Occurrence of the bacteria in a hospital environment and their sensitivity profile to the main antimicrobials in a reference general hospital in Curitiba, Brazil / Ocorrência de bactérias em ambiente hospitalar, e seu perfil de sensibilidade aos principais antimicrobianos em um hospital de referência em Curitiba, Brasil / Ocurrencia de bacterias en ambiente hospitalario y su perfil de sensibilidad a los principales antimicrobianos en un hospital de referencia en Curitiba, Brasil

Introduction: Antimicrobial resistance rates are increasing in both hospital and community settings, creating a favorable environment for the development of superbacteria. Therefore, local studies are necessary for the proper management of current antimicrobial arsenals and for addressing the current bacteriological scenario. Aim: The aim of this study is to profile bacterial epidemiology in a hospital in Curitiba, Brazil and associate it with the effectiveness of antimicrobial therapy. Methodology: Data from 2019 to 2021 were collected by the Center for Epidemiology and Hospital Infection Control (CEHIC), and this was a quantitative single-center study. Results: The most commonly detected microorganisms were Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, and Enterobacter cloacae. A. baumannii and K. pneumoniae had the lowest mean sensitivity coefficients, while S. aureus was the most sensitive. Erythromycin was the least effective antimicrobial agent, while daptomycin was the most effective. Conclusion: These results are consistent with the literature and can be used to optimize empiric therapies, as there are already important therapeutic failures associated with antimicrobial resistance.

Introdução: As taxas de resistência antimicrobiana estão em ascensão tanto em ambientes hospitalares como comunitários, criando um cenário propício para o desenvolvimento de superbactérias e, assim, torna-se necessário estudos locais para uma gestão adequada dos arsenais antimicrobianos atuais e frente ao cenário bacteriológico atual. Objetivo: O escopo desse estudo visa traçar o perfil epidemiológico bacteriano num hospital em Curitiba, Brasil e associá-lo à eficácia da terapia antimicrobiana. Metodologia: Os dados de 2019 a 2021 foram recolhidos pelo Centro de Epidemiologia e Controle de Infecções Hospitalares (CECIH), sendo este um estudo unicêntrico quantitativo. Resultados: Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis, e Enterobacter cloacae foram os microrganismos mais comuns detectados. A. baumannii e K. pneumoniae tinham as médias de coeficiente de sensibilidade mais baixas, enquanto S. aureus era o mais sensível. A eritromicina era o agente antimicrobiano menos eficaz, enquanto a daptomicina era o mais eficaz. Conclusão: Estes resultados estão de acordo com a literatura e podem ser utilizados para otimizar as terapias empíricas, visto que já há falhas terapêuticas importantes associadas a resistência antimicrobiana.

Introducción: Las tasas de resistencia antimicrobiana están en aumento tanto en el ámbito hospitalario como en el comunitario, creando un escenario propicio para el desarrollo de superbacterias, por lo que son necesarios estudios locales para una gestión adecuada de los actuales arsenales antimicrobianos y hacer frente al escenario bacteriológico actual. Objetivo: El alcance de este estudio pretende trazar el perfil epidemiológico bacteriano en un hospital de Curitiba, Brasil y asociarlo a la eficacia de la terapia antimicrobiana. Metodología: Los datos de 2019 a 2021 fueron recogidos por el Centro de Epidemiología y Control de Infecciones Hospitalarias (CECIH), siendo un estudio cuantitativo unicéntrico. Resultados: Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus epidermidis, Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus haemolyticus, Staphylococcus hominis y Enterobacter cloacae fueron los microorganismos más frecuentes detectados. A. baumannii y K. pneumoniae presentaron los coeficientes medios de sensibilidad más bajos, mientras que S. aureus fue el más sensible. La eritromicina fue el agente antimicrobiano menos eficaz, mientras que la daptomicina fue el más eficaz. Conclusión: Estos resultados concuerdan con la literatura y pueden ser utilizados para optimizar las terapias empíricas, pues ya existen importantes fracasos terapéuticos asociados a la resistencia antimicrobiana.

