The use of real time PCR for arboviruses diagnostics: integrative review / O uso de PCR em tempo real em diagnósticos de arboviroses: revisão integrativa

RESUMEN Las arbovirosis son enfermedades virales transmitidas por artrópodos (arthropod-borne virus). Dengue, zica y chikungunya se destacan entre los arbovirus emergentes y reemergentes en los últimos años en todo el mundo. La similitud de los síntomas de estas infecciones hace que el diagnóstico clínico sea ineficaz, dificultando las medidas profilácticas y preventivas para nuevos brotes. El diagnóstico molecular mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real es una de las formas de diagnosticar esas enfermedades. En este estudio se recopiló y evaluó la literatura sobre el diagnóstico de arbovirosis. Nuestro objetivo era responder a una pregunta orientadora: ¿la metodología de PCR en tiempo real es eficaz para diagnosticar arbovirosis? Se buscaron artículos científicos de acceso abierto en las bases de datos Pubmed (50 artículos) y Scielo (107 artículos), entre 2014 y 2019. La selección se realizó utilizando los criterios de inclusión y exclusión, quedando solo 20 artículos. Entre estos, el 85% fueron estudios transversales, el 10% fueron revisiones sistemáticas y el 5% fueron estudios de casos. El período de publicaciones fue del 50% en 2017; 35% en 2016; y 5% en 2014, 2015 y 2019, cada. En cuanto a los virus tratados en los artículos, el 25% de los estudios investigaron sobre el dengue; el 25% el chikungunya y el 20% el virus del Zica. La efectividad del diagnóstico molecular se publicó en el 21% de los artículos (sensibilidad y especificidad); el 53% destacó el límite de detección; 70%, ausencia de reacciones cruzadas; y el 80%, la diferenciación entre virus.

Estimación del subregistro de casos de enfermedad por el virus del chikungunya en Girardot, Colombia, noviembre de 2014 a mayo de 2015 / Estimation of underreporting of Chikungunya virus infection cases in Girardot, Colombia, from November, 2014, to May, 2015

Resumen Introducción. En Colombia, la enfermedad causada por el virus del chikungunya se constituyó en una epidemia en el 2015. Se estima que hubo un subregistro del número de casos notificados al sistema de vigilancia, lo cual resulta en sesgos en las proyecciones epidemiológicas que sirven para la adopción de decisiones, un grave problema que no permite apreciar la magnitud y la importancia epidemiológica real de la enfermedad. Objetivo. Estimar el subregistro de los casos de chikungunya en el municipio de Girardot, Cundinamarca, entre noviembre de 2014 y mayo de 2015. Materiales y métodos. Se hizo un estudio descriptivo y retrospectivo mediante encuestas en las viviendas de las 132 manzanas seleccionadas por muestreo aleatorio simple en la búsqueda activa comunitaria, y en el 100 % de los registros individuales de prestación de servicios y del Sivigila mediante búsqueda activa institucional. Los datos se analizaron en el programa EpiInfo, versión 7. Resultados. La tasa de ataque estimada fue de 64,7 %. El subregistro de casos se estimó en 36,1 % por no haber asistido a consulta y, en 24,9 %, por falta de notificación. Según las respuestas de los encuestados, la causa más frecuente para no haber consultado fue la automedicación (n=392; 43 %), seguida del colapso en la prestación de los servicios de salud (207; 23 %). Conclusión. El subregistro general fue del 87,05 %, desde el inicio de la epidemia en Girardot; en este estudio se explica el 60,9 % de este subregistro.

Abstract Introduction: Chikungunya virus infection in Colombia became epidemic in 2015. It is estimated that there is underreporting of cases to the public health surveillance system which can induce bias in epidemiological projections for decision making, a serious problem, as it veils the real magnitude and actual epidemiological importance of this disease. Objective: To estimate the underreporting of cases of chikungunya infection in the municipality of Girardot, Cundinamarca, from November, 2014, to May, 2015. Materials and methods: We conducted a descriptive and retrospective study using surveys in 132 blocks selected by simple random sampling for community active search and the revision of 100% of the individual records of health services and those from the public health surveillance system for institutional active search. The data were analyzed using EpiInfo, version 7. Results: The attack rate was 64.7%. The estimated underreporting was 36.1% for not attending medical consultation while 24.9% of cases were not reported to the public health surveillance system. The principal cause for not seeking medical consultation among those surveyed (n=392; 43%) was self-medication, followed by the collapse of health services (n=207; 23%) Conclusion: The overall underreporting since the beginning of the epidemic in Girardot was 87.05%. This research explains 60.9% of this underreporting.

