Genetic parameters of girolando crossbred cows in dairy herds in the State of Acre, Brazil / Parâmetros genéticos de vacas mestiças girolando em rebanhos leiteiros no Estado do Acre, Brasil / Parámetros genéticos de vacas cruzadas girolando en ganados lecheros en el Estado de Acre, Brasil

This study aimed at estimating genetic parameters for milk production and conformation characteristics in Girolando crossbred dairy cows reared in the High and Low Acre region using the restricted maximum likelihood methodology, under an animal model. We estimated the variance components and genetic parameters using the REML/BLUP procedure (Restricted Maximum Likelihood Methodology/Best Linear Unbiased Prediction). The estimated average for milk production for 305 days of lactation (P305) was of 1523.25 ± 481.11 kg, with a heritability of 0.38 for this characteristic. The conformation characteristics showed no significant correlation with milk production. The phenotypical correlations between the linear characteristics of type were, in general, positive and moderate. The P305 obtained in this study can be considered low and indicates that there is a possibility of increasing milk production through selection in herds along with the use of tested and proven bulls. The heritability estimate found (0.38) indicates that there is genetic variability for milk production, demonstrating that selection for this characteristic would result in genetic progress.(AU)

Este estudo teve como objetivo estimar parâmetros genéticos para produção de leite e características de conformação em vacas leiteiras mestiças Girolando criadas na região do Alto e Baixo Acre, utilizando a metodologia da máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal. As estimativas dos componentes de variância e dos parâmetros genéticos foram realizadas pelo procedimento REML/BLUP (Máxima verossimilhança restrita/Melhor predição linear não viesada). A média estimada para produção de leite aos 305 dias de lactação (P305) foi de 1.523,25 ± 481 kg e a herdabilidade para esta característica foi de 0,38. As características de conformação não apresentaram correlação significativa com a produção de leite. As correlações fenotípicas entre as características lineares de tipo foram em geral positivas e de magnitude moderada. A P305 obtida neste estudo pode ser considerada baixa e indica que existe a possibilidade de aumento da produção de leite através de seleção nos rebanhos, juntamente com a utilização de touros testados e provados. A estimativa de herdabilidade encontrada (0,38) indica que há variabilidade genética para produção de leite, demonstrando que a seleção para esta característica resultaria em progresso genético.(AU)

El objetivo del estudio fue estimar los parámetros genéticos para la producción de leche y las características de conformación en vacas lecheras cruzadas Girolando criadas en la región de Alto y Bajo Acre utilizando el método de máxima verosimilitud restringida, con un modelo animal. Estimamos los componentes de la varianza y los parámetros genéticos mediante el procedimiento REML / BLUP (metodología de máxima verosimilitud restringida / mejor predicción lineal insesgada). El promedio estimado para la producción de leche para los 305 días de lactancia (P305) fue de 1523.25 ± 481.11 kg, con una heredabilidad de 0.38 para esta característica. Las características de conformación no mostraron correlación significativa con la producción de leche. Las correlaciones fenotípicas entre las características lineales de tipo fueron, en general, positivas y moderadas. El P305 obtenido en este estudio puede considerarse bajo y muestra que existe la posibilidad de incrementar la producción de leche a través de la selección en rebaños, junto con el uso de toros probados y comprobados. La estimación de heredabilidad encontrada (0,38) indica que existe variabilidad genética para la producción de leche, lo que demuestra que la selección de esta característica daría lugar a un progreso genético.(AU)

Parámetros genéticos para crecimiento y reproducción en ganado Simmental mediante parentesco por pedigrí y genómico / Genetic parameters for growth and reproduction in Simmental cattle from pedigree and genomic relationship

RESUMEN Objetivo. Estimar parámetros genéticos para peso a los ocho meses de edad (W8M), edad al primer parto (AFC) y primer intervalo entre partos (FCI) usando parentesco genómico y por pedigrí. Materiales y métodos. Se utilizaron 481, 3063 y 1098 registros fenotípicos para W8M, AFC y FCI, respectivamente. La información genómica estuvo compuesta por una población de 718 animales genotipados con un chip que incluyó 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Modelos univariado y bivariado fueron construidos bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado convencional (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Resultados. Las heredabilidades para W8M, AFC y FCI variaron desde 0.25 a 0.26, 0.20 a 0.22 y 0.04 a 0.08, respectivamente. Los modelos de AFC y FCI con la metodología ssGBLUP disminuyeron ligeramente el error y aumentaron la varianza genética aditiva, respectivamente. Conclusiones. La inclusión de información genómica mejora levemente la precisión de las estimaciones genéticas en esta población. Sin embargo, una población de animales genotipados más grande y con mayor conectividad genética por parentesco permitiría aumentar para los criadores el potencial de la metodología ssGBLUP en ganado Simmental de Colombia.

ABSTRACT Objective. To estimate genetic parameters for weight at eight months of age (W8M), age at first calving (AFC) and first calving interval (FCI) using pedigree and genomic relationship. Materials and methods. Phenotypic data on 481, 3063 and 1098 animals for W8M, AFC and FCI were used, respectively. The genomic information came from a population of 718 genotyped animals with a density chip of 30,106 single nucleotide polymorphism markers (SNP). Univariate and bivariate models were used under the conventional (BLUP) and single step genomic best linear unbiased predictor (ssGBLUP) methodologies. Results. The heritabilities for W8M, AFC and FCI ranged from 0.25 to 0.26, from 0.20 to 0.22 and from 0.04 to 0.08, respectively. The AFC and FCI models under ssGBLUP slightly decreased the error and increased the additive genetic variance, respectively. Conclusions. The inclusion of genomic information slightly increases the accuracy of the genetic estimates in this population. However, a larger amount of genotyped animals and with a higher genetic relationship connectivity would allow breeders to increase the potential of the ssGBLUP methodology in Colombian Simmental cattle.