Sensibilidad antimicrobiana y mortalidad intrahospitalaria de infecciones comunitarias y nosocomiales en la Unidad de Cuidados Intensivos del Hospital Ángeles del Carmen / Antimicrobial susceptibility and mortality of community and nosocomial acquired infections in the Intensive Care Unit at Hospital Ángeles del Carmen / Susceptibilidade antimicrobiana e mortalidade hospital por infecções comunitárias e nosocomiais na Unidade de Terapia Intensiva do Hospital Ángeles del Carmen

Resumen: Introducción: el manejo de antibióticos en las unidades de cuidados intensivos (UCI) es un tema prioritario. Conocer la epidemiología bacteriana y su sensibilidad es fundamental para aumentar la sobrevida de nuestros pacientes. Material y métodos: se realizó un estudio tipo cohorte retrospectiva en la Unidad de Cuidados Intensivos del Hospital Ángeles del Carmen durante el periodo de 2018 a 2020 en pacientes con infección documentada y con cultivo positivo. Se obtuvo el patrón de sensibilidad antimicrobiana y se analizó de acuerdo al origen Gram, tipo de infección, reactantes de fase aguda y mortalidad. Se realizó comparación de medias y proporciones con χ2, t de Student y ANOVA. Se obtuvieron razones de desventajas (OR) para identificar variables asociadas a resolución. Se consideró un valor de p < 0.05 para significancia estadística. Resultados: se analizaron 308 cultivos bacterianos obtenidos de 188 pacientes, principalmente de origen respiratorio, urinario y torrente sanguíneo (76.7%), de origen nosocomial (65.3%), con predominio de gram-negativos (65%) multidrogorresistentes. La procedencia comunitaria se asoció más a infección que la nosocomial (85 versus 61.7%, OR 3.5, IC 95% 1.93-6.45, p < 0.001). El porcentaje de infección fue mayor en gram-negativos (71.8 versus 66%, OR 1.10, IC 95% de 0.91-1.32, p = 0.297). Las infecciones por gram-positivos tuvieron menor porcentaje de mortalidad que aquéllas por gram-negativos (17.9 versus 30.7%, OR 0.49, IC 95% de 0.27-0.88, p = 0.016) así como las infecciones comunitarias en comparación con nosocomiales (17.8 versus 30.8%, OR 0.48, IC 95% de 0.27-0.86, p = 0.013). Conclusión: las bacterias predominantes en nuestra unidad de cuidados críticos son bacilos gram-negativos multidrogorresistentes, provenientes de infecciones respiratorias, urinarias y de torrente sanguíneo. Las infecciones por gram-positivos y adquiridas en la comunidad se asociaron a menor riesgo de mortalidad.

Abstract: Introduction: local identification of antimicrobial susceptibility and resistance patterns must be a priority in intensive care units. Material and methods: a cohort study was conducted in the intensive care unit from 2018 to 2020, identifying patients with an infectious diagnosis and a positive culture, with prospective clinical and laboratory follow-up. Antimicrobial resistance patterns were analyzed according to source, gram, type of infection, acute phase reactants and outcome, comparing means and proportions with χ2, Student t and ANOVA. OR were obtained to identify resolution-associated variables. A p < 0.05 value was considered as statistically significant. Results: 308 cultures were analyzed, obtained from 188 patients. Primary souces were respiratory, urinary and bloodstream (76.7%), 65.3% were from in-hospital infections, and 65% were caused by gram-negative multi-drug resistant bacteria. Community cultures were more associated with infection compares with in-hospital cultures (85 vs 61.7%, OR 3.5, 95% CI 1.93-6.45, p < 0.001). Gram-negative bacteria had a greater association with infection compared with gram-positive (71.8 vs 66%, OR 1.10, 95% CI 0.91-1.32, p = 0.297), but infections caused by gram-positive bacteria had a greater association with resolution (82.1 vs 68.8%, OR 2.07, 95% CI 1.16-3.70, p = 0.019), as well as community infections (82.2 vs 68.7%, OR 2.11, 95% CI 1.18-3.77, p = 0.016). Conclusion: multi-drug resistant gram-negative bacteria were the principal isolates found in respiratory, urine and bloodstream infections in our intensive care unit. Community infections and gram-positive isolates were associated with greater resolution rates.

