Deaths, infections, and herd immunity in the COVID-19 pandemic: A comparative study of the strategies for disease containment implemented in Peru and the United Kingdom / Muertes, infecciones e inmunidad de rebaño en la pandemia por COVID-19: un estudio comparativo de las estrategias de control de la pandemia implementadas en Perú y Reino Unido

Abstract Introduction: In light of the threat posed by the COVID-19 pandemic, most countries have implemented several containment and prevention measures to slow down the rapid spread of the disease. Objectives: To compare the COVID-19 pandemic containment strategies implemented in Peru [World Health Organization (WHO) - confinement and social distancing] and the United Kingdom [herd immunity (HI)] in terms of morbidity and mortality, and to simulate the implementation of HI in Peru during the initial stage of the pandemic. Materials and methods: Exploratory study with a simulation model based on official data obtained from both countries at the beginning of the pandemic. Mortality, case fatality, and infection rates documented within the first 55 days after the first COVID-19 case report in the United Kingdom and the start of the WHO-recommended containment and prevention strategy implementation in Peru were evaluated. Additionally, the impact of applying HI, according to WHO guidelines, as the initial strategy in Peru was simulated. The Paired-samples t-test was used to determine the differences between the two strategies at both stages of the study. Results: During the follow-up period, 15 034 and 33 931 COVID-19 cases were reported in the United Kingdom and Peru, respectively. The case fatality rate was higher in the United Kingdom (7.82% vs. 2.74%), while the cumulative mortality rate was higher in Peru (2.89 vs. 1.74x100 000 inhabitants p= 0.0001). Regarding the simulation, a minimum critical population of 60% (>19 million positive cases) was established for Peru to achieve HI, with 1 223 473.1 deaths and a hospitalization rate of 44 770x100 000 patients. Conclusions: During the follow-up period (55 days), the United Kingdom's strategy resulted in a higher case fatality rate, while the Peruvian strategy in over twice as many COVID-19 cases. The HI simulation strategy in Peru showed a sharp increase in all unfavorable indicators of the pandemic.

Resumen Introducción. Ante la amenaza de la pandemia por COVID-19, la mayoría de los países han establecido diversas medidas de control y prevención para disminuir la rápida propagación de esta enfermedad. Objetivos. Comparar las estrategias de control de la pandemia por COVID-19 implementadas en Perú (de confinamiento y distanciamiento social de la Organización Mundial de la Salud (OMS)) y Reino Unido (de inmunidad de rebaño (IR)) en términos de morbimortalidad, y simular la implementación de la IR en Perú durante la etapa inicial de la pandemia. Materiales y métodos. Estudio exploratorio con un modelo de simulación basado en datos oficiales de ambos países registrados al inicio de la pandemia. Se evaluaron las tasas de mortalidad, letalidad e infección en Reino Unido (IR) y Perú (confinamiento y distanciamiento social) dentro de los 55 días posteriores al reporte del primer caso de COVID-19 en Reino Unido y al inicio de la implementación de la estrategia de control y prevención recomendada por la OMS en Perú. Además, se simuló el impacto de haber aplicado la IR, según pautas de la OMS, como estrategia inicial en Perú. Se utilizó la prueba t-Student para muestras relacionadas para determinar las diferencias entre ambas estrategias en las dos etapas del estudio. Resultados. En el periodo de seguimiento se registraron 15 034 y 33 931 casos de COVID-19 en Reino Unido y Perú, respectivamente. La tasa de letalidad fue mayor para Reino Unido (7.82% vs. 2.74%), y la tasa de mortalidad acumulada fue mayor en Perú (2.89 vs. 1.74x100 000 habitantes; p=0.0001). Respecto a la simulación, se estableció una población crítica mínima de 60% (>19 millones de casos positivos) para que Perú logre la IR, con 1 223 473.1 muertes y una tasa de hospitalización de 44 770x100 000 pacientes. Conclusiones. Durante el periodo de seguimiento (55 días), la estrategia de Reino Unido resultó en una mayor letalidad y la peruana, en más del doble de casos de COVID-19. La simulación de la IR en Perú mostró un dramático incremento de todos los indicadores desfavorables de la pandemia.

