RESUMEN
Phylogenetic analysis through morphological and cultural traits is considered inconsistent and hard to be scientifically accepted once there is no way to establish the direction of evolution on morphological traits. Molecular markers are suitable for phylogenetic analysis. The sequencing of ITS1 and ITS2 (internal transcribed spacers) regions and of 5.8S gene from ribosomal DNA were used to estimate the genetic variation and distance of 10 Phytophthora capsici isolates. The amount of genetic variation amongst isolated P. capsici from distinct regions of São Paulo State was 0.1 to 1.6 and 0.1 to 1.1% at ITS1 and ITS2, respectively, and a phylogenetic distance of about 78.5% between P. capsici and Phytophthora spp. was observed
Análise filogenética através de características morfológicas e culturais é considerada inconsistente e de difícil aceitação cientiífica, uma vez que não há como estabelecer a direção da evolução de caracteres morfológicos. Os mMarcadores moleculares são mais apropriados para análises filogenéticas. O seqüeênciamento das regiões ITS1 e ITS2 (Internal Transcribed Spacer) e o gene 5.8S rDNA forami utilizados para estimar a variação e a distância genética entre 10 isolados de Phytophthora capsici. A quantidade de variação genética entre os isolados de P. capsici de diferentes regiões do estadoEstado de São Paulo foi de 0,1% a 1,6% e de 0,1% a 1,1% nas regiões ITS1 e ITS2, respectivamente, e uma distância filogenética de 78,5% entre os isolados de P. capsici e Phytophthora spp