do trato respiratório inferior admitidos em UTI

Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.

Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.

Infection by Streptococcus pneumoniae in children with or without radiologically confirmed pneumonia / Infecção por Streptococcus pneumoniae em crianças com ou sem pneumonia radiologicamente confirmada

Abstract Objective: Community-acquired pneumonia is an important cause of morbidity in childhood, but the detection of its causative agent remains a diagnostic challenge. The authors aimed to evaluate the role of the chest radiograph to identify cases of community-aquired pneumonia caused by typical bacteria. Methods: The frequency of infection by Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae, and Moraxella catarrhalis was compared in non-hospitalized children with clinical diagnosis of community acquired pneumonia aged 2-59 months with or without radiological confirmation (n = 249 and 366, respectively). Infection by S. pneumoniae was diagnosed by the detection of a serological response against at least one of eight pneumococcal proteins (defined as an increase ≥2-fold in the IgG levels against Ply, CbpA, PspA1 and PspA2, PhtD, StkP-C, and PcsB-N, or an increase ≥1.5-fold against PcpA). Infection by H. influenzae and M. catarrhalis was defined as an increase ≥2-fold on the levels of microbe-specific IgG. Results: Children with radiologically confirmed pneumonia had higher rates of infection by S. pneumoniae. The presence of pneumococcal infection increased the odds of having radiologically confirmed pneumonia by 2.8 times (95% CI: 1.8-4.3). The negative predictive value of the normal chest radiograph for infection by S. pneumoniae was 86.3% (95% CI: 82.4-89.7%). There was no difference on the rates of infection by H. influenzae and M. catarrhalis between children with community-acquired pneumonia with and without radiological confirmation. Conclusions: Among children with clinical diagnosis of community-acquired pneumonia submitted to chest radiograph, those with radiologically confirmed pneumonia present a higher rate of infection by S. pneumoniae when compared with those with a normal chest radiograph.

Resumo Objetivo: Avaliar o papel do raios X de tórax na identificação de casos de pneumonia adquirida na comunidade (PAC) causada por agentes bacterianos. Métodos: A frequência de infecção por Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae e Moraxella catarrhalis em crianças com PAC não hospitalizadas foi comparada com a presença de confirmação radiológica da pneumonia (n = 249 crianças com pneumonia radiologicamente confirmada e 366 crianças com raios X de tórax normal). Infecção por S. pneumoniae foi diagnosticada com base na resposta sorológica a pelo menos uma dentre oito proteínas pneumocócicas investigadas (aumento ≥ 2 vezes nos níveis de IgG em relação a Ply, CbpA, PspA1 e 2, PhtD, StkP-C e PcsB-N ou aumento≥ 1,5 vez em relação aPcpA). Infecção por H. influenzae e M. catarrhalis foi definida por aumento ≥ 2 vezes nos níveis de IgG específica a antígenos de cada agente. Resultados: Crianças com pneumonia radiologicamente confirmada apresentaram maior taxa de infecção pelo pneumococo. Além disso, a presença de infecção pneumocócica foi um fator preditor de pneumonia radiologicamente confirmada, o que aumenta sua chance de detecção em 2,8 vezes (IC 95%: 1,8-4,3). O valor preditivo negativo do raios X normal para a infecção por S. pneumoniae foi 86,3% (IC95%: 82,4%-89,7%). Não houve diferença nas frequências de infecção por H. influenzae e M. catarrhalis entre crianças com PAC com ou sem confirmação radiológica. Conclusão: Crianças com diagnóstico clínico de PAC submetidas a um raios X de tórax que apresentam confirmação radiológica têm maior taxa de infecção por S. pneumoniae comparadas com as crianças com raios X normal.

One-year observational study of palivizumab prophylaxis on infants at risk for respiratory syncytial virus infection in Latin America / Estudo observacional de um ano da profilaxia com palivizumabe em neonatos com risco para infecção por vírus sincicial respiratório na América Latina

Abstract Objective: This study aims to describe real world palivizumab use and effectiveness in high-risk Latin American infants and young children. Method: Prospective, multicenter observational study with infants at risk for severe RSV infection who received palivizumab according to routine clinical practice. Subjects were followed for one year with monthly visits after the first dose of palivizumab. An infant was considered adherent if receiving all the expected injections or five or fewer injections within appropriate inter-dose intervals. Annual incidence rates and risk factors of lower respiratory tract infection (LRTI) hospitalization were determined through Poisson regression models (α = 0.05). Results: The study enrolled 458 children from seven countries in Latin America, from February 2011 to September 2012. The majority (98%) were born <36 weeks gestation. Overall, patients received 83.7% of their expected injections and 86.7% completed one year of follow-up. Of the 61 LRTI hospitalizations, 12 episodes were due to RSV infection. The RSV-associated hospitalization rate was 2.9 per 100 patient-years. Bronchopulmonary dysplasia was identified as an independent risk factor for LRTI hospitalization. A total of 1165 adverse events were recorded during one year of follow-up. One hundred and two patients (22.3%) had a total of 135 serious adverse events, but no events were considered to be related to palivizumab. Conclusions: The rate of RSV hospitalization in high-risk infants in Latin America was low and aligned with those observed in randomized control trials and observational studies. Palivizumab prophylaxis appeared effective and had a good safety profile in this population.

