In silico analysis of genomic variables associated to HPV16 integration sites / Análisis in silico de variables genómicas asociadas a sitios de integración de HPV16

Background: Despite current prophylactic interventions, a significant proportion of patients suffers a cancer-specific mortality, leading to a global awareness of the importance of identifying factors associated to the etiology of HPV-associated cancer. According to this, HPV-DNA integration into human genome is an important event in the pathogenesis. Purpose: To identify in silico, molecular regions of the genome where the HPV integration events occur Methods: We performed a bioinformatic study based on a systematic search in Medline through PubMed, Embase and Lilacs from inception to April 2019. We used the UCSC Genome Browser Home (https://genome.ucsc.edu) to evaluate the genetic environment. Results: HPV integration sites by anatomical location related to cervical cancer were 374 (61%). In addition, 325 (87%) of these integration sites had HPV-16, 21 (5%) had HPV-18 and 28 (7%) had another type of genotype. Oro-pharyngeal cavity was the second anatomic site with 162 (26%) integration sites. It is noteworthy that the HPV-16 was found integrated into 160 (99%) analyzed sites. Conclusion: Our results suggest that many of the integration sites reported in the scientific literature are HPV 16 from squamous cell carcinomas and 50% of HPV16 were integrated into transcriptional units that might affect the expression of gene target.

Antecedentes: A pesar de las intervenciones profilácticas actuales, una proporción significativa de pacientes muere debido al cáncer, lo que aumenta la conciencia global de la importancia de identificar los factores asociados a la etiología del cáncer asociado al VPH. Según esto, la integración del ADN-VPH en el genoma humano es un evento importante en la patogénesis. Propósito: Identificar in silico, las regiones moleculares del genoma donde ocurren los eventos de integración del VPH Métodos: Realizamos un estudio bioinformático basado en una búsqueda sistemática en Medline a través de PubMed, Embase y Lilacs desde el inicio hasta abril de 2019. Utilizamos el UCSC Genome Browser Home (https://genome.ucsc.edu) para evaluar el entorno genético. Resultados: Los sitios de integración del VPH relacionados con el cáncer de cuello uterino fueron 374 (61%). Además, 325 (87%) de estos sitios de integración tenían VPH-16, 21 (5%) tenían VPH-18 y 28 (7%) tenían otro tipo de genotipo. La cavidad orofaríngea fue el segundo sitio anatómico con 162 (26%) sitios de integración. Es de destacar que el VPH-16 se encontró integrado en 160 (99%) sitios analizados. Conclusión: Nuestros resultados sugieren que muchos de los sitios de integración reportados en la literatura científica que presentan al VPH-16 son carcinomas de células escamosas y que el 50% de estos VPH-16 se integraron en unidades transcripcionales que podrían afectar la expresión de algún gen objetivo.

Detección del virus Epstein Barr en escolares adolescentes en la ciudad de Cali, Colombia / Detection of epstein barr virus in adolescent students in the city of cali, colombia

Objetivo: Detectar el virus Epstein-Barr en estudiantes de secundaria entre los 14 y 17 años de la ciudad de Cali, Colombia y su posible asociación con la edad, sexo y grado escolar. Métodos: Estudio retrospectivo de corte transversal en donde se analizaron 374 muestras de saliva, tomadas entre el año 2015 y 2016, mediante PCR convencional y PCR en Tiempo real. Se evalúo la asociación entre la detección del ADN viral y las características demográficas, además de un análisis de razón de oportunidades para evaluar la medida de la asociación. Resultados: El ADN viral fue detectado en el 45% (167/374) de las muestras orales, encontrándose una presencia viral mayor en los escolares de los grados octavo y noveno (p=0,004); en donde los estudiantes de 14 años presentaron un riesgo de 2,4 veces mayor para la detección del virus (IC 95%:1,12-4,9) en comparación con los estudias de más edad. Conclusión: En el presente estudio se evidencio la exposición del VEB en la cavidad oral de estudiantes de secundaria, lo cual hace necesario que se tomen acciones de vigilancia que permitan monitorear las implicaciones de estos hallazgos en la salud de los escolares.

