ABSTRACT
RESUMEN Objetivo. Estimar parámetros genéticos para peso a los ocho meses de edad (W8M), edad al primer parto (AFC) y primer intervalo entre partos (FCI) usando parentesco genómico y por pedigrí. Materiales y métodos. Se utilizaron 481, 3063 y 1098 registros fenotípicos para W8M, AFC y FCI, respectivamente. La información genómica estuvo compuesta por una población de 718 animales genotipados con un chip que incluyó 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Modelos univariado y bivariado fueron construidos bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado convencional (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Resultados. Las heredabilidades para W8M, AFC y FCI variaron desde 0.25 a 0.26, 0.20 a 0.22 y 0.04 a 0.08, respectivamente. Los modelos de AFC y FCI con la metodología ssGBLUP disminuyeron ligeramente el error y aumentaron la varianza genética aditiva, respectivamente. Conclusiones. La inclusión de información genómica mejora levemente la precisión de las estimaciones genéticas en esta población. Sin embargo, una población de animales genotipados más grande y con mayor conectividad genética por parentesco permitiría aumentar para los criadores el potencial de la metodología ssGBLUP en ganado Simmental de Colombia.
ABSTRACT Objective. To estimate genetic parameters for weight at eight months of age (W8M), age at first calving (AFC) and first calving interval (FCI) using pedigree and genomic relationship. Materials and methods. Phenotypic data on 481, 3063 and 1098 animals for W8M, AFC and FCI were used, respectively. The genomic information came from a population of 718 genotyped animals with a density chip of 30,106 single nucleotide polymorphism markers (SNP). Univariate and bivariate models were used under the conventional (BLUP) and single step genomic best linear unbiased predictor (ssGBLUP) methodologies. Results. The heritabilities for W8M, AFC and FCI ranged from 0.25 to 0.26, from 0.20 to 0.22 and from 0.04 to 0.08, respectively. The AFC and FCI models under ssGBLUP slightly decreased the error and increased the additive genetic variance, respectively. Conclusions. The inclusion of genomic information slightly increases the accuracy of the genetic estimates in this population. However, a larger amount of genotyped animals and with a higher genetic relationship connectivity would allow breeders to increase the potential of the ssGBLUP methodology in Colombian Simmental cattle.
Subject(s)
Animals , Livestock , Reproduction , GenomicsABSTRACT
Abstract Background: Somatic cell score is an important parameter to predict milk quality and health of cows. However, in countries like Brazil, this trait is still not selected on a large scale, and no genetic parameters are reported in the literature. Objective: To estimate the variance components and genetic parameters for somatic cell score, milk yield, fat yield, protein yield, fat percentage, and protein percentage in Holstein cows. Methods: Records from 56,718 animals were used to estimate variance components, heritability, and genetic correlations using a multi-trait animal model by the REML method. Results: The heritability estimates were 0.19 for somatic cell score, 0.22 for milk yield, 0.26 for fat yield, 0.18 for protein yield, 0.61 for fat percentage, and 0.65 for protein percentage. The estimates of genetic correlations among analyzed traits ranged from -0.50 to 0.82. Conclusion: The low heritability observed for somatic cell score indicates that selection for this trait should result in benefits related to animal health and milk quality, but only in the long term. The low correlation between productive traits and somatic cell score indicates that inclusion of somatic cell score in animal breeding programs does not interfere negatively with the genetic selection for milk yield or solids.