Resumo: Introdução: a gestão de antibióticos em Unidades de Cuidados Intensivos é uma questão prioritária. Conhecer a epidemiologia bacteriana e sua suscetibilidade é essencial para aumentar a sobrevida de nossos pacientes. Material e métodos: foi realizado um estudo de coorte retrospectivo na Unidade de Terapia Intensiva do Hospital Ángeles del Carmen durante o período de 2018 a 2020, em pacientes com infecção documentada e com cultura positiva. O padrão de sensibilidade antimicrobiana foi obtido e analisado segundo origem, grama, tipo de infecção, reagentes de fase aguda e mortalidade. A comparação de médias e proporções foi feita com χ2, teste t de Student e ANOVA. Razões de desvantagem (OR) foram obtidas para identificar variáveis ​​associadas à resolução. Um valor de p < 0.05 foi considerado para significância estatística. Resultados: foram analisadas 308 culturas bacterianas obtidas de 188 pacientes, principalmente de origem respiratória, urinária e sanguínea (76.7%), de origem nosocomial (65.3%), com predominância de gram-negativos (65%) multirresistentes. A origem comunitária foi mais associada à infecção do que a nosocomial (85 vs 61.7%, OR 3.5, IC 95% 1.93-6.45, p < 0.001). A porcentagem de infecção foi maior para gram-negativos (71.8 vs 66%, OR 1.10, IC 95% 0.91-1.32, p = 0.297). As infecções Gram-positivas tiveram uma taxa de mortalidade menor do que as infecções Gram-negativas (17.9 vs 30.7%, OR 0.49, IC 95% de 0.27-0.88, p = 0.016), bem como infecções comunitárias em comparação com as nosocomiais (17.8 vs 30.8%, OR 0.48, IC 95% de 0.27-0.86, p = 0.013). Conclusão: as bactérias predominantes em nossa unidade de terapia intensiva são bacilos gram-negativos multirresistentes, originários de infecções respiratórias, urinárias e de corrente sanguínea. As infecções gram-positivas e adquiridas na comunidade foram associadas a um menor risco de mortalidade.

Antimicrobial susceptibility of Salmonella Gallinarum and Salmonella Pullorum isolated from ill poultry in Brazil / Suscetibilidade a antimicrobianos de Salmonella Gallinarum e Salmonella Pullorum isolados de aves doentes no Brasil

ABSTRACT: Salmonella Gallinarum (S. Gallinarum) and Salmonella Pullorum (S. Pullorum) are poultry host-specific, agents of fowl typhoid and pullorum disease, respectively. These biovars cause septicemic infections, resulting in high mortality. Outbreaks are frequently reported worldwide, causing losses due to the elimination of infected flocks and treatments. The use of antimicrobial agents is frequent in poultry farms to prevent or treat gastrointestinal infections. In the present research it was evaluated the antimicrobial susceptibility of 50 S. Gallinarum and S. Pullorum isolates, from outbreaks that occurred between 1987 to 1991 and 2006 to 2013. The comparison of the susceptibility profiles showed that all isolates were susceptible to β-lactams. All isolates from 1987-1991 were susceptible to all antibiotics tested except NAL and CIP (78%). The susceptibility profile of S. Gallinarum (2006 - 2013 period) was the following NAL (58%), CIP (63%), ENR (67%), TET (92%), FFC (96%) and SXT (96%). S. Pullorum isolates (2006 - 2013 period) showed the following susceptibility rates to NAL (65%), CIP (71%), ENR (94%) and TET (94%). All isolates were susceptible to β-lactams tested, however, resistance to quinolones and fluoroquinolones increased over time. Furthermore, low levels of resistance to other antibiotics were found in recent isolates, such as tetracyclines.

RESUMO: Salmonella Gallinarum (S. Gallinarum) e Salmonella Pullorum (S. Pullorum) são patógenos hospedeiro-específico de aves, agentes do tifo aviário e pulorose, respectivamente. Estes biovares causam infecções septicêmicas, resultando em alta mortalidade. Surtos são frequentemente relatados em diversos países, causando prejuízos devido à eliminação de lotes infectados e tratamentos. Agentes antimicrobianos são utilizados frequentemente em granjas avícolas para prevenir ou tratar infecções gastrointestinais. No presente trabalho, foi avaliada a susceptibilidade antimicrobiana de 50 isolados de S. Gallinarum e S. Pullorum, obtidos durante surtos que ocorreram entre 1987 a 1991 e entre 2006 a 2013. A comparação dos perfis de sensibilidade mostrou que todas as amostras são sensíveis aos β-lactâmicos. Todos os isolados de 1987-1991 foram sensíveis a todos os antibióticos testados, exceto NAL e CIP (78%). O perfil de susceptibilidade de S. Gallinarum (surtos de 2006 a 2013) foi NAL (58%), CIP (63%), ENR (67%), TET (92%), FFC (96%) e SXT (96%). Isolados de S. Pullorum (surtos de 2006 a 2013) apresentaram as seguintes taxas de sensibilidade: NAL (65%), CIP (71%), ENR (94%) e TET (94%). Todas as amostras foram sensíveis ao β-lactâmicos testados, no entanto, a resistência às quinolonas e fluoroquinolonas aumentou ao longo do tempo. Além disso, baixos níveis de resistência a outros antibióticos foram encontrados em isolados recentes, tais como as tetraciclinas.

