ABSTRACT
Resumen El personal biomédico carece de plataformas informatizadas que resuman los principales mecanismos de colaboración entre los microbios intestinales y los seres humanos en cuanto a la absorción y transformación de los medicamentos o vacunas y sus respuestas homeostáticas. Por esta razón, el presente trabajo tiene como objetivo aportar evidencias y recomendaciones para el diseño de una plataforma de consulta biomédica, referente a esta relación, lo cual permitirá la valoración de la posible inclusión de la taxa y abundancia microbiana intestinal en los protocolos de evaluación de la efectividad de los mismos. La encuesta realizada a un grupo de profesionales, destinada a la verificación de las posibilidades de acceso y especificidad de este tipo de información posibilitó la identificación de los tópicos principales para la conexión entre grupos de medicamentos, estructura tridimensional, moduladores y mediadores de la respuesta homeostática, biomarcadores, relación inter-reinos y mecanismos patogénicos, de manera que se fusione toda la información "ómica" humanomicrobiota en una plataforma dentro de la página del NCBI, la cual se propone que se denomine Pharmacolobiomic o Pharmaco-metagenomic. La información existe en las bases de datos contenidas en NCBI-NIH, según la búsqueda realizada y el filtrado a partir de 28 628 referencias. A partir de la presente propuesta se demostró la necesidad de contar con una plataformafarma cometagenómica que resuma el papel de la microbiota intestinal en el metabolismo y la efectividad de los fármacos y vacunas; así como disponer de la actualización sistemática para los profesionales en cuanto a la microbiota como biomarcador, en los protocolos de ensayos clínicos.
Abstract Biomedical staff lacks a computer platform that summarises the main mechanisms of collaboration between intestinal microbes and humans, related to the absorption and transformation of drugs and vaccines and their ho-meostatic responses. For this reason, the aim of this work is to provide some evidences and recommendations for the design of a biomedical consultation platform, about the relationship between the microbiota and the effect of drugs or vaccines. These evidences will support the assessment for inclu¬sion of taxa and gut microbial abundance, as a part of clinical protocols of effectiveness. The survey carried out on a group of biomedical professionals, aimed at verifying the possibilities of access and specificity of this type of information made it possible to identify the main topics for the connection between drug groups, three-dimensional structure, modulators and mediators of the homeostatic response, biomarkers, inter-kingdom relationship and pathogenic mechanismsin such a way that all the human-microbiota "omics" information will be shown into a sub-platform within NCBI-NIH, which could be called Pharmacolobiomic or Pharmaco-metagenomic. The information is present in the databases contained in the NCBI, taking into account this search and filtering, from 28 628 references. Based on this proposal, the need for a pharmacometagenomic platform that summarises the role of the intestinal microbiota in the metabolism and effectiveness of drugs and vaccines was demonstrated, as well as having the systematic update for professionals about the microbiota as a biomarker, in clinical trial protocols.
Resumo O pessoal biomédico carece de plataformas computadorizadas que resumam os principais mecanismosde colaboração entre micróbios intestinais e seres humanos, em termos de absorção e transformação demedicamentos e vacinas e suas respostas homeostáticas. Por essa razão, este trabalho visa fornecer evidênciase recomendações para o desenho de uma plataforma de consulta biomédica, referente a esta relação;o que permitirá avaliar a possível inclusão dos táxons e da abundância microbiana intestinal nosprotocolos de avaliação da sua eficácia. A pesquisa realizada em um grupo de profissionais, teve comoobjetivo verificar as possibilidades de acesso e especificidade desse tipo de informação; possibilitouidentificar os principais tópicos para a conexão entre grupos de medicamentos, estrutura tridimensional,moduladores e mediadores da resposta homeostática, biomarcadores, relação inter-reino, mecanismospatogênicos; de forma tal que toda a informação "ômica" humano-microbiota se funde em uma plataformadentro da página do NCBI, à qual se propõe ser chamada de Pharmacolobiomic ou Pharmacometagenomic. A informação existe nas bases de dados contidas em NCBI-NIH, tendo em conta a pesquisarealizada e a filtragem, a partir de 28 628 referências. Com base nessa proposta, foi demonstradaa necessidade de contar com uma plataforma farmacometagenômica que resuma o papel da microbiotaintestinal no metabolismo e eficácia de medicamentos e vacinas; além de ter a atualização sistemáticapara os profissionais quanto à microbiota como biomarcador, nos protocolos de ensaios clínicos.
