Genomic surveillance and sequencing of SARS-CoV-2 across South America / Vigilancia genómica y secuenciación del SARS-CoV-2 en América del Sur / Vigilância genômica e sequenciamento do SARS-CoV-2 na América do Sul

ABSTRACT After 2 years of the COVID-19 pandemic, the protocols used to control infection lack attention and analysis. We present data about deposits of complete genomic sequences of SARS-CoV-2 in the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) database made between January 2021 and May 31, 2022. We build the distribution profile of SARS-CoV-2 variants across South America, highlighting the contribution and influence of each variant over time. Monitoring the genomic sequences in GISAID illustrates negligence in the follow up of infected patients in South America and also the discrepancies between the number of complete genomes deposited throughout the pandemic by developed and developing countries. While Europe and North America account for more than 9 million of the genomes deposited in GISAID, Africa and South America deposited less than 400 000 genome sequences. Genomic surveillance is important for detecting early warning signs of new circulating viruses, assisting in the discovery of new variants and controlling pandemics.

RESUMEN Tras dos años de pandemia del COVID-19, los protocolos empleados para controlar la infección carecen de atención y análisis. En este artículo se presentan datos sobre depósitos de secuencias genómicas completas del SARS-CoV-2 en la base de datos de secuenciación GISAID, la Iniciativa mundial para intercambiar todos los datos sobre la gripe aviar, realizadas entre enero del 2021 y el 31 de mayo del 2022. Se creó el perfil de distribución de las variantes del SARS-CoV-2 en América del Sur, en el que se destacaron la contribución y la influencia de cada variante a lo largo del tiempo. El monitoreo de las secuencias genómicas en GISAID ilustra la negligencia en el seguimiento de los pacientes infectados en América del Sur, así como las discrepancias entre el número de genomas completos depositados a lo largo de la pandemia por parte de los países desarrollados y los países en desarrollo. Mientras que Europa y América del Norte han depositado más de 9 millones de genomas en GISAID, África y América del Sur han aportado menos de 400 000 secuencias genómicas. La vigilancia genómica es importante para detectar los primeros signos de alerta de virus nuevos en circulación, ayudar en el descubrimiento de nuevas variantes y controlar las pandemias.

RESUMO Após 2 anos da pandemia de covid-19, os protocolos usados para controlar a infecção necessitam maior atenção e análise. Apresentamos dados sobre as sequências genômicas completas do SARS-CoV-2 depositadas no banco de dados do a iniciativa internacional para o intercâmbio de dados sobre os vírus da influenza (GISAID) entre janeiro de 2021 e 31 de maio de 2022. Construímos o perfil de distribuição das variantes do SARS-CoV-2 na América do Sul, destacando a contribuição e a influência de cada variante ao longo do tempo. O monitoramento das sequências genômicas do GISAID ilustra a negligência no acompanhamento de pacientes infectados na América do Sul e as discrepâncias entre os países desenvolvidos e em desenvolvimento com relação ao número de genomas completos depositados ao longo da pandemia. Enquanto a Europa e a América do Norte respondem por mais de 9 milhões dos genomas depositados no GISAID, a África e a América do Sul depositaram menos de 400 000 sequências genômicas. A vigilância genômica é importante para detectar sinais de alerta precoces de novos vírus circulantes, auxiliar na descoberta de novas variantes e controlar pandemias.

Lessons learned from the implementation of integrated serosurveillance of communicable diseases in the Americas / Enseñanzas obtenidas en la aplicación de la serovigilancia integrada de las enfermedades transmisibles en la Región de las Américas / Lições aprendidas com a implementação da vigilância sorológica integrada de doenças transmissíveis nas Américas

ABSTRACT Objective. Systematize the experience and identify challenges and lessons learned in the implementation of an initiative for integrated serosurveillance of communicable diseases using a multiplex bead assay in countries of the Americas. Methods. Documents produced in the initiative were compiled and reviewed. These included concept notes, internal working papers, regional meetings reports, and survey protocols from the three participating countries (Mexico, Paraguay, and Brazil) and two additional countries (Guyana and Guatemala) where serology for several communicable diseases was included in neglected tropical diseases surveys. Information was extracted and summarized to describe the experience and the most relevant challenges and lessons learned. Results. Implementing integrated serosurveys requires interprogrammatic and interdisciplinary work teams for the design of survey protocols to respond to key programmatic questions aligned to the needs of the countries. Valid laboratory results are critical and rely on the standardized installment and roll-out of laboratory techniques. Field teams require adequate training and supervision to properly implement survey procedures. The analysis and interpretation of serosurveys results should be antigen-specific, contextualizing the responses for each disease, and triangulated with programmatic and epidemiological data for making decisions tailored to specific population socioeconomic and ecologic contexts. Conclusions. Integrated serosurveillance as a complementary tool for functional epidemiological surveillance systems is feasible to use and key components should be considered: political engagement, technical engagement, and integrated planning. Aspects such as designing the protocol, selecting target populations and diseases, laboratory capacities, anticipating the capacities to analyze and interpret complex data, and how to use it are key.

Resumen Objetivo. Sistematizar la experiencia y determinar los desafíos y las enseñanzas obtenidas durante la aplicación de una iniciativa de serovigilancia integrada de enfermedades transmisibles mediante un ensayo de perlas múltiples en países de la Región de las Américas. Métodos. Se recopilaron y revisaron los documentos generados en el marco de la iniciativa. Estos incluían notas conceptuales, documentos de trabajo internos, informes de reuniones regionales y protocolos de encuesta de los tres países participantes (Brasil, México y Paraguay) y otros dos países (Guatemala y Guyana) donde en las encuestas sobre enfermedades tropicales desatendidas también se incluía la serología para varias enfermedades transmisibles. Se recabó y resumió la información para describir tanto la experiencia como los desafíos y las enseñanzas de mayor relevancia. Resultados. La realización de encuestas serológicas integradas requiere equipos de trabajo interprogramáticos e interdisciplinarios para la elaboración de protocolos de encuesta que permitan responder a cuestiones programáticas fundamentales y ajustadas a las necesidades de los países. Es imprescindible contar con resultados de laboratorio válidos, para lo que es preciso que sus técnicas e instalaciones estén estandarizadas. Para que los equipos de campo puedan ejecutar correctamente los procedimientos de la encuesta, deben contar con una formación y supervisión adecuadas. El análisis y la interpretación de los resultados de las encuestas serológicas deben ser específicos para cada antígeno, situar las respuestas en el contexto de cada enfermedad y triangularse con los datos programáticos y epidemiológicos para tomar decisiones adaptadas a los contextos socioeconómicos y ecológicos específicos de la población. Conclusiones. Es uso de la vigilancia serológica integrada como una herramienta complementaria en los sistemas funcionales de vigilancia epidemiológica es algo posible; para esto deben tenerse en cuenta ciertos elementos fundamentales: el compromiso político, el compromiso técnico y la planificación integrada. A tal efecto, son fundamentales ciertos elementos como el diseño del protocolo, la selección de los grupos poblacionales y las enfermedades objetivo, la capacidad de los laboratorios, y la previsión de las capacidades de análisis e interpretación de datos complejos y la forma de utilizarlos.