Resumen Antecedentes: El conteo de células somáticas es un parámetro importante para predecir la calidad de la leche y la salud de las vacas. Sin embargo, en países como Brasil, esta característica aún no se selecciona a gran escala y no se reportan parámetros genéticos en la literatura. Objetivo: Estimar los componentes de varianza y parámetros genéticos para el conteo de células somáticas, producción de leche, producción de grasa, producción de proteína, porcentaje de grasa y porcentaje de proteína en vacas de la raza Holstein. Métodos: Se usaron registros de 56.718 animales para estimar los componentes de la varianza, heredabilidad y correlaciones genéticas usando un modelo animal multicaracterístico por medio del método REML. Resultados: Las estimaciones de heredabilidad fueron 0,19 para el conteo de células somáticas, 0,22 para la producción de leche, 0,26 para la producción de grasa, 0,18 para producción de proteína, 0,61 para el porcentaje de grasa y 0,65 para el porcentaje de proteína. Las estimaciones de correlación genética entre las características analizadas variaron entre -0,50 a 0,82. Conclusión: La baja heredabilidad encontrada para conteo de células somáticas demostró que la selección para esta característica podría resultar en beneficios para la salud animal y calidad de la leche, pero sólo a largo plazo. La baja correlación genética existente entre las características productivas y el conteo de células somáticas indica que la inclusión del conteo de células somáticas en programas de selección no interfiere negativamente en la selección genética para la producción de leche o sólidos.
Resumo Antecedentes: O escore de células somáticas é um parâmetro importante para a predição da qualidade do leite, bem como para a saúde das vacas. No entanto, em alguns países como o Brasil, essa característica não é selecionada em larga escala e não há parâmetros genéticos disponíveis na literatura. Objetivo: Estimar os componentes de variância e parâmetros genéticos para o escore de células somáticas, produção de leite, produção de gordura, produção de proteína, porcentagem de gordura e porcentagem de proteína em vacas da raça Holandesa. Métodos: Foi utilizado um total de 56.718 animais para estimar os componentes de variância, herdabilidade e correlações genéticas, considerando-se o modelo animal multicaracterística por meio do método REML. Resultados: As estimativas de herdabilidade foram de 0,19 para o escore de células somáticas, 0,22 para a produção de leite, 0,26 para a produção de gordura, 0,18 para produção de proteína, 0,61 para a porcentagem de gordura e 0,65 para a porcentagem de proteína. As estimativas de correlação genética entre as características analisadas variaram entre -0,50 a 0,82. Conclusão: A baixa herdabilidade encontrada para o escore de células somáticas demonstrou que a seleção para esta característica poderá resultar em benefícios para a saúde animal e qualidade do leite, porém, somente a longo prazo. A baixa correlação genética existente entre as características produtivas e o escore de células somáticas demonstrou que a inclusão do escore de células somáticas em programas de seleção não causa interferência negativa na seleção genética para a produção de leite ou sólidos.
ABSTRACT
RESUMEN El objetivo de este estudio fue estimar parámetros genéticos con y sin la inclusión de parentesco genómico para la producción de leche acumulada a 60 (PL60), 150 (PL150), 210 (PL210) y 305 días (PL305) en ganado Simmental en Colombia. Un total de 2883 controles lecheros en 620 vacas de primer parto fueron utilizados. La información genómica se obtuvo a partir de 718 animales genotipados con un chip de una densidad de 30106 marcadores genéticos tipo polimorfismo de nucleótido simple (SNP). Se construyeron modelos de tipo univariado y bivariado bajo la metodología del mejor predictor lineal insesgado (BLUP) y genómico en una etapa (ssGBLUP). Los valores de heredabilidades para PL60, PL150, PL210 y PL305 variaron entre 0,20 a 0,27; 0,25 a 052; 0,30 a 0,35 y 0,20 a 0,23; respectivamente. La inclusión de parentesco genómico no aumentó las heredabilidades y tampoco la precisión de las estimaciones para las características asociadas a producción de leche. La escasez de información fenotípica y la baja conectividad genética entre la población genotipada y no genotipada podrían limitar procesos de selección genética para producción de leche a través del ssGBLUP en la población de ganado Simmental de Colombia.
