Identificación molecular de Entamoeba histolytica, Entamoeba dispar y Entamoeba moshkovskii en niños con diarrea en Maracaibo, Venezuela / Molecular identification of Entamoeba histolytica, E. dispar, and E. moshkovskii in children with diarrhea from Maracaibo, Venezuela

Resumen | Introducción. Las amebas no patógenas Entamoeba dispar, Entamoeba moshkovskii y Entamoeba bangladeshi son morfológicamente idénticas a Entamoeba histolytica, parásito responsable de la amebiasis, por lo cual se necesitan técnicas moleculares para diferenciarlas. Objetivo. Determinar la frecuencia de las diferentes especies de Entamoeba mediante reacción en cadena de la polimerasa (Polymerase Chain Reaction, PCR) en muestras fecales de niños menores de cinco años con diarrea, provenientes de Maracaibo (Venezuela). Materiales y métodos. Se recolectó una muestra fecal por individuo en 75 niños con diarrea (grupo de casos) y en 25 niños sin diarrea (grupo control). Las heces se evaluaron mediante examen microscópico, método de concentración de formól-éter y PCR múltiple anidada en una sola ronda para identificar E. histolytica, E. dispar y E. moshkovskii. Además, se hizo una encuesta en la que se recopilaron los datos demográficos, signos, manifestaciones clínicas y estrato socioeconómico de los niños. Resultados. El 48 % de los participantes (38 del grupo de casos y 10 del grupo de control) tenían enteroparásitos. Solo en las muestras de cuatro de los niños, se encontraron quistes del complejo Entamoeba (tres en el grupo de casos y uno en el de control). Mediante PCR se amplificaron nueve muestras (9 %) para la detección de las amebas estudiadas. En el grupo de casos se registraron tres (28,13 %) de E. histolytica, cuatro (30,50 %) de E. dispar y una (9,37 %) de E. moshkovskii, en tanto que solo una (25 %) muestra amplificó para E. dispar en el grupo de control. Conclusión. En general, predominó E. dispar; sin embargo, todos los infectados con E. histolytica se detectaron en el grupo de niños con diarrea y se detectó el primer caso de E. moshkovskii en la región.

Abstract | Introduction: Entamoeba histolytica is an amebiasis-producing parasite. However, Entamoeba dispar, Entamoeba moshkovskii, and Entamoeba bangladeshi are non-pathogenic amoebae morphologically identical to it and, therefore, molecular techniques are required for their differentiation. Objective: To determine the frequency of Entamoeba species by polymerase chain reaction (PCR) in fecal samples from children under five years with diarrhea from Maracaibo (Venezuela). Materials and methods: A fecal sample per individual was collected from 75 children with diarrhea (case group) and 25 children without diarrhea (control group). Stools were evaluated by microscopic examination, formol-ether concentration method, and nested-multiplex PCR in a single round for the identification of E. histolytica, E. dispar, and E. moshkovskii. In addition, a survey was conducted in which demographic data, signs, clinical manifestations, and socioeconomic status were registered. Results: In total, 48% of the children (38 from the case group and 10 from the control group) had intestinal parasites. Only four children presented cysts of the Entamoeba complex in their samples (three from the case group and one from the control group). By means of PCR, nine samples (9%) amplified for the studied amoebae. In the case group, three (28.13%) amplified for E. histolytica, four (30.50%) for E. dispar, and one (9.37%) for E. moshkovskii while only one (25%) sample amplified for E. dispar in the control group. Conclusion: In general, E. dispar predominated. Nevertheless, all those infected with E. histolytica were detected within the group of children with diarrhea and we reported the first case of E. moshkovskii in the region.

Prueba de concepto de una pcr multiplex de primera generación (cualitativa) para detección del oncogén e7 de vphs de alto riesgo