RESUMO Objetivo. Sistematizar a experiência e identificar desafios e lições aprendidas na implementação de uma iniciativa de vigilância sorológica integrada de doenças transmissíveis, usando ensaio de micro-esferas multiplex em países das Américas. Métodos. Os documentos produzidos na iniciativa foram compilados e examinados, e incluíram notas conceituais, documentos internos de trabalho, relatórios de reuniões regionais e protocolos de pesquisa dos três países participantes (México, Paraguai e Brasil) e de dois países adicionais (Guiana e Guatemala), onde a vigilância sorológica de várias doenças transmissíveis foi incluída em pesquisas sobre doenças tropicais negligenciadas. As informações foram extraídas e resumidas para descrever a experiência e os desafios e as lições aprendidas mais relevantes. Resultados. A implementação de inquéritos sorológicos integrados requer equipes de trabalho interprogramáticas e interdisciplinares para o delineamento de protocolos que respondam a questões programáticas chave, alinhadas com as necessidades dos países. Resultados laboratoriais válidos são essenciais, e dependem da instalação e implantação padronizadas de técnicas laboratoriais. As equipes de campo precisam de treinamento e supervisão apropriados para implementar adequadamente os procedimentos de pesquisa. A análise e a interpretação dos resultados dos inquéritos sorológicos devem ser antígeno-específicas, contextualizando as respostas para cada doença, e trianguladas com dados programáticos e epidemiológicos para a tomada de decisões adaptadas aos contextos socioeconômicos e ecológicos específicos de cada população. Conclusões. A vigilância sorológica integrada como ferramenta complementar para sistemas de vigilância epidemiológica funcionais é viável. Os componentes-chave a seguir devem ser considerados: engajamento político, engajamento técnico e planejamento integrado. Aspectos como o delineamento do protocolo, a seleção de populações-alvo e doenças-alvo, a capacidade laboratorial, a previsão das capacidades para análise e interpretação de dados complexos e como usá-los são fundamentais.

Morbimortalidade e fatores associados ao óbito em internados por efeitos do álcool e outras drogas / Morbimortalidad y factores asociados a la muerte en hospitalizados por los efectos del alcohol y otras drogas / Morbidity and mortality and factors associated with death in hospitalized patients resulting from the impacts of alcohol and other drugs

Resumo Objetivo descrever as internações por efeitos do abuso de álcool e outras drogas e os fatores associados ao óbito. Métodos estudo transversal, observacional e retrospectivo, com dados secundários de 3.562 internações registradas no Centro de Informação e Assistência Toxicológica de um hospital de ensino no noroeste do Paraná, por vigilância epidemiológica de busca ativa, entre os anos 2009 e 2018. Os dados foram tratados por análise univariada (teste do qui-quadrado de Pearson e teste exato de Fisher). Resultados houve predomínio do sexo masculino (89,6%), e a média de idade foi de 43,62 anos (±16 anos). A maioria das internações foi por eventos traumáticos e outras causas externas (52,1%) associadas ao uso/abuso de bebida alcoólica (85,8%). O tempo médio de internação foi de 34,6 dias; 6,0% evoluíram a óbitos. Houve a associação entre o risco para óbitos e doenças endócrinas/metabólicas, cardiovasculares, gastrintestinais e geniturinárias. Conclusão as internações com maior gravidade aumentam a incidência de óbitos, e a identificação dos fatores associados direcionou as intervenções para a redução de internações, minimizando as complicações e os óbitos. Implicações para prática este estudo serve como subsídio para o desenvolvimento de estratégias de prevenção e estímulo para as ações de melhoria na rede assistencial aos usuários, fortalecendo e incrementando as políticas públicas.

Resumen Objetivo describir las hospitalizaciones derivadas del abuso de alcohol y otras drogas y los factores asociados a la muerte. Métodos estudio transversal, observacional y retrospectivo, con datos secundarios de 3.562 hospitalizaciones registradas en el Centro de Información y Asistencia Toxicológica de un hospital universitario al noroeste de Paraná, por vigilancia epidemiológica de búsqueda activa, entre los años 2009 y 2018. Los datos se procesaron mediante análisis univariado (prueba chi-cuadrado de Pearson y prueba exacta de Fisher). Resultados la mayoría eran varones (89,6%) y la edad media fue de 43,62 años (±16 años). La mayoría de las hospitalizaciones se debieron a eventos traumáticos y otras causas externas (52,1%) asociadas al uso/abuso de bebidas alcohólicas (85,8%). El tiempo de hospitalización media fue de 34,6 días y el 6,0% evolucionó a la muerte. Hubo una asociación entre el riesgo de muerte y las enfermedades endocrinas/metabólicas, cardiovasculares, gastrointestinales y genitourinarias. Conclusión las hospitalizaciones con mayor gravedad aumentan la incidencia de muertes, y la identificación de los factores asociados orientó las intervenciones para disminuir las hospitalizaciones, reduciendo las complicaciones y las muertes. Implicaciones para la práctica este estudio sirve de apoyo para el desarrollo de estrategias de prevención y estímulo para acciones de mejora en la red de atención a los usuarios, fortaleciendo y ampliando las políticas públicas.

