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1.
Braz. J. Vet. Res. Anim. Sci. (Online) ; 59: e181776, fev. 2022. mapas, ilus, tab
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1363185

ABSTRACT

Fibropapillomatosis (FP) is an infectious disease caused by Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5). Nevertheless, its clinical manifestations are considered multifactorial. Due to its relevance, FP is currently monitored in sea turtle populations in the United States, Australia, Caribbean, and Brazil. Between 2000 and 2020, the TAMAR Project/ TAMAR Project Foundation analyzed the prevalence of FP in nine states and oceanic islands along the Brazilian coast, including Fernando de Noronha Archipelago (FNA), a historically FP-free area. A total of 4,435 green sea turtles (Chelonia mydas) were monitored from 2010 to 2016. Additionally, in 2012 and 2014, 43 FP-free skin samples were analyzed for ChHV5 using a qualitative PCR for the UL30 polymerase (pol) sequence. In 2015, a bilateral ocular nodule characterized as an FP tumor was reported in one of the monitored individuals undergoing rehabilitation. Tissue samples were collected following surgical removal of the tumor. Characterization of a 454 bp UL30 polymerase gene revealed a ChHV5 sequence previously reported in other areas of the Atlantic Brazilian coast. In the years following this finding from January 2017 to March 2020, a total of 360 C. mydas were monitored in the same area and no FP tumors were detected. This is the first report of FP and the first detection of ChHV5 in FNA, a finding of great concern considering this site's historical absence of FP occurrence. This study highlights the importance of monitoring this disease in historically FP-free areas of the Brazilian Atlantic coast.(AU)


A fibropapilomatose (FP) é uma doença infecciosa causada pelo Chelonid alphaherpesvirus 5 (ChHV5). No entanto, as manifestações clínicas da doença são consideradas multifatoriais. Esta doença é monitorada atualmente em populações de tartarugas marinhas nos EUA, Austrália, Caribe e Brasil. Desde 2000, o Projeto TAMAR/Fundação Projeto TAMAR analisa a presença de FP em nove estados da costa brasileira e ilhas oceânicas, incluindo o arquipélago de Fernando de Noronha, uma área historicamente livre de FP. Um total de 4.435 indivíduos de Chelonia mydas foram monitorados de 2010 a 2016 e 43 amostras de pele foram analisadas para detectar ChHV5 em 2012 e 2014 com o objetivo de avaliar a presença do vírus em tecidos sem FP, usando uma PCR qualitativa para detecção de sequências do gene da UL30 polimerase. Em 2015, uma tartaruga verde (C. mydas) foi relatada com um nódulo ocular bilateral caracterizado como FP. Amostras de tecido foram coletadas durante sua reabilitação e procedimento cirúrgico para remover o tumor. A caracterização parcial de uma sequência de 454 bp do gene UL30 polimerase detectou ChHV5 anteriormente relatado em outras áreas da costa atlântica brasileira. Após estes achados, de janeiro de 2017 a março de 2020, um total de 360 indivíduos de C. mydas foram monitorados e nenhum caso de FP foi registrado. Este é o primeiro relato de FP e a primeira caracterização de ChHV5 no arquipélago de Fernando de Noronha, uma questão preocupante e que ressalta a importância do monitoramento desta doença em áreas historicamente livres de FP na costa atlântica brasileira.(AU)


Subject(s)
Animals , Papilloma/veterinary , Skin Neoplasms/veterinary , Tumor Virus Infections/veterinary , Turtles , Herpesviridae Infections/veterinary , Herpesviridae , Polymerase Chain Reaction/methods
2.
Article in Spanish | LILACS, CUMED | ID: biblio-1341396

ABSTRACT

Introducción: La leucemia promielocítica es un subtipo de leucemia mieloide aguda que se presenta frecuentemente con una coagulopatía potencialmente mortal, por lo que representa una emergencia médica. En la gran mayoría de los pacientes ocurre la t(15;17)(q24;q21) que genera el gen aberrante PML-RARA. Mediante diferentes técnicas de citogenética y de la biología molecular que detectan dichas aberraciones es posible diagnosticar la entidad de manera inequívoca y estudiar la enfermedad mínima residual. Objetivo: Describir, comparar y analizar las técnicas de citogenética y de la biología molecular que son útiles para el diagnóstico y el seguimiento del paciente con leucemia promielocítica. Así como señalar sus ventajas y limitaciones. Métodos: Se realizó revisión de la bibliografía científica de los últimos cinco años relacionada con el tema a través de PUBMED. Se realizó análisis y resumen de la información. Análisis y síntesis de la información: Se describen dos técnicas de citogenética y tres moleculares basadas en la aplicación de la reacción en cadena de la polimerasa. Se comparan y analizan sus ventajas y limitaciones. Conclusiones: Algunas de estas técnicas son útiles únicamente para el diagnóstico, mientras que otras, por su alta sensibilidad, se recomiendan para el seguimiento del paciente con leucemia promielocítica(AU)


Introduction: Promyelocytic leukemia (PML) is a subtype of acute myeloid leukemia that frequently presents with a potentially fatal coagulopathy, therefore it represents a medical emergency. In the vast majority of patients, the t (15; 17) (q24; q21) occurs, which generates the aberrant gene PML-RARA. Using different cytogenetic and molecular biology techniques that detect these aberrations, it is possible to unequivocally diagnose the entity and study minimal residual disease. Objective: To describe, compare and analyze cytogenetics and molecular biology techniques that are useful for diagnosis and follow-up of the patient with Promyelocytic leukemia. As well as pointing out its advantages and limitations. Methods: A review of the scientific bibliography of the last five years related to the subject was carried out through PUBMED. An analysis and summary of the information was made. Analysis and synthesis of the information: Two cytogenetic and three molecular techniques are described based on the application of the polymerase chain reaction. Its advantages and limitations are compared and analyzed. Conclusions: Some of these techniques are only useful for diagnosis, while others, due to their high sensitivity, are recommended for monitoring the patient with Promyelocytic leukemia(AU)


