Identificação de RNAs longos não-codificadores de proteínas regulados por micro-RNAs / Identification of long non-protein coding RNAs regulated by micro-RNAs

Estudos recentes têm revelado que a maior parte dos transcritos gerados em células humanas é composta por RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Uma parte desses ncRNAs compreende a classe de RNAs curtos, que possuem menos que 200 nucleotídeos. Os micro-RNAs (miRNAs) fazem parte dessa classe e têm sido alvo de grande interesse, pois são preditos como possíveis reguladores de mais de 60% dos RNAs mensageiros (mRNAs) humanos. Outra classe dos ncRNAs é composta por ncRNAs longos (lncRNAs, com mais de 200 nucleotídeos), que são transcritos a partir de regiões intergênicas e intrônicas do genoma humano e possuem várias funções, muitas delas relacionadas ao controle da expressão de mRNAs. Recentemente, os lncRNAs têm sido caracterizados quanto à sua estrutura e função. No entanto, muito pouco se sabe sobre os mecanismos pelos quais os lncRNAs são regulados. Este trabalho teve como objetivo avaliar se lncRNAs são regulados por miRNAs em células humanas. Para tanto, identificamos lncRNAs ligados ao complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC) em células da linhagem HeLa, utilizando um método aqui desenvolvido de geração de bibliotecas de cDNA direcionadas para sequenciamento em larga escala na plataforma 454/Roche. Em paralelo, sequenciamos os miRNAs ligados ao RISC nestas mesmas células. Os resultados obtidos mostram que centenas de lncRNAs de diversas classes se ligam ao RISC em células HeLa, juntamente com milhares de mRNAs e várias centenas de miRNAs. Entre os miRNAs, encontramos 37 que são preditos como alvejando os lncRNAs detectados. Estes miRNAs constituem possíveis reguladores dos lncRNAs e, portanto, nosso trabalho estabelece um mapa experimental de interações diretas entre lncRNAs e miRNAs. Dentre os lncRNAs identificados ligados ao RISC neste trabalho, destaca-se o TUG1, lincRNA sabidamente envolvido na regulação de genes relacionados à apoptose e ao ciclo celular. Mostramos por ensaio de super-expressão de miRNAs e qPCR que TUG1 é regulado pelo miRNA-148b, um dos miRNAs por nós detectados que possui um sítio alvo altamente conservado em mamíferos localizado na extremidade 3' de TUG1. Em conjunto, este trabalho contribui para o entendimento da regulação dos níveis de expressão de lncRNAs em células humanas e abre perspectivas para a modulação de miRNAs como estratégia de regulação dos níveis e das funções de lncRNAs

Recent studies have revealed that the largest fraction of the transcripts generated in human cells is composed of non-protein coding RNAs (ncRNAs). A portion of these RNAs encompasses the class of short RNAs, which are less than 200 nucleotides in length. Micro-RNAs (miRNAs) are part of this class and are of great interest, as they are predicted to target over 60% of the human messenger RNAs (mRNAs). Another class of ncRNAs is composed of long ncRNAs (lncRNAs, longer than 200 nucleotides), which are transcribed from intergenic and intronic regions of the human genome and have several functions, many of them related to the control of the mRNA expression. Recently, the structure and function of lncRNAs have been characterized. However, little is known about the mechanisms involved in lncRNA regulation. This work aimed to evaluate whether lncRNAs are regulated by miRNAs in human cells. For this purpose, we identified lncRNAs bound to the RNA-induced silencing complex (RISC) in HeLa cells using a method developed here for the generation of strand-specific cDNA libraries for large scale RNA-sequencing in the 454/Roche plataform. In parallel, we sequenced the miRNAs bound to RISC in these cells. Our results show that hundreds of lncRNAs from diverse classes are bound to RISC in HeLa cells, along with thousands of mRNAs and several hundred miRNAs. Among the miRNAs we identified 37 that are predicted to target the detected lncRNAs. These miRNAs are possible regulators of the lncRNAs, and therefore our work establishes an experimental map of direct interactions between lncRNAs and miRNAs. The lncRNA TUG1, a lincRNA involved in the regulation of genes related to apoptosis and cell cycle, was identified among the lncRNAs bound to RISC. We showed by miRNA over-expression and qPCR that TUG-1 is regulated by the miRNA-148b, which is one of the miRNAs detected in our sequencings and has a binding site highly conserved in mammals located at the TUG1 3` end. Taken together, our results contribute to the understanding of the regulation of the lncRNA expression levels in human cells and open perspectives for the modulation of miRNAs as a strategy to regulate the levels and functions of lncRNAs