Resumo Objetivo: Descrever o uso e a eficácia do palivizumabe no mundo real em neonatos e jovens crianças de alto risco latino-americanas. Método: Estudo observacional prospectivo multicêntrico com neonatos em risco devido a infecção grave por VSR que receberam palivizumabe de acordo com a prática clínica de rotina. Os indivíduos foram acompanhados por um ano, com visitas mensais após a primeira dose de palivizumabe. Um neonato foi considerado adepto se recebeu todas as injeções esperadas ou ≤ 5 injeções nos intervalos entre doses adequados. As taxas de incidência anuais e os fatores de risco de internação por infecção do trato respiratório inferior (ITRI) foram determinados por meio dos modelos de regressão de Poisson (α = 0,05). Resultados: O estudo inscreveu 458 crianças de sete países da América Latina, de fevereiro de 2011 a setembro de 2012. A maioria (98%) nasceu com < 36 semanas. Em geral, os pacientes receberam 83,7% de suas injeções esperadas e 86,7% completaram um ano de acompanhamento. Das 61 internações por ITRI, 12 episódios foram devidos a infecção por VSR. A taxa de internação associada ao VSR foi de 2,9 em cada 100 pacientes-ano. A displasia broncopulmonar foi identificada como um fator de risco independente da internação por ITRI. Foram registrados 1.165 eventos adversos durante um ano de acompanhamento; 122 (22,3%) apresentaram 135 eventos adversos graves, porém nenhum deles foi considerado relacionado ao palivizumabe. Conclusões: A taxa de internação por VSR em neonatos de alto risco na América Latina foi baixa e em linha com as observadas em ensaios clínicos controlados randomizados e estudos observacionais. A profilaxia com palivizumabe pareceu eficaz e com bom perfil de segurança nessa população.

Molecular epidemiology of Pseudomonas aeruginosa isolated from lower respiratory tract of ICU patients

Abstract Lower respiratory tract infections (LRTIs) caused by Pseudomonas aeruginosa are the most common infection among hospitalized patients, associated with increased levels of morbidity, mortality and attributable health care costs. Increased resistant Pseudomonas worldwide has been quite meaningful to patients, especially in intensive care unit (ICUs). Different species of Pseudomonas exhibit different genetic profile and varied drug resistance. The present study determines the molecular epidemiology through DNA fingerprinting method and drug resistance of P. aeruginosa isolated from patients with LTRIs admitted in ICU. A total of 79 P. aeruginosa isolated from patients with LRTIs admitted in ICU were characterized by Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Repetitive Extrapalindromic PCR (REP-PCR). Antibiotic resistance was determined by minimum inhibitory concentration (MIC) assay while MDR genes, viz, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 were detected by polymerase chain reaction (PCR). Of the 137 Pseudomonas sp isolated from ICU patients, 57.7% of the isolates were reported to be P. aeruginosa. The overall prevalence of P. aeruginosa among the all included patients was 34.5%. The RAPD analysis yielded 45 different patterns with 72 clusters with 57% to 100% similarity level. The RFLP analysis yielded 8 different patterns with 14 clusters with 76% to 100% similarity level. The REP PCR analysis yielded 37 different patterns with 65 clusters with 56% to 100% similarity level. There was no correlation among the different DNA patterns observed between the three different methods. Predominant of the isolates (46.8%) were resistant to amikacin. Of the 79 isolates, 60.8% were positive for blaTEM gene and 39.2% were positive for blaOXA gene. P. aeruginosa was predominantly isolated from patients with LRTIs admitted in ICU. The difference in the similarity level observed between the three DNA fingerprinting methods indicates that there is high inter-strain variability. The high genetic variability and resistance patterns indicates that we should continuously monitor the trend in the prevalence and antibiotic resistance of P. aeruginosa especially in patients with LRTIs admitted in ICU.

