Identificación genética del orégano de Putre (Origanum vulgare L) mediante ITS y microsatélites, una especie reconocida en Chile con Sello de Origen / Genetic identification of the Putre's oregano (Origanum vulgare L) by ITS and microsatellites, a species recognized in Chile with Seal of Origin

Putre ́s oregano (Origanum vulgare L.) is a variety of oregano that grown in the Arica-Parinacota Region. Its organoleptic attributes and unique production conditions have earned it a certification with Geographical Indication (GI). However, the demands of the markets require a scientific-technological support for identification and authentication of materials. In this context, was proposed to identify Putre's oregano by phylogenetic relationships based on the use of molecular markers SSR and "DNA Barcode". The results showed that when comparing materials from different sources of Putre ́s oregano versus information from certified germplasms and GenBank sequences, added to the analysis with nuclear genetic markers, Putre ́s oregano corresponds to the species Origanum vulgare L. subsp virens. This precise identification will support the correct differentiation and authentication of this genotype, serving in addition to supporting the GI.

El orégano de Putre (Origanum vulgare L.) es una variedad de orégano que se cultiva en la Región de Arica y Parinacota. Sus atributos organolépticos y condiciones únicas de producción lo han hecho acreedor de una certificación con Indicación Geográfica (IG). Sin embargo, las exigencias de los mercados requieren de un respaldo científico-tecnológico de identificación y autenticación de materiales. En este contexto, se propuso identificar el orégano de Putre mediante relaciones filogenéticas a partir del uso de marcadores moleculares SSR y "DNA Barcode". Los resultados demostraron que al comparar los materiales de distintas procedencias de orégano de Putre versus la información desde germoplasmas certificados y secuencias de GenBank, sumado al análisis con marcadores genéticos nucleares, el orégano de Putre corresponde a la especie Origanum vulgare L. subsp virens. Esta identificación precisa dará soporte a la correcta diferenciación y autenticación de este genotipo, sirviendo además de apoyo a la IG.

Nuevos marcadores mitocondriales mejoran la filogenia de la tortuga carey Eretmochelys imbricata (Testudines: Cheloniidae) / New mitochondrial markers improve the phylogeny of the hawksbill turtle Eretmochelys imbricata (Testudines: Cheloniidae)

Las tortugas marinas (Cheloniidae) son un grupo de siete especies originadas en el cretaceo. Analisis de secuencias parciales de DNA mitocondrial han revelado inconsistencias filogeneticas dentro de este grupo de quelonios. Sin embargo, estos marcadores mitocondriales han permitido entender y dilucidar la composicion de las poblaciones en areas de forrajeo, habitos reproductivos, inferencias de patrones de migracion y tambien definir las unidades de manejo en el mundo, con el fin de proponer planes de manejo y conservacion. El objetivo de este estudio fue evaluar la posicion de la tortuga carey E. imbricata dentro de la familia Cheloniidae y la filogenia de las tortugas marinas utilizando genes mitocondriales codificantes de proteinas, genes ribosomicos y el genoma mitocondrial completo de la tortuga carey anidante del Caribe colombiano, al compararlo con las otras seis especies de tortugas marinas disponibles en GenBank. Se utilizaron cuatro metodos de inferencias filogeneticas: Neighbor-Joining (NJ), Maxima Verosimilitud (ML), Maxima Parsimonia (MP) e Inferencia Bayesiana (IB). Los arboles NJ, ML, MP e IB mostraron que ND2, COX1, 16S ARNr, ND5, 12S ARNr, ND4, COX3 y ND1 son los marcadores que presentan una mejor resolucion filogenetica con sustentos bootstrap entre 89,0% y 99,98%. Los genes ATP6, ATP8, COX2, ND3, ND4L y ND5 presentaron politomias y establecieron relaciones filogeneticas equivocadas. El analisis con el mitogenoma completo presento arboles altamente sustentados (bootstrap de 98,0%) en comparacion con el analisis con marcadores individuales. Los arboles obtenidos con el gen ND2 e IB resolvieron con buen sustento las relaciones evolutivas entre las especies comparadas, consolidandose la posicion de E. imbricata dentro de la tribu Carettini con probabilidad posterior de 0,98-1,0. Los marcadores ND2, ND5, ND4, COX3 y ND1 no han sido utilizados en trabajos previos y representan una nueva alternativa para explicar la filogenia en este grupo de reptiles marinos. En el presente caso utilizando mitogenomas completos se obtuvieron arboles robustos y altamente sustentados.