Genetic parameters between somatic cell score and production traits for Holstein cattle in Southern Brazil / Parámetros genéticos entre el conteo de células somáticas y las características productivas de bovinos Holstein del Sur de Brasil / Parâmetros genéticos entre escore de células somáticas e características produtivas em bovinos da raça Holandesa do Sul do Brasil

Abstract Background: Somatic cell score is an important parameter to predict milk quality and health of cows. However, in countries like Brazil, this trait is still not selected on a large scale, and no genetic parameters are reported in the literature. Objective: To estimate the variance components and genetic parameters for somatic cell score, milk yield, fat yield, protein yield, fat percentage, and protein percentage in Holstein cows. Methods: Records from 56,718 animals were used to estimate variance components, heritability, and genetic correlations using a multi-trait animal model by the REML method. Results: The heritability estimates were 0.19 for somatic cell score, 0.22 for milk yield, 0.26 for fat yield, 0.18 for protein yield, 0.61 for fat percentage, and 0.65 for protein percentage. The estimates of genetic correlations among analyzed traits ranged from -0.50 to 0.82. Conclusion: The low heritability observed for somatic cell score indicates that selection for this trait should result in benefits related to animal health and milk quality, but only in the long term. The low correlation between productive traits and somatic cell score indicates that inclusion of somatic cell score in animal breeding programs does not interfere negatively with the genetic selection for milk yield or solids.

Resumen Antecedentes: El conteo de células somáticas es un parámetro importante para predecir la calidad de la leche y la salud de las vacas. Sin embargo, en países como Brasil, esta característica aún no se selecciona a gran escala y no se reportan parámetros genéticos en la literatura. Objetivo: Estimar los componentes de varianza y parámetros genéticos para el conteo de células somáticas, producción de leche, producción de grasa, producción de proteína, porcentaje de grasa y porcentaje de proteína en vacas de la raza Holstein. Métodos: Se usaron registros de 56.718 animales para estimar los componentes de la varianza, heredabilidad y correlaciones genéticas usando un modelo animal multicaracterístico por medio del método REML. Resultados: Las estimaciones de heredabilidad fueron 0,19 para el conteo de células somáticas, 0,22 para la producción de leche, 0,26 para la producción de grasa, 0,18 para producción de proteína, 0,61 para el porcentaje de grasa y 0,65 para el porcentaje de proteína. Las estimaciones de correlación genética entre las características analizadas variaron entre -0,50 a 0,82. Conclusión: La baja heredabilidad encontrada para conteo de células somáticas demostró que la selección para esta característica podría resultar en beneficios para la salud animal y calidad de la leche, pero sólo a largo plazo. La baja correlación genética existente entre las características productivas y el conteo de células somáticas indica que la inclusión del conteo de células somáticas en programas de selección no interfiere negativamente en la selección genética para la producción de leche o sólidos.

Resumo Antecedentes: O escore de células somáticas é um parâmetro importante para a predição da qualidade do leite, bem como para a saúde das vacas. No entanto, em alguns países como o Brasil, essa característica não é selecionada em larga escala e não há parâmetros genéticos disponíveis na literatura. Objetivo: Estimar os componentes de variância e parâmetros genéticos para o escore de células somáticas, produção de leite, produção de gordura, produção de proteína, porcentagem de gordura e porcentagem de proteína em vacas da raça Holandesa. Métodos: Foi utilizado um total de 56.718 animais para estimar os componentes de variância, herdabilidade e correlações genéticas, considerando-se o modelo animal multicaracterística por meio do método REML. Resultados: As estimativas de herdabilidade foram de 0,19 para o escore de células somáticas, 0,22 para a produção de leite, 0,26 para a produção de gordura, 0,18 para produção de proteína, 0,61 para a porcentagem de gordura e 0,65 para a porcentagem de proteína. As estimativas de correlação genética entre as características analisadas variaram entre -0,50 a 0,82. Conclusão: A baixa herdabilidade encontrada para o escore de células somáticas demonstrou que a seleção para esta característica poderá resultar em benefícios para a saúde animal e qualidade do leite, porém, somente a longo prazo. A baixa correlação genética existente entre as características produtivas e o escore de células somáticas demonstrou que a inclusão do escore de células somáticas em programas de seleção não causa interferência negativa na seleção genética para a produção de leite ou sólidos.

Parámetros genéticos para producción de leche en ganado Simmental (Bos taurus) mediante modelos genómicos y poligénicos / Genetic parameters for milk production in Simmental cattle (Bos taurus) using genomic and polygenic models

RESUMEN El objetivo de este estudio fue estimar parámetros genéticos con y sin la inclusión de parentesco genómico para la producción de leche acumulada a 60 (PL60), 150 (PL150), 210 (PL210) y 305 días (PL305) en ganado Simmental en Colombia. Un total de 2883 controles lecheros en 620 vacas de primer parto fueron utilizados. La información genómica se obtuvo a partir de 718 animales genotipados con un chip de una densidad de 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Se construyeron modelos de tipo univariado y bivariado bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Los valores de heredabilidades para PL60, PL150, PL210 y PL305 variaron entre 0,20 a 0,27; 0,25 a 052; 0,30 a 0,35 y 0,20 a 0,23; respectivamente. La inclusión de parentesco genómico no aumentó las heredabilidades y tampoco la precisión de las estimaciones para las características asociadas a producción de leche. La escasez de información fenotípica y la baja conectividad genética entre la población genotipada y no genotipada podrían limitar procesos de selección genética para producción de leche a través del ssGBLUP en la población de ganado Simmental de Colombia.

