ABSTRACT
OBJECTIVES@#To construct a Felis catus STR loci multiplex amplification system and to evaluate its application value by testing the technical performance.@*METHODS@#The published Felis catus STR loci data were reviewed and analyzed to select the STR loci and sex identification loci that could be used for Felis catus individual identification and genetic identification. The fluorescent labeling primers were designed to construct the multiplex amplification system. The system was validated for sensitivity, accuracy, balance, stability, species specificity, tissue identity and mixture analysis, and investigated the genetic polymorphisms in 145 unrelated Felis catus samples.@*RESULTS@#Sixteen Felis catus autosomal STR loci and one sex determining region of Y (SRY) were successfully selected, and constructed a multiplex amplification system containing the above loci. The complete profile of all alleles could still be obtained when the amount of DNA template was as low as 0.25 ng. There was no specific amplification peak in other common animal samples. Population genetic surveys showed that total discrimination power (TDP) of the 16 STR loci was 1-3.57×10-20, the cumulative probability of exclusion (CPE) was 1-6.35×10-5 and the cumulative probability of matching was 3.61×10-20.@*CONCLUSIONS@#The Felis catus STR multiplex amplification system constructed in this study is highly sensitive, species-specific, and accurate in typing results, which can provide an effective solution for Felis catus species identification, individual identification and kinship identification in the field of forensic science.
Subject(s)
Animals , Humans , Alleles , Cats/genetics , Chromosomes, Human, Y , DNA Fingerprinting/methods , DNA Primers , Microsatellite Repeats/genetics , Polymerase Chain Reaction/methods , Polymorphism, GeneticABSTRACT
We used four microsatellite loci (Fca08, Fca45, Fca77 and Fca96) from the domestic cat, Felis catus, to investigate genetic variability in specimens of Herpailurus yagouaroundi (jaguarundi, otter cat, eyra), Puma concolor (cougar, mountain lion, puma) and Panthera onca (jaguar) held in various Brazilian zoos. Samples of DNA from the cats were PCR amplified and then sequenced before being analyzed using the CERVUS program. Our results show a mean polymorphic information content (PIC) of 0.83 for H. yagouaroundi, 0.66 for P. concolor and 0.69 for P. onca and a mean of 10.3 alleles for the Fca08 locus, 5.3 for Fca 45, 9 for Fca 77 and 14 for Fca 96. These results indicate a relatively high level of genetic diversity for the specimens studied.
Subject(s)
Animals , Felidae/genetics , Genetic Variation , Cats/genetics , Genetics, Population , Microsatellite Repeats , Polymerase Chain ReactionABSTRACT
Os marcadores fenotípicos cor da pelagem, padräo e comprimento dos pelos de populaçöes naturais de gato doméstico de quatro cidades (Barcelona, Catalunha; Palma Majorca, Ilhas Baleares; Rimini, Itália, e Buenos Aires, Argentina) foram estudados em nível microgeográfico. Várias técnicas de genética de populaçöes revelaram que o grau de diferenciaçäo genética entre populaçöes de Felis catus nessas cidades é relativamente baixo, quando comparado com aquele encontrado entre populaçöes de outros mamíferos. Dois diferentes níveis de amostragem foram usados. Um foi o de colônias "naturais" de famílias de gatos vivendo juntas em pontos específicos das cidades e outro foi de subpopulaçöes "artificiais", ou grupos de colônias, habitando o mesmo bairro de uma cidade. Para os dois níveis de amostragem, alguns dos resultados foram idênticos: 1) pouca heterogeneidade gênica, 2) existência de panmixia, 3) níveis semelhantes de heterozigosidade esperada em todas as populaçöes analisadas, 4) ausência de autocorrelaçäo espacial, com certa diferenciaçäo na populaçäo de Buenos Aires comparada às outras, e 5) correlaçöes muito altas entre colônias e subpopulaçöes com os primeiros fatores de uma análise de fator Q. Näo obstante, outros dados estatísticos de genética de populaçäo mostraram-se muito afetados pela escolha diferencial do nível de amostragem. Foi o caso de: 1) a quantidade de heterogeneidade dos dados estatísticos Fst e Gst entre as cidades, que foi maior no nível de subpopulaçäo do que no nível de colônia; 2) a existência de correlaçöes entre os dados estatísticos de diferenciaçäo gênica e variáveis de tamanho no nível subpopulacional, mas näo no nível de colônias, e 3) a relaçäo entre as variáveis genéticas e os principais fatores da análise fatorial R. Isto sugere que se deve tomar cuidado ao escolher a unidade de amostragem, para que as inferências a respeito da genética de populaçäo sejam válidas a nível microgeográfico.