Effectiveness of Whole-Exome Sequencing for the Identification of Causal Mutations in Patients with Suspected Inherited Ocular Diseases

ABSTRACT Background: Genetic eye disorders, affecting around one in 1000 people, encompass a diverse group of diseases causing severe visual deficiency. The recent adoption of next-generation sequencing techniques, including whole-exome sequencing (WES), in medicine has greatly enhanced diagnostic rates of genetically heterogeneous diseases. Objectives: The objectives of the study were to assess the diagnostic yield of WES in a cohort of Mexican individuals with suspected genetic eye disorders and to evaluate the improvement of diagnostic rates by reanalysis of WES data in patients without an initial molecular diagnosis. Methods: A total of 90 probands with ocular anomalies of suspected genetic origin were ascertained. Patients underwent WES in leukocytic DNA. Bioinformatics analysis and Sanger sequencing were used to confirm the disease-causing variants. Only variants identified as pathogenic or likely pathogenic were considered as causal. Results: Initial analysis revealed causal mutations in 46 cases (51%). Reanalysis of WES data 12 months after first analysis resulted in the identification of additional causal variants in 6 patients (7%), increasing the molecular diagnostic yield to 58%. The highest diagnostic rates by disease categories corresponded to hereditary retinal dystrophies (77%) and to anomalies of the anterior segment of the eye (47%). Conclusion: Our study demonstrates that WES is an effective approach for genetic diagnosis of genetic ocular diseases and that reanalysis of WES data can improve the diagnostic yield.

Genetic variability of Tropical Milking Criollo cattle of Mexico estimated from genealogy information / Variabilidad genética de la raza bovina criolla Lechero Tropical de México estimada a partir de información genealógica / Variabilidade genética da raça bovina crioula Leiteiro Tropical do México estimada a partir de informação genealógica

Abstract Background: Genetic variability of populations is essential for their genetic conservation and improvement, and genealogy analysis is a useful tool to estimate it. Objective: To determine genetic variability and inbreeding levels in Tropical Milking Criollo (LT). Methods: This study analyzed the genealogy of LT using the ENDOG software. Registration certificates of 3,427 LT animals born between 1945 and 2013, and from 608 born between 1950 and 2013 were used. Two populations were defined: the first one with all registered animals (PLT), and the second with nucleus animals (PCP). Results: Estimates for PLT and PCP were: founders 890, 114; ancestors 855, 102; effective founders 111, 43; effective ancestors 72, 26, and effective population size 68.1 and 64.6, respectively. Inbreeding coefficients were 4.32 and 3.48% for the highest genetic integrity index; and the average relatedness (AR) coefficients were 1.19 and 5.55 for PLT and PCP, respectively. Genealogy depth was shallow in both populations, with full equivalent generations of 2.00 and 3.53. Global generation intervals were about seven years. Conclusions: The LT population is not endangered and its genetic improvement program should continue.

Resumen Antecedentes: la variabilidad genética de las poblaciones es esencial para su conservación y mejora genética, y el análisis de genealogía es útil para estimarla. Objetivo: determinar la variabilidad genética y los niveles de consanguinidad en la raza criolla Lechero Tropical (LT). Métodos: el estudio analizó la genealogía de la raza criolla LT con el programa ENDOG v4.8. Se utilizaron 3.427 registros de animales LT nacidos entre 1945 y 2013, y de 608 nacidos entre 1950 y 2013. Se definieron dos poblaciones, una que incluye todos los animales registrados (PLT) y otra solamente con los animales provenientes del núcleo genético (PCP). Resultados: en la PLT y PCP se estimaron animales fundadores 890, 114; ancestros 855, 102; número efectivo de fundadores 111, 43; número efectivo de ancestros 72, 26, y tamaño efectivo de población 68,1, 64,6, respectivamente. Para la categoría más alta de índice de integridad genética, los coeficientes de consanguinidad fueron 4,32 y 3,48%; y el coeficiente medio de relación global (AR) fue 1,19 y 5,55 para PLT y PCP, respectivamente. La profundidad de la genealogía en ambas poblaciones fue superficial con generaciones completas equivalentes de 2,00 y 3,53. Los intervalos generacionales globales fueron cercanos a siete años. Conclusiones: la población LT no se encuentra en riesgo de extinción y puede continuar con su programa de mejora genética.

Resumo Antecedentes: a variabilidade genética das populações é essencial para sua conservação e melhora genética e a análise da genealogia é útil para estimá-la. Objetivo: determinar a variabilidade genética e os níveis de consanguinidade na raça crioula Leiteiro Tropical (LT). Métodos: o estudo analisou a genealogia da raça crioula LT com o programa ENDOG v4.8. Foram utilizaram 3.427 registros de animais LT nascidos de 1945 a 2013, e de 608 nascidos entre 1950 e 2013. Foram definidas duas populações, uma que inclui todos os animais registrados (PLT) e outra somente com os animais provenientes do núcleo genético (PCP). Resultados: na PLT e PCP foram estimados animais fundadores 890, 114; ascendentes 855, 102; número efetivo de fundadores 111, 43; número efetivo de ascendentes 72, 26 e tamanho efetivo da população 68,1, 64.6, respectivamente. Para a categoria mais alta de índice de integridade genética os coeficientes de consanguinidade foram 4,32 e 3,48%; o coeficiente médio da relação global (AR) foi 1,19 e 5,55 para PLT e PCP, respectivamente. A profundidade da genealogia em ambas populações foi superficial com gerações completas equivalentes de 2,00 e 3,53. Os intervalos geracionais globais foram próximos a sete anos. Conclusões: a população LT não se encontra em risco de extinção e pode continuar com seu programa de melhoria genética.

Comparación del efecto antihipertensivo de verapamil y atenolol / Comparison of the antihypertensive effect of verapamil and atenolol

Se realizó un estudio clínico en tres centros hospitalarios, en 24 pacientes con hipertensión arterial esencial grados I o II de la clasificación de la OMS, 14 mujeres y 10 hombres, con edad promedio de 47.5 años. El estudio fue doble ciego cruzado utilizando placebo, verapamil 240 mg y atenolol 100 mg al día, en cápsulas de idéntica presentación. El tiempo total de estudio fue de 12 semanas en cada paciente, dos semanas de "lavado" previo, cuatro semanas de uno de los medicamentos, un segundo "lavado" de dos semanas y otro periodo de tratamiento de otras cuatro semanas con el medicamento alterno. Se revisó a los pacientes en la consulta externa y se efectuaron análisis de laboratorio de rutina, radiografía de tórax inicial, electrocardiogramas y ecocardiogramas modo M y bidimensional, antes y después de la administración de cada fármaco. Se logró el control de la hipertensión en el 80 por ciento de los pacientes con verapamil y en el 71 por ciento con atenolol, sin diferencia significativa entre ellos, tanto en clino como en ortostatismo. La frecuencia cardíaca disminuyó en forma moderada, siendo mayor la disminución con atenolol. Se presentó bradicardia sinusal en tres casos con verapamil y en cuatro con atenolol. En ninguna ocasión apareción bloqueo A-V en el ECG. No hubieron efectos adversos con el verapamil y sólo en un paciente con atenolol. No se presentaron alteraciones en los ecocardiogramas ni en los análisis de laboratorio. Por el presente estudio se concluye que tanto el verapamil como el atenolol lograron el control adecuado de la hipertensión en la mayoría de los enfermos, sin efectos indeseables con el primero y mínimos con el segundo, sin acción inotrópica negativa jusgada por escocardiografía