Surveillance of Shiga toxin-producing Escherichia coli associated bloody diarrhea in Argentina / Vigilancia de diarrea sanguinolenta asociada a Escherichia coli productor de toxina Shiga en Argentina

Abstract In Argentina, hemolytic uremic syndrome (HUS) caused by Shiga toxin-producing Escherichia coli (STEC-HUS) infection is endemic, and reliable data about prevalence and risk factors have been available since 2000. However, information about STEC-associated bloody diarrhea (BD) is limited. A prospective study was performed during the period October Surveillance; 2018-June 2019 in seven tertiary-hospitals and 18 referral units from different regions, aiming of STEC-HUS cases in the same hospitals and during the same period were also assessed. Twenty-nine (4.1%) of the BD patients were STEC-positive, as determined by the Shiga Toxin Quik Chek (STQC) test and/or the multiplex polymerase chain reaction (mPCR) assay. The highest fre-quencies were found in the Southern region (Neuquén, 8.7%; Bahía Blanca, 7.9%), in children between 12 and 23 month of age (8.8%), during summertime. Four (13.8%) cases progressed to HUS, three to nine days after diarrhea onset. Twenty-seven STEC-HUS in children under 5 years of age (77.8%) were enrolled, 51.9% were female; 44% were Stx-positive by STQC and all by mPCR. The most common serotypes were O157:H7 and O145:H28 and the prevalent geno-types, both among BD and HUS cases, were sfx2a-only or -associated. Considering the endemic behavior of HUS and its high incidence, these data show that the rate of STEC-positive cases is low among BD patients. However, the early recognition of STEC-positive cases is important for patient monitoring and initiation of supportive treatment.

Resumen En Argentina, el síndrome urémico hemolítico asociado a Escherichia coli productor de toxina Shiga (STEC-SUH) es endémico y, desde 2000, de notificación obligatoria. Sin embargo, la información sobre diarrea sanguinolenta (DS) asociada a STEC (DS-STEC) es limitada. Se realizó un estudio prospectivo desde octubre de 2018 hasta junio de 2019 en siete hospitales de tercer nivel y 18 unidades de referencia de diferentes provincias argentinas, con el objetivo de determinar la frecuencia de casos de DS-STEC en 714 niños de 1 a 9 años que tuvieron DS (I) y la tasa de progresión de DS a SUH en dicha cohorte (II). También se evaluó el número y distribución regional de casos de STEC-SUH en los mismos hospitales en dicho período. Veintinueve casos de DS (4,1%) fueron STEC-positivos, determinados por Shiga Toxin Quik Chek (STQC) o PCR múltiple (mPCR). Las frecuencias más altas se encontraron en el sur del área relevada (Neuquén, 8,7%; Bahía Blanca, 7,9%), en niños de 12 a 23 meses (8,8%), en verano. Cuatro casos de DS-STEC (13,8%) progresaron a SUH, de tres a nueve días después del inicio de la diarrea. Se registraron 27 niños con STEC-SUH, estos fueron mayoritariamente <5 anos (77,8%) del sexo femenino (51,9%). El 44% de estos casos fueron Stx-positivos por STQC y todos por mPCR. Los serotipos más comunes fueron O157:H7y O145:H28, y el genotipo predominante fue stx2a, solo o asociado, en DS y SUH. Considerando el comportamiento endémico del SUH y su alta incidencia, estos datos muestran que la tasa de casos de DS-STEC es baja. Sin embargo, su reconocimiento temprano es importante para el seguimiento e inicio del tratamiento de sostén.

Desarrollo y validación de una PCR múltiple para el diagnóstico de Bordetella spp / Development and validation of a multiplex PCR for diagnosis of Bordetella spp / Desenvolvimento e validação de uma PCR múltipla para o diagnóstico de Bordetella spp

El objetivo del trabajo consistió en diseñar y validar una PCR en formato convencional que permita confirmar la presencia o ausencia de Bordetella pertussis y detectar otras especies del género, como Bordetella parapertussis y Bordetella bronchiseptica, que pudieran estar involucradas en el cuadro clínico de coqueluche. A tal fin se diseñó una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) múltiple que amplifica una secuencia del promotor del gen de Toxina Pertussis y otra del gen de la Toxina Adenilato Ciclasa-Hemolisina. Se validó la metodología siguiendo esquemas publicados anteriormente. Se optimizaron las condiciones de la PCR. Se validó la metodología obteniéndose un límite de detección para ambas secuencias de 0,5 bacterias por reacción. Se validó, además, la especificidad y robustez de la técnica. Se presenta una nueva herramienta diagnóstica optimizada y validada, que permite detectar la presencia de las especies de Bordetella más frecuentemente involucradas en el cuadro clínico de coqueluche. Su uso combinado con alguna de las PCR habituales en diagnóstico, como la PCR IS481, permite aumentar la sensibilidad del diagnóstico de esta en­fermedad, la especificidad del mismo discriminando los resultados falsos positivos/negativos y aumentar el conocimiento sobre los agentes etiológicos implicados en esta patología.