Introducción: Infección persistente con el virus de papiloma humano de alto riesgo (VPH-AR) causa cáncer de cuello uterino (CCU). Existen ensayos moleculares para la detección y la genotipificación del gen L1 de VPH, sin embargo, L1 puede perderse durante la integración viral. La expresión e integración del oncogén E7 es fundamental para el desarrollo de CCU. Objetivo: Estandarizar una PCR multiplex (mPCR) del oncogén E7 (E7-mPCR) para genotipificación de los VPH-AR de mayor frecuencia en CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Métodos: Se obtuvieron cepillados cervicales de voluntarias y se analizaron amplificando por PCR el gen L1 con subsecuente hibridación reversa. Posteriormente, se escogieron 59 muestras positivas para VPH-AR y se analizaron por E7-mPCR. Resultados: Se evidenció una elevada concordancia entre los resultados del ensayo E7- mPCR y los de la PCR de L1 (concordancia observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrándose mayor número de infecciones por VPH- AR en el 15,8% con E7-mPCR. Conclusión: E7-mPCR es una herramienta diagnóstica con alta concordancia y económica que puede adaptarse a una plataforma de mayor complejidad para procesar y detectar mayor cantidad de muestras y genotipos de VPH-AR.

Introduction: The persistent infection of the high-risk Human Papiloma Virus (VPH-AR in Spanish) causes uterine cervix cancer (CCU in Spanish). There are molecular essays for detection and genotyping of gen L1 of VPH. However, L1 may get lost during the viral integration. The expression and integration of oncogene E7 is fundamental for the development of CCU. Objective: To standardize a multiplex PCR (mPCR) of oncogene E7 (E7-mPCR) for genotyping the VPH- AR of highest frequency in CCU (VPH-16, -18, -31, -33, -45 y -52). Method: We obtained cervix brushing simples from volunteers and we analyzed them by amplifying the L1 gene through PCR with a subsequent reverse hybridization. After that, we chose 59 positive VPH- AR samples and we analyzed them for E7-mPCR. Results: We found out a high concordance between the results of the essay E7-mPCR and those of L1 PC (Observed concordance was of 95.1%, Cohen's Kappa = 0.88), and we revealed a higher number of infections for VPH-AR in a 15.8% with E7-mPCR. Conclusion: E7-mPCR is an economic diagnostic tool with high concordance which can be adapted to a platform with more complexity to process and detect a higher number of samples and VPH-AR genotypes.

Introdução: a infecção persistente com o virus de papiloma humano de alto risco (HPV-AR) causa cáncer de colo do útero (CCU). Existem ensaios moleculares para detecção e para a genotipificação do gene L1 de HPV; contudo, L1 pode ser perdido durante a integrado viral. A expressão e integração do oncogênese E7 é fundamental para o desenvolvimento do CCU. Objetivo: padronizar uma PCR multiplex (mPCR) do oncogênese E7 (E7-mPCR) para genotipificação dos HPV-AR de maior frequência no CCU (HPV-16, -18, -31, -33, -45 e -52). Métodos: foram realizadas raspagens com escova cervical rodada em voluntárias e foram analisadas a partir da amplificação do gene L1 por PCR com subsequente hibridação inversa. Em seguida, foram escolhidas 59 amostras positivas para HPV-AR, as quais foram analisadas por E7-mPCR. Resultados: foi evidenciada elevada concordância entre os resultados do ensaio E7-mPCR e os da PCR de L1 (concordância observada de 95,1%, Kappa de Cohen = 0,88), encontrando-se maior número de infecções por HPV-AR em 15,8% com E7-mPCR. Conclusão: E7-mPCR é uma ferramenta diagnóstica com alta concordância e económica que pode ser adaptada a uma plataforma de maior complexidade para processar e detectar maior quantidade de amostras e genótipos de HPV-AR.

Detección de mutaciones causantes de distrofia muscular de Duchenne/Becker: reacción en cadena de la polimerasa Multiplex vs. Amplificación múltiple dependiente de ligación por sondas / Detection of mutations causing Duchenne and Becker muscular dystrophies: multiplex polymerase chain reaction vs. Multiplex ligation dependent probe amplification

RESUMEN Las distrofias musculares de Duchenne/Becker son enfermedades raras que reciben poca atención en nuestro medio. El objetivo del presente estudio fue implementar la técnica de amplificación múltiple dependiente de ligación por sondas (MLPA) y demostrar que tiene ventajas sobre la técnica de reacción en cadena de la polimerasa multiplex (PCR-multiplex). Se analizaron muestras de 40 individuos con diagnóstico presuntivo de distrofia muscular de Duchenne/Becker, primero por PCR-multiplex y luego por MLPA. Con la PCR-multiplex se detectaron 15 individuos con deleciones causales y con la técnica MLPA se logró diagnosticar a 21 individuos, cuatro duplicaciones y 17 deleciones. En conclusión, la técnica MLPA logra detectar mutaciones de tipo deleción y duplicación de exones, consiguiendo un mayor número de diagnósticos moleculares por alteraciones en el gen DMD.