ABSTRACT The aim of this study was to estimate genetic parameters with and without the inclusion of genomic relationship in cumulative milk production of Simmental cattle in Colombia for 60 (MP60), 150 (MP150), 210 (MP210) and 305 (MP305) days. A total of 2883 test records from 620 cows in first lactation were used. The genomic information was obtained from 718 animals genotyped with a commercial chip with a density of 30,106 single nucleotide polymorphism (SNP) genetic markers. Univariate and bivariate models were used under the conventional best linear unbiased predictor (BLUP) and the single step genomic BLUP (ssGBLUP) methodologies. The heritability estimate values for MP60, MP150, MP210 and MP305 ranged from 0.20 to 0.27, 0.25 to 0.52, 0.30 to 0.35 and 0.20 to 0.23, respectively. The use of the genomic relationship did not increase heritabilities nor the accuracy of estimates for milk traits. The lack of phenotypic records and the low genetic connectivity between genotyped and non-genotyped populations could limit the genetic selection procedures for milk production via the ssGBLUP in Colombian Simmental cattle.

Estimação de parâmetros genéticos para características de pesos e pesos metabólicos na desmama e pós-desmama em bovinos Brahman / Estimation of genetic parameters for weaning weights and metabolic weights characteristics and post weaning in Brahman cattle

Objetivou-se estimar herdabilidades e correlações de características ponderais com 36.505 animais, da Associação Brasileira de Criadores Zebu. O modelo incluiu efeito genético direto, materno, ambiente permanente, residual - aleatórios e efeitos de grupos contemporâneos - fixos. Os parâmetros foram estimados pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML), utilizando-se software Wombat. Os resultados das herdabilidades variaram de 0,20 a 0,25 peso à desmama e ao sobreano; 0,16 a 0,20 peso metabólico não ajustado e ajustado à desmama, 0,21 a 0,25 peso metabólico ajustado à desmama e metabólico ajustado ao sobreano. As correlações genéticas entre peso à desmama e peso metabólico não ajustado à desmama, peso à desmama e peso metabólico ajustado à desmama são, respectivamente 0,76 e 1,00. A correlação genética entre peso ao sobreano e metabólico ao sobreano não ajustado, peso ao sobreano com metabólico sobreano ajustado foram 0,97 e 1,00. Correlação genética entre peso à desmama e ao sobreano foi 0,72, peso metabólico não ajustado à desmama e metabólico não ajustado ao sobreano 0,54, peso metabólico ajustado à desmama e metabólico ajustado ao sobreano foi 0,71. Correlações genéticas entre peso à desmama e metabólico ajustado à desmama e peso ano com metabólico ano ajustado foram 1,00 e 1,00. Portanto, utilização de peso metabólico sem ajuste de idade pode viesar estimativas de parâmetros genéticos.(AU)

The objective of this study was to estimate heritability and correlations of 36,505 animals, belonging to the Brazilian Association of Zebu Breeders. They were estimated by Restricted Maximum Likelihood method (REML) using Wombat software. The model included the direct additive genetic effect, maternal, permanent maternal environment and residual as random and fixed effects of contemporary group. The results of heritability ranged from 0,20 to 0,25 for weaning weight and yearling; 0,16 to 0,20 for real metabolic weaning, 0,21 to 0,25 for metabolic adjusted weight at weaning and yearling metabolic adjusted. The genetic correlations between weaning weight with metabolic real, weaning weight adjusted with metabolic are respectively 0,76 and 1,00. The genetic correlation between yearling weight and metabolic real, yearling weight adjusted metabolic were 0,97 and 1,00. Genetic correlations between weaning weight and yearling was 0,72, real metabolic weight at weaning and yearling real metabolic was 0,54, adjusted metabolic weight at weaning and yearling metabolic adjusted was 0,71. Genetic correlations between weight at weaning and adjusted metabolic and weight-adjusted metabolic year were 1,00 and 1,00. Therefore, the use of metabolic weight without age adjustment can warn the estimates.(AU)

Genetic parameters for egg production in meat quails through partial periods / Estimação de parâmetros genéticos para produção de ovos em codornas de corte através de períodos parciais

ABSTRACT: We estimated genetic and phenotypic parameters for egg production in meat-type quails aiming to propose an optimal age for selection through partial record egg production. Data of 3,503 female quails from two strains (namely, UFV1, with 1,811 and UFV2 with 1,692 females) were used. Egg production was assessed by the number of eggs recorded after 42 days of age and each partial period consisted on 35 days of egg production forward. Covariance components were estimated by using single and bivariate animal model, comprising each partial period of egg production and full egg production period (one year of egg laying). Regarding strain UFV1, heritability estimates ranges from 0.03 to 0.16, and for strain UFV2 0.20 to 0.25. The highest genetic correlation with full egg production was with second period (0.64) for strain UFV1 and with third period (0.47) for UFV2. Therefore, animal selection based on egg production until 112 days for the strain UFV1 and 147 days for the strain UFV2 provided increased genetic gain by reducing generation interval.