Investigation in vivo of Enterococcus faecalis in endodontic retreatment by phenotypic and genotypic methods / Investigação in vivo de Enterococcus faecalis em retratamento endodôntico por meio de métodos fenotípicos e genotípicos

This study aimed to investigate the prevalence of E. faecalis in root-filled canals using culture and molecular approaches. It was evaluated the antimicrobial susceptibility to different antibiotics and the virulence factors of E. faecalis isolates. Microbial samples were taken from thirty root-filled canals. Culture methods and 16S rDNA assay were used to identify E. faecalis. The antimicrobial susceptibility of E. faecalis was determined by MIC values using the E test. Cultivable strains of E. faecalis were investigated for virulence factors by PCR technique. E. faecalis were detected by culture (7/30), traditional PCR assay (13/30) and nested PCR (23/30). Both PCR were significantly more effective than culture in detecting E. faecalis (p < 0.05). All tested E. faecalis were highly sensitive to amoxicillin. Some strains of E. faecalis were resistant to antibiotics such as rifampicin (4/12), erythromycin (3/12) and azythromycin (8/12). The genes efaA and ace were detected in all isolates. The other virulence genes were found in 91.6 (gelE), 83.3 (asa), 25 (esp) and 16.6% (cylA). Strains of E. faecalis isolated from root-filled canals showed virulence factors related to adherence. They also showed resistance to some antibiotics commonly used in dentistry.

O objetivo deste estudo foi investigar a prevalência de E. faecalis em dentes tratados endodonticamente utilizando as técnicas de cultura e molecular. Foram avaliados a suscetibilidade antimicrobiana frente a diferentes antibióticos e os fatores de virulência de E. faecalis isolados. As amostras foram coletadas de 30 dentes tratados endodonticamente. Métodos de cultura e 16S rDNA foram utilizados para identificar E. faecalis. A suscetibilidade antimicrobiana de E. faecalis foi determinada por valores de MIC, utilizando o E test. Os fatores de virulência de cepas de E. faecalis cultiváveis foram investigados pela técnica de PCR. E. faecalis foram detectados por cultura (7/30), PCR tradicional (13/30) e nested PCR (23/30). Ambas as técnicas de PCR foram significativamente mais eficazes do que a cultura na detecção de E. faecalis (p < 0,05). Todos os E. faecalis testados foram altamente sensíveis à amoxicilina. Algumas cepas de E. faecalis foram resistentes a antibióticos, como a rifampicina (4/12), eritromicina (3/12) e azitromicina (8/12). Os fatores de virulência efaA e ace foram detectados em todos os isolados. Os outros genes de virulência foram encontrados em 91,6 (gelE), 83,3 (asa), 25 (esp) e 16,6% (cylA). As cepas de E. faecalis isoladas em dentes tratados endodonticamente mostraram fatores de virulência relacionados à adesão. Eles também apresentaram resistência a alguns antibióticos comumente utilizados na odontologia.

Ocorrência e perfil de resistência antimicrobiana de sorotipos de Salmonella spp. isolados de aviários do Paraná, Brasil / Occurrence and antimicrobial resistance profile of Salmonella spp. serotypes isolated from poultry farms in Paraná, Brazil

O presente estudo foi conduzido para verificar o perfil de resistência de diferentes sorotipos de Salmonella spp. isolados em aviários de frango de corte frente a agentes antimicrobianos. Foram processados 342 suabes de arrasto provenientes de granjas avícolas do oeste do Paraná, no período de janeiro de 2010 a janeiro de 2011, sendo isoladas 39 amostras de Salmonella spp. Os sorotipos mais frequentes foram: S. Heidelberg, S. Mbandaka, S. Newport, S. Schwarzengrund, S. Enteritidis, S. Livingstone, S. Orion, S. Give e S. Infantis. A determinação do perfil de resistência para os 19 sorotipos de Salmonella identificados foi realizada em relação a 12 antimicrobianos comerciais. Os resultados indicam que 51% dos sorotipos de Salmonella apresentaram resistência a um ou mais antimicrobianos, com 12 diferentes padrões de resistência. O maior percentual de resistência foi verificado à tetraciclina (30,8%), e o menor à gentamicina e cloranfenicol (2,6%). Os níveis de resistência indicam que os antimicrobianos devem ser utilizados nos aviários de forma mais prudente, buscando, assim, minimizar a disseminação de cepas resistentes.(AU)

