ABSTRACT
Objective To establish a method for measurement of 239Pu in fecal samples based on inductively coupled plasma-mass spectrometry (ICP-MS), and to provide a novel method for assessing the internal exposure of workers. Methods Fecal samples were collected from workers and labeled. The samples were pretreated with carbonization ashing and microwave digestion devices, purified on TEVA resin, and measured using ICP-MS. Results The detection limit of 239Pu in fecal samples based on ICP-MS was 1.91 × 10−4 Bq. Conclusion In the routine monitoring of class S substances characterized by a 5 μm aerodynamic diameter during 12 months, the committed effective dose corresponding to the detection limit is 0.17 mSv. This value meets the requirements of relevant national standards and ICP-MS can be used as a novel means for accurate evaluation of internal exposure for workers.
ABSTRACT
Molecular detection of Eimeria species in fecal samples can be useful for experimental and diagnostic purposes. However, the parasite quantity presence in feces and the oocyst wall are an obstacle in DNA extraction protocols. Therefore, adequate sampling and effective disruption of the oocysts are essential to improve the accuracy of DNA detection by PCR. The aims of this study were to evaluate the suitability of six protocols for DNA extraction from Eimeria spp. present in bovine and sheep. Twenty pools of fecal samples from cattle (10 pools) and sheep (10 pools) were distributed to six DNA extraction protocols: commercial kit, commercial kit with modification, DNAzol, cetyl-trimethyl ammonium bromide (CTAB), glass beads and commercial kit for fecal samples. Fecal samples were submitted to DNA extraction and PCR. Among the protocols tested, CTAB was determined to be most suitable for DNA extraction from oocysts (90% of DNA detection by PCR); DNAzol and CTAB resulted in higher DNA detection from bovine samples (80%). CTAB and commercial kit with modification improved PCR detection of Eimeria spp. in sheep samples, with positive amplification of DNA in all tested samples.(AU)
A detecção molecular de espécies de Eimeria em amostras fecais pode ser útil para fins experimentais e de diagnóstico. No entanto, a quantidade de parasitas nas fezes e a parede do oocisto são um obstáculo nos protocolos de extração de DNA. Portanto, uma amostragem adequada e a ruptura efetiva dos oocistos são essenciais para melhorar a precisão da detecção de DNA por PCR. Os objetivos deste estudo foram avaliar seis protocolos para extração de DNA de Eimeria spp. em amostras de bovinos e ovinos. Foram distribuídos 20 grupos de amostras fecais de bovinos (10 grupos) e ovinos (10 grupos) em seis protocolos de extração de DNA: kit comercial, kit comercial com modificação, DNAzol, brometo de cetil-trimetil amônio (CTAB), pérolas de vidro e kit comercial para amostras fecais. As amostras fecais foram submetidas à extração de DNA e PCR. Entre os protocolos testados, CTAB foi considerado o mais adequado para extração de DNA de oocistos (90% de detecção de DNA por PCR); DNAzol e CTAB resultaram em maior detecção de DNA em amostras de bovinos (80%). CTAB e kit comercial com modificação melhoraram a detecção por PCR de Eimeria spp. em amostras de ovinos, amplificação positiva de DNA em todas as amostras testadas.(AU)
Subject(s)
Animals , Cattle , Sheep Diseases/parasitology , Cattle Diseases/parasitology , Coccidiosis/diagnosis , Coccidiosis/veterinary , Eimeria/genetics , Polymerase Chain Reaction/veterinary , OocystsABSTRACT
Abstract The fidelity of the genomes is defended by mechanism known as Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) systems. Three Type II CRISPR systems (CRISPR1- cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas) have been identified in enterococci isolates from clinical and environmental samples. The aim of this study was to observe the distribution of CRISPR1-cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas in non-clinical strains of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolates from food and fecal samples, including wild marine animals. The presence of CRISPRs was evaluated by PCR in 120 enterococci strains, 67 E. faecalis and 53 E. faecium. It is the first report of the presence of the CRISPRs system in E. faecalis and E. faecium strains isolated from wild marine animal fecal samples. The results showed that in non-clinical strains, the CRISPRs were more frequently detected in E. faecalis than in E. faecium. And the frequencies of CRISPR1-cas and CRISPR2 were higher (60%) in E. faecalis strains isolated from animal feces, compared to food samples. Both strains showed low frequencies of CRISPR3-cas (8.95% and 1.88%). In conclusion, the differences in the habitats of enterococcal species may be related with the results observe in distribution of CRISPRs systems.