Combinación de vacunas contra la COVID-19 y su eficacia: una propuesta teórica / Combination of COVID-19 vaccines and their efficacy: a theoretical proposal / Combinação de vacinas contra a COVID-19 e sua eficácia: uma proposta teórica

RESUMEN Ante la pandemia de la enfermedad por el coronavirus 2019 (COVID-19, por su sigla en inglés), la preocupación de toda la humanidad es alcanzar la anhelada inmunidad colectiva que permita superar esta crisis sanitaria en la que se vive. Estimar la eficacia que se podría alcanzar en una población al combinar vacunas de distintas marcas o tecnologías sería un elemento valioso para los tomadores de decisiones en el ámbito de la salud pública en la presente pandemia y en futuros escenarios similares. El presente artículo busca brindar una fórmula matemática que permita estimar la probable eficacia contra la COVID-19 al administrar dos vacunas en una población específica. Estas vacunas, aplicadas en serie, podrían ser de tecnologías y marcas distintas.

ABSTRACT In the face of the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, the entire world is concerned with achieving desired herd immunity to overcome the current health crisis. Estimating the efficacy that could be attained in a population by combining vaccines of different brands or technologies would be a valuable asset for public health decision-makers in the present pandemic and in similar future scenarios. This article provides a mathematical formula to estimate probable efficacy against COVID-19 when administering two vaccines in a specific population. These vaccines, given in a series, could be of different technologies and brands.

RESUMO A pandemia da doença causada pelo coronavírus 2019 (COVID-19) criou a preocupação em toda a humanidade em alcançar a tão desejada imunidade coletiva para superar esta crise sanitária que o mundo está vivendo. Estimar a possível eficácia a ser obtida em uma população ao combinar vacinas de diferentes marcas ou tecnologias seria um recurso inestimável às autoridades de saúde pública na pandemia atual e em situações semelhantes futuras. O presente artigo apresenta uma fórmula matemática para estimar a provável eficácia contra a COVID-19 da vacinação em série com duas vacinas de diferentes marcas e tecnologias em uma determinada população.

Estimated prevalence of COVID-19 in Brazil with probabilistic bias correction / Prevalência estimada de COVID-19 no Brasil com correção probabilística de vieses / Prevalencia estimada de COVID-19 en Brasil con corrección probabilística de sesgo

Abstract: Using data collected by the Brazilian National Household Sample Survey - COVID-19 (PNAD-COVID19) and semi-Bayesian modelling developed by Wu et al., we have estimated the effect of underreporting of COVID-19 cases in Brazil as of December 2020. The total number of infected individuals is about 3 to 8 times the number of cases reported, depending on the state. Confirmed cases are at 3.1% of the total population and our estimate of total cases is at almost 15% of the approximately 212 million Brazilians as of 2020. The method we adopted from Wu et al., with slight modifications in prior specifications, applies bias corrections to account for incomplete testing and imperfect test accuracy. Our estimates, which are comparable to results obtained by Wu et al. for the United States, indicate that projections from compartmental models (such as SEIR models) tend to overestimate the number of infections and that there is considerable regional heterogeneity (results are presented by state).

Resumo: Estimamos o efeito da subnotificação de casos de COVID-19 no Brasil até dezembro de 2020, com base nos dados coletados pela Pesquisa Nacional de Amostra de Domicílios sobre COVID-19 (PNAD-COVID19) e a modelagem semi-bayesiana desenvolvida por Wu et al. O número total de indivíduos infectados é cerca de 3 a 8 vezes o número de casos notificados, a depender do estado do país. No final de 2020, os casos confirmados representavam 3,1% da população total, enquanto nossa estimativa aponta para quase 15% dos cerca de 212 milhões de brasileiros no mesmo período. O método de Wu et al., que adotamos com pequenas modificações nas especificações, aplica correções de vieses para compensar pela testagem incompleta e pela acurácia imperfeita dos testes. Nossas estimativas, que são comparáveis aos resultados obtidos por Wu et al. para os Estados Unidos, indicam que projeções a partir de modelos compartimentais (tais como modelos SEIR) tendem a superestimar o número de infecções, e que há uma heterogeneidade regional considerável (resultados apresentados por estado).