ABSTRACT Duchenne and Becker muscular dystrophies are rare diseases that receive limited attention in our field. The objective of this study was to implement the Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification technique (MLPA) and to demonstrate that it has advantages over the Multiplex Polymerase Chain Reaction (Multiplex PCR) technique. Samples from 40 individuals with a presumptive diagnosis of Duchenne and Becker muscular dystrophies were analyzed: first by Multiplex PCR and then by MLPA. Fifteen individuals with causal deletions were detected with Multiplex PCR, while the MLPA technique was able to diagnose 21 individuals, four duplications, and 17 deletions. In conclusion, the MLPA technique can detect mutations of the exon deletion and duplication type, yielding a larger number of molecular diagnoses due to alterations in the DMD gene.

Estandarización de una prueba múltiple de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real para la identificación de Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis y A. vasorum / Standardization of a multiplex real-time PCR test for the identification of Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis and A. vasorum

Resumen Introducción. En el mundo, las angiostrongilosis de mayor impacto en salud humana y animal son ocasionadas por Angiostrongylus cantonensis, A. costaricensis y A. vasorum. En las personas, las formas clínicas son la meningitis eosinofílica y la angiostrongilosis abdominal, y, en los mamíferos cánidos, el daño cardiopulmonar. Se las consideran enfermedades emergentes debido a la propagación mundial del caracol africano Lissachatina fulica, un huésped intermediario de los parásitos. Los escasos métodos de identificación de Angiostrongylus spp. no son muy específicos ni sensibles y son costosos. Se necesita urgentemente una herramienta diagnóstica asequible, sensible y específica para el manejo de las angiostrongilosis humana y la animal. Objetivo. Desarrollar una prueba de PCR múltiple en tiempo real (qPCR) para identificar las tres especies patógenas de Angiostrongylus. Materiales y métodos. Mediante un análisis bioinformático se seleccionó una secuencia del genoma ITS-2 de Angiostrongylus para garantizar la especificidad del cebador y las sondas. El ADN de los parásitos adultos (control positivo) y de las larvas se extrajo con el estuche DNeasyBlood & Tissue®. Las reacciones de la PCR cuantitativa se ejecutaron en un termociclador Smartcycler Cepheid®, usando el estuche de mezcla maestra QuantiTect®. Como control negativo, se utilizó ADN humano, de otros parásitos y del caracol africano. Resultados. Los valores del ciclo umbral para los controles positivos de ADN fueron: 21 para Angiostrongylus cantonensis, 22 para A. costaricensis y 31 para A. vasorum. En los controles negativos, el ciclo umbral fue cero. La qPCR mostró una eficiencia de amplificación de 2 (100 %). Conclusiones. En el laboratorio se estandarizó una qPCR múltiple para tres especies clínicamente significativas de Angiostrongylus.

Abstract Introduction: Angiostrongyliasis is a disease caused by Angiostrongylus nematodes that is present worldwide. The infections with the highest impact on human and animal health are caused by A. cantonensis, A. costaricensis, and A. vasorum. Clinical forms of the disease in humans are eosinophilic meningitis and abdominal angiostrongyliasis, while the most common effect on dogs are cardiopulmonary damages. It is deemed as an emerging disease as the result of the global dissemination of the African snail Lissachatina fulica, an intermediary host of these parasites. The few diagnostic methods for Angiostrongylus spp. are unspecific, costly, and not very sensitive. It is urgent to develop a sensitive, specific and accessible diagnostic tool for the control of human and animal angiostrongyliasis. Objective: To develop a qPCR multiple test to identify the three pathogenic species of Angiostrongylus. Materials and methods: Through a bio-informatic analysis, we selected a sequence of the ITS-2 region of the Angiostrongylus genome to guarantee the specificity of primers and probes. We extracted DNA from adult parasites as positive control, and from larvae using the DNeasy Blood&Tissue® kit. Quantitative PCR reactions were conducted on a Smartcycler Cepheid® thermocycler using a master mix QuantiTect® kit. DNA from human beings, other parasites and the African snail was used as negative control. Results: The threshold cycle values for positive DNA controls were: 21 for Angiostrongylus cantonensis, 22 for A. costaricensis, and 31 for A. vasorum. In negative controls, the threshold cycle was zero. qPCR showed an amplification efficiency of 2 (100%). Conclusions: A multiple qPCR was standardized at the laboratory for three clinically significant species of Angiostrongylus.