Objective: To detect the Epstein Barr virus in adolescent students between 14 and 17 years old in the city of Cali, Colombia and its possible association with age, gender and school grade. Methods: Retrospective cross-sectional study where 374 mouthwash samples collected between the years 2015 and 2016 was analyzed through conventional and real-time PCR. Association between viral DNA detection and sociodemographic characteristics were evaluated. The odds ratio analysis was used to assess the extent of this association. Results: The viral DNA was present in 45% (167/374) of the samples, with a higher DNA detection in the students of eighth and ninth grades (p=0.004); where the 14 years old students present a 2.4 times higher risk of detecting the virus (IC 95%: 1,12-4.9) in comparison with older students. Conclusion: In the present study, the Epstein Barr virus exposition in the oral cavity was evidenced, which make necessary to take actions on surveillance that allow monitoring the implications of these fndings in the teenage student's health.

Amelogénesis imperfecta en una familia / Amelogenesis imperfecta in a family

Introducción: la amelogénesis imperfecta consiste en un grupo de desórdenes hereditarios que afectan el desarrollo del esmalte dental, de tal forma que se ve comprometida la apariencia clínica de todos o casi todos los dientes, tanto temporales como permanentes. Objetivo: informar las características y condiciones clínicas de la dentición de tres individuos de una misma familia con diagnóstico presuntivo de amelogénesis imperfecta. Presentación de casos: se realizó examen intrabucal a tres individuos con rango de consanguinidad de primer grado (madre y dos hijos) quienes presentaban alterado estructuralmente el esmalte de los dientes. De acuerdo con las características clínicas dentales y el método de Witkop, los individuos fueron diagnosticados de forma presuntiva con amelogénesis imperfecta hipomadura tipo II (madre), caracterizada por hipomaduración del esmalte y fragmentación por desgaste en los bordes incisales; amelogénesis imperfecta hipoplásica tipo I (hijo mayor), con amplias zonas de dentina expuesta opaca y con manchas pardas generalizadas; y amelogénesis imperfecta hipomadura tipo II (hijo menor), con predominio de lesiones en forma de copo de nieve o motas de algodón. Conclusiones: el diagnóstico clínico de la amelogénesis imperfecta basado en métodos fenotípicos resulta impreciso debido a la imposibilidad de establecer el origen de las alteraciones macroestructurales del esmalte. Sin embargo, de acuerdo con la descripción de los tres casos, son las afecciones en la cantidad y calidad del esmalte las que permiten realizar un diagnóstico clínico presuntivo, que guía la implementación de un tratamiento odontológico direccionado a la solución del compromiso estético y a la prevención del compromiso del órgano dentino-pulpar. En esta presentación de casos, la manifestación fenotípica de la enfermedad pasó de la madre a ambos hijos, siendo la amelogénesis imperfecta hipomadura dominante en el hijo menor(AU)

Introduction: amelogenesis imperfecta consists of a group of hereditary disorders that affect the development of the dental enamel in such a way that the clinical appearance of all or almost all primary and permanent teeth is compromised. Objective: report the clinical characteristics and conditions of the dentition of three individuals from the same family with a presumptive diagnosis of amelogenesis imperfecta. Case presentation: intraoral examination was performed of three first-degree relatives (mother and two children) with structurally altered tooth enamel. Based on their clinical dental characteristics and the results of the Witkop method, the individuals were presumptively diagnosed with hypomaturation amelogenesis imperfecta type II (mother), characterized by enamel hypomaturation and fragmentation by wear on the incisal edges; hypoplastic amelogenesis imperfecta type I (elder son), with large areas of opaque exposed dentin and generalized brown spots; and hypomaturation amelogenesis imperfecta type II (younger son), with a predominance of lesions in the shape of snowflakes or cotton wads. Conclusions: clinical diagnosis of amelogenesis imperfecta based on phenotypic methods is imprecise, since it is not possible to establish the origin of the macrostructural alterations of the enamel. However, according to the description of the three cases, quantitative and qualitative damage to the enamel makes it possible to establish a presumptive clinical diagnosis which will guide the implementation of a dental treatment aimed at resolving the aesthetic commitment and preventing involvement of the dentine-pulp complex. In this case presentation, the phenotypic manifestation of the disease passed from the mother to both children, and hypomaturation amelogenesis imperfecta was dominant in the younger son(AU)

Clinical, pathological, and immunohistochemical analysis of schwannoma in oral cavity: a case report / Análisis clínico, patológico e inmunohistoquímico de schwannoma en cavidad oral: reporte de caso

ABSTRACT. A schwannoma is a slow-growing benign neoplasm of the peripheral nerves composed of Schwann cells. Pathologically, is characterized by solid, subcutaneous, asymptomatic lesions. Histologically, it is made of prototypes of cellular organization called Antoni A and Antoni B. The most common site for its occurrence is the tongue, followed by the palate, the floor of the mouth, the buccal mucosa, the lips, and the mandible. This article describes the case of a 55-year-old woman presenting with a firm, nodular, encapsulated mass in the sub mucous area of the vestibular zone behind the right cheek. The clinical, pathological, and immunohistochemical analysis showed that this was a case of intraoral schwannoma.