Resumo A fidelidade dos genomas é defendida por mecanismos conhecidos como sistemas de repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente interespaçadas (CRISPRs). Três tipos de sistemas CRISPR II (CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas) têm sido identificados em cepas de enterococos isolados de amostras clínicas e ambientais. O objetivo deste estudo foi observar a distribuição dos CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas em cepas não-clínicas de Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium isoladas de amostras alimentícias e fecais, incluindo animais marinhos selvagens. A presenca dos CRISPRs foi determinada por PCR em 120 cepas de enterococos, sendo 67 E. faecalis e 53 E. faecium. É o primeiro relato da presença do sistema CRISPRs nas estirpes E. faecalis e E. faecium isoladas de amostras fecais de animais marinhos selvagens. Os resultados mostraram que em cepas não-clínicas, os CRISPRs foram mais frequentemente detectados em E. faecalis do que em E. faecium. E as frequências de CRISPR1-cas e CRISPR2 foram maiores (60%) em cepas de E. faecalis isoladas de fezes de animais, quando comparadas à amostras de alimentos. Ambas as cepas apresentaram baixas freqüências de CRISPR3-cas (8,95% e 1,88%). Em conclusão, as diferenças nos habitats das espécies de enterococos podem estar relacionadas com os resultados observados na distribuição dos sistemas CRISPRs.
Subject(s)
Animals , Enterococcus faecium/genetics , Enterococcus faecalis/genetics , Feces/microbiology , Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats , Food Microbiology , Turtles/microbiology , Vegetables/microbiology , Chickens/microbiology , Dairy Products/microbiology , Milk/microbiology , Spheniscidae/microbiology , Fur Seals/microbiology , Meat/microbiologyABSTRACT
La identificación de microorganismos a través de técnicas moleculares ha tomado granpopularidadenlosúltimosañosgraciasasuprecisión.LaReacciónenCadena de la Polimerasa (PCR) es una técnica de diagnóstico molecular sumamente valoradaporsurapidezderesultados,altasensibilidadyespecificidad,sinembargo, el rendimiento de esta técnica dependerá de la calidad del ADN extraído. Las muestras fecales contienen una gran cantidad de sustancias, como sales que pueden comportarse como inhibidores para la PCR, por esta razón,se llevó a cabo este estudio donde se evaluaron algunas modificaciones a técnicas de extracción de ADN bacteriano por medio de la metodología fenol-cloroformo en 10 muestras fecales tomadas de pacientes diagnosticados con infección por Helicobacter pylori en el departamento del Atlántico. En el método final se obtuvo una concentración promediode ADN de 1.501,0ng/µl.
Theidentificationofmicroorganismsthroughmoleculartechniqueshasbecomevery popular in recent years due to their accuracy. The Polymerase Chain Reaction (PCR) is a molecular diagnostic technique highly valued for its rapidity of results, high sensitivity and specificity, however, the performance of this technique depends on the quality of the extracted DNA. Fecal samples contain a large number of substances,such as salts that may be have as inhibitors for the PCR, for this reason, this study evaluated some modifications to bacterial DNA extraction techniques of the phenol-chloroform methodology in 10 fecal samples taken from patients diagnosed with infection by Helicobacter pylori in the Department of Atlántico, Colombia. In the final method an average DNA concentration of 1,501.0 ng/µl was obtained
Subject(s)
Humans , Bacteria , DNA, BacterialABSTRACT
Abstract The fidelity of the genomes is defended by mechanism known as Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) systems. Three Type II CRISPR systems (CRISPR1- cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas) have been identified in enterococci isolates from clinical and environmental samples. The aim of this study was to observe the distribution of CRISPR1-cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas in non-clinical strains of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolates from food and fecal samples, including wild marine animals. The presence of CRISPRs was evaluated by PCR in 120 enterococci strains, 67 E. faecalis and 53 E. faecium. It is the first report of the presence of the CRISPRs system in E. faecalis and E. faecium strains isolated from wild marine animal fecal samples. The results showed that in non-clinical strains, the CRISPRs were more frequently detected in E. faecalis than in E. faecium. And the frequencies of CRISPR1-cas and CRISPR2 were higher (60%) in E. faecalis strains isolated from animal feces, compared to food samples. Both strains showed low frequencies of CRISPR3-cas (8.95% and 1.88%). In conclusion, the differences in the habitats of enterococcal species may be related with the results observe in distribution of CRISPRs systems.
Resumo A fidelidade dos genomas é defendida por mecanismos conhecidos como sistemas de repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente interespaçadas (CRISPRs). Três tipos de sistemas CRISPR II (CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas) têm sido identificados em cepas de enterococos isolados de amostras clínicas e ambientais. O objetivo deste estudo foi observar a distribuição dos CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas em cepas não-clínicas de Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium isoladas de amostras alimentícias e fecais, incluindo animais marinhos selvagens. A presenca dos CRISPRs foi determinada por PCR em 120 cepas de enterococos, sendo 67 E. faecalis e 53 E. faecium. É o primeiro relato da presença do sistema CRISPRs nas estirpes E. faecalis e E. faecium isoladas de amostras fecais de animais marinhos selvagens. Os resultados mostraram que em cepas não-clínicas, os CRISPRs foram mais frequentemente detectados em E. faecalis do que em E. faecium. E as frequências de CRISPR1-cas e CRISPR2 foram maiores (60%) em cepas de E. faecalis isoladas de fezes de animais, quando comparadas à amostras de alimentos. Ambas as cepas apresentaram baixas freqüências de CRISPR3-cas (8,95% e 1,88%). Em conclusão, as diferenças nos habitats das espécies de enterococos podem estar relacionadas com os resultados observados na distribuição dos sistemas CRISPRs.