Detección de virus influenza A, B y subtipos a (H1N1) pdm09, A (H3N2) por múltiple rt-pcr en muestras clínicas / Detection of influenza A, B and subtypes A (H1N1) pdm09, A (H3N2) viruses by multiple qrt-pcr in clinical samples

RESUMEN Objetivos. Estandarizar la técnica de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR) múltiple para la detección de virus influenza A, B y tipificación de subtipos A (H1N1) pdm09, A (H3N2) en muestras clínicas. Materiales y métodos. Se analizaron 300 muestras de hisopado nasofaríngeo. Esta metodología fue estandarizada en dos pasos: la primera reacción detectó el gen de la matriz del virus de influenza A, gen de la nucleoproteína del virus influenza B y el gen GAPDH de las células huésped. La segunda reacción detectó el gen de la hemaglutinina de los subtipos A (H1N1) pandémico (pdm09) y A (H3N2). Resultados. Se identificaron 109 muestras positivas a influenza A y B, de las cuales 72 fueron positivas a influenza A (36 positivas a influenza A (H1N1) pdm09 y 36 positivos a influenza A (H3N2)) y 37 muestras positivas a influenza B. 191 fueron negativas a ambos virus mediante RT-PCR en tiempo real multiplex. Se encontró una sensibilidad y especificidad del 100% al analizar los resultados de ambas reacciones. El límite de detección viral fue del rango de 7 a 9 copias/µL por virus. Los resultados no mostraron ninguna reacción cruzada con otros virus tales como adenovirus, virus sincitial respiratorio, parainfluenza (1,2 y 3), metapneumovirus, subtipos A (H1N1) estacional, A (H5N2) y VIH. Conclusiones. La RT-PCR múltiple demostró ser una prueba muy sensible y específica para la detección de virus influenza A, B y subtipos A (H1N1, H3N2) y su uso puede ser conveniente en brotes estacionales.

ABSTRACT Objectives. To describe the clinical and epidemiological characteristics of patients diagnosed with epidermolysis bullosa (EB) at the Instituto Nacional de Salud (INSN) in Lima, Peru; a National Reference Center for this disease. Material and methods . Observational, descriptive and transversal study. We reviewed the clinical histories and laboratory tests of patients diagnosed with EB treated in INSN from 1993 to 2015. Results. 93 patients were registered. The average age was 7.9 ± 5.6 years; 53.8% (n = 50) were boys. Clinical forms corresponded to dystrophic EB with 41 (44.1%) cases, simple EB with 39 (41.9%) union EB cases with 8 (8.6%) and Kindler syndrome with 4 (4.3%) cases. The clinical form could not be identified in a case. A total of 48 cases (51.6%) came from Lima and Callao, and 45 cases (48.4%) from other provinces of the country. Extracutaneous manifestations involved gastrointestinal (44.1%), ocular (37.6%), odontogenic (87.1%), and nutritional (79.6%) involvement, as well as pseudosindactilia (16.1%). Chronic malnutrition (71.6%), acute malnutrition (17.6%) and anemia (62.4%) were found. Mortality corresponded to 6 cases (6.5%). Conclusions. 93 cases of EB were reported in INSN, the predominant clinical presentation was the dystrophic form.

Aporte de la biología molecular en el diagnóstico de infecciones respiratorias agudas / Contribution of multiplex respiratory molecular panel to the diagnosis of acute respiratory infections

Objective: To assess the performance of multiplex-PCR for diagnosis of respiratory viruses in parallel with direct fluorescence assay (DFA). We assessed the performance and co-infection diagnosis of molecular respiratory panel PCR (MRP-PCR) and DFA in hospitalized and outpatients. Results: 8535 samples were included, 1792 tested by MRP-PCR (46.9% positive) and 6743 by DFA (35.1% positive). MRP-PCR diagnosed co-infection in 21.3% and DFA in 1.8% of the samples. Rhinovirus was the most common virus in any age group. In 210 patients both tests were done; 100 were positive by MRP-PCR and 18 by DFA. Positive concordance value was 6.2%. 85 samples were positive only by MRP-PCR and in 42 of them only novel respiratory viruses were identified. Performance of MRP-PCR was statistically significant compared DFA for traditional respiratory viruses. Discussion: Multiplex PCR has shown better sensitivity, may expand the etiologic spectrum of respiratory infections and detect a higher number of co-infections.