ABSTRACT
Introducción: El viroma humano se refiere al conjunto de todos los virus encontrados en el organismo humano. La diversidad viral del organismo humano bajo condiciones no patológicas ha sido subestimada. Se estima que hay 100 veces más virus en el cuerpo humano que células eucariotas. Objetivo: Realizar una revisión sistemática sobre las implicaciones del viroma humano para la salud y la enfermedad. Material y Métodos: Se realizó una revisión de artículos científicos publicados entre 2012 y 2017 en diversas bases de datos en línea. Se utilizaron en total 26 fuentes bibliográficas, incluidos artículos originales y revisiones. Desarrollo: Se presenta el conocimiento existente hasta el momento sobre las comunidades virales encontradas en diferentes sitios anatómicos como el sistema digestivo, respiratorio, genitourinario y sangre, los bacteriófagos y los Anellovirus son los virus más frecuentemente detectados. Si bien se hace evidente que el viroma tiene un papel tanto en el mantenimiento de la salud como en la enfermedad, estos mecanismos aún no se han esclarecido. Conclusiones: El organismo humano tiene una alta diversidad viral incluso bajo condiciones no patológicas. Aunque mucho se desconoce aún sobre las implicaciones del viroma, los avances en este campo abren nuevas perspectivas en la biomedicina(AU)
Introduction: The human virome refers to the collection of all viruses found in the human body. The viral diversity of the human body under non-pathological conditions has been underestimated. It is estimated that there are 100 times more viruses in the human body than eukaryotic cells. Objective: To carry out a systematic review of the human virome and its implications in health and disease. Materials and Methods: A review of scientific papers published between 2012 and 2017 in different online databases was made. A total of 26 bibliographic sources were used, including both original articles and reviews. Development: We present the existing knowledge to date about the viral communities found in different anatomical sites such as the digestive, respiratory, and genitourinary systems and the bloodstream; being the bacteriophages and Anellovirus the most frequently detected viruses. Although it is clear that the human virome plays a role both in maintaining health and in disease, these mechanisms have not yet been clarified. Conclusions: The human body has a high viral diversity even under non-pathological conditions. Although much is still unknown about the implications of these viruses on health and disease, advances in this field open new perspectives in the world of biomedicine(AU)
Subject(s)
Humans , Viruses , Microbiota , Human Genetics/methodsABSTRACT
La caries es una enfermedad infecciosa, transmisible y multifactorial, que conduce a la pérdida de minerales reversible o irreversible de los tejidos duros susceptibles del diente, por acción de productos ácidos provenientes de la fermentación de los hidratos de carbono de la dieta por la actividad metabólica del biofilm adherido a la superficie dentaria. Aunque tradicionalmente se ha considerado al Streptococcus mutans como el responsable de la enfermedad, actualmente otras bacterias, denominadas no mutans, se han asociado con el inicio, progresión y actividad de la enfermedad en esmalte, dentina y cemento radicular. Para profundizar el estudio de la diversidad bacteriana oral asociada a caries dental se han aplicado diversas metodologías, dentro de las cuales destaca el estudio del metagenoma oral. Este nos permite estudiar comunidades bacterianas completas mediante el análisis del DNA, en un determinado ambiente sin necesidad de aislar y cultivar las especies, entregando información sobre la diversidad taxonómica y filogenética de estas comunidades. Existen diferentes métodos de análisis de la diversidad bactariana, entre los que tenemos el análisis del ARNr 16S mediante electroforésis, PCR, microarreglos, secuenciamiento de última generación, entre otros. El estudio del metagenoma oral ha permitido identificar especies que no han podido ser aisladas por métodos convencionales, además de identificar su presencia o ausencia en las distintas etapas del desarrollo de la enfermedad de caries dental, permitiendo un mejor conocimiento del desarrollo de esta patología. El estudio basado en el metagenoma ha dado a conocer una diversidad microbiana oral inesperada, dando información relevante para la actualización de los conocimientos y así identificar nuevos objetivos terapéuticos. El propósito de esta revisión bibliográfica es exponer los principales resultados que ha aportado el estudio del metagenoma sobre la diversidad microbiana, aplicado específicamente a la comunidad bacteriana oral.
Dental caries is an infectious, transmissible and multifactorial disease, which leads towards a reversible and irreversible loss of minerals found in hard tissues of a tooth, caused by acids from carbohydrates fermentation due to metabolic activity of the biofilm attached to the tooth surface. Although Streptococcus mutans has been thought to be responsible for tooth decay, another bacterium named no mutans has been linked to the beginning, progression and activity of the disease in the enamel, dentine and cement. One of the methodologies put into practice to deepen the study of oral bacteria diversity related to carious cavities is oral metagenome. This methodology allows the study of whole bacterial groups by the analysis of DNA in a particular environment without the need of isolating and cultivating species, providing information about the taxonomical and phylogenetic diversity of these groups. There are different methods to study the bacterial diversity, including 16 S rRNA analysis through electrophoresis, PCR, microarrays, next generation sequence (NGS). The metagenome tool permits to recognize species that have not been able to be isolated by conventional methods. As well as identify its presence or absence in the different stages of the dental caries development, which allows a better understanding of development of the disease. The metagenome-based study has revealed an unexpected oral microbial diversity, giving information relevant to the updating of knowledge and identifies new therapeutic targets. The purpose of this review is to present the main results has brought the study of the metagenome on microbial diversity, applied specifically to the oral bacterial community in health and caries disease.