ABSTRACT
High throughput macromolecular structure determination is very essential in structural genomics as the available number of sequence information far exceeds the number of available 3D structures. ACORN, a freely available resource in the CCP4 suite of programs is a comprehensive and efficient program for phasing in the determination of protein structures, when atomic resolution data are available. ACORN with the automatic model-building program ARP/wARP and refinement program REFMAC is a suitable combination for the high throughput structural genomics. ACORN can also be run with secondary structural elements like helices and sheets as inputs with high resolution data. In situations, where ACORN phasing is not sufficient for building the protein model, the fragments (incomplete model/dummy atoms) can again be used as a starting input. Iterative ACORN is proved to work efficiently in the subsequent model building stages in congerin (PDB-ID: lis3) and catalase (PDB-ID: 1gwe) for which models are available.
Subject(s)
Animals , Automation , Catalase/chemistry , Computational Biology/instrumentation , Crystallography, X-Ray , Eels , Galectins/chemistry , Genomics/methods , Micrococcus luteus/metabolism , Models, Chemical , Models, Molecular , Protein Conformation , Proteins/chemistry , Proteomics/methods , SoftwareABSTRACT
Recent evidence indicates that protein-glycan interactions play a critical role in different events associated with the physiology of T-cell responses including thymocyte maturation, T-cell activation, lymphocyte migration and T-cell apoptosis. Glycans decorating T-cell surface glycoproteins can modulate T-cell physiology by specifically interacting with endogenous lectins including selectins and galectins. These endogenous lectins are capable of recognizing sugar structures localized on T-cell surface glycoproteins and trigger different signal transduction pathways leading to differentiation, proliferation, cell cycle regulation or apoptosis. Protein-carbohydrate interactions may be controlled at different levels, including regulated expression of lectins during T-cell maturation and differentiation and the spatio-temporal regulation of glycosyltransferases and glycosidases, which create and modify sugar structures present in T-cell surface glycoproteins. This article briefly reviews the mechanisms by which protein-carbohydrate interactions modulate immunological processes such as T-cell activation, migration and apoptosis.
Las interacciones entre proteínas y glicanos juegan un papel fundamental en numerosos eventos de la regulación de la fisiología del sistema inmune, como maduración tímica, activación, migración y apoptosis de células T. Los carbohidratos son capaces de modular la fisiología linfocitaria a través de la interacción específica con lectinas endógenas como selectinas y galectinas. Estas lectinas endógenas son capaces de reconocer estructuras sacarídicas localizadas en glicoproteínas de la superficie celular y regular procesos tan diversos como proliferación, diferenciación y ciclo celular. Existen diversos niveles de control de la interacción entre lectinas y azúcares; en primer lugar podemos mencionar la expresión regulada de estas lectinas durante el desarrollo de una respuesta inmune, y en segundo lugar la regulación espacio-temporal de la actividad de glicosiltranferasas y glicosidasas cuya función es crear y modificar los azúcares específicos para estas lectinas. Existen evidencias de que la expresión y actividad de estas enzimas se regulan en forma positiva o negativa durante diferentes eventos del desarrollo, ejecución y finalización de la respuesta inmune. En este artículo se analizarán los mecanismos a través de los cuales las interacciones entre lectinas con sus carbohidratos específicos modulan en forma específica diversos procesos fisiológicos, como maduración de timocitos, migración linfocitaria, activación y diferenciación de células T y apoptosis.