Abstract Objective To describe the hospitalizations resulting from the impacts of alcohol and other drug abuse and factors associated with death. Methods Cross-sectional, observational, and retrospective study, with secondary data from 3,562 admissions recorded at the Center for Information and Toxicological Assistance of a teaching hospital in northwest Paraná, using epidemiological surveillance of active search, from 2009 to 2018. Data were processed using univariate analysis (Pearson's Chi-square test and Fisher's exact test). Results Most were males (89.6%), and the mean age was 43.62 years (±16 years). Most hospitalizations resulted from traumatic events and other external causes (52.1%) associated with the use/abuse of alcoholic beverages (85.8%). The mean length of hospital stay was 34.6 days, and 6.0% died. There was an association between risk of death and endocrine/metabolic, cardiovascular, gastrointestinal, and genitourinary diseases. Conclusion Hospitalizations with greater severity increase the incidence of deaths, and evidencing the associated factors directs interventions to decrease hospitalizations, reducing complications and deaths. Implications for practice The studies serve as a support for the development of prevention strategies, encouragement for improvement actions in the assistance network for users, strengthening and increasing public policies.

Estudio ecológico de la sífilis gestacional y congénita en Colombia, 2012-2018 / Ecological study of gestational and congenital syphilis in Colombia, 2012-2018

Objetivos: Describir el comportamiento de la sífilis gestacional y congénita en Colombia, entre el 2012 y 2018, a partir de registro de notificación Nacional. Materiales y Métodos: Estudio ecológico, exploratorio a partir de Notificaciones al sistema de vigilancia de salud Pública. Se estimaron la tasa de incidencia y la razón de prevalencia para cada departamento. Se establecieron cada una las estimaciones según rangos, para los 33 departamentos evaluados y se expresaron en mapas a escala de grises según tasas y razones evaluadas. Además, se presentan curvas epidemiológicas por semanas notificación para sífilis gestacional y congénita. Resultados. Arauca, Santander, Cesar y Caldas, presentaron el mayor incremento entre 2012 y 2018 para sífilis gestacional. Para el mismo periodo, Santander, Casanare y Amazonas presentaron un aumento para sífilis Congénita, mientras que en los demás departamentos se evidenció una disminución en los eventos. Se encontraron diferencias significativas en el reporte de casos entre un año y otro, para el país, en ambos eventos (p< 0,001). Conclusiones. En Colombia se encontró un aumento de sífilis gestacional, mientras, para sífilis congénita existió variabilidad con tendencia a aumentar en los últimos años.

Objective: To describe the behavior of pregnancy and congenital syphilis in Colombia between 2012 and 2019 according to national notifications records. Materials and Methods: An ecological exploratory study was conducted based on notifications to the public health surveillance system. The incidence rate and prevalence ratio were estimated for each department. Each estimate was established per ranges for 33 departments evaluated and expressed in grayscale maps based on rates and ratios evaluated. Epidemic curves by week of notification for pregnancy and congenital syphilis are also shown. Results: Arauca, Santander, Cesar and Caldas had the highest increase in pregnancy syphilis between 2012 and 2019 while Santander, Casanare and Amazonas had an increase in congenital syphilis during the same period. Other departments had a decrease in these events. Significant differences were found in case reporting from year to year in both events in the country (p<0.001). Conclusions: In Colombia, an increase in pregnancy syphilis was found while a variability with an increasing trend was found for congenital syphilis in recent years.

Objetivos: Descrever o comportamento da sífilis gestacional e congênita na Colômbia entre 2012 e 2019, com base nos registros nacionais de notificação.Materiais e Métodos: Estudo ecológico, exploratório, baseado em notificações ao sistema de vigilância sanitária pública. A taxa de incidência e a taxa de prevalência foram estimadas para cada departamento. As estimativas foram estabelecidas de acordo com intervalos para os 33 departamentos avaliados e expressas em mapas em escala de cinza, de acordo com as taxas e rácios avaliados. Além disso, curvas epidemiológicas por semanas de notificação são apresentadas para sífilis gestacional e congênita. Resultados: Arauca, Santander, Cesar e Caldas apresentaram o maior aumento entre 2012 e 2019 para a sífilis gestacional. No mesmo período, Santander, Casanare e Amazonas mostraram um aumento para a sífilis congênita, enquanto os outros departamentos mostraram uma diminuição nos eventos. Foram encontradas diferenças significativas no relato de casos de um ano para o outro, para o país, em ambos os eventos (p<0,001). Conclusões. Na Colômbia, houve um aumento da sífilis gestacional, enquanto para a sífilis congênita houve variabilidade com tendência a aumentar nos últimos anos.

Epidemiologia descritiva da malária em São Gabriel da Cachoeira, Amazonas - 2010 a 2019 / Descriptive epidemiology of malaria in São Gabriel da Cachoeira, Amazonas - 2010 to 2019 / Epidemiología descriptiva de la malaria en São Gabriel da Cachoeira, Amazonas - 2010 a 2019

Objetivo: Analisar o perfil epidemiológico da malária no município de São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brasil. Métodos: Trata-se de um estudo epidemiológico, descritivo e ecológico, baseado em dados secundários do Sistema de Informação de Vigilância Epidemiológica do Ministério da Saúde, gerados pelo Departamento de Análise e Tabulação de Dados do Sistema Único de Saúde. Utilizou-se os dados dos casos positivos de malária do município de São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brasil, do período de 2010 a 2019. Resultados: Ocorreram 80.459 casos de malária, com incidência variando entre 101,6 a 343 casos / 1.000 habitantes, considerada de alto risco, conforme a classificação do Ministério da Saúde. O homem foi o sexo com a maior predominância das notificações, na faixa etária de 20 a 29 anos (18%), por Plasmodium vivax (86%), com pico de transmissão ocorrendo entre os meses de janeiro a março, e setembro a novembro. Conclusão: Os resultados apresentam uma importante informação de conhecimento público sobre a epidemiologia da transmissão malárica nessa região, da qual poderiam ser utilizadas estratégias e a implementação de ações voltadas ao combate e controle do vetor no município. (AU)

