Molecular studies on African swine fever virus from Brazilian isolates / Estudos moleculares do vírus da peste suína africana de isolados brasileiros

African swine fever (ASF) is a devastating viral infirmity that affects domestic and wild swine caused by the ASF virus (ASFV) that belongs to the family Asfaviridae in the Asfavirus genus. Studies for genotypic and antigenic determination of ASFV including samples from Brazilian outbreaks were carried out outside Brazil. Here, we have reviewed studies on the molecular aspects of Brazilian isolates from 1978 and 1979. Results obtained from restriction fragment analysis, cloning and gene sequencing display the genotypic variation of viral samples. Viral genotyping based on sequences of the 3' region of the p72 gene included in genotype I Brazilian samples, reinforcing the suggestion of the European origin for the virus that infected Brazilian herds and having low virulence potential. Corroborating those findings, at the American station PIADC, the infection of healthy pigs with the Brazilian strain induced ASF sub acute disease with low mortality and a low-virulence. Those results were similar with epidemiological vigilance forms of Brazilian swineherd in good health conditions having at least one ASFV isolation, and the ASF pioneer's studies on the low mortality in the Brazilian herds affected by ASF. The ASFV spreading in Eastern Europe and Russia triggered a greater concern with intensifying the risk of viral dissemination from country to country. The low virulence ASF strains can increase the problem because of hidden viral reservoirs - which further reinforces the need for safety and preventive measures in virus-free countries. Finally, the problem is further compounded by the lack of vaccines and other immunological resources.(AU)

A peste suína africana é uma enfermidade viral devastadora que afeta suínos domésticos e selvagens causada pelo vírus pertencente à família Asfaviridae no gênero Asfavirus. Estudos para determinação genotípica e antigênica do vírus da peste suína africana, incluindo as amostras de surtos brasileiros, foram realizados em laboratórios fora do Brasil. Aqui, revisamos os estudos sobre o aspecto molecular de isolados brasileiros de 1978 e 1979. Os resultados obtidos pela análise de fragmentos de restrição, clonagem e sequenciamento mostram variação genotípica das amostras virais. A genotipagem viral baseada nas sequências da região 3' do gene p72 incluíram amostras brasileiras no genótipo I, reforçando a sugestão da origem europeia do vírus que infectou rebanhos brasileiros e potencialmente de baixa virulência. Corroborando, na estação americana Plum Island Animal Disease Center, a inoculação do vírus da peste suína africana do surtos brasileiros em suínos saudáveis evoluiu para peste suína africana subaguda com baixa mortalidade sugerindo a baixa virulência. Similarmente aos formulários de vigilância epidemiológica de rebanhos em boas condições sanitárias que tiveram pelo menos um isolamento de vírus da peste suína africana e com os estudos pioneiros sobre a baixa mortalidade nos rebanhos afetados pela peste suína africana. A dispersão do vírus da peste suína africana na Europa Oriental e Rússia desencadearam uma preocupação com o risco de disseminação do vírus entre países. O vírus da peste suína africana de baixa virulência pode aumentar o problema porque esconde reservatórios virais e reforça a necessidade de medidas preventivas e de segurança em países livres de vírus. Finalmente, o problema é ainda mais agravado pela falta de vacinas e outros recursos imunológicos.(AU)

Estudo comparativo e validação de três técnicas de PCR em tempo real (qPCR) para diagnóstico de Peste Suína Africana / Comparative study and validation of three quantitative PCR (qPCR) techniques for the diagnosis of African Swine Fever

Este estudo verificou o desempenho de três técnicas de PCR quantitativa (Real-Time) para o diagnóstico de Peste Suína Africana, uma doença exótica no Brasil, a partir de amostras de tecidos. As três técnicas escolhidas baseiam-se na amplificação de sequências do gene da proteína viral VP72 e são preconizadas, cada uma, por laboratórios oficiais da OIE (PSA-OIE), dos Estados Unidos (PSA-USDA) e da União Europeia (PSA-EU), respectivamente. Oligonucleotídeos iniciadores e sondas de hidrólise marcadas com fluoróforos foram sintetizados conforme a literatura de referência consultada. Sequências-alvo do DNA viral foram inseridos em plasmídeo sintético, os quais serviram de controle positivo para a padronização das técnicas e otimização de reagentes, determinação dos limites de detecção e testes de verificação de desempenho. Para aferição de repetibilidade e reprodutibilidade das técnicas, as técnicas padronizadas foram repetidas em dias diferentes, por um segundo analista, com alteração no mix comercial de reagentes utilizado e em um equipamento diferente, e também por outro laboratório. Realizaram-se, ainda, provas de sensibilidade analítica com amostras de DNA viral de referência e especificidade analítica e diagnóstica, com amostras negativas. As técnicas de PSA-EU e PSA-USDA apresentaram-se mais vantajosas quanto ao consumo de iniciadores. Não houve diferenças significativas nos resultados quantitativos variando-se os dias dos ensaios, os analistas, os equipamentos e o mix de reagentes. As três técnicas apresentaram alta especificidade analítica e diagnóstica e sensibilidade diagnóstica. As três técnicas de qPCR mostraram-se eficazes para serem adotadas por um mesmo laboratório para emissão de diagnósticos oficiais de Peste Suína Africana.(AU)

This study evaluated the performance of three real time PCR techniques (qPCR) for the diagnosis of African Swine Fever in tissue samples. The three chosen techniques are based on amplification of viral protein VP72 gene sequences and are recommended by OIE (PSA-OIE), the United States official laboratories (PSA-USDA) and the European Union (PSA-EU). Target sequences of the viral DNA were inserted into synthetic plasmid, which served as a positive control for the standardization of techniques and optimization of reagents, determination of limits of detection and performance verification testing. To gauge repeatability and reproducibility of techniques, standard procedures were repeated on different days by two analysts and by changing mix reagents and equipment, and also by another laboratory. Analytical sensitivity tests were done with reference samples provided by an OIE reference laboratory and analytical and diagnostic specificity were tested with negative samples. The PSA-EU and PSA-USDA techniques were more advantageous to use because of lower concentration of oligos used. There were no significant differences in quantitative results varying the days of tests, analysts, equipment and the mix of reagents. The three techniques had high analytical and diagnostic specificity and sensitivity. The three qPCR techniques were considered equivalent and effective and can be adopted by any laboratory for issuing official diagnosis of African Swine Fever.(AU)