Objetivo: Evaluar la contribución del panel respiratorio molecular por reacción en cadena de la polimerasa-multiplex (PRM-RPC) en paralelo a la de inmunofluorescencia directa (IFD) al diagnóstico de infecciones respiratorias. Analizamos y comparamos el rendimiento y diagnóstico de co-infección de PRM-RPC con IFD en pacientes hospitalizados y ambulatorios. Resultados: Se analizaron 8535 muestras; 1792 por PRM-RPC (46,9% positivas) y 6743 por IFD (35,1% positivas). La co-infección fue 21,3% por PRM-RCP y 1,8% por IFD. El virus más frecuente fue rinovirus a toda edad. Se analizaron 210 pacientes por ambos métodos; resultaron positivas 100 por PRM-RPC y 18 por IFD, concordancia positiva de 6,2%. 85 muestras fueron solo positivas por PRM-RPC, 42 diagnosticaron nuevos virus respiratorios. El rendimiento de PRM-RPC fue significativamente mayor que el de IFD para virus respiratorios tradicionalmente diagnosticados. Conclusiones: La RCP-multiplex tiene mejor sensibilidad, podría expandir el espectro etiológico de infecciones respiratorias y detectar un mayor número de co-infecciones comparado a IFD.

Etiología viral de infección respiratoria aguda en niños menores de 5 años en las provincias Comunera y García Rovira de Santander / Etiology of acute respiratory infection in children under 5 years in the provinces Comunera and García Rovira of Santander

Introducción: La infección respiratoria aguda es una causa importante de morbimortalidad en menores de cinco años en los municipios de las provincias de Santander. La etiología viral en esos municipios no es bien conocida. Objetivo: El objetivo del estudio fue determinar la etiología viral de la infección respiratoria aguda en menores de cinco años en las provincias Comunera y García Rovira del departamento de Santander entre diciembre de 2012 y diciembre de 2013. Materiales y métodos: Estudio descriptivo en población usuaria de servicios de urgencias. Se obtuvieron muestras por hisopado nasofaríngeo y se realizó amplificación por reacción en cadena de polimerasa con el test Seeplex® RV15 OneStep ACE Detection, multiplex para 15 virus. Resultados: Participaron 64 niños, 57,8% niños de sexo masculino. El 26,6%, de los niños eran menores de un año. La positividad para virus fue del 37,5% de las muestras. El 75% de las muestras positivas fueron de la provincia Comunera y 25% de la provincia de García Rovira. Hubo co-infección por dos virus en 8,3% de las muestras positivas. Los virus más identificados fueron Rhinovirus (29%), Parainfluenza 4 (20,8%) e Influenza (12,5%). También se identificó Coronavirus, Adenovirus, Virus Sincitial Respiratorio, Metapneumovirus y otros virus Parainfluenza. Conclusiones: En las dos provincias de Santander evaluadas circula una amplia cantidad de virus respiratorios en menores de cinco años. El Rhinovirus fue identificado como el más frecuente. Se encontró presencia de Metapneumovirus y Coronavirus humano.

Introduction: Acute respiratory infection is a major cause of morbidity and mortality in children under 5 years in Santander (Colombia). Viral etiology in municipalities from this department is not well known. Objective: To determine the viral etiology of acute respiratory infection in children under five years in the provinces Comunera and García Rovira (Santander) from December 2012 to December 2013. Methodology: Descriptive study in pediatric population who attended the emergency services studied. Nasopharyngeal swab samples were obtained and a polymerase chain reaction was performed with Seeplex® OneStep RV15 ACE Detection, which is a multiplex test for 15 virus. Results: 64 children were enrolled, 57,8% being boys. 26.6% of participants were under one year. Virus positivity was present in 37.5% of the samples and 75% of the positive samples were from the province Comunera. Besides, 8.3% from positive samples were co-infected with two viruses. The most common virus were Rhinovirus (29%), Parainfluenza 4 (20.8%) and influenza (12.5%). Coronavirus, Adenovirus, respiratory syncytial virus, Metapneumovirus and other Parainfluenza virus were also identified. Conclusions: There is a wide circulation of respiratory virus in children under five in these two provinces of Santander (Colombia). Rhinovirus was the most frequent. Human Metapneumovirus and Coronavirus were also found.