Resumen: Usando los datos recogidos por la Encuesta Nacional por Muestra de Domicilios - COVID-19 (PNAD-COVID19) y un modelado semibayesiano desarrollado por Wu et al., hemos estimado el efecto del subregistro de casos de COVID-19 en Brasil en diciembre de 2020. El número total de individuos infectados es de entre 3 a 8 veces más el número de casos informados, dependiendo del estado. Los casos confirmados son un 3,1% del total de población y nuestra estimación del total de casos es al menos un 15% de aproximadamente 212 millones de brasileños en 2020. El método que se tomó fue el de Wu et al., con leves modificaciones en las especificaciones previas, es aplicable a las correcciones de sesgo para tener en cuenta los test incompletos y la imprecisión de los tests. Nuestras estimaciones, que son comparables a los resultados obtenidos por Wu et al. para los Estados Unidos, indican las proyecciones de los modelos compartimentales (tales como los modelos SEIR), que tienden a sobreestimar el número de infecciones, así como la considerable heterogeneidad regional (los resultados se presentan por estado).

Serosurveillance for vaccine-preventable diseases: A look inside the pertussis experience / Serovigilancia de enfermedades prevenibles por vacunación: una mirada desde la experiencia con la tosferina

Abstract Introduction: Serological surveillance (serosurveillance) provides the most direct measure of herd immunity of vaccine-preventable diseases. Little is known about the opportunities and challenges of serosurveillance experiences, particularly pertussis. Objective: To describe the process of serosurveillance for vaccine-preventable diseases with an emphasis on the experience of pertussis in the metropolitan area of Antioquia (Valle de Aburrá) in 2015 and 2016 and analyze the contributions and challenges for its sustainability. Materials and methods: We described the planning and conduction of serosurveillance of pertussis antibodies of mothers and in the umbilical cord at the time of delivery in eight hospitals based on random sampling and their capacity to advance the serosurveillance periodically. We compared the contributions and the challenges of this experience with other probabilistic and non-probabilistic programs. Results: We achieved the participation of hospitals and mothers respecting the delivery care process. We established a serum bank following ethical and technical guidelines. This program based on the random selection of hospitals and mothers has enabled the estimation of antibodies prevalence in mothers and in the umbilical cord, which has been possible given the high coverage of hospital care during childbirth at a lower cost and fewer risks than a population-based survey in conflictive areas. The main challenges for the sustainability of this program are the creation of stable jobs and access to funding and legal and methodological long-term frameworks. Conclusions: Hospital serosurveillance as described is an option to monitor the impact of vaccination on the population. Our experience could be reproduced in other regions under similar conditions if the above-mentioned challenges are solved.

Resumen Introducción. La vigilancia serológica es la forma más directa de medir la inmunidad de rebaño frente a las enfermedades prevenibles por vacunación. Poco se sabe acerca de las oportunidades y los desafíos de las experiencias de serovigilancia, en general y, específicamente, la de la tosferina. Objetivo. Describir el proceso de serovigilancia de enfermedades prevenibles por vacunación con énfasis en la experiencia en el caso de la tosferina en el área metropolitana de Antioquia (Valle de Aburrá) en el 2015 y el 2016 y analizar lo que dicha experiencia ha aportado y los desafíos que persisten para su sostenibilidad. Materiales y métodos. Se describió el proceso de planeación y el desarrollo de la serovigilancia de tosferina en el momento del parto en ocho hospitales seleccionados al azar, así como la capacidad para adelantar el programa de manera periódica. Se compararon los aportes y los desafíos en el curso de esta experiencia con los de otros programas poblacionales probabilistas e institucionales no probabilistas. Resultados. Se logró la participación de los hospitales y de las madres con pleno respeto del proceso de atención del parto, y se conformó un banco de sueros siguiendo lineamientos éticos y técnicos. El programa permitió estimar la prevalencia de anticuerpos en la madre y en el cordón umbilical, lo que se facilitó por la alta cobertura de atención hospitalaria del parto, a un menor costo y menos riesgos que los programas poblacionales en zonas conflictivas. Los principales desafíos para la sostenibilidad del programa son la estabilidad laboral del personal de salud, así como normas y una financiación de largo plazo. Conclusiones. La serovigilancia hospitalaria es una opción para monitorizar el impacto poblacional de la vacunación. Esta experiencia se podría extender a otras regiones en condiciones similares si se resuelven los retos mencionados.

