Cloning and molecular characterization of Trypanosoma cruzi U2, U4, U5, and U6 small nuclear RNAs

Small nuclear RNAs (snRNAs) are important factors in the functioning of eukaryotic cells that form several small complexes with proteins; these ribonucleoprotein particles (U snRNPs) have an essential role in the pre-mRNA processing, particularly in splicing, catalyzed by spliceosomes, large RNA-protein complexes composed of various snRNPs. Even though they are well defined in mammals, snRNPs are still not totally characterized in certain trypanosomatids as Trypanosoma cruzi. For this reason we subjected snRNAs (U2, U4, U5, and U6) from T. cruzi epimastigotes to molecular characterization by polymerase chain reaction (PCR) and reverse transcription-PCR. These amplified sequences were cloned, sequenced, and compared with those other of trypanosomatids. Among these snRNAs, U5 was less conserved and U6 the most conserved. Their respective secondary structures were predicted and compared with known T. brucei structures. In addition, the copy number of each snRNA in the T. cruzi genome was characterized by Southern blotting.

Identificación de una agrupación génica que codifica para ARN pequeños de nucleólo en Trypanosoma Rangeli / Identification of a Genetic Cluster Codingfor Six Small Nucleolar RNA in Trypanosoma rangeli

Objetivo. Realizar un análisis in silico de un fragmento de 801 pb de Trypanosoma rangeli, previamente reportado como codificante para el ARN pequeño de nucléolo C1, perteneciente a la familia de los C/D snoARN. Materiales y métodos. El tamizaje de las secuencias se realizó en las bases de datos de los diferentes proyectos de genomas de los parásitos usando el programa BLASTN. Las alineaciones de las secuencias se hicieron con los programas L-ALIGN y Clustal W. Resultados. La secuencia C1 constituye una agrupación génica que codifica para seis ARN pequeños de nucléolo, tres pertenecientes a la familia C/D snoARN y tres a la famila H/ACA snoARN. Conclusión. Los ARN pequeños de nucléolo de Trypanosomatidae presentan una organización genómica similar y elevados porcentajes de identidad en las secuencias consenso, lo cual unido a las funciones de estos ARN en el procesamiento y modificación posteriores a la transcripción del ARN ribosómico y, también, en el proceso de trans splicing, hace de estas moléculas un blanco atractivo para el control de estos parásitos