Subject(s)
Humans , Leukemia, Promyelocytic, Acute/diagnosis , Polymerase Chain Reaction/methods , Aftercare , Cytogenetics/methods , Molecular Biology
3.
Electron. j. biotechnol ; 51: 1-7, May. 2021. tab, ilus, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1343303

ABSTRACT

BACKGROUND: This study aimed to explore genetic polymorphisms of the CCKAR gene and their relationship with the growth and development of Qinchuan cattle which could be used as molecular markers for the improvement of the breeding of Qinchuan cattle. RESULTS: Here, we have identified seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) at loci g. 1463 C>G; g. 1532 T>A; g. 1570 G>A; g. 1594 C>A; g. 1640 T>C; g. 1677 G>C; and g. 1735 C>T in the coding region of the bovine CCKAR gene. The frequencies identified on allelic and genotypic characteristics have shown that all seven SNPs diverged from the Hardy-Weinberg-Equilibrium. The SNP2, SNP3, SNP6 and SNP7 had the lowest polymorphism information content values, and remaining SNPs were found to be moderate (0.25 < PIC < 0.50). The genotype CG in SNP1 at loci g.1463 C>G had the greatest association with WH, HW, CD and CCF, while the genotype TA at the very same loci was associated with BFT, ULA and IMF content in Qinchuan cattle. The CCKAR gene expression level in adipose tissue, small intestine, liver and skeleton muscle was found to be higher, whereas, the expression level of mRNA in organs of other digestive system including reticulum, abomasum and omasum was moderate. Some expression of CCKAR mRNA was found in the large intestine, kidney and rumen. CONCLUSIONS: In summary, our finding suggested that the CCKAR gene could be used as a potential candidate for the improvement of carcass quality and body measurements of Qinchuan cattle.


Subject(s)
Animals , Cattle , Cattle/genetics , Receptor, Cholecystokinin A/genetics , Genetic Variation , Linkage Disequilibrium , Polymerase Chain Reaction/methods , Polymorphism, Single Nucleotide , Digestive System , Livestock , Genotyping Techniques , Gene Frequency , Meat Products
4.
Med. infant ; 28(1): 23-26, Marzo 2021. ilus, Tab
Article in Spanish | LILACS, BINACIS, UNISALUD | ID: biblio-1282888

ABSTRACT

Pneumocystis jirovecii es un hongo oportunista, causante de neumonía en huéspedes inmunocomprometidos. Es una infección grave con elevada tasa de mortalidad en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas. La administración de corticosteroides es el principal factor de riesgo para adquirir esta infección. Actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis. Las técnicas de diagnóstico molecular son las recomendadas por su elevada sensibilidad, especificidad y rapidez. La frecuencia global de P. jirovecii en pacientes inmunocomprometidos de nuestro hospital, durante el período evaluado fue de 4,8%, con una mortalidad global del 20%. Como factores de mal pronóstico se reportan la presencia de coinfecciones y la necesidad de asistencia respiratoria mecánica. Es importante la sospecha precoz en pacientes de riesgo, confirmada con un diagnóstico preciso mediante métodos moleculares para una intervención adecuada y oportuna (AU)


Pneumocystis jirovecii is an opportunistic fungus, causing pneumonia in immunocompromised hosts. It is a severe infection with a high mortality rate in oncology/hematology patients and hematopoietic stem cell transplant recipients. The administration of corticosteroids is the main risk factor for acquiring this infection. Currently infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis. Molecular diagnostic techniques are recommended because of their high sensitivity, specificity, and speed. In the study period, the overall incidence of P. jirovecii in immunocompromised patients at our hospital was 4.8%, with an overall mortality rate of 20%. Factors of a poor prognosis are the presence of coinfections and the need for mechanical respiratory assistance. Early suspicion in high-risk patients is important to confirm the diagnosis through molecular studies and start adequate and early treatment (AU)


Subject(s)
Humans , Infant , Child, Preschool , Child , Adolescent , Polymerase Chain Reaction/methods , Pneumocystis Infections/diagnosis , Pneumocystis Infections/epidemiology , Immunocompromised Host , Molecular Diagnostic Techniques/methods , Pneumocystis carinii/isolation & purification , Hospitals, Pediatric/statistics & numerical data , Cross-Sectional Studies , Retrospective Studies
6.
Gac. méd. Méx ; 157(1): 30-36, ene.-feb. 2021. tab, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1279070

ABSTRACT

Resumen Introducción: Se requiere analizar diversos parámetros para el control de calidad adecuado de las unidades de sangre de cordón umbilical (USCU) cuando se utilizan con fines terapéuticos. Objetivo: Optimizar las unidades formadoras de colonias (UFC) de cultivos clonogénicos y detectar el genoma del virus del papiloma humano (VPH) en USCU. Métodos: Se incluyeron 141 muestras de sangre de cordón umbilical (SCU), de segmento y de UFC de cultivos clonogénicos de USCU. Se realizó extracción de ADN, cuantificación y amplificación por PCR del gen endógeno GAPDH. Se detectó el gen L1 del VPH con los oligonucleótidos MY09/MY11 y GP5/GP6+; los productos de PCR se migraron en electroforesis de agarosa. El ADN purificado de las UFC se analizó mediante electroforesis de agarosa y algunos ADN, con la técnica sequence specific priming. Resultados: La concentración de ADN extraído de UFC fue superior comparada con la de SCU (p = 0.0041) y la de segmento (p < 0.0001); así como la de SCU comparada con la de segmento (p < 0.0001). Todas las muestras fueron positivas para la amplificación de GAPDH y negativas para MY09/MY11 y GP5/GP6+. Conclusiones: Las USCU criopreservadas fueron VPH netativas; además, es factible obtener ADN en altas concentraciones y con alta pureza a partir de UFC de los cultivos clonogénicos.


