Estudo epidemiológico da diarreia aguda, correlação com etiologia viral e antígenos do grupo histo-sanguíneo em crianças ≤ 5 anos atendidas no Hospital da Criança de Santo Antônio em Boa Vista, Roraima, 2016-2017 / Epidemiological study of acute diarrhea, correlation with viral etiology and antigens of the histo-blood group in children ≤ 5 years old attended at the Hospital da Criança of Santo Antônio in Boa Vista, Roraima, 2016-2017

Neste estudo avaliamos o impacto das doenças diarreicas agudas (DDA) associadas aos rotavírus A (RVA), norovírus, adenovírus (HAdV), sapovírus (SaV), bocavírus (HBoV) e astrovírus (HAstV) em crianças ≤ 5 anos atendidas na emergência do Hospital da Criança de Santo Antônio (HCSA), Boa Vista, Roraima (RR), no período de outubro de 2016 a outubro de 2017. Foram coletadas, paralelamente, amostras de fezes e de saliva de 734 crianças sendo 485 com DDA e 249 com infecção respiratória aguda (IRA, grupo controle). O estudo teve a aprovação do CEP:1.333.480, 23/11/2015, UFRR. Os RVA, norovírus, HAdV, SaV e HBoV foram pesquisados nas 734 amostras de fezes e HAstV em 170 amostras de crianças com DDA. Adicionalmente, a presença dos HBoV foi também investigada em 38 amostras de saliva sendo 25 de crianças com DDA e 13 IRA. O perfil de susceptibilidade AB0, Lewis e secretor dos antígenos do grupo histosanguíneo (HBGA) foi determinado para todas as 734 crianças em salivas pela fenotipagem e em amostras de salivas pela genotipagem, sendo para o gene FUT2 em 166 amostras e para FUT3 em 42 amostras. Os aspectos clínicos, epidemiológicos e a cobertura da vacina Rotarix® (RV1) foram também avaliados. Os RVA, norovírus e SaV foram investigados pela metodologia de transcrição reversa seguida de amplificação genômica quantitativa (RT-qPCR); os HBoV e HAdV pela amplificação genômica quantitativa (qPCR) e os HAstV por amplificação genômica qualitativa (RT-PCR). A genotipagem dos HBoV e a detecção/genotipagem dos HAstV foi realizada pela PCR seguida de sequenciamento nucleotídico (método Sanger). O Ensaio imunoenzimático (EIA) e a amplificação genômica específica (PCR-touchdown), seguida de sequenciamento nucleotídico (Sanger) foram utilizadas respectivamente para a fenotipagem e genotipagem dos HBGA.

Nas crianças com DDA (n=485), observou-se as seguintes frequências virais: RVA (22,7%), norovírus (38%), HAdV (33,6%), SaV (7,3%) e HBoV (14,2%). Nas crianças com IRA (n=249), observou as seguintes frequências: RVA (19,3%), norovírus (21,3%), HAdV (39,5%), SaV (5,6%) e HBoV (14,1%). O perfil de detecção do HBoV nas 76 amostras de saliva e fezes pareadas foi diferente e correlacionado com os genótipos 1 a 3 detectados. Quanto aos HAstV, nas 170 amostras investigadas, observou-se as seguintes frequências e genótipos: HAstV clássicos: HAstV3 (0,60%) e HAsV5 (1,8%); HAstV não clássicos: HAstVMLB1-2 (3,5%), sendo esta a primeira descrição do HAstVMLB2 no Brasil. A cobertura vacinal para RV1 calculada foi de 61% e crianças vacinadas na faixa etária entre 6 e 24 meses apresentaram frequências mais elevadas de infecção pelo RVA. As 734 crianças apresentaram majoritariamente (54.5%) o perfil Lea+b+ (fraco secretor) e polimorfirmos de nucleotídico único (SNPs) foram detectados nos genes FUT2 e FUT3. Foi detectada susceptibilidade (HBGA) para a infecção pelos HAdV em crianças com IRA, perfil fraco secretor e grupo sanguíneo A ou O, de acordo com valores de Odds Ratio (OR) calculado. As frequência dos vírus detectados principalmente para os norovírus e HAdV em crianças com DDA, demostram a importância da etiologia viral nas DDA em crianças ≤ 5 anos de idade no período do estudo e podem estar relacionadas ao fator de susceptibilidade ao HBGA (incluindo heterogeneidade genética) e a baixa cobertura de RV1. (AU)