Objective: To analyze the epidemiological profile of malaria in the municipality of São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brazil. Methods: This is an epidemiological, descriptive and ecological study, based on secondary data from the Ministry of Health's Epidemiological Surveillance Information System, generated by the Data Analysis and Tabulation Department of the Unified Health System of the positive cases of malaria from the municipality of São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brazil, from 2010 to 2019. Results: There were 80,459 cases of malaria, with incidence ranging from 101.6 to 343 cases / 1,000 inhabitants, considered high risk according to the classification from the Ministry of Health. Man was the sex with the highest prevalence of notifications, aged 20 to 29 years (18%), by Plasmodium vivax (86%), with peak transmission occurring between the months of January to March, and September to November. Conclusion: The results present important publicly available information on the epidemiology of malaria transmission in this region, from which strategies and the implementation of actions aimed at combating and controlling the vector in the municipality could be used. (AU)

Objetivo: Analizar el perfil epidemiológico de la malaria en el municipio de São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brasil. Métodos: Este es un estudio epidemiológico, descriptivo y ecológico, basado en datos secundarios del Sistema de Información de Vigilancia Epidemiológica del Ministerio de Salud, generado por el Departamento de Análisis y Tabulación de Datos del Sistema Único de Salud, de los casos positivos de malaria en el municipio de São Gabriel da Cachoeira, Amazonas, Brasil, de 2010 a 2019. Resultados: Hubo 80.459 casos de malaria, con una incidencia de 101,6 a 343 casos / 1.000 habitantes, considerados de alto riesgo según la clasificación del Ministerio de Salud. El hombre era el sexo con mayor prevalencia de notificaciones, de 20 a 29 años (18%), por Plasmodium vivax (86%), con una transmisión máxima entre los meses de enero a marzo y de septiembre a noviembre. Conclusión: Los resultados presentan información importante disponible públicamente sobre la epidemiología de la transmisión de la malaria en esta región, a partir de la cual se podrían utilizar estrategias y la implementación de acciones destinadas a combatir y controlar el vector en el municipio. (AU)

Business Intelligence in supporting strategic health management: an experience report / Business Intelligence no apoio à gestão estratégica em saúde: um relato de experiência / Business Intelligence en apoyo a la gestión estratégica en salud: relato de experiencia

Background and objectives: In 2015, Microsoft launched a Business Intelligence service, called Power BI, which can be used in several areas of knowledge if operated by a qualified professional. Power BI has several utilities, including the integration of data from various sources and formats, case mapping, real-time data visualizations, and remote work. This study aimed to report the use experience of Power BI by utilizing data from a State Department of Health Western Amazon, Brazil. Methods: As an example, cases of tuberculosis in the state of Acre, from 2010 to 2020, were used. These data wee extracted from the Notifiable Diseases Information System, provided by the State Health Department of Acre ­ SESACRE. Results: Power BI offers a simple and intuitive interface. To share the experience, we provided a link (http://tiny.cc/tbacre) to explore the tool and understand the speed and practicality in data visualization. Conclusion: We recommend the use of Power BI mainly in agencies that need agile decision-making based on evidence.(AU)

Justificativa e objetivos: Em 2015, a Microsoft lançou um serviço de Business Intelligence (Inteligência de Negócios), chamado Power BI, que pode ser empregado em diversas áreas do conhecimento, desde que operado por um profissional capacitado. Possui diversas utilidades, entre elas: a integração de dados provenientes de diversas fontes e formatos, mapeamento de casos, visualizações de dados em tempo real e trabalho remoto. Este trabalho propôs relatar a experiência de uso do Microsoft Power BI utilizando dados de uma Secretaria Estadual de Saúde da Amazônia Ocidental, Brasil. Métodos: Como exemplo, utilizam-se casos de tuberculose no estado do Acre, de 2010 a 2020, extraídos do Sistema de Informação de Agravos de Notificação (Sinan), fornecidos pela Secretaria de Estado da Saúde do Acre (Sesacre). Resultados: O Power BI oferece uma interface simples e intuitiva. Para compartilhar a experiência, foi fornecido um link (http://tiny.cc/tbacre) por meio do qual foi possível explorar a ferramenta e perceber a rapidez e praticidade na visualização de dados. Conclusão: Recomenda-se sua utilização sobretudo em órgãos que necessitam de tomadas ágeis de decisões baseadas em evidências.(AU)

Justificación y objetivos: En 2015, Microsoft lanzó un servicio de Business Intelligence, denominado Power BI, que puede ser utilizado en diversas áreas del conocimiento siempre que sea realizado por un profesional capacitado. Tiene varias utilidades, incluyendo la integración de datos de diferentes fuentes y formatos, mapeo de casos, visualización de datos en tiempo real y trabajo remoto. Este trabajo propuso relatar la experiencia de uso de Microsoft Power BI utilizando datos de un departamento de salud estatal en la Amazonía Occidental, Brasil. Methods: Como ejemplo, se utilizaron casos de tuberculosis en el estado de Acre, de 2010 a 2020, extraídos del Sistema de Información de Enfermedades de Declaración Obligatoria ­ SINAN, proporcionado por la Secretaría de Salud del Estado de Acre ­ SESACRE. Results: Power BI ofrece una interfaz sencilla e intuitiva. Para compartir la experiencia, se facilitó el enlace (http://tiny.cc/tbacre). A través de esto, fue posible explorar la herramienta y darse cuenta de la rapidez y practicidad en la visualización de datos. Conclusión: Recomendamos su uso, sobre todo, en órganos que necesiten una toma de decisiones ágil y basada en evidencias.(AU)

Quinta arremetida de COVID-19 y el uso de mascarillas en espacios abiertos y cerrados / Fifth peak of COVID-19 and use of masks in open and enclosed spaces

Introduction: COVID-19 pandemic requires permanent adaptations in management depending on the epidemiological situation. Objective: To analyze the epidemiological behavior of COVID-19 in Cali (Colombia) after ending the face mask mandate in open and enclosed spaces between March 1 and July 11 of 2022. Materials and methods: An observational descriptive study of COVID-19 cases and cumulative incidence (CI) for 7 days with two temporary milestones: refusal of the obligatory use of face masks in open and enclosed environments, using data published by the National Institute of Health. The temporary tendency was evaluated with the Mann-Kendall non parametric test. Results: Differences were found between the first and second milestone; 922 cases in 75 days vs. 12,037 in 59 days; Tau=-0.22 vs. 0.57, S=-608 vs. 968, Var(S)=47,574.66 versus 233,280.66; Sen slope=-0.10 (IC95%: -0.18 and -0.03) versus 7.39 (IC95%: 5.23 and 8.88). After the second milestone, the CI increased with a positive tendency (S=23, p=0.006). Conclusions: The significant increases of COVID-19 cases and the CI coincided with the ending of the face mask mandate in enclosed spaces. Therefore, it is advisable to return to the use of face masks in enclosed spaces, strengthen infodemic management, promote vaccination, and improve natural ventilation.