Abstract Introduction: Analysis of several markers is required for adequate quality control in umbilical cord blood units (UCBU) when are used for therapeutic purposes. Objective: To optimize colony-forming units (CFU) from clonogenic cultures and to detect the human papillomavirus (HPV) genome in UCBU. Methods: One hundred and forty-one umbilical cord blood (UCB), segment or CFU samples from UCBU clonogenic cultures were included. DNA extraction, quantification and endogenous GAPDH gene PCR amplification were carried out. Subsequently, HPV L1 gene was detected using the MY09/MY11 and GP5/GP6+ oligonucleotides. PCR products were analyzed with electrophoresis in agarose gel. CFU-extracted purified DNA was analyzed by electrophoresis in agarose gel, as well as some DNAs, using the SSP technique. Results: CFU-extracted DNA concentration was higher in comparison with that of UCB (p = 0.0041) and that of the segment (p < 0.0001), as well as that of UCB in comparison with that of the segment (p < 0.0001). All samples were positive for GAPDH amplification and negative for MY09/MY11 and GP5/GP6+. Conclusions: Cryopreserved UCBUs were HPV-negative. Obtaining CFU DNA from clonogenic cultures with high concentrations and purity is feasible.


Subject(s)
Humans , Female , Adult , Young Adult , Papillomaviridae/isolation & purification , DNA, Viral/isolation & purification , Hematopoietic Stem Cells/virology , Genome, Viral , Fetal Blood/virology , Papillomaviridae/genetics , Histocompatibility Testing , HeLa Cells , Cryopreservation , Cell Line , Polymerase Chain Reaction/methods , Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (Phosphorylating) , Electrophoresis, Agar Gel , Fetal Blood/cytology
7.
Electron J Biotechnol ; 49: 72-81, Jan. 2021. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1291929

ABSTRACT

BACKGROUND: Persimmon (Diospyros kaki Thunb.) is the most widely cultivated species of the genus Diospyros. In this study, genetic diversity and variations in persimmon genotypes were investigated using single nucleotide polymorphism (SNP) markers identified by genotyping-by-sequencing (GBS) analysis. RESULTS: Ninety-five persimmon accessions grown in the Pear Research Institute, National Institute Horticultural and Herbal Science, were sequenced using the Illumina Hiseq2500 platform and polymorphic SNPs were detected to develop molecular markers. These reliable SNPs were analyzed using the Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) assay to discriminate among persimmon genotypes. GBS generated a total of 447,495,724 trimmed reads, of which 89.7% were raw reads. After demultiplexing and sequence quality trimming, 108,876,644 clean reads were mapped to the reference transcriptome. An average of 1,146,070 genotype reads were mapped. Filtering of raw SNPs in each sample led to selection of a total of 1,725,401 high-quality SNPs. The number of homozygous and heterozygous SNPs ranged from 1,933 to 6,834 and from 846 to 5,927, respectively. CONCLUSIONS: Of the 49 SNPs selected for development of an identification system for persimmons, 15 SNPs were used in the KASP assay to analyze 32 persimmon accessions. These KASP markers discriminated among all accessions.


Subject(s)
Polymerase Chain Reaction/methods , Diospyros/genetics , Genetic Variation , Genetic Markers , Chromosome Mapping , Polymorphism, Single Nucleotide/genetics , Alleles , Genotyping Techniques , Homozygote
8.
Electron J Biotechnol ; 49: 29-33, Jan. 2021. tab, ilus
Article in English | LILACS | ID: biblio-1291632

ABSTRACT

BACKGROUND: Agkistrodon acutus, a traditional Chinese medicine, clinically used in the treatment of rheumatism, tumor, and cardiovascular and cerebrovascular diseases. Due to the unique medicinal value and the difficulty of artificial breeding of Agkistrodon acutus, the supply of Agkistrodon acutus on the market exceeds the demand, and a large number of its adulterants are found on the market. In this study, the cytb gene sequences of Agkistrodon acutus and 9 snakes were compared and analyzed, specific primers were designed, and specific PCR methods were established to detect Agkistrodon acutus medicinal samples on the market. RESULTS: This method was successfully applied to distinguish the snake from other adulterated species, and tested 18 Agkistrodon acutus samples randomly purchased from six cities. Twelve samples were counterfeit and six were genuine. The standard reference material of Agkistrodon acutus was cloned by molecular cloning and sequencing, and the gene sequence difference with other species was significant. It shows that the region could be used as the fingerprint region of the target species. CONCLUSIONS: The proposed method can be used as a species-specific marker and can be highly distinguished from other adulterated snake species, which is helpful to effectively avoid the problem of false sale of Agkistrodon acutus.


Subject(s)
Animals , Polymerase Chain Reaction/methods , Agkistrodon/genetics , Cytochromes b/genetics , Mitochondria/genetics , Snakes , Species Specificity , DNA/analysis , Cloning, Molecular , Medicine, Chinese Traditional
9.
Article in English | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1347975

ABSTRACT

Salmonellosis is a foodborne disease (FBD) that affects public health and can cause death in people. Many outbreaks of Salmonellosis have been reported due to the contamination of raw milk and dairy products with the pathogen. To determine the prevalence of Salmonella spp. in milk samples from four dairy herds in the Sabana of Bogotá in 2017, 112 milk samples were taken directly from the mammary gland during milking. All milk samples were cultured and tested to isolate and identify Salmonella spp. using microbiological and molecular methods. Salmonella spp. prevalence of milk samples was found to be 20.5% (n=23). The main Salmonella serovars isolated were S. Newport (60.87%), S.Typhimurium (17.4%), S. Virchow, S. Bredeney, and S. Anatum (4.3% each one of the serovars). However, it was not possible to determine the Salmonella serotype in two isolates. The prevalence of Salmonella spp. in milk has not been studied extensively in Colombia. The 20.5% in the prevalence might be due to fact that the sample was taken directly from the mammary gland allowing a better chance of isolation by avoiding the dilutional effect of mixed milk from different cows in the buckets. This also suggests that the infection of the udder could have occurred by hematogenous dissemination or by milking machine contamination. This study highlights the need to implement measures to prevent contamination and reduce the problem in the herds, which will result in milk and dairy products with high standards of innocuity and quality and decrease the risk of foodborne illness(AU)