Estudio Transversal: Conocimientos, Actitudes y Prácticas sobre el Chikungunya en la Población de la Parroquia Bartolomé Ruiz del Cantón Esmeraldas ­ Ecuador, 2015 / Cross-Sectional Research: Knowledge, Attitudes and Practices on the Chikungunya in the Population of the Parish Bartolome Ruiz of the Canton Esmeraldas ­ Ecuador, 2015

INTRODUCCIÓN: En el año 2016 se reportaron 34261 casos de Chikungunya en Ecuador, La provincia de Esmeraldas ocupó el primer lugar con la mayor cantidad de casos. La enfermedad superó la capacidad de respuesta de los servicios sanitarios de esta provincia. Las condiciones socio-económicas y culturales de su población, así como su geografía están relacionadas con la aparición de esta enfermedad endémica, casos originarios y diseminación de la enfermedad. El objetivo del estudio fue determinar los conocimientos, actitudes y prácticas sobre el Chikungunya en los habitantes de la Parroquia Bartolomé Ruiz del Cantón Esmeraldas. MÉTODO: Se trató es un estudio descriptivo transversal de los conocimientos, actitudes y prácticas sobre Chikungunya en los habitantes de la Parroquia Bartolomé Ruiz Del Cantón Esmeraldas - Ecuador. Universo: 2679 habitantes. Muestra: 396 habitantes. Se aplicó un formulario de conocimientos, actitudes y prácticas. El puntaje obtenido se categorizó en: bueno, regular, malo. El análisis de la información se realizó en SPSS versión 20.0. RESULTADOS: La media de edad fue 39.46 años. El 31.3 % poseían buenos conocimientos, buenas actitudes 31.3 % y buenas practicas 8.8 %. CONCLUSIONES: Se encontró un déficit en el nivel de conocimientos, buenas actitudes y buenas prácticas como medidas de prevención frente a la fiebre del Chikungunya. La presencia de factores ambientales de riesgo, así como la poca práctica de conductas protectoras predispuso a la gran incidencia de la enfermedad. La principal recomendación para disminuir la incidencia del Chikungunya es la adopción de medidas preventivas, las cuales dependen de factores socioculturales y cognitivos.

BACKGROUND: In 2016, 34261 cases of Chikungunya were reported in Ecuador. The province of Esmeraldas occupies the first place with more cases. The disease exceeded the capacity of health services in this province. The socio-economic and cultural conditions of its population, as well as its geography, are related to the appearance ofthis endemic disease, original cases and dissemination of the disease. The aim of this study was to determine the knowledge, attitudes and practices about the Chikungunya in the inhabitants ofthe Parish Bartolome Ruiz ofthe Esmeraldas Canton. METHODS: A cross-sectional research descriptive study of the knowledge, attitudes and practices on Chikungunya in the inhabitants ofthe ParishBartolome Ruiz ofthe Canton Esmeraldas - Ecuador. Universe: 2679 inhabitants. Sample: 396 inhabitants. Knowledge, attitudes and practices form was applied. And the obtained score was categorized in: good,regular, bad. The analysis of the information was done in SPSS version 20.0. RESULTS: The mean age was 39.46 years. 31.3% had good knowledge, good attitudes 31.3 % and good practices 8.8%. CONCLUSIONS: There was a shortfall in the level of knowledge, good attitudes and good practices as prevention measures against Chikungunya fever. The presence of environmental risk factors, as well as the little practice of protective behaviors predisposed the high incidence of the disease. The main recommendation to reduce the incidence of Chikungunya is the adoption of preventivemeasures, which depend on socio-cultural and cognitive factors.