Resumo Infecções do trato respiratório inferior (ITRIs) são as infecções mais comuns entre pacientes internados em unidade de terapia intensiva (UTI). Pseudomonas aeruginosa é a causa mais comum de ITRIs e está associada ao aumento da mortalidade. Diferentes espécies de Pseudomonas exibem diferentes perfis genéticos e resistência variada as drogas. O presente estudo determina a epidemiologia molecular através do método de fingerprinting de DNA e resistência as drogas de P. aeruginosa isoladas de pacientes com LTRIs internados em UTI. Um total de 79 P. aeruginosa isoladas de pacientes com ITRIs internados em UTI foram caracterizados por Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição (RFLP), DNA Polimórfico Amplificado ao Acaso (RAPD) e PCR Extrapalindrômico Repetitivo (REP-PCR). A resistência aos antibióticos foram determinadas pelos ensaios de concentrações inibitória mínima (MIC), enquanto os genes MDR, blaTEM, blaOXA, blaVIM, blaCTX-M-15 foram detectados pela reação em cadeia da polimerase (PCR). Das 137 Pseudomonas sp isoladas de pacientes de UTI, 57,7% dos isolados foram relatados como P. aeruginosa. A prevalência geral de P. aeruginosa entre os pacientes incluídos foram de 34,5%. A análise RAPD renderam 45 padrões diferentes com 72 clusters com nível de similaridade de 57% a 100%. A análise RFLP renderam 8 padrões diferentes com 14 clusters com 76% a 100% de similaridade. A análise de PCR do REP produziram 37 padrões diferentes com 65 clusters com nível de similaridade de 56% a 100%. Não houveram correlações entre os diferentes padrões de DNA observados entre os três diferentes métodos. Predominantes dos isolados (46,8%) eram resistentes à amicacina. Dos 79 isolados, 60,8% foram positivos para o gene blaTEM e 39,2% foram positivos para o gene blaOXA. P. aeruginosa foi predominantemente isolado de pacientes com ITRIs internados em UTI. A diferença no nível de similaridade observado entre os três métodos de fingerprinting do DNA indica que há alta variabilidade inter-strain. A alta variabilidade genética e os padrões de resistência indicam que devemos monitorar continuamente a tendência na prevalência e resistência a antibióticos de P. aeruginosa, especialmente em pacientes com ITRIs internados em UTI.

Infecção por vírus sincicial respiratório como causa de internação na população com menos de 1 ano na Colômbia / Respiratory syncytial virus infection as a cause of hospitalization in population under 1 year in Colombia

OBJETIVO: determinar a frequência, as complicações e a sazonalidade com que a infecção pelo vírus sincicial respiratório (VSR) do trato respiratório inferior causa hospitalização em neonatos com um ano de idade ou menos, em seis cidades da Colômbia. MÉTODOS: estudo observacional prospectivo multicêntrico de um ano que incluiu 717 pacientes, que compareceram ao serviço de emergência com sintomas respiratórios em seis cidades da Colômbia. As crianças hospitalizadas foram testadas para verificar a existência de VSR com teste de imunofluorescência das secreções nasofaríngeas. Foram realizadas análises descritivas e estatísticas da população. RESULTADOS: a população estudada incluiu 717 pacientes com uma idade média de 3,6 meses (DP 3,25), na proporção de 4:3 do sexo masculino para o sexo feminino e uma prevalência de ITRI por VSR de 30% (216 neonatos/cidade, faixa 26-49%). Os fatores de risco para ITRI por VSR foram encontrados em 8,2% da população, dos quais 28,8% foram positivos para VSR. Os grupos positivo e negativo para VSR foram comparados utilizando um teste t bicaudal com IC de 95%, p < 0,05. Não foram constatadas diferenças estatisticamente significativas. Todas as cidades apresentaram trimestres anuais específicos para ocorrência de ITRI por VSR. CONCLUSÕES: o VSR causou uma em três internações de ITRI na população, com uma incidência de 30%. Isso confirma uma circulação contínua do VSR na Colômbia, que varia pela localização geográfica.

OBJECTIVE: to determine the frequency, complications and seasonality at which respiratory syncytial virus (RSV) infection of the lower respiratory tract causes hospitalization in infants of age 1 year or less in 6 cities of Colombia. METHODS: one-year prospective multicentric observational study that included 717 patients presenting to the emergency department with respiratory symptoms in 6 cities of Colombia. Hospitalized children were tested for RSV with an immunofluorescence rapid test in nasopharyngeal secretions. Descriptive and statistical analyses of the population were conducted. RESULTS: the study population included 717 patients with a mean age of 3.6 months (SD 3.25), 4:3 male: female ratio and a positive RSV LRTI prevalence of 30.0% (216 infants/City, range 26.0 - 49.0%). Risk factors for RSV LRTI were found in 8.2% of the population, of which 28.8% were RSV positive. RSV positive and negative groups were compared using a two-tailed t test with 95.0%CI, p < 0.05. No statistically significant differences were found. All cities presented specific year trimesters in the occurrence of RSV LRTI. CONCLUSIONS: the RSV caused 1 in 3 LRTI hospitalizations in the population, with an incidence of 30.0%. This confirms a continuous circulation of RSV in Colombia varying by geographic location.