A salmonelose é uma doença transmitida por alimentos que afeta a saúde pública e pode causar a morte de pessoas. Muitos surtos de salmonelose têm sido relatados devido à contaminação de leite cru e produtos lácteos com o patógeno. Para determinar a prevalência de Salmonella spp. em amostras de leite de quatro rebanhos leiteiros na Sabana de Bogotá em 2017, cento e doze amostras de leite foram colhidas diretamente da glândula mamária durante a ordenha. Todas as amostras de leite foram cultivadas para isolar e identificar Salmonella spp. usando métodos microbiológicos e moleculares. A prevalência de Salmonella spp. nas amostras de leite foi de 20,5% (n = 23). Os principais sorovares de Salmonellaidentificados foram S. Newport (60,87%), S. Typhimurium (17,4%), S. Virchow, S. Bredeney e S. Anatum (4,3% cada um dos sorovares). No entanto, não foram determinados os sorovares de dois isolados. A prevalência de Salmonella spp. no leite ainda não foi extensivamente estudada na Colômbia. Os 20,5% na prevalência podem ser devidos ao fato de a amostra ter sido colhida diretamente da glândula mamária, permitindo uma melhor chance de isolamento, evitando o efeito de diluição do leite misto de diferentes vacas nos baldes, o que pode indicar infecção do úbere pela disseminação hematogênica ou por contaminação da ordenhadeira. Este estudo destaca a necessidade da implementação de medidas destinadas a prevenir a contaminação e reduzir o problema nos rebanhos, resultando em leite e produtos lácteos com altos padrões de inocuidade e qualidade, diminuindo o risco de doenças de origem alimentar.(AU)


Subject(s)
Animals , Cattle , Salmonella/isolation & purification , Cattle/microbiology , Zoonoses , Polymerase Chain Reaction/methods , Salmonella Infections
10.
Braz. arch. biol. technol ; 64: e21190423, 2021. tab, graf
Article in English | LILACS | ID: biblio-1285548

ABSTRACT

Abstract High sensitivity of qPCR assay can be compromised by the presence of PCR inhibitors in samples analyzed. The aim of this study was to analyze the RT-qPCR assay efficiency considering the RNA quality/quantity and the presence of PCR inhibitors in patients with chemotherapy and/or antibiotic therapy. We analyzed 60 samples using RT-qPCR from individuals suspected of leukemia and 44 samples were quantified by fluorimetry and spectrophotometry. The efficiency of the RT-qPCR assay was evaluated comparing the threshold cycle (Ct) from tested samples and the standard curve. The 260/280 and 260/230 ratios, the presence of PCR inhibitors and the amount of sample (ng) used in the RT-qPCR reaction can be associated with 56.8% (R²=0.56, p<0.05) in the Ct obtained. The decrease of the RT-qPCR efficiency can be explained in 42,8% due to the variation of the 260/280 ratio (R²=0.42,p<0.05). The presence of antibiotics in the blood sample can be associated in 11.3% with the variability of 260/280 ratio (R²=0.11,p<0.05). Presence of chemotherapeutic drugs in the blood sample was not correlated with Ct variation (p=0.17). The spectrophotometer determines a RNA quantification with 2.2 times higher than the fluorimeter (t=2.2, p=0,03) and this difference is correlated with the 260/280 ratio (R²=0.36, p<0.05). Samples with low purity had a reduction in the qPCR efficiency, although we did not observe false results.


Subject(s)
Humans , Polymerase Chain Reaction/methods , Nucleic Acid Synthesis Inhibitors , Molecular Diagnostic Techniques/methods , Spectrophotometry/instrumentation , Fluorometry/instrumentation
11.
Vaccimonitor (La Habana, Print) ; 29(3)sept.-dic. 2020. tab, graf
Article in English | LILACS, CUMED | ID: biblio-1139858

ABSTRACT

Rabbit hemorrhagic disease is a contagious viral disease of rabbits controlled by vaccination. The present study was aimed to diagnose rabbit hemorrhagic disease from 11 infected farms from Qalubia governorate during 2019 and to prepare homologous vaccine against rabbit hemorrhagic disease virus 2. For this purpose, 11 liver samples were collected from suspected cases and subjected to detection and identification of circulating rabbit hemorrhagic disease virus. Ten samples were confirmed to be rabbit hemorrhagic disease virus using hemagglutination test, animal inoculation and reverse transcriptase polymerase chain reaction. Sequencing and phylogenetic analysis of two isolates (R5&R6) revealed the presence of rabbit hemorrhagic disease virus 2 (A/Qalubia/2019 and B/Qalubia/2019) under accession number MT07629 and MT067630 respectively. The inactivated rabbit hemorrhagic disease virus vaccines were prepared using Montanide ISA 206 oil or aluminum hydroxide gel adjuvants. Prepared vaccines were inoculated subcutaneously in susceptible rabbits and submitted to sterility, safety and potency tests. Obtained results showed that mean hemagglutination inhibition titer for aluminum hydroxide gel vaccine was 6,7.7,8.9 and 9.1 log2 while, Montanide vaccine reached to 6.7,8.7,9.2 and 9.5 log2 at 1st, 2nd, 3rd, and 4th weeks post vaccination, respectively. Immunized rabbits with Montanide vaccine showed better protection reach to 70 percent, 90 percent percent, 100 percent and 100 percent when compared to aluminum hydroxide gel vaccine 60 percent, 70 percent, 90 percent and 90 percent at 1st, 2nd, 3rd and 4th weeks post vaccination respectively. It was concluded that newly emerged rabbit hemorrhagic disease virus 2 was isolated from suspected cases. The two prepared vaccines were sterile, safe and potent. The oily adjuvanted rabbit hemorrhagic disease virus 2 vaccine stimulated an earlier and higher humoral immune response than the aluminum hydroxide gel adjuvanted vaccine. This humoral immune response achieved significant level of protection(AU)