RESUMO: Este estudo teve como objetivo estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos para a produção de ovos de codornas de corte e propor uma idade ideal para a seleção através da característica de produção de ovos. Os dados utilizados neste estudo vieram de 3.503 codornas de duas linhagens (1.811 fêmeas UFV1 e 1.692 fêmeas UFV2). A produção de ovos foi avaliada pelo número de ovos coletados a partir do 42o dia de vida em diante, usando modelo animal uni ou bicaracterístico, em períodos parciais de 35 dias cada e período total (um ano de postura). Para a linhagem UFV1, as estimativas de herdabilidade variaram de 0,03 a 0,16, e para a linhagem UFV2, de 0,20-0,25. A correlação genética maior foi entre o segundo período e total (0,64) para a linhagem UFV1 e 0,47 (terceiro período e total) para UFV2. Portanto, recomenda-se usar o período de produção de ovos até 112 dias para a linhagem UFV1 e o período de produção de ovos até 147 dias para a linhagem UFV2, permitindo, assim, uma redução no intervalo de geração.

Parâmetros genéticos e efeitos de sexo e cruzamento recíproco sobre características de interesse econômico em aves F2 / Genetic parameters and effects of sex and reciprocal cross on economic traits in F2 broilers

Este estudo teve por objetivo estimar os parâmetros genéticos de características de interesse econômico, mensuradas em populações F2 desenvolvidas pela Embrapa Suínos e Aves utilizando cruzamento recíproco entre linhagens de corte e de postura. Ainda, foram avaliados os efeitos de sexo e de cruzamento recíproco sobre as características em estudo. Os pesos com um, 35 e 42 dias de idade; ganho de peso; consumo de ração e conversão alimentar entre 35 e 41 dias de idade; pesos dos pulmões, fígado, coração, moela, peito, pernas, carcaça, dorso, asas, cabeça, pés e gordura abdominal, além do comprimento do intestino, foram os fenótipos estudados. Foram estimados os componentes de variâncias genética aditiva e residual, além dos coeficientes de herdabilidade e das correlações genética e fenotípica. Os machos apresentaram maior peso para todas as características estudadas, nos dois cruzamentos recíprocos, exceto para gordura abdominal na população oriunda do cruzamento de machos de postura com fêmeas de corte. Os animais oriundos do cruzamento de machos de postura com fêmeas de corte foram mais pesados que os recíprocos, para todas as idades, além de apresentarem maior comprimento de intestino e maiores pesos de moela, carcaça, dorso, peito e cabeça. Os coeficientes de herdabilidade foram altos para consumo de ração e para os pesos ao nascimento, da moela e da gordura abdominal. As correlações fenotípicas estimadas foram, em sua maioria, baixas ou moderadas, contudo muitas correlações genéticas altas foram observadas. Ressalta-se que houve expressiva diferença nos coeficientes de herdabilidade de algumas características em função do cruzamento recíproco estudado, o que pode ser devido a efeitos materno, citoplasmático, ligados ao sexo ou imprinting.(AU)

This study aimed to estimate genetic parameters for several economic traits in F2 populations developed by Embrapa Swine and Poultry National Research Center, through reciprocal crosses of broilers and layer lines. Furthermore, sex and reciprocal cross effects were evaluated. Weights at 1, 35 and 42 days of age; weight gain, feed intake and feed conversion between 35 and 41 days of age; weights of the lungs, heart, liver, gizzard, breast, thighs, carcass, back, wings, head, legs and abdominal fat; and intestine length were studied. Residual and genetic additive variance components, heritability coefficients, and genetic and phenotypic correlations were estimated. Males were heavier than females for all studied traits in both reciprocal crosses, except for abdominal fat weight in chickens from the male layer x female broiler cross. Chickens from male layer x female broiler cross were heavier than those from its reciprocal cross, also having larger intestine length and gizzard, carcass, back, breast and head weights. The heritability coefficients were high for feed intake and body weight at birth, gizzard, and abdominal fat. The estimated phenotypic correlations were mostly lower or moderate, however, most high genetic correlations were observed. We found significant differences in heritability coefficients for some traits due to the reciprocal cross, which may be due maternal, cytoplasmic, sex-linked or imprinting effects.(AU)

Aspectos ambientais e genéticos da prolificidade em caprinos utilizando modelos bayesianos de limiar e linear / Environmental and genetic aspects of litter size in goats using linear and threshold bayesian models

Foram estimados os componentes de variância e os parâmetros genéticos da característica prolificidade, utilizando-se inferência bayesiana sob modelo animal linear e de limiar. A prolificidade de cabras mestiças foi estudada com informações referentes ao período de oito anos consecutivos. As análises foram realizadas com cadeias de 500.000 ciclos. Considerou-se burn-in dos 15.000 valores iniciais, sendo tomados valores a cada 250 ciclos, para se obter a distribuição a posteriori com 1.940 amostras. Os efeitos do mês de cobrição e da ordem de parto e o efeito linear do peso à cobrição foram significativos. As herdabilidades foram de 0,03 e 0,18 para o modelo linear e o modelo de limiar, respectivamente. O uso do modelo de limiar mostrou-se adequado, produzindo estimativas superiores acerca dos parâmetros estimados.

Variance components and genetic parameters of the litter size trait, using Bayesian inference under linear and threshold animal model were estimated. The litter size of crossbred goats was studied with information regarding a period of eight consecutive years. Analyses were performed with 500,000 cycle chains. The burn-in of the 15,000 baseline values was considered and these were taken every 250 cycles to obtain a posteriori distribution with 1,940 effective samples. Statistical analyses showed that the effects of coverage month, delivery order and linear effect of weight on coverage were significant. The heritabilities were 0.03 and 0.18 for linear and threshold models respectively. The threshold model proved to be suitable, producing higher estimates regarding the estimated parameters.