Current Challenges in Bacterial Transcriptomics

Over the past decade or so, dramatic developments in our ability to experimentally determine the content and function of genomes have taken place. In particular, next-generation sequencing technologies are now inspiring a new understanding of bacterial transcriptomes on a global scale. In bacterial cells, whole-transcriptome studies have not received attention, owing to the general view that bacterial genomes are simple. However, several recent RNA sequencing results are revealing unexpected levels of complexity in bacterial transcriptomes, indicating that the transcribed regions of genomes are much larger and complex than previously anticipated. In particular, these data show a wide array of small RNAs, antisense RNAs, and alternative transcripts. Here, we review how current transcriptomics are now revolutionizing our understanding of the complexity and regulation of bacterial transcriptomes.

Anticancer and antimicrobial activity of mangrove derived fungi Hypocrea lixii VB1 / 中国天然药物

AIM@#Mangrove is one of the oldest living tree species and its leaves are among the most extensively studied botanicals in use today. Scientific research throughout the world has found evidence to support the fact that its foliar extracts have great potential against human microbial pathogens. This study highlights the isolation of foliar fungi from Rhizophora mucronata, Avicenna officialis and Avicenna marina.@*METHOD@#It was isolated in Sabouroud's Dextrose Agar and mass cultivation was done in Sabouroud's Dextrose broth.@*RESULTS@#The ethyl acetate extract showed maximum antibacterial activity which inturn checked for different concentration against bacterial pathogens and anticancer activity for Hep2 and MCF7 cell line in vitro. The DNA was isolated from the fungi and the ITS region of 5.8 s RNA was sequenced and assigned to new species as they are separated from the type strains phylogenetic neighbors by sequence similarities.@*CONCLUSION@#This preliminary screening of fungal endophytes revealed their potential to yield potent bioactive compounds for drug discovery programmes.

Plasticidade muscular no exercício físico / Plasticity in muscular exercise

O objetivo deste estudo foi elaborar uma revisão dos principais mecanismos celulares e moleculares envolvidos no processo de hipertrofia e modulação fenotípica do músculo esquelético, em resposta ao exercício/treinamento físico. Inicialmente, apresentamos uma visão geral do músculo esquelético, com ênfase nas características gerais das fibras musculares e na plasticidade muscular. Em seguida, descrevemos a morfologia e a participação dos mionúcleos e das células satélites durante a hipertrofia muscular, e também, a atuação dos fatores de crescimento sobre a atividade das células satélites. Finalmente, apontamos as principais vias moleculares que mediam as alterações na expressão de proteínas músculo-específicas, de acordo com a especificidade das respostas funcionais ao exercício/treinamento físico.

The aim of this study was prepare a review of the majors cellular and molecular mechanisms involved in hypertrophy and phenotypic modulation of skeletal muscle in response to exercise/physical training. Initially, we present an overview of skeletal muscle, with emphasis on the general characteristics of the muscle fibers and muscle plasticity. Then, we describe the morphology and participation of myonuclei and satellite cells during muscle hypertrophy, and also the action of growth factors on the activity of cells satellites. Finally, we showed the key molecular pathways that mediate changes in the expression of muscle-specific proteins, according to the specificity of functional responses to the exercise/physical training.