Assessment of Viral and Atypical Bacterial Agents Using Polymerase Chain Reaction in Patients Presenting with Signs of Acute Respiratory Tract Infection / Evaluación de agentes bacterianos atípicos y agentes virales utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en pacientes que se presentan con signos de infección aguda de las vías respiratorias

ABSTRACT Objective: To assess viral and atypical bacterial agents using polymerase chain reaction in patients presenting with signs of acute respiratory tract infection (RTI) to Erzincan Mengucek Gazi Education and Research Hospital, Turkey. Methods: Viral and atypical bacterial agents were explored in patients presenting with RTI between February 1 and June 1, 2017. Genomic isolation was performed using a SolMag®12 fully-automated nucleic acid isolation system and SolMag® Virus Nucleic Acid Isolation Kit. Amplifications were performed using a SmartCycler-II thermocycler (Cepheid) device in accordance with the instructions provided by the manufacturer. Results: Of the 120 patients, 44 (36.6%) were found to have at least one agent. Polymerase chain reaction detected influenza viruses in 28 patients, respiratory syncytial virus in seven, cytomegalovirus (CMV) in six, Herpes simplex virus 1 (HSV1) in two, Chlamydophila pneumonia in two, Human Herpesvirus 6 in one, and Herpes simplex virus 2 in one. Also, coexistent HSV1 and CMV positivity was found in two cases. One patient had positivity in both influenza A and CMV. Among atypical bacterial agents, only two patients were found to have Chlamydophila pneumonia. There was at least one comorbid condition in 48 patients (40%). Of these subjects in whom an agent could be identified, 21 were found to have co-morbidity, while 23 were free of comorbid conditions. Antibiotherapy had been started in 109 (90.8%) of the patients after initial assessment. Sixty-four patients were admitted, and two patients died. Conclusion: Polymerase chain reaction allowed rapid detection of agents responsible for acute RTIs. We believe that this technique may contribute to appropriate use of antibiotics in patients diagnosed with atypical bacterial infection and may prevent unnecessary antibiotherapy in infections caused by viral agents.

RESUMEN Objetivo: Evaluar los agentes bacterianos atípicos y los agentes virales utilizando la reacción en cadena de la polimerasa en pacientes que acuden con signos de infección aguda de las vías respiratorias (IVR) al Hospital de Docencia e Investigación Erzincan Mengucek Gazi, Turquía. Métodos: Se exploraron agentes bacterianos atípicos y agentes virales en pacientes que acudieron con IVR entre el 1 de febrero y 1 de junio de 2017. El aislamiento genómico se realizó con un sistema SolMag®12 de aislamiento de ácido nucleico totalmente automatizado y un Kit SolMag® de aislamiento de ácido nucleico viral. Las amplificaciones se realizaron utilizando un aparato termociclador SmartCycler-II (Cepheid) de acuerdo con las instrucciones proporcionadas por el fabricante. Resultados: De los 120 pacientes, se determinó que 44 (36.6%) tenían al menos un agente. La reacción en cadena de la polimerasa detectó virus de la influenza en 28 pacientes, virus sincitial respiratorio en siete, citomegalovirus (CMV) en seis, herpes virus simplex 1 (HSV1) en dos, Chlamydophila pneumoniae en dos, herpes virus humano 6 en uno, y herpes virus simplex 2 en uno. Por otro lado, se halló positividad coexistente de HSV1 y CMV en dos casos. Un paciente tuvo positividad tanto para la influenza A como para CMV. Entre los agentes bacterianos atípicos, se halló sólo dos pacientes con Chlamydophila pneumonia. Hubo al menos una condición comórbida en 48 pacientes (40%). De estos sujetos en los que se podía identificar un agente, se halló que 21 tenían comorbilidad, mientras que 23 estaban libres de condiciones comórbidas. La antibioterapia había comenzado en 109 (90.8%) de los pacientes después de la evaluación inicial. Sesenta y cuatro pacientes fueron ingresados, y dos pacientes murieron. Conclusión: La reacción en cadena de la polimerasa permitió la rápida de detección de agentes responsables de IVR aguda. Creemos que esta técnica puede contribuir al uso apropiado de antibióticos en pacientes diagnosticados con infección bacteriana atípica normal y puede evitar antibioterapias innecesarias en infecciones causadas por los agentes virales.