Identificación de virus respiratorios en pacientes pediátricos con infecciones respiratorias en el Hospital Carlos Van Buren, Valparaíso: época estival 2011-2012 / Identification of respiratory viruses in pediatric patients with respiratory tract infections from Carlos Van Buren Hospital, Valparaíso: 2011-2012 summer season

INTRODUCCIÓN: En pediatría, las infecciones respiratorias agudas (IRA) constituyen globalmente una importante causa de morbimortalidad. Los principales agentes etiológicos son los virus respiratorio sincicial, parainfluenza (PIV), influenza y adenovirus. Actualmente existen pruebas de diagnóstico molecular que permiten identificar agentes no convencionales. En este estudio se propuso estudiar la presencia de: PIV, coronavirus (COV), rinovirus (RV) y enterovirus humano (EV), utilizando reacción en cadena de polimerasa previa transcriptasa reversa (RCP-TR) en muestras de niños hospitalizados en el Hospital Carlos Van Buren, negativas a inmunofluorescencia (IF) paravirus respiratorios. MATERIALES Y MÉTODOS: Se analizaron un total de 82 muestras de aspirado nasofaríngeo de pacientes menores de 5 años hospitalizados por IRA en el Hospital Carlos Van Buren, negativos a IF, recolectadas entre Diciembre del 2011y Marzo del 2012. Se utilizó una RCP-TR anidada de tipo múltiplex específica para virus PIV (1, 2, 3, 4AB), COV-OC43 y 229E, y genérica para RV y EV. RESULTADOS: Los virus más frecuentes fueron los PIV, siendo identificados en 9 (10 por ciento) muestras, siendo: un 2 por ciento (n=2) PIV-2, un 7 por ciento (n=6) PIV-3 y un 1 por ciento (n=1) PIV-4AB. Además se detectó COV-OC43 en un 2 por ciento (n=2), RV y EV en un 6 por ciento (n=5). No se detectaron co-infecciones con dos o más virus. No hubo asociación entre edad de los niños y tipo de infección viral. DISCUSIÓN: Se describió la presencia de estos virus respiratorios en niños con IRA. Se logró detectar falsos negativos para PIV y se demostró la existencia de COV, RV y EV en la región.

INTRODUCTION: Acute Respiratory infection (ARI) is a major cause of morbidity and mortality worldwide in pediatrics. The main etiological agents are respiratory syncytial virus, parainfluenzavirus (PIV), influenza virus and adenovirus. Currently there are molecular diagnostic tests that have helped to identify unconventional agents. Our aim was to study the presence of: PIV, coronavirus (hCoV), rhinovirus (hRV) and human enterovirus (hEV), by using Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) in samples of hospitalized children on Carlos Van Buren Hospital negative to immunofluorescence (IF) for respiratory viruses. MATERIALS AND METHODS: A total of 82nasopharyngeal aspirate samples, negative to IF, were collected from children under five years old hospitalized due to ARI at Carlos Van Buren Hospital, between December 2011 and March2012. A Multiplex nested RT-PCR designed for the specifically detection of PIV (1, 2, 3, 4AB), hCoV (OC43 and 229E) and generic detection of RV and EV was used. RESULTS: Parainfluenza was the most frequently identified virus (n=9, 10 percent) specifically PIV-2 (n=2, 2 percent), PIV-3 (n=6, 7 percent) and PIV-4AB (n=1, 1 percent). Followed by hRV and hEV (n=5, 6 percent) and hCoV-OC43 (n=2, 2 percent). There were no co-infections with two or more viruses. There was no correlation between age and type of infection. DISCUSSION: This study described the prevalence of these respiratory viruses in pediatric patients with ARI. It was possible to detect false negative results for parainfluenza virus and also to demonstrate the existence of hCoV, hRV and hEV in the region.