Análisis filogenético del virus del chikungunya en Colombia: evidencia de selección purificadora en el gen E1 / Phylogenetic analysis of Chikungunya virus in Colombia: Evidence of purifying selection in the E1 gene

Introducción. El virus del chikungunya, perteneciente al género Alphavirus de la familia Togaviridae, es un virus ARN de 11,8 kb, de cadena sencilla y polaridad positiva, transmitido por Aedes spp . Se han identificado tres genotipos a nivel mundial: el de Asia, el del este-centro-sur de África ( East/Central/South African, ECSA) y el de África occidental ( West African, WA). La fiebre del chikungunya es una enfermedad febril aguda, acompañada principalmente de inflamación en las articulaciones y erupción cutánea. Después de su aparición en las Américas en el 2013, los primeros casos en Colombia ocurrieron en septiembre de 2014 y hasta junio del 2015 se habían notificado 399.932 casos. Objetivo. Identificar el genotipo o los genotipos responsables de la primera epidemia por el virus del chikungunya en Colombia y la variabilidad genética asociada a su dispersión en el territorio nacional. Materiales y métodos. Se seleccionaron muestras de suero de pacientes con síntomas indicativos de fiebre del chikungunya durante 2014 y 2015. Se hizo una transcripción inversa seguida de reacción en cadena de la polimerasa del gen E1, así como su secuenciación, análisis filogenético y análisis de evolución adaptativa. Resultados. Se demostró la presencia exclusiva del genotipo de Asia en Colombia. Se registró un promedio de 0,001 sustituciones de bases por sitio, una identidad de 99,7 a 99,9 % en los nucleótidos y de 99,9 % en los aminoácidos entre las secuencias colombianas y las secuencias de las Américas. Los análisis de evolución adaptativa indicaron una fuerte selección purificadora en el gen E1 . Conclusiones. Se determinó la circulación del genotipo de Asia del virus del chikungunya como la causa de la primera epidemia en Colombia. Es necesario continuar con la vigilancia de genotipos, con el fin de detectar posibles cambios en la epidemiología, la eficacia ( fitness ) viral y la patogenia del virus.

Introduction: Chikungunya virus (CHIKV) is a single-stranded positive sense RNA virus that belongs to the Alphavirus genus of the family Togaviridae. Its genome is 11.8 kb in length, and three genotypes have been identified worldwide: Asian, East/Central/South African (ECSA) and West African. Chikungunya fever is an acute febrile disease transmitted by Aedes spp . that usually presents with polyarthralgia and cutaneous eruption. Following introduction of the virus to the Americas in 2013, the first cases in Colombia occurred in September of 2014, and they reached a cumulative total of 399,932 cases by June of 2015. Objective: To identify the genotype or genotypes responsible for the current epidemic in Colombia and to describe the genetic variability of the virus in the country. Materials and methods: Serum samples from patients presenting with symptoms compatible with Chikungunya fever during 2014-2015 were selected for the study. RT-PCR products of the E1 gene from these samples were used for sequencing and subsequent phylogenetic and adaptive evolution analyses. Results: The study identified only the presence of the Asian genotype in Colombia. Comparing the Colombian sequences with other sequences from the Americas revealed an average of 0.001 base substitutions per site, with 99.7% and 99.9% nucleotide identity and 99.9% amino acid identity. The adaptive evolution analysis indicated that the E1 gene is under strong purifying selection. Conclusions: The first epidemic of Chikunguya fever in Colombia was caused by the circulation of the virus Asian genotype. Further genotypic surveillance of the virus in Colombia is required to detect possible changes in its epidemiology, fitness and pathogenicity.

Diagnóstico diferencial de dengue y chikungunya en pacientes pediátricos / Dengue and Chikungunya differential diagnosis in pediatric patients