ABSTRACT The aim of this study was to estimate genetic parameters with and without the inclusion of genomic relationship in cumulative milk production of Simmental cattle in Colombia for 60 (MP60), 150 (MP150), 210 (MP210) and 305 (MP305) days. A total of 2883 test records from 620 cows in first lactation were used. The genomic information was obtained from 718 animals genotyped with a commercial chip with a density of 30,106 single nucleotide polymorphism (SNP) genetic markers. Univariate and bivariate models were used under the conventional best linear unbiased predictor (BLUP) and the single step genomic BLUP (ssGBLUP) methodologies. The heritability estimate values for MP60, MP150, MP210 and MP305 ranged from 0.20 to 0.27, 0.25 to 0.52, 0.30 to 0.35 and 0.20 to 0.23, respectively. The use of the genomic relationship did not increase heritabilities nor the accuracy of estimates for milk traits. The lack of phenotypic records and the low genetic connectivity between genotyped and non-genotyped populations could limit the genetic selection procedures for milk production via the ssGBLUP in Colombian Simmental cattle.
ABSTRACT
With the aim o f quantifying the genotype-environment interaction (GEI) and the phenotypic stabilityin multibreed bovine population of the Colombian Northwest, registries from 16 herds located in threeagroecological regions (E1, E2, E3) from low tropic systems (humid subtropic forest, humid tropic forest anddry tropic forest, were collected from 1995 to 2007. Weight at 12-mo (W12), weight at 18-mo (W18), and weightat 24-mo (W24), were evaluated with 1806, 1455, and 1197 data, 14, 11, and 10 genetic groups respectively;animals of the breeds and crossbred between Angus (A), Blanco Orejinegro (B), Zebu (Z), Holstein (H),Romosinuano (R), and Senepoll (S) were used. In a mixed model, the fixed effects of contemporary group(year-season-sex) and the age covariate were used, which showed a significant effect (p<0.001) on the threetraits. Random effects were region, genetic group (breed or crosses), and GEI, but the last one (GEI) showedsignificant effect (p<0.05) for this last one. The Shuklas variance in Bayesian methodology was used forthe phenotypic stability analysis. The results indicated that the groups with high proportion of Zebu wereassociated with E2 and groups with greater levels of Romosinuano were associated with E3. Holstein andBlanco Orejinegro tended to give greater phenotypic stability than the groups that used these breeds.
Con el objetivo de cuantificar la interacción genotipo-ambiente (IGA) y la estabilidad fenotípica en unapoblación bovina multirracial del noreste colombiano, se usaron registros de 16 rebaños localizados en tresregiones agroecológicas del trópico bajo: bosque húmedo subtropical (R1), bosque húmedo tropical (R2)y bosque seco tropical (R3), entre los años 1995 y 2007. Los pesos fueron evaluados a los 12 (P12), 18(P18) y 24 meses (P24), con 1806, 1455 y 1197 datos, y 14, 11 y 10 grupos genéticos, respectivamente.Fueron usados animales puros y cruzados entre las razas Angus (A), Blanco Orejinegro (B), Cebú (C),Holstein (H), Romosinuano (R) y Senepol (S). Se utilizó un modelo mixto, en el que los efectos fijos de grupocontemporáneo y la edad presentaron efecto significativo (p<0.001) sobre las tres características. Los efectosaleatorios fueron región, grupo genético (raza o cruce) e IGA, la que presentó efecto significativo (p<0.05).Para el análisis de estabilidad fenotípica se utilizó la varianza de Shukla mediante metodología bayesiana.Los resultados indican que los grupos genéticos con altas proporciones de Cebú fueron asociados con R2 ylos grupos genéticos con altos niveles de Romosinuano fueron asociados con R3. Las razas Holstein y BlancoOrejinegro tendieron a dar mayor estabilidad fenotípica a los grupos donde estas razas fueron usadas.