Molecular diagnosis of dengue virus infections in samples collected on filter paper / Diagnóstico molecular de infecciones por virus Dengue en muestras colectadas en papel de filtro

Dengue virus infections (DENV) are a severe public health problem due to the high rates of morbidity and mortality involved, and the fact that no clinical treatment or vaccines are available. In order to strengthen the laboratory diagnosis for surveillance systems in tropical countries with low resources, we report an optimized method using filter paper for blood spotting and subsequent molecular diagnosis of DENV serotypes. Control strains of all serotypes, as well as 35 whole blood patient samples dispensed on filter paper, were stored at room temperature for as long as 36 months. RT-PCR of 5’UTR-C fragment was amplified through adapted protocols to diagnose all dengue serotypes. Results showed amplification for all four viral serotypes, including control viral strains and 88.6 % of the samples. These results allowed determining the utility of filter paper for the preservation of samples regularly obtained from patients with clinical suspicion of dengue in settings where low resources do not permit an immediate analysis of the samples. Likewise, this study evidence the possibility of molecular diagnosis of DENV from multiple areas of the world where there are no laboratories with the capacity to confirm DENV cases.

Las infecciones por virus Dengue (DENV) representan un grave problema de salud pública debido a las altas tasas de morbilidad y mortalidad que causan, además no cuentan con tratamiento clínico específico, ni vacuna. Con el fin de reforzar el diagnóstico de laboratorio para los sistemas de vigilancia epidemiológica en países tropicales con recursos económicos limitados, se optimizó una metodología utilizando papel de filtro para la recolección de muestras y el subsiguiente diagnóstico molecular de los serotipos de DENV. Se emplearon cepas controles correspondientes a todos los serotipos virales, así como 35 muestras de sangre total dispensadas en papel de filtro que fueron mantenidas a temperatura ambiente por 36 meses. Las muestras fueron analizadas mediante RT-PCR para la amplificación de la región del genoma correspondiente a 5´UTR-C de los DENV. Los resultados mostraron la amplificación de los mencionados fragmentos en 88,6% de las muestras analizadas, así como de las cepas controles. Estos resultados evidenciaron la utilidad del papel de filtro para conservación de muestras obtenidas de pacientes con sospecha clínica de dengue ubicados en zonas donde no es posible realizar análisis de laboratorio de forma inmediata, así como su uso para el diagnóstico molecular. De este modo se reforzaría la vigilancia en áreas, donde no hay laboratorios con capacidad para confirmar casos de DENV.

Presencia del virus de la diarrea viral bovina y su asociación con otros cuadros patológicos en ganado en corral de engorda / Presence of bovine virus diarrhea in association with other pathologies in feedlot cattle

Bovine feedlots are intensive production systems of significant importance in Mexico. The present study describes the presence of bovine virus diarrhea (BVD) causing subacute to chronic lesions in feedlot cattle, associated with other pathologies. Animals included in this study were discarded after they received therapy several times due to chronic pneumonia, or anaplamosis. Bovine virus diarrhea antigen was identified by immunohistochemistry in small intestine and myocardium in six cases of chronic suppurative bronchopneumonia with extensive areas of casseous necrotic bronchiectasis, previously diagnosed as Mycoplasma bovis pneumonias (retrospective group, n = 6). Furthermore, based on characteristic histopathologic lesions other nine cases were included (prospective group, n = 9). Bovine virus diarrhea antigen was recognized in two animals with pneumonic lesions, including a case with fibrinous bronchopneumonia as well as suggestive lesions of infectious bovine rinotracheitis (1/9), and another one with suppurative bronchopneumonia and myocarditis suggestive of Histophilus somni (1/9). In addition, one positive case was associated to anaplasmosis (1/9). Other two positive cases showed a conspicuous fibrinous peritonitis (2/9). The rest of the animals in this group resulted negative (4/9). Histopathological characteristics of the lesions and their association with the antigen in situ confirm the presence of BVD. This presentation is compatible with the acute infection syndrome. This is the first report of BVD infection and concomitant pathologies in feedlot cattle in Mexico.