Introducción: La pandemia COVID-19 demanda permanentes adaptaciones en la gestión según la situación epidemiológica. Objetivo: Analizar el comportamiento epidemiológico de COVID-19 en Cali (Colombia) post levantamiento de obligatoriedad de usar mascarillas en ambientes abiertos y cerrados, entre marzo 1 y julio 11/2022. Materiales y métodos: Estudio observacional descriptivo de casos de COVID-19 e incidencia acumulada (IA) para 7 días, con dos hitos temporales: desistimiento del uso mandatorio de mascarillas en ambientes abiertos y cerrados, usando datos publicados por el Instituto Nacional de Salud. Se evaluó la tendencia temporal con la prueba no paramétrica Mann-Kendall. Resultados: Se demostraron diferencias entre el primer y segundo hito: 922 casos en 75 días versus 12.037 en 59 días; Tau=-0,22 versus 0,57, S=-608 versus 968, Var(S)=47.574,66 versus 233.280,66; pendiente de Sen=-0,10 (IC95%: -0,18 y -0,03) versus 7,39 (IC95%: 5,23 y 8,88). Luego del segundo hito, la IA aumentó con tendencia positiva (S=23, p=0,006). Conclusiones: El aumento significativo de casos de COVID-19 y de IA coincidió con el levantamiento de la medida de usar mascarillas en espacios cerrados. Por tanto, se apoya el regresar al uso de mascarillas en espacios cerrados, reforzar la gestión infodémica, promover la vacunación y acrecentar la ventilación natural.

Boletín Epidemiológico Nacional N°617 Semana 35 / National Epidemiological Bulletin No. 617 Week 35

Este boletín contiene información de Viruela símica, vigilancia de infecciones respiratorias agudas, vigilancia de dengue y otros arbovirus y brote de enfermedad por Legionella en la provincia de Tucumán.

Análise espacial de casos prováveis de dengue no município de São Luís, Maranhão, Brasil / Spatial analysis of probable dengue cases in the municipality of São Luís, Maranhão, Brazil / Análisis espacial de los casos probables de dengue en el municipio de São Luís, Maranhão, Brasil

INTRODUÇÃO: A dengue é considerada uma das principais arboviroses mundiais, caracterizada no Brasil pelo aumento de casos graves e óbitos. OBJETIVO: realizar análise espacial dos casos prováveis de dengue em São Luís - MA. MÉTODOS: Estudo ecológico de base populacional dos casos prováveis de dengue, notificados no Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN) em 2015 e 2016, ocorridos no município de São Luís ­ MA. Foram georreferenciados 4.681 casos prováveis de dengue por setores censitários, calculadas as taxas de incidência e ajustadas através do estimador bayesiano empírico local. Foi utilizado o estimador de densidade de Kernel e Moran Global e Local para a análise espacial. RESULTADOS: Evidenciou-se através do estimador de densidade de Kernel, áreas quentes (alta-densidade) nos setores censitários da região noroeste do município. As taxas de incidência foram ajustadas pela aplicação do método bayesiano empírico local, identificando-se maior quantidade de setores com média e alta incidência. A partir do índice de Moran global foi evidenciada autocorrelação espacial positiva estatisticamente significativa para as taxas de incidência de dengue (I=0,69; p<0,001) e para as taxas de incidência ajustadas pelo método bayesiano (I=0,80; p<0,001). De acordo com o índice de Moran local, identificou-se clusters de setores de alta incidência de dengue em áreas com alta densidade populacional na região nordeste e noroeste do município. CONCLUSÃO: A pesquisa demonstrou que os estimadores bayesianos ajudaram a minimizar os problemas de subnotificação e da influência do tamanho populacional nos setores censitários.

INTRODUCTION: Dengue is considered one of the main arboviruses in the world, characterized in Brazil by the increase in severe cases and deaths. OBJECTIVE: to perform spatial analysis of probable dengue cases in São Luís - MA. METHODS: Population-based ecological study of probable dengue cases, reported in the Notifiable Diseases Information System (SINAN) in 2015 and 2016, which took place in the city of São Luís - MA. 4,681 probable dengue cases were georeferenced by census sectors, incidence rates were calculated and adjusted using the local empirical Bayesian estimator. The Kernel and Moran Global and Local density estimator was used for spatial analysis. RESULTS: Hot areas (high-density) in the census sectors of the northwest region of the municipality were evidenced through the Kernel density estimator. Incidence rates were adjusted by applying the local empirical Bayesian method, identifying a greater number of sectors with medium and high incidence. From the global Moran index, statistically significant positive spatial autocorrelation was evidenced for the dengue incidence rates (I = 0.69; p <0.001) and for the incidence rates adjusted by the Bayesian method (I = 0.80; p <0.001). According to the local Moran index, clusters of sectors with a high incidence of dengue were identified in areas with high population density in the northeast and northwest regions of the municipality. CONCLUSION: The research demonstrated that Bayesian estimators helped to minimize the problems of underreporting and the influence of population size on census tracts.