The aim of the present work was to design and validate a conventional PCR that enables to confirm the presence or absence of Bordetella pertussis and to detect other Bordetella species, such as Bordetella parapertussis metoand B. bronchiseptica, that may be involved in this pathology. To this aim, a multiplex PCR that amplifies a sequence of the promoter of the Pertussis Toxin gene and a sequence of the Adenylate Cyclase Toxin-Hemolysin gene were designed. The PCR was validated following previously published schemes. PCR conditions were optimized. The methodology was validated obtaining a detection limit of 0.5 bacteria per reaction, for both sequences. Specificity and robustness of the technique were also validated. A new optimized and validated tool to detect the presence of the Bordetella species most frequently responsible of pertussis was presented. The combined use with some of the usual PCR, such as IS 481, may increase the sensitivity of the diagnosis of this disease, its specificity discriminating false positive/negative results and increase awareness of the etiologic agents involved in this pathology.

O objetivo do trabalho foi desenhar e validar uma reação em cadeia da polimerase (PCR) em formato convencional que permita confirmar a presença ou ausência de Bordetella pertussis e detectar outras espécies do gênero, como Bordetella parapertussis e Bordetella bronchiseptica, que pudessem estar envolvidas no quadro clínico de coqueluche. Para tal, foi desenhada uma PCR múltipla que amplifica uma sequência do promotor do gene de Toxina Pertussis e outra do gene da Toxina Adenilato Ciclase-Hemolisina. A metodologia foi validada seguindo esquemas publicados anteriormente. Foram otimizadas as condições da PCR. Validou-se a metodologia obtendo-se um limite de detecção para ambas as sequências de 0,5 bactérias por reação. Validou-se também a especificidade e robustez da técnica. Apresenta-se uma nova ferramenta diagnóstica otimizada e validada, que permite detectar a presença das espécies de Bordetella mais frequentemente envolvidas no quadro clínico de coqueluche. Seu uso combinado com alguma das PCR habituais em diagnóstico, como a PCR IS481, permite aumentar a sensibilidade do diagnóstico desta doença, a especificidade do mesmo discriminando os resultados falsos positivos/negativos e aumentar o conhecimento sobre os agentes etiológicos envolvidos nesta patologia.

Desempeño de la prueba de inmunofluorescencia directa en el diagnóstico del virus Influenza A(H1N1) / Direct immunofluorescence assay performance in diagnosis of the Influenza A(H1N1) virus

El 25 de abril de 2009, a menos de un mes de la detección en México del primer humano con virus Influenza A(H1N1), la enfermedad ya se había propagado a más de 40 países superando los 10 000 casos notificados. Dada su naturaleza impredecible, este tipo de virus requiere métodos diagnósticos apropiados, confiables y seguros, pero que también estén al alcance de los laboratorios clínicos. Mediante el estudio de 291 muestras de pacientes con sospecha de infección por virus Influenza A(H1N1) en Neuquén, Argentina, el presente trabajo compara los dos métodos de diagnóstico utilizados simultáneamente: la prueba de inmunofluorescencia directa (DFA) y la de reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real (RT-PCR). La DFA dio una sensibilidad de 44,4 por ciento, especificidad de 99,6 por ciento, valor predictivo positivo de 95,2 por ciento y valor predictivo negativo de 90,7 por ciento. Los resultados positivos de la metodología pueden considerarse verdaderos positivos. Un resultado negativo no excluye la presencia del virus y la muestra debe examinarse mediante RT-PCR. Del total de 291 muestras, 45 resultaron positivas por RT-PCR y 21 por DFA.

By 25 April 2009, less than one month after the first human with Influenza A(H1N1) virus was detected in Mexico, the disease had already spread to more than 40 countries, with over 10 000 cases reported. Due to its unpredictability, this type of virus requires appropriate, reliable, and safe diagnostic methods that are also accessible to clinical laboratories. Through the analysis of 291 samples taken from patients with suspected Influenza A(H1N1) virus infection in Neuquén, Argentina, this study compares the two diagnostic methods used simultaneously: direct immunofluorescence assay (DFA) and real-time polymerase chain reaction (RT-PCR). DFA had a sensitivity of 44.4 percent, a specificity of 99.6 percent, a positive predictive value of 95.2 percent, and a negative predictive value of 90.7 percent. Positive results obtained with this method can be considered true positives. A negative result does not rule out the presence of the virus. In this case, the sample should be examined by RT-PCR. Out of a total of 291 samples, there were 45 positive results with RT-PCR and 21 positive results with DFA.

Articulo original: desempeño de la prueba de inmunofluorescencia directa en el diagnostico del virus influenza A(H1N1)

El 25 de abril de 2009, a menos de un mes de la detección en México del primer humano con virus InfluenzaA(H1N1), la enfermedad ya se había propagado a más de 40 países superando los 10 000 casos notificados. Dada su naturaleza impredecible, este tipo de virus requiere métodos diagnósticos apropiados, confiables y seguros, pero que también estén al alcance de los laboratorios clínicos.