El ganado en corral de engorda es un sistema de producción intensivo de gran importancia en México. En este trabajo se describe la infección por diarrea viral bovina (DVB), ocasionado por lesiones subagudas y crónicas en bovinos en corral de engorda, y su asociación con otras patologías. Los animales de este estudio fueron considerados de rechazo después de ser tratados en diferentes ocasiones por enfermedad respiratoria, o bien anaplasmosis. El antígeno de DVB fue identificado por inmunohistoquímica (IHQ) en intestino delgado y miocardio en seis casos de bronconeumonía supurativa crónica con extensas áreas de bronquiectasia con necrosis caseosa, los cuales habían sido previamente diagnosticados como neumonías por Mycoplasma bovis (grupo retrospectivo, n = 6). Además, se incluyeron otros nueve casos con base en las características histopatológicas de las lesiones (grupo prospectivo, n = 9). El antígeno de DVB se reconoció en dos animales con lesiones neumónicas, uno de ellos con bronconeumonía fibrinosa, incluyendo además lesiones probables de rinotraqueítis infecciosa bovina (1/9), y el otro con bronconeumonía supurativa y también miocarditis probable por Histophilus somni (1/9). Adicionalmente, un caso positivo estuvo asociado a anaplasmosis (1/9). Otros dos casos positivos presentaron una distintiva peritonitis fibrinosa (2/9). El resto de los animales de este grupo resultaron negativos a DVB (4/9). Las características histopatológicas de las lesiones y su asociación con el antígeno in situ, confirman la presencia de DVB. Esta presentación es compatible con el síndrome denominado infección aguda. Este es el primer informe de infección por DVB y otras patologías concomitantes en ganado de engorda en México.

Actulización en profilaxis de la transmisión vertical del VIH / Prophylaxis of perinatal HIV transmission: update

Existe un innegable avance en términos de prevención de la transmisión perinatal del VIH, aunque el acceso a las estrategias de reducción continúa siendo limitado en la mayoría de los países pobres y en algunas poblaciones de los países ricos. En la actualidad se dispone de un mejor conocimiento de intervenciones ya probadas y datos sobre nuevos escenarios y acciones preventivas. Los hallazgos más recientes en cada una de ellos se resumen en éste artículo.

There is an undeniable progress in terms of prevention of perinatal transmission of HIV, although access to reduction strategies remains limited in most poor countries and in some populations of rich countries. At present here is a better understanding of proven interventions and data on new scenarios and preventive actions. The latest findings are summarized in this article.

Inmunopatogenia y fisiopatología de la hepatitis por virus B / Immunopathology and Physiopathology of Viral Hepatitis Type B

Virus B, familia Hepadnaviridae, no citopático directo. La lesión hepatocelular es por la respuesta inmunológica a los antígenos virales. Respuesta inmune muy agresiva da hepatitis fulminante. En los crónicos hay débil respuesta de los linfocitos T citotóxicos CD 8, predominante la respuesta humoral de sustancias Th-2 (IL4,5,10). Factores que afectan la evolución: a). mutación del virus; b) co-infección con otros virus; c) estado inmune del paciente. Fases de la evolución a cronicidad: a) fase inmunotolerante: mucho virus y Ag positivo, seroconversiόn dura años, seroconversiόn de e es de 15% en 20 años; b) fase de aclaramiento inmune: seroconversiόn de e de 10 20% por año; c) estado de portador inactivo: mayoría de pacientes crónicos, son Ag negativos, anti e positivos; d) hepatitis crónica e negativos: ADN alto con elevación de ALT, la mayoría son mutaciones core y pre core no produciendo antígeno. e) resolución de infección crónica, 0.5-2% aclaran el antígeno de superficie, pero podrían hacer carcinoma hepatocelular en el futuro, siendo anti-HBs positivos.

HBV, Hepadnaviridae family, not direct cytopathic. This hepatocellular lesion is the result of an immunological response to viral antigens. A very aggressive response causes fulminant hepatitis. In chronic cases there is a weak response from lymphocyte T cell CD 8 and predominates the humoral response of TH-2 (IL-4-5-10) substances. Factors that affect the evolution: virus mutation, co-infection with other viruses, immune status of the patient. Stages of the evolution towards chronicity: a) immunotolerant stage (abundance of virus and e positive, seroconversion lasts years; seroconversion of Ag is 15% in 20 years); b) immune clearance stage (seroconversion of Ag is 10-20% per year); c) inactive carrier stage (most patients are chronic, Antigen negative and anti e positive); d) chronic hepatitis e negative (high DNA with an increase of ALT, most of them are core and pre-core mutations and do not produce antigen); e. resolution of chronic infection (0.5-2% clear the surface antigen, but in the future they could cause liver cell carcinoma because they are anti-HB positive.