La enfermedad hemorrágica del conejo es una enfermedad viral contagiosa de los conejos que se controla mediante vacunación. El presente estudio tuvo como objetivo diagnosticar la enfermedad hemorrágica del conejo en 11 granjas infectadas de la provincia de Qalubia, durante 2019 y preparar una vacuna homóloga contra el virus de la enfermedad hemorrágica del conejo tipo 2. Para este propósito, se recolectaron 11 muestras de hígado de casos sospechosos y se sometieron a detección e identificación de virus circulante de la enfermedad hemorrágica del conejo. Se confirmó que diez muestras eran positivas al virus de la enfermedad hemorrágica del conejo, utilizando para ello la prueba de hemaglutinación, inoculación en animales y Reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa. La secuenciación y el análisis filogenético de dos aislamientos (R5 y R6) revelaron la presencia del virus de la enfermedad hemorrágica del conejo tipo 2 (A/Qalubia/2019 y B/Qalubia/2019) con los números de acceso MT07629 y MT067630 respectivamente. Las vacunas inactivadas del virus de la enfermedad hemorrágica del conejo se prepararon usando adyuvantes de gel de hidróxido de aluminio o aceite Montanide ISA 206. Las vacunas preparadas se inocularon por vía subcutánea en conejos susceptibles y se sometieron a pruebas de esterilidad, seguridad y potencia. Los resultados obtenidos mostraron que el título medio de inhibición de la hemaglutinación para la vacuna en gel de hidróxido de aluminio fue de 6; 7,7; 8,9 y 9,1 log2, mientras que la vacuna de Montanide alcanzó 6,7; 8,7; 9,2 y 9,5 log2 en la 1ª, 2ª, 3ª y 4ª semanas después de la vacunación, respectivamente. Los conejos inmunizados con la vacuna Montanide tuvieron una mejor protección, alcanzándose niveles de 70 por ciento, 90 por ciento, 100 por ciento y 100 por ciento en comparación con la vacuna en gel de hidróxido de aluminio 60 por ciento, 70 por ciento, 90 por ciento y 90 por ciento en la 1ª, 2ª, 3ª y 4ª semanas después de la vacunación, respectivamente. Se concluyó que el virus de la enfermedad hemorrágica del conejo tipo 2 de reciente aparición se aisló de los casos sospechosos. Las dos vacunas preparadas fueron estériles, seguras y potentes. La vacuna contra el virus de la enfermedad hemorrágica del conejo tipo 2 con adyuvante oleoso estimuló una respuesta inmune humoral más temprana y mayor que la vacuna con adyuvante en gel de hidróxido de aluminio. Esta respuesta inmune humoral confirió un nivel significativo de protección(AU)


Subject(s)
Animals , Rabbits , Polymerase Chain Reaction/methods , Hemorrhagic Disease Virus, Rabbit/immunology , Caliciviridae Infections/veterinary , Lethal Dose 50 , Vaccines , Egypt
12.
Washington; Organización Panamericana de la Salud; nov. 19, 2020. 2 p.
Non-conventional in Spanish | LILACS | ID: biblio-1129646

ABSTRACT

Las pruebas de antígenos, que examinan si una persona está infectada en este momento, utilizan normalmente muestras obtenidas con hisopos nasofaríngeos, en las que luego se analiza la presencia de proteínas del virus (antígenos). Se obtienen los resultados en un plazo de 15 a 30 minutos.


Subject(s)
Humans , Pneumonia, Viral/diagnosis , Coronavirus Infections/diagnosis , Pandemics/prevention & control , Polymerase Chain Reaction/methods , Epidemiological Monitoring
13.
Washington; Organización Panamericana de la Salud; Oct. 27, 2020. 4 p.
Non-conventional in Spanish | LILACS | ID: biblio-1127580

ABSTRACT

Este documento brinda consideraciones prácticas para la implementación de la prueba rápida de detección de antígenos (Ag-RDT) para COVID-19 en la Región de las Américas. Se han publicado consideraciones generales para el uso de las Ag-RDT en el diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2 (1, 2), y varios ensayos se han evaluado de forma independiente y / o se han incluido en el Listado de Uso de Emergencia de la OMS. La evidencia científica y técnica sobre la detección de la infección por SARS-CoV-2 está evolucionando con rapidez; este documento se actualizará según sea necesario.


Subject(s)
Pneumonia, Viral/diagnosis , Polymerase Chain Reaction/methods , Coronavirus Infections/diagnosis , Pandemics/prevention & control , Betacoronavirus/isolation & purification
14.
Rev. Hosp. Ital. B. Aires (2004) ; 40(3): 117-125, sept. 2020. ilus, tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1129078

ABSTRACT

En diciembre de 2019 se identificó el virus SARS-CoV-2, cuya rápida propagación global puso en estado de emergencia al mundo entero, llevando al ser humano a una situación sin antecedente cercano. El objetivo de esta revisión es describir los métodos diagnósticos utilizados actualmente para identificar la infección por SARS-CoV-2. Las manifestaciones clínicas y el espectro imagenológico de la enfermedad son muy inespecíficos y no permiten realizar un diagnóstico certero. Por esta razón, es esencial una apropiada toma de muestra respiratoria en el momento y sitio anatómico adecuado para un diagnóstico preciso de COVID-19. La técnica de muestreo más utilizada es el hisopado nasofaríngeo y la prueba diagnóstica más fiable se basa en la retrotranscripción seguida por reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR). No obstante, existen otras técnicas moleculares, como también tests serológicos para detectar anticuerpos o fragmentos antigénicos del SARS-CoV-2. Más allá de la precisión diagnóstica, es importante tener en cuenta la probabilidad basal (pretest) para interpretar correctamente el resultado obtenido y aislar aquellos posibles falsos negativos. Con el objetivo de evitar la saturación del sistema de salud es imprescindible contar con información y métodos diagnósticos precisos para detectar tempranamente los focos de infección y reducir la transmisión comunitaria, utilizando eficazmente los diferentes recursos diagnósticos. (AU)