Introducción. Las infecciones por el virus del dengue y del chikungunya presentan síntomas clínicos similares, lo cual dificulta el diagnóstico clínico. Además, son transmitidas por los mismos vectores, por lo que en una región puede haber circulación e infección simultánea con los dos virus. Los resultados de cada enfermedad, no obstante, son diferentes: la fiebre del chikungunya rara vez es fatal, pero puede dejar secuelas de tipo articular y neurológico, en tanto que el dengue es potencialmente fatal. De ahí la importancia de un diagnóstico preciso y oportuno. Objetivo. Comparar el diagnóstico presuntivo basado en los hallazgos clínicos con el diagnóstico diferencial hecho mediante pruebas de laboratorio. Materiales y métodos. Se utilizaron pruebas virológicas y serológicas específicas para dengue y chikungunya en ocho muestras de sangre de pacientes pediátricos con síndrome febril. Se empleó la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa para detectar los virus del dengue y del chikungunya y el método de ELISA basado en la captura de IgM para confirmar los casos de dengue. Resultados. Con base en los hallazgos clínicos, dos pacientes se clasificaron como casos probables de dengue o chikungunya, dos como casos probables de chikungunya y en cuatro no hubo diagnóstico presuntivo de infección viral. Las pruebas de laboratorio confirmaron la infección por el virus del dengue en dos pacientes, por el virus del chikungunya en otros dos e infección simultánea de dengue y chikungunya en los cuatro restantes. Conclusión. Los hallazgos clínicos no fueron suficientes para hacer un diagnóstico en pacientes pediátricos con síndrome febril, por lo cual se requirieron pruebas específicas de laboratorio para establecer con precisión el agente etiológico causante de la enfermedad.

Introduction: Dengue and Chikungunya infections have similar clinical symptoms, which makes their clinical diagnosis complex. Moreover, both are transmitted by the same mosquito vectors, which results in virus co-circulation and co-infection. However, the outcome of these diseases differs: Chikungunya fever is rarely fatal but can have permanent and severe rheumatic and neurological sequelae, whereas dengue disease is potentially fatal. Thus, accurate diagnosis is critical. Objective: To compare presumptive diagnoses based on clinical findings with the differential diagnoses based on specific laboratory tests for each virus. Materials and methods: We performed specific virological and serological tests for both dengue and Chikungunya infections on eight acute-phase blood samples collected from pediatric patients with febrile syndrome. We used RT-PCR to detect dengue and Chikungunya virus, and IgM-capture ELISA to confirm infection by dengue virus. Results: Based on clinical findings, two patients were diagnosed as probable cases of dengue or Chikungunya, and two were diagnosed as probable cases of chikungunya. Four had no presumptive diagnosis of viral infection. Laboratory tests confirmed dengue infection in two patients, Chikungunya infection in two patients, and co-infection by the two viruses in the other four patients. Conclusion: Clinical findings were not sufficient to make a diagnosis in pediatric patients with febrile syndrome; specific laboratory tests were required to establish the etiologic agent of the disease.

Enfermedad por el virus del Chikungunya: historia y epidemiología / Chikungunya fever: history and epidemiology

El 9 de diciembre de 2013 la Organización Panamericana de la Salud emitió una alerta epidemiológica debido a la detección de los primeros casos autóctonos de fiebre del Chikungunya en el continente americano; desde entonces este se ha convertido en un problema de salud pública. El primer reporte de un brote por el virus del Chikungunya se presentó en 1952-1953 en Tanzania. Las experiencias en epidemias en otros países han centrado la atención en que la presentación clínica no siempre tiene un comportamiento similar. Hasta 2005 todos los reportes mencionaban la presentación de la enfermedad como benigna y con cuadros clínicos bastantes similares, sin embargo, la aparición de epidemias después de ese año en las Islas Reunión y en la India describieron la presencia de cuadros graves, atípicos y un aumento de la mortalidad relacionados con la enfermedad. La región de las Américas debe prepararse para esta nueva epidemia. Esto hace necesario mejorar los conocimientos sobre la enfermedad; y un primer abordaje es a través de una descripción de la historia y epidemiología de la enfermedad por el virus del Chikungunya en el mundo.

On December 9, 2013, the Pan American Health Organization issued an epidemiological alert due to the detection of the first local (autochthonous) cases of Chikungunya fever in Las Americas, since it has become a public health problem. The first report of an outbreak of Chikungunya virus occurred in 1952-1953 in Tanzania. The experiences about epidemics in other countries, have focused attention on the clinical presentation does not always have a similar behavior. Until 2005, all reports mentioned the presentation of the disease as benign and clinical behavior quite similar, however, the emergence of epidemics after 2005 on Reunion Island and India, described the presence of severe disease, atypical and an increase in mortality associated with the disease. The Americas region must prepare for this new epidemic. So, is necessary to improve knowledge of the disease, and a first approach is through a description of the history and epidemiology of the disease Chikungunya virus worldwide.