Efeito materno e paterno sobre as taxas de fertilização e eclosão em curimba (Prochilodus lineatus) / Maternal and paternal effect on fertilization and haching rate in curimba (Prochilodus lineatus)

Avaliou-se o quanto fêmeas e machos contribuem para a variação total das taxas de fertilização e de eclosão em curimba (Prochilodus lineatus). Utilizou-se sêmen criopreservado proveniente de cinco machos para fertilizar ovócitos de seis fêmeas em um esquema fatorial cruzado 5x6, totalizando 30 famílias. Além das características reprodutivas dos machos e fêmeas, foram avaliadas as taxas de fertilização e eclosão para cômputo dos efeitos materno e paterno. Os componentes da variância foram estimados por meio da máxima verossimilhança restrita, sendo construídos intervalos Highest Posterior Density (HPD) para cada componente. Verificou-se que as fêmeas contribuíram muito mais para a variação total em relação aos machos para as taxas de fertilização e eclosão. Para a taxa de fertilização, as fêmeas contribuíram com 26,3% da variação total e os machos com 8,9%. Em relação à taxa de eclosão, as fêmeas contribuíram com 11,9% e os machos com 1,6%. Concluiu-se que houve efeito materno sobre as taxas de fertilização e eclosão e que o efeito paterno avaliado individualmente foi pouco expressivo ou até mesmo insignificante.

The aim of this study was to evaluate how much females and males contribute to the total variation of reproductive traits such as fertilization and hatching rate in curimba Prochilodus lineatus. Cryopreserved semen from five males was used to fertilize eggs from six females in a cross-factorial 5x6, totaling 30 families. In addition to the reproductive characteristics of males and females, fertilization and hatching rates were evaluated for computation of maternal and paternal effects. The variance components were estimated by restricted maximum likelihood, and the Highest Posterior Density (HPD) intervals were estimated for each component. The female contributed more to the total variation than males for the fertilization and hatching rates. The female contributed 26.3% of the total variation in the fertilization rate against 8.9% of males. Regarding the hatching rate, the female contributed 11.9% versus 1.6% of males. Thus, there is maternal effect on rates of fertilization and hatching, and the paternal effect assessed individually was lackluster or even negligible.

Proposta de análise genética de curvas de crescimento de bovinos por meio do algoritmo SAEM / Proposal for genetic analysis of growth curves of cattle through the SAEM algorithm

Compararam-se duas diferentes metodologias na avaliação genética de curvas de crescimento de animais Nelore: o algoritmo SAEM e o método Two-step. Para a implementação dessas metodologias, foram utilizados o modelo de crescimento de Brody modificado e o modelo touro. A diferença entre o SAEM e o Two-step é que o algoritmo SAEM estima simultaneamente parâmetros do modelo e efeitos genéticos e ambientais, e o método Two-step faz esse processo de estimação em duas etapas distintas. Mais ainda, o algoritmo SAEM utiliza o método de máxima verossimilhança, e o do Two-step o de máxima verossimilhança restrita. Foram obtidos, com base nas metodologias testadas, além das estimativas de efeitos fixos e parâmetros genéticos, os valores genéticos preditos para os touros avaliados. A partir dos valores genéticos preditos, foram obtidas as curvas genéticas para os touros. O algoritmo SAEM mostrou-se consistente na estimação dos efeitos fixos e na predição dos efeitos aleatórios, apresentando-se como uma alternativa viável para avaliação genética de animais Nelore.

Two methodologies in genetic evaluation of growth curves of Nellore cattle were compared: the SAEM algorithm and the Two Step method. To implement these methodologies the Brody modified growth curve and the sire model were used. The difference between the SAEM and the Two Step is that SAEM estimates jointly the parameters of the model and genetics and environmental effects and the Two Step method does this process in two independent steps. Estimates of the fixed effects and genetics parameters, and prediction breeding values for the sires were obtained from the methodologies. From the breeding values genetic curves were obtained for the sires. The SAEM algorithm proved consistent in the estimation of fixed effects and prediction of random effects.

Características reprodutivas e suas associações com outras características de importância econômica na raça Nelore / Reproductive traits and their associations with other economically important traits in Nelore

Objetivou-se com este trabalho estimar as herdabilidades (h²) e as correlações genéticas (r g) entre idade ao primeiro parto (IPP) e primeiro intervalo de partos (PIEP) e outras características como peso (PS) ao ano (A) e ao sobreano (S), altura do posterior (ALT) e perímetro escrotal (PE450) em animais da raça Nelore. Os parâmetros genéticos foram estimados em uma análise multicaracterística por modelo animal, utilizando-se a inferência bayesiana via algoritmo de "Gibbs Sampling". Os parâmetros genéticos estimados sugerem a existência de variabilidade genética para IPP (h² = 0,26), sendo que a seleção para a diminuição da IPP de fêmeas Nelore deve responder à seleção individual, sem causar antagonismo do valor genético dos animais para PS (r g = -0,22 (A) e -0,44 (S)) e PE450 (r g = 0,02). A seleção para a diminuição da IPP, no longo prazo, pode levar a um aumento da ALT dos animais, embora essa associação seja relativamente baixa (-0,35). A estimativa de herdabilidade a posteriori para a característica PIEP foi baixa, 0,11±0,03. As r g entre PIEP e as demais características estudadas indicam que a seleção para essas características de crescimento não afetará o PIEP.

Heritability (h²) and genetic correlations (r g) were estimated between reproductive traits such as age at first calving (AFC), first calving interval (FCI) and other economically relevant traits, i.e., weight (W) at year (Y) and at 18 months of age (S), scrotal circumference (SC), and hip height (HH) in Nelore cattle. The genetic parameters were estimated in a multiple-trait analysis, with animal models using the Bayesian inference by Gibbs Sampling algorithm. The genetic parameters estimated in this work suggest the existence of genetic variability for AFC (h² = 0.26), where the selection for the reduction of Nelore females AFC should respond to mass selection, without causing genetic antagonism in the selection of W (r g = -0,22 (Y) and -0,44 (S)), and SC (r g = 0,02). The selection for the AFC in the long term could lead to an increase in the animal's frame, although this association is relatively low (-0.35). The posteriori heritability estimate for FCI was low, 0.11±0.03. The r g between FCI and the other traits studied indicate that selection for these growth traits will not affect the FCI.