In December 2019, the SARS-CoV-2 virus was identified for the first time, whose rapid global spread put the entire world in a state of emergency, leading humans to an unprecedented situation with no immediate history. The main purpose of this review is to describe the diagnostic methods currently used to identify SARS-CoV-2 infection. The clinical manifestations and the imaging spectrum of the disease are nonspecific and do not allow an accurate diagnosis to be made. For this reason, an appropriate respiratory sampling at the right time and anatomical site is essential for an accurate diagnosis of COVID-19. The most widely used sampling technique is nasopharyngeal swab, and the most reliable diagnostic test is by reverse transcription followed by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). However, there are other molecular techniques, as well as serological tests to detect antibodies or antigenic fragments of SARS-CoV-2. Beyond the diagnostic precision, it is important to take into account the baseline probability (pre-test) to correctly interpret the result obtained and isolate those possible false negatives. In order to avoid saturation of the health system, it is essential to have accurate information and diagnostic methods to detect outbreaks of infection in early stages and to reduce communitary transmission, making effective use of the various diagnostic resources. Coronavirus infections/diagnosis, viral/diagnosis, pandemics, clinical laboratory techniques, real-time polymerase chain reaction, antigens, viral/analysis. (AU)


Subject(s)
Humans , Serologic Tests/methods , Coronavirus Infections/diagnosis , Real-Time Polymerase Chain Reaction/methods , Argentina , Pneumonia, Viral/diagnosis , Serologic Tests/statistics & numerical data , Polymerase Chain Reaction/methods , Polymerase Chain Reaction/statistics & numerical data , Coronavirus Infections/physiopathology , Coronavirus Infections/prevention & control , Coronavirus Infections/diagnostic imaging , False Negative Reactions , False Positive Reactions , Real-Time Polymerase Chain Reaction/statistics & numerical data , Betacoronavirus
15.
Acta pediátr. hondu ; 11(1): 1096-1102, abr.- sept. 2020. tab, map, graf
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1140359

ABSTRACT

Antecedentes: El 31 de diciembre de 2019, Chi-na comunicó un reporte de casos de neumonía de etiología desconocida. El 11 de febrero de 2020, la Organización Mundial de la Salud (OMS) de-nominó a la enfermedad por coronavirus 2019: COVID-19.(1) En América Latina el primer caso se confirmó el 25 de febrero de 2020 en Brasil.(2) En Honduras se confirmaron los dos primeros casos de COVID-19 el 10 de marzo,(3) y el primer caso en edad pediátrica en San Pedro Sula (S.P.S.) se confirmó el 25 de marzo de 2020.(4)Objetivo: Caracterizar clínica y epidemiológicamente la enfermedad por coronavirus 2019 en la edad pediátrica en S.P.S., Honduras. Pacientes y mé-todos: Estudio cuantitativo, descriptivo, y trans-versal. Se utilizó un muestreo no probabilístico de 415 pacientes en edad pediátrica (IC 95%) a quienes se les realizó una prueba de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (PCR-tr). Las variables estudiadas fueron: sociodemográ-ficas, curso de la enfermedad, manifestaciones clínicas, factores de riesgo, manejo del pacien-te, condición actual del paciente y distribución según el establecimiento de salud notificante. La información recolectada fue ingresada en una base de datos y analizada en Microsoft Ex-cel. Resultados: 170 (40.96%) pacientes en edad pediátrica resultaron positivos. El grupo etáreo más afectado fueron los adolescentes (54.71%). El curso de la enfermedad fue sintomático en 124 pacientes. El síntoma que más frecuentemente se reportó fue fiebre (37.10%). A la fecha de finalización del estudio, 152 con-tinuaban activos con COVID-19. Conclusiones: Este estudio resume las principales característi-cas clínicas y epidemiológicas de la COVID-19 en niños y adolescentes de S.P.S...(AU)


Subject(s)
Humans , Child , Polymerase Chain Reaction/methods , Coronavirus Infections/transmission , Pneumonia/complications , Respiratory Insufficiency
16.
Ciudad de México; CENETEC; 19 jun. 2020.
Non-conventional in Spanish | LILACS, BRISA | ID: biblio-1104192