INTRODUCCIÓN: El dengue es considerado una de las principales arbovirosis a nivel mundial, caracterizada en Brasil por el aumento de casos graves y muertes. OBJETIVO: Realizar un análisis espacial de los casos probables de dengue en São Luís - MA. MÉTODOS: Estudio ecológico de base poblacional de los casos probables de dengue, notificados en el Sistema de Informação de Agravos de Notificação (SINAN) en 2015 y 2016, ocurridos en el municipio de São Luís - MA. Se georreferenciaron 4.681 casos probables de dengue por sectores censales, se calcularon las tasas de incidencia y se ajustaron mediante el estimador empírico bayesiano local. Para el análisis espacial se utilizó el estimador de densidad Kernel y Moran global y local. RESULTADOS: Se evidenció a través del estimador de densidad Kernel, áreas calientes (de alta densidad) en los sectores censales de la región noroeste del municipio. Las tasas de incidencia se ajustaron mediante la aplicación del método bayesiano empírico local, identificándose una mayor cantidad de setores con incidencia media y alta. A partir del índice global de Moran se evidenció una autocorrelación espacial positiva estadísticamente significativa para las tasas de incidencia de dengue (I=0,69; p<0,001) y para las tasas de incidencia ajustadas por el método bayesiano (I=0,80; p<0,001). Según el índice local de Moran, se identificaron clusters de sectores de alta incidencia de dengue en áreas con alta densidad de población en las regiones noreste y noroeste del municipio. CONCLUSIÓN: La investigación demostró que los estimadores bayesianos ayudaron a minimizar los problemas de infradeclaración y la influencia del tamaño de la población en los sectores censales.

Perfil e distribuição espacial de óbitos por COVID-19 no município de Rio Grande/RS em 2020 / rofile and spatial distribution of COVID-19 deaths in the municipality of Rio Grande/RS in 2020

Objetivo: Descrever o perfil de óbitos por COVID-19 no município de Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brasil. Metodologia: Trata-se de um estudo transversal, descritivo, com dados oriundos do banco de óbitos da Vigilância Epidemiológica, registrados no período de março a dezembro de 2020. Resultados: Dos 194 óbitos, a maioria era do sexo masculino (63,4%), com 60 anos ou mais (82,5%), de cor da pele branca (82,5%), residentes na região central histórica do município (11,3%). Quanto à ocupação, a maior ocorrência de óbitos foi entre os aposentados (69,5%), seguido por comerciante ou autônomo (17,7%). Com relação às morbidades, 38,7% tinha cardiopatias, 29,4% hipertensão arterial sistêmica, 28,0% diabetes mellitus e praticamente a metade dos indivíduos tinha multimorbidade (49,0%). Conclusões: Com a identificação do perfil de óbitos por COVID-19 no município de Rio Grande no período de março a dezembro de 2020, esses dados podem contribuir para auxiliar os gestores no planejamento de ações estratégicas e educativas de prevenção e combate à COVID-19, principalmente no direcionamento de grupos prioritários nas campanhas de vacinação (AU)

Objective: Describe the COVID-19 death profile in the city of Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brazil. Methods: This is a cross-sectional descriptive study using data from the Epidemiological Surveillance service deaths database of deaths notified from March to December 2020. Results: Of the 194 deaths, most were male (63.4%), aged 60 years or more (82.5%), of white skin color (82.5%), and living in the central historic district of the city (11.3%). With regard to occupation, the highest occurrence of deaths was among retirees (69.5%), followed by tradesmen or the self-employed (17.7%). Regarding morbidities, 38.7% had heart disease, 29.4% hypertension, 28.0% diabetes mellitus, and practically half of the individuals had multiple morbidities (49.0%). Conclusions: We identified the profile of COVID-19 deaths in the city of Rio Grande in the period from March to December 2020. These data can help health service managers to plan strategic and educational actions to prevent and combat COVID-19, mainly by targeting priority groups in vaccination campaigns

Profile of patients hospitalized by COVID-19: the importance of hospital epidemiological surveillance / Perfil dos pacientes internados por COVID-19: a importância da vigilância epidemiológica hospitalar / Perfil de pacientes hospitalizados por COVID-19: la importancia de la vigilancia epidemiológica hospitalaria

Rationale: Since December 2019, the novel coronavirus SARS-Cov-2, also called COVID-19, has spread rapidly across countries, making it one of the biggest health challenges of this century. In Brazil, it was declared a public health emergency in March 2020. The aim of this study was to describe the profile of patients hospitalized by COVID-19 in an emergency hospital in the city of Rio de Janeiro, as well as the factors associated with in-hospital death. Methods: Retrospective observational study, which included patients hospitalized between March and December 2020 with a confirmed diagnosis of COVID-19. The epidemiological, clinical, and laboratory aspects were extracted from the epidemiological investigation files and the hospital chart. Results: 582 suspected cases of COVID-19 were hospitalized and 317 were confirmed, of which 182 (57.5%) were male, and most were residents in the north of Rio de Janeiro (42.5%). Main tomographic or radiological findings: ground glass (34.7%) and pulmonary infiltrate (15.4%), and more than half of those hospitalized (64.0%) had at least one comorbidity. Among hospitalized patients, the overall lethality was 53.6%, and among those admitted to the ICU, this percentage was 84.5%. Age and use of ventilatory support and ICU were the variables that showed a statistically significant association with in-hospital mortality. Conclusion: This study reinforces the importance of epidemiological surveillance, in a hospital setting, especially for diseases in which the passive surveillance system may not be able to adequately report, as in the case of COVID-19.(AU)

Justificativa: Desde dezembro de 2019, o novo coronavírus SARS-Cov-2, também chamado COVID-19, tem se espalhado rapidamente pelos países, tornando-se um dos maiores desafios sanitários deste século. No Brasil, ele foi declarado como una emergência de saúde pública em março de 2020. O objetivo deste estudo foi descrever o perfil dos pacientes hospitalizados por COVID-19 em um hospital de emergência no município de Rio de Janeiro, bem como os fatores associados ao óbito hospitalar. Métodos: Estudo observacional retrospectivo, que incluiu pacientes internados entre março e dezembro de 2020 com um diagnóstico confirmado de COVID-19. Os aspectos epidemiológicos, clínicos, e laboratoriais foram extraídos das fichas de investigação epidemiológica e do prontuário hospitalar. Resultados: Foram internados 582 casos suspeitos de COVID-19 e 317 foram confirmados, dos quais 182 (57,5%) eram do sexo masculino, e a maioria era residente na zona norte do Rio de Janeiro (42,5%). Principais achados 'tomográficos ou radiológicos': vidro fosco (34,7%) e infiltrado pulmonar (15,4%), e mais da metade dos hospitalizados (64,0%) apresentava pelo menos uma comorbidade. Entre os pacientes hospitalizados, a letalidade geral foi de 53,6% sendo que entre os internados na UTI esse percentual foi de 84,5%. Idade e uso de suporte ventilatório e UTI foram as variáveis que mostraram associação estatisticamente significante com mortalidade intra-hospitalar. Conclusão: Este estudo reforça a importância da vigilância epidemiológica, em âmbito hospitalar, principalmente para as doenças em que o sistema de vigilância passivo pode não ser capaz de reportar adequadamente, como no caso da COVID-19.(AU)