Genotype-environment interaction in multibreedbovine populations in the Colombian low tropic / Interacción genotipo-ambiente en una población bovina multirracialen el trópico bajo colombiano / Interação genótipo ambiente em populações bovinas multiraciaisno trópico baixo colombiano

With the aim o f quantifying the genotype-environment interaction (GEI) and the phenotypic stabilityin multibreed bovine population of the Colombian Northwest, registries from 16 herds located in threeagroecological regions (E1, E2, E3) from low tropic systems (humid subtropic forest, humid tropic forest anddry tropic forest, were collected from 1995 to 2007. Weight at 12-mo (W12), weight at 18-mo (W18), and weightat 24-mo (W24), were evaluated with 1806, 1455, and 1197 data, 14, 11, and 10 genetic groups respectively;animals of the breeds and crossbred between Angus (A), Blanco Orejinegro (B), Zebu (Z), Holstein (H),Romosinuano (R), and Senepoll (S) were used. In a mixed model, the fixed effects of contemporary group(year-season-sex) and the age covariate were used, which showed a significant effect (p<0.001) on the threetraits. Random effects were region, genetic group (breed or crosses), and GEI, but the last one (GEI) showedsignificant effect (p<0.05) for this last one. The Shukla’s variance in Bayesian methodology was used forthe phenotypic stability analysis. The results indicated that the groups with high proportion of Zebu wereassociated with E2 and groups with greater levels of Romosinuano were associated with E3. Holstein andBlanco Orejinegro tended to give greater phenotypic stability than the groups that used these breeds.

Con el objetivo de cuantificar la interacción genotipo-ambiente (IGA) y la estabilidad fenotípica en unapoblación bovina multirracial del noreste colombiano, se usaron registros de 16 rebaños localizados en tresregiones agroecológicas del trópico bajo: bosque húmedo subtropical (R1), bosque húmedo tropical (R2)y bosque seco tropical (R3), entre los años 1995 y 2007. Los pesos fueron evaluados a los 12 (P12), 18(P18) y 24 meses (P24), con 1806, 1455 y 1197 datos, y 14, 11 y 10 grupos genéticos, respectivamente.Fueron usados animales puros y cruzados entre las razas Angus (A), Blanco Orejinegro (B), Cebú (C),Holstein (H), Romosinuano (R) y Senepol (S). Se utilizó un modelo mixto, en el que los efectos fijos de grupocontemporáneo y la edad presentaron efecto significativo (p<0.001) sobre las tres características. Los efectosaleatorios fueron región, grupo genético (raza o cruce) e IGA, la que presentó efecto significativo (p<0.05).Para el análisis de estabilidad fenotípica se utilizó la varianza de Shukla mediante metodología bayesiana.Los resultados indican que los grupos genéticos con altas proporciones de Cebú fueron asociados con R2 ylos grupos genéticos con altos niveles de Romosinuano fueron asociados con R3. Las razas Holstein y BlancoOrejinegro tendieron a dar mayor estabilidad fenotípica a los grupos donde estas razas fueron usadas.

Com o propósito de quantificar a interação genótipo ambiente (IGA) e estabilidade fenotípica empopulações bovinas multiraciais no trópico baixo colombiano foram utilizados registros desde 1995 até2007 de 16 fazendas localizadas em três regiões agroecológicas: bosque subtropical úmido (E1) bosquetropical úmido (E2) e bosque tropical seco (E3). Foram avaliadas o peso aos 12, 18 e 24 meses, com1806, 1455 e 1197 registros, respectivamente de 10 grupos genéticos das raças Angus, Blanco Orejinegro,Zebu, Holandês, Romosinuano e Senepol. O Modelo mixto utilizado incluiu os efeitos fixos de grupocontemporâneo (ano, época e sexo) e a idade como covariavel, os quais foram significativos (p<0.001)nas três características. Foram considerados os efeitos aleatórios de regiao, grupo genético e a interação(GEI), onde este último foi significativo. A analise de estabilidade fenotípica foi realizada utilizandoa variância de Shukla por metodologia Bayesiana. Os resultados indicaram que os grupos com maiorproporção de Zebu foram associados com E2 e os grupos com maior proporção de Romosinuano foramassociados com E3. Os animais que tinham composição racial de Holandês e Blanco Orejinegro tiverammaior estabilidade fenotípica que os outros grupos raciais.

Modelo hierárquico bayesiano aplicado na avaliação genética de curvas de crescimento de bovinos de corte / Bayesian hierarchical model appllied to genetic evaluation of beef cattle growth curves

A estimação dos componentes de (co)variância dos parâmetros de modelos de crescimento pode ser feita por vários métodos. A metodologia bayesiana se apresenta como uma forma alternativa de estimação. Foi realizado um estudo, por meio de dados simulados e de dados reais de animais Nelore, para a estimação dos componentes de (co)variância dos parâmetros do modelo de crescimento de Von Bertalanffy, por meio da metodologia hierárquica bayesiana. Com base nos componentes estimados, foram encontradas as herdabilidades para cada parâmetro do modelo e as correlações genéticas e ambientais entre esses parâmetros. As distribuições marginais a posteriori dos parâmetros a, R, μ, u, G e σ2e foram obtidas por meio do algoritmo Gibbs Sampler e as dos parâmetros b e k por meio do algoritmo Metropolis-Hastings. A metodologia se mostrou eficiente, proporcionando estimativas para os parâmetros próximas aos valores simulados. Os parâmetros a e k dos dados reais apresentaram valores de herdabilidades compatíveis com a realidade, indicando que esses parâmetros poderiam ser usados para fins de seleção.