ABSTRACT
The aim of this study was to produce a conjugate containing anti-Cryptosporidium parvum polyclonal antibodies and standardize a Direct Immunofluorescence Assay (DIF) for detecting C. parvum oocysts in fecal samples from calves. In order to obtain anti-C. parvum polyclonal antibodies, two New Zealand rabbits were immunized with a purified solution of C. parvum oocysts and Freund's adjuvant. Purification of the immunoglobulin G (IgG) fraction was performed by means of precipitation in ammonium sulfate and chromatography using a DEAE-cellulose column. The anti-C. parvum polyclonal antibody titer was determined by means of the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The rabbit anti-C. parvum IgG fraction was conjugated with fluorescein isothiocyanate and standardization of the DIF was performed using various dilutions of conjugate on slides positive for C. parvum oocysts. The cross-reactivity of the anti-C. parvum conjugate was tested using oocysts of Cryptosporidium serpentis, Cryptosporidium andersoni, Escherichia coli, Eimeria sp., and Candida sp. An anti-C. parvum conjugate was successfully produced, thus allowing standardization of DIF for detection of Cryptosporidium oocysts in fecal samples. Cross-reactivity of anti-C. parvum polyclonal antibodies with C. andersoni and C. serpentis was also observed.
O objetivo deste estudo foi produzir um conjugado contendo anticorpos policlonais anti-Cryptosporidium parvum e padronizar a Reação de Imunofluorescência Direta (RID), para detecção de oocistos de C. parvum em amostras fecais de bezerros. Para produção de anticorpos policlonais anti-C. parvum, dois coelhos da raça Nova Zelândia foram imunizados com uma solução purificada de oocistos de C. parvum e adjuvante de Freund. A purificação da fração de imunoglobulina G (IgG) foi realizada por meio de precipitação em sulfato de amônio e cromatografia em coluna de DEAE celulose. A titulação dos anticorpos policlonais anti-C. parvum foi determinada por meio de ensaio imunoenzimático (ELISA). A fração IgG de coelho anti-C. parvum foi conjugada com isotiocianato de fluoresceína, e a padronização da RID foi feita utilizando-se várias diluições do conjugado, em lâminas positivas para C. parvum. Foi pesquisada também a presença de reatividade cruzada do conjugado anti-C. parvum com C. serpentis, C. andersoni, Escherichia coli, Eimeria sp. e Candida sp.. A produção do conjugado anti-C. parvum foi bem sucedida, sendo possível a padronização da RID para detecção de oocistos em fezes. Foi também observada reatividade cruzada dos anticorpos policlonais anti-C. parvum, com C. andersoni e C. serpentis.
Subject(s)
Animals , Cattle , Cryptosporidium parvum/isolation & purification , Feces/parasitology , Oocysts , Cryptosporidium parvum/immunology , Fluorescent Antibody Technique, Direct , Oocysts/immunology , Parasitology/methodsABSTRACT
Se analizaron 165 muestras fecales seriadas, utilizando dos métodos de sedimentación: Ritchie (R) y Carles Barthelemy (CB) y uno de flotación: Willis (W), con el fin de optimizar el diagnóstico de los parásitos intestinales y determinar la eficacia de las técnicas. Se hallaron parásitos en 119 (72,1 por ciento) de los analizados. Hubo diferencias significativas en la recuperación de protozoos (p < 0,001), observándose 81,4 por ciento (R), 77,4 por ciento (CB), y 57,8 por ciento (W). Blastocystis hominis, G.lamblia, Ascaris lumbricoides y Trichuris trichiura se recuperaron con mayor frecuencia mediante sedimentación, resultando más efectivo el método de Ritchie (p < 0,05).
A total of 165 fecal samples were analyzed, using two sedimentation methods: Ritchie (R), Carles Barthelemy (CB), and one of flotation: Willis (W), in order to optimize intestinal parasites diagnosis and to determine the techniques effectiveness. Parasites were found in 119 (72,12%) of those analyzed. Significant differences were in protozoa recovery (p < 0,001), being observed 81.4% (R), 77.4% (CB), and 57.8% (W). Blastocystis hominis, Giardia lamblia, Ascaris lumbricoides and Trichuris trichiura were recovered more frequency by means of sedimentation, being Ritchie´s method the most effective one (p < 0.05).