Molecular detection and epidemiology of Extended-Spectrum beta-lactamase genes prevalent in clinical isolates of Klebsiella pneumoniae and E coli from Trinidad and Tobago / Detección molecular y epidemiología de genes de beta-lactamasas de Espectro extendido prevalecientes en los aislados clínicos de Klebsiella pneumoniae y E coli en Trinidad y Tobago

OBJECTIVE: The epidemiology of Extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) producing E coli and K pneumoniae is complex and varies among hospitals and countries. This study aimed at describing the molecular detection and epidemiology of ESBL subtypes prevalent in clinical isolates of K pneumonia and E coli in Trinidad and Tobago. METHODS: Over 36-months, isolates of E coli and K pneumoniae from clinical specimens of patients processed at a regional tertiary hospital in the country were identified using standard microbiological methods. MicroScan System (Siemens, USA) was used to determine MIC values while E-test (AB Biodisk, Sweden) assays phenotypically confirmed ESBL production. K pneumoniae (n= 65) and E coli (n = 25) isolates confirmed as ESBL producers were further subjected to multiplex PCR and PFGE tests to determine the ESBL subtypes and clonal relatedness. RESULTS: Female patients (67.8%) and urine samples (65%) yielded most ESBL isolates, with over 90% recovered from the hospital s medicine and surgery facilities. All ESBL isolates including all K pneumoniae producing ESBLs were 100% susceptible to carbapenems and amikacin antimicrobials. Polymerase Chain Reaction detected 100% blaTEM genes, 4.1% blaSHV and 37.5% bla cTX-M genes among E coli isolates. Similarly, 84.3% blaTEM, 34.5% blaSHv and 58.8% bla cTX-M genes were detected in K pneumoniae. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) results showed diverse and unrelated clones. CONCLUSIONS: In this the first report of molecular characterization and epidemiology of ESBL subtypes in E coli and K pneumoniae isolates in Trinidad and Tobago, the CTX-M, mainly phylogenetically group 1 type, was most predominant. Most ESBL isolates were still susceptible to carbapenems and aminoglycosides and their spread appears to be polyclonal and clonally unrelated.

OBJETIVO: La epidemiología de E coli y K pneumoniae productores de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEE) es compleja y varía de un hospital o país a otro. Este estudio tiene por objeto describir la detección molecular y la epidemiología de los subtipos de BLEE prevalecientes en aislados clínicos de K pneumonia y E coli en Trinidad y Tobago. MÉTODOS: Por más de 36-meses, se identificaron aislados de E coli y K pneumoniae a partir de especímenes clínicos de pacientes procesados en el hospital universitario regional del país, utilizando métodos microbiológicos estándar. Se utilizó el sistema MicroScan (Siemens, USA) para determinar los valores MIC, en tanto que la prueba del epsilómetro o E-test (biodisco AB, Suecia) confirmó fenotípicamente la producción de BLEE. Los aislados de K pneumoniae (n = 65) y E coli (n = 25) confirmados como productores de BLEE, fueron posteriormente sometidos a pruebas PCR multiplex y PFGE con el propósito de determinar los subtipos BLEE y la relación clonal. RESULTADOS: Las pacientes (67.8%) y las muestras de orinas (65%) arrojaron el mayor número de aislados de BLEE, siendo más del 90% tomados de las instalaciones de medicina y cirugía del hospital. Todos los aislados de BLEE, incluyendo todas las K pneumoniae productoras de BLEE resultaron 100% susceptibles a los agentes antimicrobianos carbapenem y amikacina. La reacción en cadena de la polimerasa detectó 100% de genes blaTEM, 4.1% de genes blaSHV y 37.5% de genes blaCTX-M entre los aislados de E coli. De manera similar, 84.3% de genes blaTEM, 34.5% blaSHV y 58.8% blaCTX-M fueron detectados en K pneumoniae. Los resultados de la electroforesis en gel de campos pulsados (PFGE) mostraron clones diversos y no relacionados. CONCLUSIONES: En este primer reporte de caracterización molecular y epidemiología de subtipos de BLEE en aislados de E coli y K pneumoniae en Trinidad y Tobago, el tipo principalmente filogenéticamente CTX-M grupo 1 fue el de mayor prevalencia. La mayoría de los aislados de BLEE eran todavía susceptibles a los carbapenems y los aminoglucósidos, y su extensión parece ser policlonal y no hallarse clonalmente relacionada.