The present study was carried to verify the resistance profile of different Salmonella spp. serotypes isolated from a poultry broiler house against antimicrobial agents. Tree-hundred and forty two drag swabs from poultry farms in western Paraná were processed in the period from January 2010 to January 2011, and 39 Salmonella spp. Strains were isolated. The serovars were mostly: S. Heidelberg, S. Mbandaka, S. Newport, S. Schwarzengrund, S. Enteritidis, S. Livingstone, S. Orion, S. Give and S. Infantis. The determination of the resistance profile to the 19 identified Salmonella serotypes was evaluated against 12 antimicrobial commercials. The results indicate that 51% of Salmonella serotypes showed resistance to on or more antimicrobials, with 12 different resistance patterns. The highest percentage of resistance was related to tetracycline (30,8%) and the lowest one to gentamicin and chloramphenicol (2,6%). The resistance levels indicate that antimicrobials should be used on poultry farms more carefuly, thus seeking to minimize the spread of resistant strains.(AU)

Avaliação da suscetibilidade antimicrobiana e do perfil de macrorrestrição do DNA de isolados humanos de Salmonella serovar Typhimurium fagotipo 193, no período de 1970 a 2008 / Assessment of antimicrobial susceptibility and macrorestriction DNA of human isolates of Salmonella serovar typhimurium phage type 193 in the period 1970 to 2008

Para analisar cepas de Salmonella ser. Typhimurium isoladas de processos entéricos e extraintestinais humanos ocorridos no período de 1970 a 2008 de diferentes regiões do país foram selecionadas, com base nos registros contidos no banco de dados do Laboratório de Enterobactérias do IOC/FIOCRUZ, RJ, amostras do fagotipo prevalente 193, visando precipuamente o reconhecimento de clones epidêmicos. Foram selecionadas 553 cepas de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 representadas por 91, 65, 70 e 327 amostras referentes as décadas de 70, 80, 90 e ao período de 2000 a 2008, respectivamente. Na análise global da sensibilidade destas cepas, 52% apresentaram um ou mais marcadores de resistência a antibióticos incluídos no perfil ACSSuT. Este perfil de resistência completo foi verificado em 20,9% dos isolados, sendo os 21,9% restantes, sensíveis a todas as drogas testadas, especialmente no período de 2000 a 2008, representadas por 121 amostras (37,0%) em relação as 327 culturas dessa época. O maior percentual de resistência foi observado nas amostras da década de 70 (99%) sendo o perfil ACSSuT detectado em 35,2% dos isolados, ressaltando-se que todas as amostras foram isoladas de processos gastroentéricos ocorridos na cidade de São Paulo. Ao longo das quatro décadas de estudo, descreve-se um ponto de ruptura entre a prevalência de resistência e a suscetibilidade na transição entre as décadas de 80 e 90. Embora o número de isolados de Salmonalla ser. Typhimurium fagotipo 193 tenha aumentado no último período considerado, o percentual de mono e multirresistência aos antimicrobianos se situou em nível elevado (63,0%). A análise do polimorfismo obtido após macrorrestrição com a enzima Xbal revelou que cepas isoladas na década de 90 apresentaram elevado percentual de similaridade (>-85%) com cepas isoladas recentemente (período de 2000-2008), sendo agrupadas nos mesmos "subclusters". Por outro lado, as cepas da década de 70 inserem-se em "subclusters" independentes...

To analyze strains of Salmonella ser. Typhimurium isolated from human cases of enteric and extraintestinal occurred during the period 1970 to 2008 of different regions of Brazil were selected, based on records in the database from Enterobacteria Laboratory of IOC/FIOCRUZ, RJ, samples prevalent phage type 193 in order to recognition of epidemic clones. We selected 553 strains of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 represented by 91, 65, 70 and 327 samples concerning the 1970s, 1980s, 1990s and the period from 2000 to 2008, respectively. In a global analysis of the sensitivity of these strains, 52% had one or more antibiotic resistance markers included in the profile ACSSuT. This resistance profile was found complete in 20.9% of isolates and the remaining 21.9%, sensitive to all drugs tested, especially in the period 2000 to 2008, represented by 121 samples (37.0%) compared the 327 cultures of that time. The highest percentage of resistance was observed in the samples of the 70 (99%) being the profile ACSSuT detected in 35.2% of isolates, emphasizing that all strains were isolated from gastrointestinal processes occurring in São Paulo city. Over the four decades of study, we describe a breaking point between the prevalence of resistance and susceptibility in the transition between the 1980s and 1990s. Although the number of isolates of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 has increased in the last period, the percentage of mono-and-multidrug resistance to antimicrobial agents stood at high level (63.0%). The analysis of polymorphism obtained after macrorestriction with the enzyme Xbal showed that isolates in the 1990s showed a high percentage of similarity (>-85%) with strains isolated recently (2000-2008) and are grouped in the same subclusters. Moreover, the strains of the 1970s fall into subclusters independent, although the percentage of similarity between such subsclusters and the other is >- 70%, the same was observed for the strains...