Genetic identification of astroviruses in wild boars

Astroviruses are widely detected in pigs but their detection in wild boars is rather sporadic. In this study, astroviruses were detected in organ homogenates of wild boars by applying nested reverse transcriptase polymerase chain reaction, and the typing was carried out by phylogenetic analysis. Overall, 30/200 (15.0%) homogenates were positive for astroviruses. Genetic typing revealed that of 13 amplicons analyzed, 8 were typed as porcine astrovirus lineage 2 (PAstV-2), 2 as lineage 4 (PAstV-4), 2 identical sequences were grouped with chicken astrovirus, and 1 sequence belonged to a bat astrovirus lineage. This first identification of chicken and bat astroviruses in wild boars indicates interspecies transmission.

Detection of enteric viruses in pancreas and spleen of broilers with runting-stunting syndrome (RSS) / Detecção de vírus entéricos em pâncreas e baço de frangos com a síndrome de nanismo e raquitismo (RSS)

Enteric disease is a multifactorial problem in chickens, which causes gastrointestinal alterations, elevated feed conversions and impairment. In the last years, several enteric viruses were implicated in enteric disease; case reports have shown their presence alone or in concomitant infections during outbreaks and have suggested that they might be determining factors in the aetiology of enteric disease. This study shows high detection rates of enteric viruses in the pancreas and spleen in samples from an outbreak of enteritis and malabsorption in 16 chicken flocks (n=80 broilers). Avian nephritis virus (ANV) was the most ubiquitous virus, present in 75% of the flocks followed by avian rotavirus group A (ART-A) with 68.75%, and by chicken astrovirus (CAstV) and chicken parvovirus (ChPV) in 43.75% of samples. Viruses were present in the pancreas of positive flocks at extremely high rates: 100% for ART-A, 91.7% for ANV, 100% for CAstV and 57.14% for ChPV. By contrast, only 16.7% and 57.14% of intestine samples were positive for ANV and CAstV, respectively. Avian reovirus (AReo) and avian adenovirus group 1 (FAdV-1) were not detected. These results suggest that high viral detection rates in pancreas samples may be a result of viremia during enteric disease, with subsequent damage of the exocrine pancreas, leading to runting-stunting syndrome (RSS).(AU)

A doença entérica é um problema multifatorial em galinhas que causa alterações gastrointestinais, conversão alimentar elevada e deficiência de crescimento. Nos últimos anos, os vírus entéricos foram associados à doença entérica; casos reportados mostraram a infecção de um único vírus e também infecções concomitantes durante os surtos sugerindo a presença de múltiplos fatores etiológicos nas doenças entéricas. Este estudo mostra uma alta taxa de detecção dos vírus entéricos em amostras de pâncreas e baço de um surto de enterite e má-absorção em 16 lotes de frangos (n=80 frangos). O vírus de nefrite aviária (ANV) foi o vírus mais detectado, estando presente em 75% dos lotes seguido pelo rotavírus aviário grupo A (ART-A) em 68,75% dos casos, e pelo astrovirus (CAstV) e parvovírus aviários (ChPV), ambos em 43,75% das amostras. Os vírus estavam presentes no pâncreas dos lotes positivos em percentuais elevados: 100% para ART-A e CAstV; 91,7% para ANV, e em 57,14% para ChPV. Em contraste, somente 16,7% e 57,14%, em amostras de intestino, foram positivos para ANV e CAstV, respectivamente. Reovírus aviário (AReo) e o adenovírus do grupo 1 (FAdV-1) não foram detectados. Estes resultados sugerem que os elevados percentuais de vírus detectados em amostras de pâncreas podem estar associados à viremia durante a doença entérica, com subsequente lesão no pâncreas exócrino das aves levando ao desenvolvimento da síndrome de nanismo e raquitismo.(AU)

An unusual case of concomitant infection with chicken astrovirus and group A avian rotavirus in broilers with a history of severe clinical signs

A molecular study of intestinal samples from 21 broiler flocks with a history of enteritis revealed that 23.8% and 14.3% were positive for chicken astrovirus (CAstV) and avian rotavirus (ARV), respectively. CAstV and group A ARV were simultaneously detected in only one broiler flock. Birds in this group developed the significant intestinal lesions characterized by frothy contents, paleness, and thin intestinal walls. In this report we present an unusual case of runting stunting syndrome (RSS) with a history of high mortality and growth retardation in broiler chickens. We also make the first identification of CAstV and group A ARV in broiler chickens in Korea.