RESUMEN. El schwannoma es una neoplasia benigna de crecimiento lento de los nervios periféricos compuestos por células de Schwann. Su anatomía patológica se caracteriza por lesiones sólidas, subcutáneas y asintomáticas. Histológicamente está compuesto por prototipos de organización celular denominados Antoni A y Antoni B. La lengua es el sitio más común, seguido por paladar, piso de boca, mucosa bucal, labios y mandíbula. En este trabajo se describe un caso de una mujer de 55 años que presenta una masa firme, nodular y encapsulada en la zona submucosa del vestíbulo derecho detrás del carrillo. Después del análisis clínico, patológico e inmunohistoquímico, se determinó que era un caso de schwannoma intraoral.

Prevalencia de fluorosis dental de 5 a 9 años de la institución educativa Pedro Apóstol, con acceso único a agua de la quebrada el Chocho / Prevalence of dental fluososis in children 5 to 9 years age from Pedro Apóstol School, with exclusive water access from el Chocho brook

Objective: To determine the prevalence of fluorosis in children from 5-9 years of age, who have lived since birth in the corregimiento de Montebello (Cali), and studying in the Institución Educativa San Pedro Apóstol. Materials and methods: Cross-sectional study with a sample of 60 school children. It was divided into three phases: Phase I: Measurement of minerals from the water fountain at school. Phase II: Data Co - llection on: risk factors and oral hygiene, through a survey of 27 questions. Phase III: Clinical examination to identify the presence of fluorosis using the TFI index. Results: The average concentration of fluoride in water was 1.0202 ppm. The prevalence of fluorosis was 78.4%. Conclusion: The study population has a high prevalence of dental fluorosis. Key words: Fluoride, dental fluorosis, epidemiology, oral health...(Au)

Objetivo: Determinar la prevalencia de fluorosis, en niños de 5 a 9 años de edad, que han vivido desde su nacimiento en el corregimiento de Montebello (Santiago de Cali), y que estudian en la Institución Educativa San Pedro Apóstol. Materiales y métodos: Estudio descrip - tivo transversal, con una muestra de 60 escolares. Se dividió en tres fases: Fase I: Medición de minerales desde la fuente de agua del colegio. Fase II: Recolección de datos sobre: factores de riesgo y hábitos de higiene oral, por medio de una encuesta de 27 preguntas. Fase III: Examen clínico para identificar la presencia de fluorosis utilizando el índices TFI. Resultados: El promedio de concentración de flúor en el agua fue de 1,0202 ppm. La prevalencia de fluorosis fue del 78.4%. Conclusión: La población evaluada presen - ta una alta prevalencia de fluorosis dental...(Au)

Concentración y pureza del ADN de muestras sanguíneas en papel Whatman FTA almacenadas entre 1 a 3 años / DNA concentration and purity of blood samples stored in whatman FTA paper between 1 to 3 years

Introducción: El papel Whatman FTA es una alternativa para transportar y almacenar diferentes tipos de muestras y optimizar el tiempo, espacio de almacenamiento y costos. Desde hace varios años se utiliza este método de forma rutinaria y muchos centros médicos almacenan muestras por periodos de tiempo prolongados. Objetivo: Determinar el efecto del tiempo de almacenamiento de muestras de sangre en papel Whatman sobre la concentración del ADN. Materiales y métodos: Se utilizaron 110 muestras de sangre periférica que fueron guardadas en papel filtro durante un periodo de tiempo de uno a tres años. Estas muestras fueron guardadas como parte de programa ECLAMC. La extracción del ADN se rea- lizó por medio de resinas de intercambio iónico (Chelex-100®). Se verificó la ampli - ficación por medio de PCR. Se utilizó el gen GAPDH. Por medio de espectrofotometría utilizando el NanoDrop, se cuantificó cada una de las muestras evaluadas. Resultados: El tiempo de almacenamiento fue diferencial con un rango de 520 a 1135 días. La concentración de ADN presentó variabilidad desde 0.81ng/uL a 5.54ng/ uL. La relación 260/280 osciló desde -5.22 hasta 14.17nm. La relación 260/230 se presentó en un rango de 0.27 a 1.39nm. Conclusión: La disminución en la con - centración en la muestra de ADN (ug/uL) representa un cambio negativo en el valor esperado en el tiempo de almacenamiento...(Au)