Justificación: Desde diciembre de 2019, el coronavirus SARS-Cov-2, también llamado COVID-19, se ha extendido rápidamente por los países, convirtiéndose en uno de los mayores retos sanitarios de este siglo. En Brasil, se declaró una emergencia de salud pública en febrero de 2020. El objetivo de este estudio es describir el perfil de los casos hospitalizados por COVID-19 en un hospital de urgencias de la ciudad de Río de Janeiro, así como los factores asociados a la muerte hospitalaria. Métodos: Estudio observacional, retrospectivo, que incluyó pacientes hospitalizados entre marzo y diciembre de 2020 con diagnóstico confirmado de COVID-19. Los aspectos epidemiológicos, clínicos y de laboratorio fueron extraídos del formulario de investigación epidemiológica y de los registros hospitalarios. Resultados: Se hospitalizaron 582 casos sospechosos de COVID-19 y se confirmaron 317, de los cuales 203 (57,5%) eran hombres, la mayoría residentes en el norte de Río de Janeiro (42,5%). Los principales hallazgos tomográficos o radiológicos: vidrio deslustrado (34,7%) e infiltrado pulmonar (15,4%) y más de la mitad de los hospitalizados (64%) tenían al menos 1 comorbilidad. La letalidad global entre los hospitalizados fue del 53,6% y entre los ingresados en la UCI, este porcentaje fue del 84,5%. Las variables que mostraron una asociación estadísticamente significativa con la mortalidad intrahospitalaria fueron la edad, el uso de soporte ventilatorio y el uso de la UCI. Conclusiones: El estudio refuerza la importancia de la vigilancia epidemiológica en el ámbito hospitalario, especialmente para aquellas enfermedades en las que el sistema de vigilancia pasiva puede no informar adecuadamente, como es el caso de la COVID-19.(AU)

Infecciones asociadas al cuidado de salud en la unidad de quemados durante la pandemia SARS-CoV-2 / Healthcare-associated infections in the burn unit during the SARS-CoV-2 pandemic

Introducción: a partir de la pandemia por Covid19 se reportó variabilidad en la incidencia de las infecciones asociadas al cuidado de la salud (IACS). Con el objetivo de describir y comparar las tasas de IACS en la Unidad de Quemados de un hospital pediátrico de tercer nivel, antes y después del inicio de la pandemia se llevó a cabo este estudio. Material y métodos: estudio de cohorte, retrospectivo, descriptivo, de vigilancia epidemiológica. Se registraron todos los eventos de IACS en la Unidad de Quemados desde el 01/07/2018 hasta el 31/06/2021. Se compararon las tasas de las IACS entre el período I (PI) previo a la pandemia (07/2018-12/2019) y el período II (PII) posterior al inicio de la misma (01/2020- 06/2021). Resultados: se registraron 74 episodios de IACS, en un total de 8232 pacientes-día. Se registró una tasa global de IACS similar en ambos períodos, 10,08 ‰ pacientes-día (PI) vs 7,34 ‰ pacientes-día (PII), sin encontrarse diferencias estadísticamente significativas en las tasas de bacteriemia asociada a catéter venoso central (BSI-CVC) 3,32 ‰ días uso de CVC (PI) vs 3,20 ‰ (PII), neumonía asociada a ARM 1.43 ‰ días de uso de ARM (PI) vs un 2.02 ‰ (PII), ni infección urinaria asociada a sonda vesical (SV) 7,36 ‰ días de uso de SV (PI) vs 3,64 ‰ (PII). Conclusiones: no se observaron diferencias estadísticamente significativas en las tasas de IACS entre ambos períodos, lo cual podría justificarse con el estricto protocolo en control de infecciones implementado previo al inicio de la pandemia (AU)

Introduction: since the start of the Covid19 pandemic, variability in the incidence of healthcare-associated infections (HAIs) has been reported. This study was conducted to describe and compare the rates of HAIs in the burn unit of a tertiary pediatric hospital before and after the onset of the pandemic. Material and methods: a retrospective, descriptive, epidemiological surveillance cohort study was conducted. All HAI events in the burn unit from 01/07/2018 to 31/06/2021 were recorded. HAI rates between the pre-pandemic period I (PI) (07/2018- 12/2019) and post-pandemic period II (PII) (01/2020-06/2021) were compared. Results: 74 episodes of HAI were recorded in a total of 8232 patient-days. There was a similar overall rate of HAIs in both periods, 10.08 ‰ patient-days (PI) vs 7.34 ‰ patient-days (PII), with no statistically significant differences found in the rates of central venous catheter-related bloodstream infections (CVC-BSI) 3.32 ‰ days CVC use (PI) vs 3.20 ‰ (PII), ventilator-associated pneumonia 1. 43 ‰ days MV use (PI) vs a 2.02 ‰ (PII), or catheter-associated urinary tract infection 7.36 ‰ days catheter use (PI) vs 3.64 ‰ (PII). Conclusions: no statistically significant differences were observed in the rates of HAIs between both periods, which may be explained by the strict infection control protocol implemented prior to the onset of the pandemic (AU)

Congenital Malformations: Incidence and Prevalence in the Department of Caldas, Colombia 2016-2017 / Malformaciones congénitas: incidencia y prevalencia en el departamento de Caldas, Colombia 2016-2017 / Malformações congênitas: incidência e prevalência no departamento de Caldas, Colômbia 2016-2017

Introduction. Congenital malformations are routinely monitored; however further analysis of risk factors is required. The objective was to determine the incidence and prevalence of congenital malformations for the 2016-2017 period in Caldas and to explore the maternal risk factors. Methodology. A retrospective and descriptive study with a secondary source of information based on the cases notified by Caldas to the National Public Health Surveillance System of Colombia in the 2016-2017 period. Results. Between 2016-2017, 18,979 births occurred in Caldas, of which 282 had congenital malformations, with a prevalence of 14.8 per 1,000 live births. The highest frequency of malformations was found in the osteomuscular system with 101 cases (35.8%), followed by the central nervous system with 43 cases (15.2%). The mothers' mean age was 26.2 SD=7.2 years. A statistically significant association was found between the type of congenital malformation and maternal age (P <0.05), when the ages of between 21 to 33 years were excluded from the analysis. Discussion. The coverage of population reports has increased from local hospital levels to the national level. The need to go beyond monitoring to an in-depth analysis of risk factors is evident. Conclusions. The incidence and prevalence of congenital malformations in Caldas follows the national and regional trend. Maternal age is a sensitive risk factor for the primary prevention of congenital malformations.