ABSTRACT

Tipos de Pruebas disponibles Actualmente, las pruebas de laboratorio utilizadas para la enfermedad respiratoria COVID-19 causada por el virus SARS-CoV-2, incluyen métodos basados en la detección de ácidos nucleicos del virus y en la reacción antígeno-anticuerpo (IgM/IgG) producidos en respuesta a la infección. La detección rápida de casos y contactos se hizo crítica para responder eficazmente al brote de COVID-19. A continuación, se describen los 3 tipos principales de pruebas diagnósticas con las que se puede detectar el virus SARS-CoV-2 1 : Moleculares: Detectan ácidos nucleicos de SARS-CoV-2. La prueba de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR), ha sido la prueba de primera línea usada frente al brote de SARS-CoV-2. La PCR es el estándar de referencia para el diagnóstico molecular de agentes infecciosos, ya que es una técnica capaz de proporcionar una sensibilidad y especificidad cercanas al 100% con ensayos diseñados adecuadamente en situaciones controladas2. El tiempo que tarda en obtenerse el resultado es de 4 a 6 horas; Detección de Antígenos: Detectan antígenos de SARS-CoV-2. Están destinadas a la detección cualitativa de la proteína del antígeno viral SARS-COV-2 en muestras de suero y plasma humano o también en muestras nasales o nasofaríngeas; Detección de Anticuerpos: Identifican anticuerpos de SARS-CoV-2. Miden la cantidad de anticuerpos o proteínas presentes en la sangre cuando el organismo responde a una infección específica. Se reconoce que estas son menos complejas que las moleculares y se usan únicamente para identificar anticuerpos, lo que limita su efectividad para el diagnóstico; sin embargo, como se indica en la guía actualizada, la FDA no tiene la intención de objetar la distribución y el uso de pruebas para identificar anticuerpos contra el SARS-CoV-2., cuando las pruebas han sido validadas. RECOMENDACIONES O CRITERIOS PARA LA REALIZACIÓN DE LAS PRUEBAS: Organización Mundial de la Salud (OMS): 1. La decisión de aplicar pruebas de laboratorio para la enfermedad de COVID-19, debe estar basada en factores clínicos y epidemiológicos que estén estrechamente ligados con la probabilidad de estar infectado. Pueden ser considerados pacientes asintomáticos o ligeramente sintomáticos, en caso de que hayan tenido contacto con un caso positivo de COVID-19. Así mismo, los protocolos de detección deben adaptarse a la situación local. 2. Es prioritario recoger muestras y realizar rápidamente pruebas apropiadas de los casos sospechosos 1, que de acuerdo con la OMS y en concordancia con el "Lineamiento Estandarizado para la Vigilancia Epidemiológica y por Laboratorio de COVID-19"4 , elaborada por la Secretaria de Salud, se define como caso sospechoso aquella persona de cualquier edad que presente enfermedad respiratoria aguda leve o grave y que cuente con alguno de los siguientes antecedentes, hasta 14 días previos al inicio de síntomas: 3. Haber estado en contacto con un caso confirmado o bajo investigación a COVID-19. 4. Viaje o estancia en países con transmisión local comunitaria de COVID-19. 5. Los pacientes positivos, deben ser aislados e investigados los contactos cercanos que hayan tenido durante los dos días previos al desarrollo de los síntomas, para realizarles pruebas solamente si presentan síntomas de COVID-19. 6. El algoritmo de laboratorio que debe realizarse, será el de la influenza recomendado por la OPS para la vigilancia rutinaria. Por lo que las pruebas para el COVID-19, deben considerarse sólo para pacientes que cumplan con la definición de caso sosechoso, una vez descartada la influenza y la influenza aviar. PRUEBAS EMERGENTES: Para atender la demanda mundial se han desarrollado recientemente diversas pruebas diagnósticas que prometen ser más rápidas que la PCR utilizada actualmente. La Food and Drug Administration (FDA) ha emitido autorización para alrededor de 30 pruebas diagnósticas, entre las que se destacan por su rapidez en ofrecer resultados las siguientes pruebas moleculares: 1. Xpert Xpress SARS-CoV-2 (Cepheid)9 ; prueba "point of care" molecular automatizada para la detección cualitativa de SARS-CoV-2, que ofrece resultados en 45 minutos. Para su determinación, se necesita del equipo GeneXpert. No se han reportado datos sobre la sensibilidad y especificidad de esta prueba. Actualmente se están corriendo protocolos de validación en Estados Unidos, financiados en parte por el Departamento de Salud y Servicios Sociales de ese país. Esta prueba cuenta con autorización de COFEPRIS. 2. Cobas® (Roche)10; ensayo cualitativo que permite la detección de ácidos nucleicos en muestras de pacientes que cumplen con los criterios clínicos y/o epidemiológicos de COVID-19. Las pruebas son para uso en los sistemas automatizados de alto rendimiento cobas® específicos, los cuales proporcionan hasta 96 resultados en aproximadamente tres horas. No se cuenta con datos de sensibilidad y especificidad específicos de esta prueba para la detección del virus SARS-CoV-2. Esta prueba cuenta con autorización de COFEPRIS. 3. ID NOWTM COVID19 (Abbott)11; prueba molecular rápida in vitro que identifica el ARN del virus SARS-CoV-2 en muestras nasales y nasofaríngeas. Los resultados se obtienen en un lapso de 13 minutos en caso de ser negativos y en 5 en caso de ser positivo. Para su realización se requiere de un pequeño equipo de identificación molecular denominado ID NOW. Aún no se cuenta con información sobre su sensibilidad y especificidad. Esta prueba no está disponible fuera de los Estados Unidos y por ahora la empresa no tiene planes de ofrecerla en otros países, por lo que Abbott no ha iniciado ningún proceso regulatorio en México para esta prueba. El 14 de mayo, la FDA emitió una alerta sobre posibles problemas de precisión de esta prueba, derivado de los resultados falsos negativos que se han presentado. Se investiga si la posible causa podría deberse a los tipos de hisopos utilizados o al tipo de medio de transporte viral. La empresa Abbott se ha comprometido a realizar estudios con diseño adecuado y trabajará en conjunto con la FDA, la cual comunicará públicamente cualquier actualización. Esta prueba no ha sido aprobada por COFEPRIS. Cabe mencionar que ninguna de esas tres pruebas ha sido aprobada por la FDA y han sido autorizadas únicamente bajo la indicación de "Uso de emergencia" para uso en laboratorios certificados para la detección de ácido nucleico del SARS-CoV-2.


Subject(s)
Humans , Pneumonia, Viral/diagnosis , Polymerase Chain Reaction/methods , Coronavirus Infections/diagnosis , Diagnostic Techniques and Procedures/instrumentation , Betacoronavirus/isolation & purification , Technology Assessment, Biomedical , Health Evaluation
17.
Acta bioquím. clín. latinoam ; 54(2): 165-171, jun. 2020. tab
Article in Spanish | LILACS | ID: biblio-1130591

ABSTRACT

Se evaluó la implementación del método de PCR múltiple FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EE.UU.) en 21 niños con infección respiratoria aguda baja, 3 con meningoencefalitis, y un caso de sepsis. Se registraron el tiempo de demora hasta obtener el resultado y adecuar el tratamiento, los días de internación, los patógenos detectados y el costo de la incorporación de esta metodología. En los niños estudiados con FilmArrayTM el resultado estuvo disponible a los 90 minutos desde la toma de la muestra. Se detectaron patógenos no demostrados por los métodos disponibles, como Rhinovirus, además de diagnosticar coinfección viral; el tiempo promedio de estadía resultó 5 días. Se estimó reducir un 40% el costo global de internación. La implementación de FilmArrayTM resultó sencilla y se pudo incorporar a la sistemática de trabajo. Si bien esta experiencia incluyó un bajo número de pacientes, aportó información que demuestra el potencial de esta metodología para un mejor manejo del paciente crítico.