Introduction: Whatman FTA is an al - ternative to transport and store different types of samples and optimizes the time, storage space and costs. For many years this method was used routinely and many medical samples were stored for long pe- riods of time. Objective: To determine the effect of sto- rage time of blood samples on Whatman paper on the DNA concentration. Materials and methods: One hundred and ten peripheral blood samples on filter pa - per were kept for a period of one to three years. These samples were kept as part of ECLAMC program. DNA extraction was performed by means of ion exchange re- sins (Chelex-100®). And verified by PCR amplification of GAPDH gene. NanoDrop quantified DNA on each samples. Results: The storage time was differential with a range of 520-1135 days. DNA con- centration varies from0.81ng/uL to 5.54ng/ uL. The 260/280 ratio ranged from -5.22 to 14.17nm. The ratio 260/230 is provided in a range from 0.27 to 1.39nm. Conclusion: A decrease in concentration in the sample of DNA (ug / uL) represents a negative change in the expected value in the storage time...(Au)

Descripción de los estadios de maduración ósea según Bjork mediante radiografía del carpo en niños y adolescentes de dos grupos de distinta ascendencia étnica / Description of the stages of bone maturation by Bjork ́s carpal radiography of children and adolescents in two groups of different ethnic ancestry

Objective: This study described the stages of bone maturation according to Bjork ́s method through carpal radiography in chil - dren aged 8-15 year-old belonging to the indigenous population Ticuna (Amazonas) and the black population of Puerto Tejada (Cauca). Materials and methods: 72 children Ticuna indigenous community, located in Leticia (Amazonas) and 80 children of African descent in the municipality Puerto Tejada (Cauca) were studied. Children tested aged 8 to 15 year-old. Children were transferred to a specialized radiology center where car - pal radiographs of both hands were taken. The height and weight measurements were obtained by using a digital scale and Conair ® brand plastic tape, which was placed on the wall. For analysis of bone maturation, was used the method of Björk. Results: It was observed that there is a significant relationship between bone deve - lopment and sex (p=0.001), ie, that women are more likely to have more advanced stages of bone maturation that men. When bony maturation stages according to ethnic groups were related, they find that people of African descent have a higher bone deve- lopment that indigenous. It was evidenced that children at older ages presented higher bone maturation stages. Conclusion: It was determined that the African descent was significantly related to bone development (p=0.005), as com- pared to children of Amerindian descent. In addition, it was determined that there is a relation between bone development and women (p=0.001) and age groups (p=0.000). In general, when comparing these two populations was found that the ancestry, age and gender are factors that affect bone development of children and should be taken into account when starting any treatment...(Au)

Objetivo: En este estudio se describen los estadios de maduración ósea según Bjork mediante radiografía del carpo en niños de 8 a 15 años pertenecientes a la población indígena Ticuna (Amazonas) y la población afrodescendiente de Puerto Tejada (Cauca). Materiales y métodos: Se estudiaron 72 niños de la comunidad indígena Ticuna, ubicada en Leticia (Amazonas) y 80 niños afrodescendientes del municipio Puerto Tejada (Cauca). Todos los niños evaluados tenían edades entre 8 a los 15 años. Los niños y niñas fueron trasladados hasta un centro radiológico especializado, donde se tomaron las radiografías carpales de las dos manos. Las medidas de talla y peso fueron obtenidas antes de la hora de almuerzo mediante el empleo de una báscula digital marca Conair® y cinta métrica plástica, la cual fue colocada en la pared. Para el análisis de la maduración ósea se utilizó el método de Björk. Resultados: Se evidenció que existe una relación significativa entre el desarrollo óseo y el sexo (p=0.001), es decir, que las mujeres presentan una mayor probabilidad de tener estadios de maduración más avan- zados que los hombres. Cuando se relacio - naron los estadios de maduración óseos en función de los grupos étnicos, se encontró que los afrodescendientes tienen a pre - sentar un desarrollo óseo más alto que los indígenas. También se pudo evidenciar que los niños con mayores edades presentaron los mayores estadios de maduración ósea. Conclusión: Se pudo corroborar que el tipo de ascendencia se relaciona significativa - mente con el desarrollo óseo (p=0.005), es decir, que los niños de ascendencia afro descendiente presentan un desarrollo ósea más avanzado que los niños de ascendencia amerindia...(Au)