The estimation of the (co)variance components for the parameters of the growth models can be evaluated by many methods. The Bayesian approach is an alternative method of the estimation. A study was performed using simulated and real data from Nelore cattle for estimation of the (co)variance components for the parameters of Von Bertalanffy growth curve, using a bayesian hierarchical model. From the estimated components, the heritabilities for each parameter and genetic and environmental correlations between these parameters were determined. The samples of posterior marginal distributions for the parameters a, R, μ , u, G, and σ2e were obtained by using Gibbs Sampler algorithm and for the parameters b e k by using the Metropolis-Hastings algorithm. The efficiency of the bayesian inference methodology was verified since estimated parameters were quite close to the simulated ones. The parameters a and k from real data showed heritabilities compatible with the reality indicating they could be used in selection programs.

Application of multilevel models in the evaluation of bioequivalence (Ⅱ) / 中华流行病学杂志

The main purpose of this paper is to explore the applicability of multivariate multilevel models for bioequivalence evaluation. Using an example of a 4×4 cross-over test design in evaluating bioequivalence of homemade and imported rosiglitazone maleate tablets,this paper illustrated the multivariate-model-based method for partitioning total variances of In (AUC) and In (C_(max)) in the framework of multilevel models. It examined the feasibility of multivariate multilevel models in directly evaluating average bioequivalence (ABE),population bioequivalence (PBE) and individual bioequivalenc (IBE). Taking into account the correlation between In (AUC) and In (C_(max)) of rosiglitazone maleate tablets,the proposed models suggested no statistical difference between the two effect measures in their ABE bioequivalence via joint tests,whilst a contradictive conclusion was derived based on univariate multilevel models. Furthermore,the PBE and IBE for both In (AUG) and In(C_(max)) of the two types of tablets were assessed with no statistical difference based on estimates of variance components from the proposed models. Multivariate multilevel models could be used to analyze bioequivalence of multiple effect measures simultaneously and they provided a new way of statistical analysis to evaluate bioequivalence.

Estimação de parâmetros genéticos para produção de leite de vacas da raça Holandesa via regressão aleatória / Estimation of genetic parameters for Holstein cows milk production by random regression

Foram utilizados 21.702 registros de produção de leite no dia do controle de 2.429 vacas primíparas da raça Holandesa, filhas de 233 touros, coletados em 33 rebanhos do Estado do Rio Grande do Sul, para estimar parâmetros genéticos para produção de leite no dia do controle. O modelo de regressão aleatória ajustado aos controles leiteiros entre o sexto e o 305º dia de lactação incluiu o efeito de rebanho-ano-mês do controle, idade da vaca no parto e os parâmetros do polinômio de Legendre de ordem quatro, para modelar a curva média da produção de leite da população e parâmetros do mesmo polinômio, para modelar os efeitos aleatórios genético-aditivo e de ambiente permanente. As variâncias genéticas e de ambiente permanente para produção de leite no dia do controle variaram, respectivamente, de 2,38 a 3,14 e de 7,55 a 10,35. As estimativas de herdabilidade aumentaram gradativamente do início (0,14) para o final do período de lactação (0,20), indicando ser uma característica de moderada herdabilidade. As correlações genéticas entre as produções de leite de diferentes estágios leiteiros variaram de 0,33 a 0,99 e foram maiores entre os controles adjacentes. As correlações de ambiente permanente seguiram a mesma tendência das correlações genéticas. O modelo de regressão aleatória com polinômio de Legendre de ordem quatro pode ser considerado como uma boa ferramenta para estimação de parâmetros genéticos para a produção de leite ao longo da lactação.

A total of 21,702 records of milk production from 2,429 first-lactation Holstein cows, sired by 233 bulls, collected in 33 herds in the State of Rio Grande do Sul from 1991 to 2003, were used to estimate genetic parameters for that characteristic. The random regression model adjusted to test day from the 6th and the 305th lactation day included the effect of herd-year-month of the test day, the age of the cow at parturition, and the order fourth Legendre polynomial parameters, in order to obtain the average curve for the milk production of the population and parameters from the same polynomial to estimate the additive genetic and permanent environmental random effects. The genetic and permanent environmental variances for test day milk yield ranged from 2.38 to 3.14 and from 7.55 to 10.35, respectively. The estimated heritabilities gradually increased from the beginning (0.14) to the end (0.20) of the lactation period, indicating that test day milk yield is a characteristic with moderate heritability. The genetic correlation between milk yield in different phases of lactation ranged from 0.33 to 0.99 and was higher between the adjacent test days. The permanent environmental correlations followed the same tendency of the genetic ones. The random regression animal model using Legendre polynomials of order four can be considered as a good tool to estimate genetic parameters for milk production throughout the lactation.