Com o propósito de quantificar a interação genótipo ambiente (IGA) e estabilidade fenotípica empopulações bovinas multiraciais no trópico baixo colombiano foram utilizados registros desde 1995 até2007 de 16 fazendas localizadas em três regiões agroecológicas: bosque subtropical úmido (E1) bosquetropical úmido (E2) e bosque tropical seco (E3). Foram avaliadas o peso aos 12, 18 e 24 meses, com1806, 1455 e 1197 registros, respectivamente de 10 grupos genéticos das raças Angus, Blanco Orejinegro,Zebu, Holandês, Romosinuano e Senepol. O Modelo mixto utilizado incluiu os efeitos fixos de grupocontemporâneo (ano, época e sexo) e a idade como covariavel, os quais foram significativos (p<0.001)nas três características. Foram considerados os efeitos aleatórios de regiao, grupo genético e a interação(GEI), onde este último foi significativo. A analise de estabilidade fenotípica foi realizada utilizandoa variância de Shukla por metodologia Bayesiana. Os resultados indicaram que os grupos com maiorproporção de Zebu foram associados com E2 e os grupos com maior proporção de Romosinuano foramassociados com E3. Os animais que tinham composição racial de Holandês e Blanco Orejinegro tiverammaior estabilidade fenotípica que os outros grupos raciais.
Subject(s)
Animals , Cattle/genetics , Genotype , PhenotypeABSTRACT
The objective of this study was to estimate the direct and maternal genetic variance components for some growth traits in a red deer herd (Cervus elaphus scoticus) located in Queretaro, Mexico. Information between 1994 and 2003, consisting of 417 records of birth weight (BW), 169 weaning weight (WW), 168 six months weight (6MW) and 172 yearly weight (YW) was analyzed, which included the identification of 554 animals with 11 stags and 107 hinds. The fixed effects considered were: sex, year of birth and pregnancy number (P < 0.001). Three mixed models were used. Model 1 included the fixed effects and the direct additive genetic effect; Model 2 included those in 1 plus the maternal additive genetic effect; and Model 3 included those in 2 plus the permanent maternal environment effect. All of them used the residual maximum likelihood method (REML), implemented in the ASReml prog ram. The best model to obtain variance components and genetic parameters was the second model, direct heritability (h²d ± s. e.) 0.11 ± 0.09 and 0.19 ± 0.18 and maternal (h²m ± s. e.) 0.15 ± 0.06 and 0.14 ± 0.11 for BW and WW, respectively. The direct-maternal genetic correlations were -0.21 ± 0.29, -0.92 ± 0.11 and -0.84 ± 0.20 for BW, WW and 6MW, respectively.
El objetivo de este estudio fue estimar los componentes de varianza genéticos, directos y maternos para características de crecimiento en un rebaño de ciervo rojo (Cervus elaphus scoticus), en Querétaro, México. Se analizó la información de 1994 hasta 2003 consistente en 417 registros de peso al nacimiento (PN), 169 al destete (PD), 168 a los seis meses (P6M) y 172 al año (PA), incluyó identificación de 554 animales con 11 sementales y 107 hembras. Los efectos fijos considerados fueron: sexo, año de nacimiento y número de parto (P < 0.001). Se utilizaron tres modelos mixtos. El Modelo 1 incluyó efectos fijos y efecto genético aditivo directo; el Modelo 2, igual al 1 más el efecto genético aditivo materno; el Modelo 3, igual al 2 más el efecto del ambiente permanente materno, todos usaron el método de máxima verosimilitud restringida (REML), instrumentado en el programa ASREML. El mejor modelo para obtener los componentes de varianzas y los parámetros genéticos fue el 2, heredabilidades directas (h²d ± e. e.) 0.11 ± 0.09 y 0.19 ± 0.18, y materna (h²m± e. e.) 0.15 ± 0.06 y 0.14 ± 0.11 para PN y PD, respectivamente. Las correlaciones genéticas directas-maternas fueron -0.21 ± 0.29, -0.92 ± 0.11 y -0.84 ± 0.20, para PN, PD y P6M, respectivamente.