Astrosvirus infection children in Lagos, Nigeria

A preliminary investigation was conducted to screen for astrovirus in Lagos. Two hundred and fifteen (215) faecal samples collected from children under 5 years old with diarrhoea (161) and without diarrhoea (54) admitted at paediatric clinics in Lagos State were studied. The stool specimens were examined for the presence of human astrovirus antigen using a monoclonal antibody-based ELISA (Astrovirus RIDASCREEN® r-Biopharm, Germany) technique. Astrovirus was detected in 40.4 percent(65/161) of the diarrhoeal stools compared to 11.1 percent (6/54) of the control specimens. Astrovirus was found to infect younger children and about three quarter of the children infected was under 12 months of age. The prevalence of infection decreases with age group and was statistically significant (P = 0.0470). Although, prevalence of infection is more in males than females but this is not significant. This study shows that astrovirus is an important agent of acute gastroenteritis among children in Lagos state

Epidemiological aspects of astrovirus and coronavirus in poults in the South Eastern Region of Brazil / Aspectos epidemiológicos associados à prevalência de Astrovirus e Coronavirus em lotes de perus da Região Sudeste do Brasil

A survey of Turkey Coronavirus (TCoV) and Astrovirus (TAstV-2) prevalence was carried out from February to December during 2006 year in semiarid region of Brazil, from a turkey producer area, localized in South Eastern of Brazil. To asses the risk factor related to clinical material, climatic condition and type of RT-PCR applied, cloacal swabs (CS), faeces, sera, bursa of Fabricius (BF), thymus (TH) and spleen (SP) and ileum-caeca region were collected from 30-day-old poults suffering of enteritis episode characterized as poult enteritis mortality syndrome (PEMS). The PEMS clinical features were characterized by watery to foamy faeces, light brown-yellow in colour and low mortality rate. Meteorological data (rainfall and relative humidity) observed during along the study presented monthly average temperature ranging from 39.3 and 31.2ºC, precipitation in rainy season from 40 to 270.3 mm/month, and no rain during dry season. Simplex RT-PCR gave odds ratio (OR) values suggesting that ileum-caeca region is at higher chance (OR=1.9; p=0.9741) to have both viral RNA than faeces (OR=1.5; p=0.7319). However, multiplex RT-PCR showed 3.98 (p=0.89982) more chance to give positive results in faeces than CS at dry season. The major risk factors seem to be low rate of humidity and high temperatures at winter, probably responsible for spread, easily, the TCoV and TAstv-2 among the flocks. The positive results of both virus suggested that they can play an important role in enteric disorders, associated to low humidity and high temperatures frequently found in tropical countries.

O presente estudo foi conduzido para avaliar a prevalência do Coronavirus dos perus (TCoV) e Astrovirus tipo 2 (TAstV-2) entre os meses de Fevereiro a Dezembro de 2006, em uma região produtora localizada no semi-árido a Sudeste do Brasil. Os principais fatores de risco associado a prevalência foram material clínico analisado, condições climáticas e tipo de técnica molecular empregada. Os sinais clínicos foram caracterizados como intenso fluido intestinal e baixo crescimento em aves jovens, sendo o material coletado swabs cloacais, fezes, soros, bursa de Fabrícius, segmentos do intestino delgado, timo e baço. Os dados meteorológicos (índice pluviométrico e umidade relativa) desta região, durante o período de estudo, foram de temperatura média mensal variando de 39.3 a 31.2ºC, precipitação na época chuvosa variando de 40 a 270.3mm/mês e ausência de chuva na estação fria e seca. A técnica de simplex RT-PCR resultou em valores de odds ratio (OR) que sugerem que a região do intestino delgado (junção íleo-cecal) possui alta chance (1.9 vezes) de gerar resultados positivos na amplificação de RNA viral que as fezes (1.5 vezes) analisadas. A técnica de multiplex RT-PCR demonstrou ser 3.98 vezes mais eficiente em promover resultados positivos nas fezes que nos swabs cloacais, durante a época de inverno. Os maiores fatores de risco encontrados foram baixa umidade relativa associada a altas temperaturas, durante a estação seca, o que pode permitir uma maior disseminação aérea do ambos os vírus entre os lotes estudados. A alta prevalência detectada para dois vírus sugerem que, no Brasil, estes representam os maiores responsáveis pelos surtos de enterite viral nas regiões semi-áridas, associado a baixas umidades e altas temperaturas típicas de países tropicais.