ABSTRACT
Peptide-based therapeutics are increasingly pushing to the forefront of biomedicine with their promise of high specificity and low toxicity.Although noncanonical residues can always be used,employing only the natural 20 residues restricts the chemical space to a finite dimension allowing for comprehensive in silico screening.Towards this goal,the dataset comprising all possible di-,tri-,and tetra-peptide com-binations of the canonical residues has been previously reported.However,with increasing computa-tional power,the comprehensive set of pentapeptides is now also feasible for screening as the comprehensive set of cyclic peptides comprising four or five residues.Here,we provide both the com-plete and prefiltered libraries of all di-,tri-,tetra-,and penta-peptide sequences from 20 canonical amino acids and their homodetic(N-to-C-terminal)cyclic homologues.The FASTA,simplified molecular-input line-entry system(SMILES),and structure-data file(SDF)-three dimension(3D)libraries can be readily used for screening against protein targets.We also provide a simple method and tool for conducting identity-based filtering.Access to this dataset will accelerate small peptide screening workflows and encourage their use in drug discovery campaigns.As a case study,the developed library was screened against severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2)main protease to identify po-tential small peptide inhibitors.
ABSTRACT
With the aim of increasing the nutritional value of whey, a subtilisin was used for hydrolysing its proteins and obtaining high di-tripeptide and free amino acid contents, besides small amounts of large peptides. The whey protein concentrate was used as raw material and different hydrolytic conditions were tested such as reaction time (5, 10 and 15h), enzyme:substrate ratio (1:100, 2:100 and 4:100) and raw material concentration (10% and 15%). The peptide profi les were initially characterized using a fractionation method by a size-exclusion-HPLC followed by a rapid Corrected Fraction Area method for quantifying the peptides. The action of subtilisin showed varied effects depending on the hydrolysis parameters used. The best peptide profi le was obtained using a raw material concentration of 10%, an enzyme:substrate ratio of 4:100, after 5h reaction, reaching 13.34% ofdi-tripeptides, 45.56% of free amino acids and just 12.28% of large peptides.
Con el propósito de mejorar el valor nutricional del suero lácteo, fue empleada una subtilisina para hidrolizar sus proteínas y obtener un alto contenido de di-tri péptidos, aminoácidos libres con reducción del tenor de grandes péptidos.La materia prima fue el concentrado proteico del suero lácteo y diferentes condiciones de hidrólisis fueron probadas: tiempo de hidrólisis(5, 10 y 15h), la relación enzima: substrato (1:100, 2:100 y 4:100) y la concentración de la materia prima (10% y 15%). Se caracterizó elperfi l peptídico por medio de fraccionamiento de los hidrolizados utilizando cromatografía líquida de alta efi ciencia de exclusión moleculary la cuantifi cación de los componentes de las fracciones cromatográfi cas fue realizada por el método rápido del área corregida de la fracción. Para los parámetros estudiados, se observaronefectos variados de la subtilisina en la obtención de los hidrolizados, y el mejor perfi l peptídico fue encontrado cuando se utilizó la concentración de materia prima de 10%, relación enzima: substrato de 4:100 y 5 horas de reacción. Estas condiciones dieron origen a un hidrolizado compuesto de 13,34% de di-tripeptídeos, 45,56%de aminoácidos libres y sólo 12,28% de grandes péptidos.
Com o intuito de elevar o valor nutricional do soro de leite, foi empregada uma subtilisinapara hidrolisar suas proteínas e obter alto teor de di-tripeptídios, e de aminoácidos livres, alémde pequena quantidade de grandes peptídios. A matéria-prima utilizada foi o concentrado proteico do soro de leite e diferentes condições hidrolíticas foram testadas, tais como o tempo dereação (5, 10 e 15h), a relação enzima:substrato (1:100, 2:100 e 4:100) e a concentração damatéria-prima (10% e 15%). Caracterizou-se o perfil peptídico pelo fracionamento dos hidrolisados por cromatografia líquida de alta eficiência de exclusão molecular e, para a quantificação dos componentes das frações cromatográficas, empregou-se o método rápido da Área Corrigida da Fração. Para os parâmetros estudados, observaram-se efeitos variados da subtilisina na obtenção dos hidrolisados, sendo que o melhor perfil peptídico foi encontrado ao se empregar a concentração da matéria-primade 10%, relação enzima:substrato de 4:100, após 5 h de reação, tendo obtido 13,34% de ditripeptídeos, 45,56% de aminoácidos livres e, apenas, 12,28% de grandes peptídios.