The implementation of multiple PCR FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, USA) for 21 children with low acute respiratory infection, 3 with meningoencephalitis, and 1 case of sepsis was evaluated. Delay time until the result was obtained and the treatment adapted, hospitalization days, pathogens detected and the cost of incorporating this methodology were all recorded. In the children studied with FilmArrayTM the result was available 90 minutes after the sample was taken. Pathogens were not demonstrated by the available methods, such as Rhinovirus, apart from diagnosing viral coinfection, the average length of stay was 5 days. It was estimated to reduce the overall cost of hospitalization by 40%. The implementation of FilmArrayTM was simple and could be incorporated into the work system. Although this experience included a low number of patients, it provided information that demonstrates the potential of this methodology for better management of the critical patient.


Foi avaliada a implementação do método de PCR múltiplo FilmArrayTM (Biofire Diagnostics, LLC, EUA) em 21 crianças com infecção respiratória aguda baixa, 3 com meningoencefalite e um caso de sepse. O tempo de atraso foi registrado até a obtenção do resultado e a adaptação do tratamento, dias de internação, patógenos detectados e o custo da incorporação dessa metodologia. Nas crianças estudadas com o FilmArrayTM, o resultado ficou disponível 90 minutos após a coleta da amostra; foram detectados os patógenos não demonstrados pelos métodos disponíveis, como o Rinovírus, além de diagnosticar a coinfecção viral; o tempo médio de permanência foi de 5 dias. Foi estimado reduzir o custo total da hospitalização em 40%. A implementação do FilmArrayTM foi simples e pôde ser incorporada à sistemática de trabalho. Embora essa experiência tenha incluído um número de pacientes baixo, forneceu informações que demonstram o potencial dessa metodologia para um melhor gerenciamento do paciente crítico.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Infant, Newborn , Infant , Child, Preschool , Child , Rhinovirus , Bacterial Infections/complications , Polymerase Chain Reaction/methods , Infections/diagnosis , Meningoencephalitis , Pediatrics/methods , Therapeutics , Polymerase Chain Reaction , Costs and Cost Analysis , Methodology , Hospitalization , Infections , Length of Stay , Methods
20.
Arq. neuropsiquiatr ; 78(3): 163-168, Mar. 2020. tab
Article in English | LILACS | ID: biblio-1098075

ABSTRACT

Abstract Herpes simplex virus (HSV) is a cause of a severe disease of the central nervous system (CNS) in humans. The demonstration of specific antibodies in the cerebrospinal fluid (CSF) may contribute to the retrospective neurological diagnosis. However, the commercial immunological tests for HSV infection are for use in serum samples. Objective: The aim of the present study was to adapt a commercial kit anti-HSV IgG used for serum samples to be performed with a CSF sample. Methods: Forty CSF specimens from 38 patients with suspected CNS HSV infection were serially diluted for detecting anti-HSV IgG by enzyme immunoassay (EIA). The same samples were also analyzed with the polymerase chain reaction (PCR). Results: The sensitivity of EIA test for HSV was 5% (dilution 1:40) and 65% (dilution 1:2) in CSF, and HSV DNA PCR was 15%. The combined analysis of EIA (dilution 1:2) and PCR increased the sensitivity up to 72.5%. The inflammatory CSF was associated with positive HSV PCR. Conclusions: We demonstrated the importance to adapt serological anti-HSV IgG EIA test for CSF assays to increase the accuracy of the analysis, considering the low concentration of specific antibodies in CSF.


Resumo O vírus herpes simples (HSV) é um dos agentes causadores de uma doença grave no sistema nervoso central (SNC) em humanos. A detecção de anticorpos específicos no líquido cefalorraquidiano (LCR) pode contribuir para o diagnóstico neurológico retrospectivo. Entretanto, os testes imunológicos comerciais são para uso em amostras de soro. Objetivo: Adaptar um kit comercial sorológico anti-HSV IgG para ser utilizado no de LCR. Metodos: Quarenta amostras de LCR de 38 pacientes com suspeita de infecção por HSV no SNC foram diluídas pesquisa de anticorpos anti-HSV IgG pelo método imunoenzimático (EIA). Além disso, as mesmas amostras também foram analisadas por reação em cadeia da polimerase (PCR). Resultados: A sensibilidade do teste EIA para o HSV consistiu em 5% (diluição 1:40) e 65% (diluição 1:2) no LCR, e o PCR do DNA do HSV, 15%. A análise combinada de EIA (diluição 1:2) e PCR aumentou a sensibilidade para 72,5%. Houve associação entre presença do LCR inflamatório e PCR positiva para HSV. Conclusões: Demonstramos a importância na adaptação previa do teste sorológico anti-HSV IgG EIA para ensaios do no LCR, a fim de aumentar a acuracia da análise, considerando a baixa concentração de anticorpos específicos no LCR.


Subject(s)
Humans , Male , Female , Adult , Middle Aged , Cerebrospinal Fluid/virology , Simplexvirus/isolation & purification , Herpes Simplex/diagnosis , Herpes Simplex/virology , Antibodies, Viral/cerebrospinal fluid , Viral Proteins , DNA, Viral/genetics , Polymerase Chain Reaction/methods , Retrospective Studies , Simplexvirus/genetics , DNA-Directed DNA Polymerase/genetics , Exodeoxyribonucleases , Herpes Simplex/cerebrospinal fluid , Nervous System
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