Avaliação genética de animais para características categóricas - Uma revisão / Evaluación genética de animales para características categóricas - Una revisión / Animal genetic evaluation for categorical characteristics - A review

Existem muitas características de interesse biológico ou importância econômica, cuja herança é multifatorial, mas cuja distribuição é descontínua. Características deste tipo parecem estar fora da conjuntura da genética quantitativa, porém, quando submetidas a análise genética, elas são encontradas como se estivessem sob a influência de muitos genes, à semelhança das características métricas. A maioria das avaliações genéticas de animais têm sido realizadas com base na pressuposição de distribuição contínua da característica estudada. No entanto, muitas das características de importância econômica têm uma distribuição descontínua do fenótipo e, neste caso, a metodologia aplicada às características que apresentam distribuição contínua não é a mais indicada. Por isso, objetivou-se, com este estudo, realizar uma breve revisão sobre metodologias de avaliação genética de animais, para características categóricas. Foi estudada a aplicação de métodos lineares, não-lienares e do modelo de limiar. Com base na revisão de literatura realizada concluiu-se que, para características categóricas, a utilização do modelo de limiar, que considera a natureza multinomial das características, é mais acurada para utilização em avaliações genéticas de animais.

There are a number of characteristics implying in biological interesting or economic importance whose legacy is multi factorial, but whose distribution is discontinuous. Such characteristics seem to be apart from the quantitative genetics conjuncture; however, when submitted to genetics analysis, they are as if they were under the influence of many genes influence, as the metric characteristics. Most of animal genetics evaluations have been conducted based on the presupposition of ongoing distribution of the characteristic studied. Nevertheless, most of the economically important characteristics present discontinuous distribution of phenotype, and, in that case, the methodology applied to the characteristics presenting continuous distribution is no longer recommended. Therefore, the purpose of this study was to carry out a brief review on animal genetics assessment methodologies for categorical characteristics. The application of linear and non-linear methods and the threshold model were studied. Based in this literature review it was conclude that, for categorical characteristics, the use of the threshold model, which considers the multinomial nature of the characteristics is the most accurate to be used for animal genetics evaluation.

Existen muchas características de interés biológico o importancia económica, cuya herencia es multifactorial, pero cuya distribución es discontinua. Características de este tipo parecen estar fuera de la coyuntura de la genética cuantitativa, sin embargo, cuando sometidas a análisis genética, ellas son encontradas como si estuviesen bajo la influencia de muchos genes, a semejanza de las características métricas. La mayoría de las evaluaciones genéticas de animales han sido realizadas con base en la presuposición de distribución continua de la característica estudiada. Sin embargo, muchas de las características de importancia económica tiene una distribución discontinua del fenotipo y, en este caso, la metodología aplicada a las características que presentan distribución continua no es la más indicada. Por eso, se buscó, con este estudio, realizar una breve revisión sobre metodologías de evaluación genética de animales, para características categóricas. Fue estudiada la aplicación de métodos lineares, no lineares y del modelo de limiar. Con base en la revisión de literatura realizada se concluyó que, para características categóricas, la utilización del modelo de limiar, que considera la naturaleza multinomialde las características, es más perfeccionada para utilización en evaluaciones genéticas de animales.

Componentes de varianza genéticos, directos y maternos para características de crecimiento en ciervo rojo (Cervus elaphus scoticus) / Direct and maternal genetic variance components for growth traits in red deer (Cervus elaphus scoticus)

The objective of this study was to estimate the direct and maternal genetic variance components for some growth traits in a red deer herd (Cervus elaphus scoticus) located in Queretaro, Mexico. Information between 1994 and 2003, consisting of 417 records of birth weight (BW), 169 weaning weight (WW), 168 six months weight (6MW) and 172 yearly weight (YW) was analyzed, which included the identification of 554 animals with 11 stags and 107 hinds. The fixed effects considered were: sex, year of birth and pregnancy number (P < 0.001). Three mixed models were used. Model 1 included the fixed effects and the direct additive genetic effect; Model 2 included those in 1 plus the maternal additive genetic effect; and Model 3 included those in 2 plus the permanent maternal environment effect. All of them used the residual maximum likelihood method (REML), implemented in the ASReml prog ram. The best model to obtain variance components and genetic parameters was the second model, direct heritability (h²d ± s. e.) 0.11 ± 0.09 and 0.19 ± 0.18 and maternal (h²m ± s. e.) 0.15 ± 0.06 and 0.14 ± 0.11 for BW and WW, respectively. The direct-maternal genetic correlations were -0.21 ± 0.29, -0.92 ± 0.11 and -0.84 ± 0.20 for BW, WW and 6MW, respectively.

El objetivo de este estudio fue estimar los componentes de varianza genéticos, directos y maternos para características de crecimiento en un rebaño de ciervo rojo (Cervus elaphus scoticus), en Querétaro, México. Se analizó la información de 1994 hasta 2003 consistente en 417 registros de peso al nacimiento (PN), 169 al destete (PD), 168 a los seis meses (P6M) y 172 al año (PA), incluyó identificación de 554 animales con 11 sementales y 107 hembras. Los efectos fijos considerados fueron: sexo, año de nacimiento y número de parto (P < 0.001). Se utilizaron tres modelos mixtos. El Modelo 1 incluyó efectos fijos y efecto genético aditivo directo; el Modelo 2, igual al 1 más el efecto genético aditivo materno; el Modelo 3, igual al 2 más el efecto del ambiente permanente materno, todos usaron el método de máxima verosimilitud restringida (REML), instrumentado en el programa ASREML. El mejor modelo para obtener los componentes de varianzas y los parámetros genéticos fue el 2, heredabilidades directas (h²d ± e. e.) 0.11 ± 0.09 y 0.19 ± 0.18, y materna (h²m± e. e.) 0.15 ± 0.06 y 0.14 ± 0.11 para PN y PD, respectivamente. Las correlaciones genéticas directas-maternas fueron -0.21 ± 0.29, -0.92 ± 0.11 y -0.84 ± 0.20, para PN, PD y P6M, respectivamente.