Colonización nasofaríngea por serotipos de Streptococcus pneumoniae en niños uruguayos antes y después de la introducción de las vacunas antineumocóccicas conjugadas / Nasopharyngeal colonization from Streptococcus pneumoniae serotypes in Uruguayan children before and after pneumococcal conjugate vaccines / Colonização nasofaríngea por sorotipos de Streptococcus pneumoniae em crianças uruguaias antes e após da introdução de vacinas pneumocócicas conjugadas

Resumen: Las vacunas conjugadas neumocóccicas (VCN) son efectivas para el control de las infecciones severas en niños y también limitan la colonización nasofaríngea por los serotipos que integran sus fórmulas. En Uruguay, no se dispone de publicaciones recientes sobre los serotipos albergados en el reservorio nasofaríngeo de los niños, ni antes ni luego de la introducción de las VCN. Con el objetivo de caracterizar la colonización nasofaríngea de niños menores de 2 años y describir los serotipos de S. pneumoniae identificados antes y después de la introducción de las vacunas conjugadas antineumocóccicas en el certificado esquema de vacunación (CEV) de Uruguay, se llevó a cabo un estudio descriptivo, retrospectivo, incluyendo tres períodos de tiempo: años 2002- 2003 y 2014-2015 en Paysandú, y 2012-2013 en Montevideo. Los aislamientos de S. pneumoniae se realizaron en laboratorios locales y la serotipificación por "quellung" se efectuó en el Departamento de Laboratorios de Salud Pública. Se procesaron 831 muestras, con 54,8% de recuperación de neumococos (n=456), de los cuales 223 fueron tipificados. El estudio previo a la vacunación mostró portación de serotipos invasores, con predominio de los serotipos 6A, 6B, 14 y 19F, todos incluidos en la vacuna 13-valente. En los niños de la policlínica de HIV, la colonización por neumococos invasores fue mucho menor, y el otro estudio, también posvacunación, evidenció la casi desaparición de cepas invasoras (6/93), con predominio de serotipos poco habituales, lo que constituyó un llamado de atención para instrumentar una vigilancia que monitorice la dinámica de la colonización infantil.

Summary: Pneumococcal conjugate vaccines (PCV) are effective against children's severe infections and they also constrain nasopharyngeal colonization due to the serotypes in their formulas. There are no recent publications in Uruguay regarding serotypes hosted in the children's nasopharyngeal reservoir, either from before or after the introduction of the PCV. With the purpose of characterizing nasopharyngeal colonization of children under 2 years of age and describing the S. pneumoniae serotypes before and after the pneumococcal conjugate vaccines in the Uruguayan National Vaccination Report, we carried out a descriptive retrospective study including three periods: 2002- 2003 and 2014-2015 in Paysandú, and 2012-2013 in Montevideo. S. pneumoniae was isolated in local laboratories and the "quellung" serotypification was carried out in the Laboratories of the Public Health Department. We processed 831 samples and recovered 54.8% pneumococci (n=456), of which 223 were typified. Prior to the vaccination, the study showed invasive serotype carriage, mainly of the 6A, 6B, 14 and 19F serotypes, all included in the 13-valent vaccine. At the HIV clinic, colonization from invasive pneumococci was much lower and the post vaccination study showed the almost complete disappearance of the invasive strains (6/93), mainly of the less common serotypes, which called the attention towards the increase of vigilance towards the monitoring of children colonization dynamics.

Resumo: As Vacinas Pneumocócicas Conjugadas (VPC) são eficazes contra infecções graves em crianças e também restringem a colonização nasofaríngea, devido aos sorotipos utilizados em suas fórmulas. Não há publicações recentes no Uruguai relativas aos sorotipos que incluem reservatório nasofaringeos nas crianças, nem de antes ou depois das vacinas VPN. Com o objetivo de caracterizar a colonização nasofaríngea de crianças menores de 2 anos de idade e descrevendo os sorotipos S. pneumoniae antes e depois das vacinas antipneumocócicas conjugadas no Relatório Nacional de Vacinação do Uruguai, realizou-se um estudo retrospectivo descritivo, incluindo três períodos: 2002- 2003 e 2014-2015 em Paysandú e 2012-2013 em Montevideo. S. pneumoniae foi isolada em laboratórios locais e a soro tipificação "quellung" foi realizada nos Laboratórios do Departamento de Saúde Pública. Foram processadas 831 amostras e recuperado 54,8% de pneumococo (n = 456), dos quais 223 foram tipificados. Antes da vacinação, o estudo mostrou transporte de sorotipos invasores, principalmente dos sorotipos 6A, 6B, 14, 19F, todos incluídos na vacina 13-valente. Na clínica de HIV, a colonização invasiva de pneumococos foi muito menor, e o estudo pós-vacinação mostrou o desaparecimento quase total das cepas invasivas (6/93), principalmente dos sorotipos menos comuns, o que sugere a necessidade de aumentar a vigilância no monitoramento da dinâmica de colonização de crianças.