The sea turtles (Cheloniidae) are a group of seven species of cretaceous origin. Analyses of partial mitochondrial sequences have revealed phylogenetic inconsistences within this group. Nevertheless, these mitochondrial markers have allowed us to understand, explain and clarify population composition in areas of foraging, reproductive habits, inferences of migration patterns and, also, to define management units in the world, in order to trace conservation and monitoring plans. In this study, four methods were evaluated and compared for phylogenetic inference (Neighbor-Joining-NJ, Maximum Likelihood-ML, Maximum Parsimony-MP and Bayesian inference-BI) by using coding genes, ribosomal genes and full mitogenomes of the hawksbill, E. imbricata, and other six species of sea turtles obtained from GenBank. The sequences were analyzed independently and jointly to identify the method and marker that better explain the phylogenetic relationships among this group of reptiles. The NJ, ML, MP and BI trees showed that ND2, COX1, 16S rRNA, ND5, 12S rRNA, ND4 and COX3 are the markers that give phylogenetic trees with better resolution and support, with bootstrap values ranging from 89.0% to 99.98%. ATP6, ATP8, COX2, ND1, ND3, ND5 and ND4L genes presented polytomies. The analysis with full mitogenome often provides highly supported trees (bootstrap 98.0%) compared with single marker analysis. Trees obtained with the BI method and the ND2 gene is the one that better resolved the evolutionary relationships among the species, consolidating the position of E. imbricata within the Carettini tribe with a value of posterior probability of 0.98-1.0. The markers ND2, ND4, ND5 and COIII, not used in previous works, represent a new alternative to explain the phylogeny in this group of marine reptiles. In the present study, a complete mitogenome analysis produced robust and highly supported trees.

Diversidad genética y relaciones de parentesco de las poblaciones silvestres y cultivadas de pejibaye (Bactris Gasipaes, Palmae), utilizando marcadores microsatelitales / Genetic diversity and kin relationships among wild and cultivated populations of the pejibaye palm (Bactris gasipaes, Palmae) using microsatellite markers

Genetic diversity and kin relationships among wild and cultivated populations of the pejibaye palm (Bactris gasipaes, Palmae) using microsatellite markers. The genetic diversity of the peach palm (Pejibaye, Bactris gasipaes Kunth) was evaluated using four nuclear DNA microsatellites in an effort to elucidate the evolution and domestication of this crop. A total of 258 samples from seven wild populations and eleven races were analyzed. All loci were polymorphic and a total of 50 alleles were identified. Average genetic diversity (0.67) and genetic differentiation among populations (Fst=0.16) were high when all populations were considered. Genetic differentiation was lower when the populations were grouped according to their origin into Western and Eastern populations (Fst=0.13 for both). Gene flow was slightly higher among Western populations (Nm=1.71) than among Eastern populations (Nm=1.62). The Putumayo, Yurimaguas, Vaupés, Tucurrique and Guatuso races seem to have been subjected to intense human selection. Hybrid populations exist in Azuero, Tuira, Cauca, Vaupés, Puerto Ayacucho and Solimoes, probably resulting from exchange and introgressions among sympatric wild and cultivated populations. Genetic distance (Dm) was estimated to determine the degree of relationship among populations using the neighbor-joining method; the wild populations from Maracaibo were used as the outgroup. The populations were divided into three general groups: Maracaibo (B. caribaea, B. macana var veragua and B. macana var arapuey), Eastern Amazon (Tembe, Pará and Acre) and a third group with two subgroups, Western (Azuero, Chontilla, Tuira, Cauca, Tucurrique and Guatuso) and Upper Amazon (B. dahlgreniana, Puerto Ayacucho, Solimoes, Vaupés and Putumayo). The genetic relationships strongly support the hypothesis that peach palm was brought into cultivation independently in no less than three areas: the Western Andes (extending into lower Central America); Upper...

Se evaluó la diversidad genética en cuatro microsatélites de ADN de pejibaye (Bactris gasipaes Kunth) para relacionarlos con su evolución y domesticación. Se analizaron 258 muestras procedentes de siete poblaciones silvestres y once razas cultivadas. Todos los loci eran polimórficos y se identificaron 50 alelos en total. La diversidad genética fue alta (0.67). Todas las poblaciones reunidas obtuvieron una alta diferenciación genética (Fst=0.16), pero cuando se separaron en poblaciones occidentales y orientales fue menor (Fst=0.13 para ambas). El flujo genético presente en las poblaciones occidentales fue mayor (Nm=1.71) que en las orientales (Nm=1.62). Por otra parte, se encontró que las razas de Putumayo, Yurimaguas, Vaupés, Tucurrique, y Guatuso aparentemente han sido sometida a una intensa selección humana. Además, la existencia de poblaciones híbridas es el resultado del intercambio entre pueblos del neotrópico e introgresiones con poblaciones silvestres y cultivadas. Se estimó la distancia genética Dm para generar un dendograma por el método del vecino más cercano. Definimos tres grupos de poblaciones: Maracaibo (B. caribaea, B. macana var veragua y B. macana var arapuey), Amazonía Oriental (Tembe, Pará y Acre) y el grupo compuesto por dos subgrupos, Occidental (Azuero, Chontilla, Tuira, Cauca, Tucurrique y Guatuso) y Alto Amazonas (B. dahlgreniana, Puerto Ayacucho, Solimões, Vaupés y Putumayo). La relación genética coincide con la hipótesis de que la palmera del pejibaye ha sido domesticada independientemente por lo menos en tres regiones.