Introducción. Las malformaciones congénitas se vigilan de manera rutinaria, sin embargo se requiere profundizar en el análisis de factores de riesgo. El objetivo fue determinar la incidencia y prevalencia de malformaciones congénitas para el periodo 2016-2017 en el departamento de Caldas y explorar los factores de riesgo maternos. Metodología. Estudio retrospectivo y descriptivo con fuente de información secundaria a partir de los casos notificados por Caldas al Sistema Nacional de Vigilancia en Salud Pública de Colombia en el periodo 2016-2017. Resultados. Entre 2016 y 2017 ocurrieron 18,979 nacimientos en Caldas, de los cuales 282 presentaron malformaciones congénitas, con una prevalencia de 14.8 por cada 1,000 nacidos vivos. La mayor frecuencia de malformaciones se encontró en el sistema osteomuscular con 101 casos (35.8%), seguido del sistema nervioso central con 43 casos (15.2%). La media de edad de las madres fue de 26.2 DE=7.2 años. Se encontró asociación estadísticamente significativa entre el tipo de malformación congénita y la edad materna (P <0.05), al excluir para el análisis las edades entre 21 y 33 años. Discusión. Se ha pasado de un registro del nivel local hospitalario al nivel nacional a través de registros poblacionales con cobertura nacional. Se evidencia la necesidad de trascender del monitoreo al análisis a profundidad de factores de riesgo. Conclusiones. La incidencia y prevalencia de malformaciones congénitas de Caldas sigue la tendencia nacional y regional. La edad materna es un factor de riesgo sensible para la prevención primaria de malformaciones congénitas.

Introdução. As malformações congênitas são monitoradas rotineiramente, porém é necessária uma análise mais aprofundada dos fatores de risco. O objetivo foi determinar a incidência e prevalência de malformações congênitas para o período 2016-2017 no departamento de Caldas e explorar os fatores de risco maternos. Metodologia. Estudo retrospectivo e descritivo com fonte de informação secundária baseada nos casos notificados por Caldas ao Sistema Nacional de Vigilância Sanitária da Colômbia no período 2016-2017. Resultados. Entre 2016 e 2017, ocorreram 18,979 nascimentos em Caldas, sendo 282 com malformações congênitas, com prevalência de 14.8 por 1.000 nascidos vivos. A maior frequência de malformações foi encontrada no sistema musculoesquelético com 101 casos (35.8%), seguido do sistema nervoso central com 43 casos (15.2%). A média de idade das mães foi de 26.2 DP=7.2 anos. Foi encontrada associação estatisticamente significativa entre o tipo de malformação congênita e a idade materna (P<0.05), ao excluir da análise as idades de 21-33 anos. Discussão. Passou-se de um registro em nível hospitalar local para nível nacional através de registros populacionais com abrangência nacional. A necessidade de ir além do monitoramento para uma análise aprofundada dos fatores de risco é evidente. Conclusões. A incidência e prevalência de malformações congênitas em Caldas segue a tendência nacional e regional. A idade materna é um fator de risco sensível para a prevenção primária de malformações congênitas.

Vigilancia de Viruela Símica (Monkeypox) SE 34

Se informan características y particularidades de este evento. Además, se presenta de manera breve la situación mundial y regional; y la información actualizada en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires hasta la semana epidemiológica 34 de 2022.

Reporte de enfermedades en la Ciudad de Buenos Aires hasta SE 32 / Disease report in Buenos Aires City until SE 32

Tablas que presentan el total de las notificaciones hasta la Semana Epidemiológica 32 de 2022, finalizada el 13 de agosto, por grupo de evento: Meningitis y Meningoencefalitis; Otras; y Zoonóticas y por vectores. Incluye casos confirmados, probables, sospechosos, y descartados, de Enfermedades de transmisión vertical y sexual, Envenenamiento por animal ponzoñoso, Enfermedades gastroentéricas, y Hepatitis.

Vigilancia, prevención y control de enfermedades zoonóticas de notificación obligatoria en animales: Ciudad de Buenos Aires, junio 2022 / Surveillance, prevention and control of notifiable zoonotic diseases in animals: Buenos Aires City, june 2022

Informe con datos de vigilancia de rabia animal, y de otras enfermedades zoonóticas de notificación obligatoria, en la Ciudad de Buenos Aires: observación de animales mordedores, detección de virus rábico en muestras de laboratorio, vigilancia de reservorios de enfermedades zoonóticas, y vacunación antirrábica de animales, durante junio de 2022.

Vigilancia de viruela símica: monkeypox SE 33 / Monkeypox surveillance SE 33

Se informan características y particularidades de este evento y se presenta de manera breve la situación mundial, regional y la información actualizada en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires hasta la semana epidemiológica 33 de 2022.

Reporte de enfermedades en la Ciudad de Buenos Aires hasta SE 31 / Disease report in Buenos Aires City until SE 31

Tablas que presentan el total de las notificaciones hasta la Semana Epidemiológica 31 de 2022, finalizada el 6 de agosto, por grupo de evento: Meningitis y Meningoencefalitis; Otras; y Zoonóticas y por vectores. Incluye casos confirmados, probables, sospechosos, y descartados, de Enfermedades de transmisión vertical y sexual, Envenenamiento por animal ponzoñoso, Enfermedades gastroentéricas, y Hepatitis.