EFECTO DE DENSIDAD POBLACIONAL DE HUEVOS SOBRE VIABILIDAD Y TIEMPO DE DESARROLLO DE Drosophila melanogaster (DROSOPHILIDAE) / Effect Of Eggs Population Density On Viability And Time Of Development Of Drosophila melanogaster (Drosophilidae)

Para estimar el efecto de la densidad poblacional de huevos sobre la viabilidad huevoadulto de Drosophila melanogaster se realizaron tres tratamientos en frascos con medio de cultivo agar-banano: a densidad de 10, 50 y 90 huevos. La variable de respuesta fue la proporción de individuos adultos emergidos desde la aparición del primer imago hasta 15 días después de la siembra. Las viabilidades huevo-adulto promedio fueron 0,320, 0,338 y 0,328 para las densidades de 10, 50 y 90 huevos respectivamente. No se evidenciaron diferencias significativas entre los tres tratamientos (p>0.05). Por lo tanto, no se detectó en este estudio influencia de la densidad poblacional de huevos sobre la viabilidad huevo-adulto. Probablemente debido a que la proporción entre el número de huevos y la cantidad de medio fue suficientemente alta para no generar competencia en otros estadios del desarrollo huevo/adulto.

For estimating the effect from population density of eggs over viability egg-adult in Drosophila melanogaster, it was made three treatments in flasks with agar-banana culture media: densities of 10, 50 and 90 eggs. The effect evaluated was the adult’s proportion that emerged after 15 days of planting. The mean proportions of viability egg-adult were 0.32, 0.338 and 0.328 for the density of 10, 50 and 90 eggs respectively. Significant differences in viability were not evident (p>0.05). Consequently, it was not found effects from the eggs densities in the present study over egg-adult viability. These results probably were due to that the relation among number of eggs and quantity of culture media was not enough of a high for generate competition at another stadiums through the egg-adult development.

Diversidad genética en poblaciones humanas de dos regiones colombianas / Genetic diversity in human populations of two regions from Colombia

Introducción: Estudios preliminares han mostrado la existencia de relaciones genéticas entre las poblaciones humanas del sur-occidente y las de la región andina colombiana, teniendo esto implicaciones en el grado de miscegenación de estas comunidades. No obstante el reconocimiento de este amplio proceso de mestizaje, no se tiene suficiente información que permita establecer la estructura y el grado de diversidad genética para cada región en particular y de la población colombiana en general. Objetivo: Determinar la estructura y diversidad genética presente en grupos poblacionales del centro y sur-occidente colombiano. Metodología: Se analizaron las frecuencias alélicas de 12 sistemas de microsatélites autosómicos y el tipo y frecuencia de RFLPÆs de mtDNA presentes en 472 individuos de tres grupos étnicos: mestizos, indígenas y afroamericanos. Resultados: La caracterización de haplotipos de mtDNA en individuos afrodescendientes presentó 15% de marcadores típicos amerindios y 43% de africanos. El anßlisis de la diversidad genética mostró un índice de 0.72 en individuos Pijaos, valor cercano al índice de diversidad de la población mestiza de Cali (0.75). El analisis molecular de varianza (AMOVA) a partir de los 12 STRÆs, mostró que la estructuración genética no es significativa (FST de 0.032); adicionalmente se evidenció alta endogamia en la muestra mestiza de Caldas (0.43) y en la muestra indígena Coyaima (0.34).Conclusiones: Con los marcadores moleculares estudiados se estableció la estructura genética de poblaciones del sur-occidente colombiano confirmandose adicionalmente el grado de miscegenación y el flujo genético ocurrido entre diferentes grupos étnicos del centro y sur-occidente colombiano.

Introduction: Preliminary studies have showed close relations among southwest human populations and Andean region leaving it consequences in ethnic admixe process. However, this wide process of racial admixture today it is not exist sufficient information to define structure and genetic diversity for each region and Colombian population in general. Objectives: The principal goal from this study was to determinate the genetic structure and diversity present into human populations from Andean and Southwest Colombia regions. Methods: This study was realized by characterization allelic frequencies of 12 autosomal STRÆs and six RFLPÆs of mtDNA presents in 472 individuals from three ethnics groups: Caucasoids, Afroamericans and Amerindians. Results: mtDNA haplotypes presents in Afrodescends sample was 15% and 43% typical Amerindian and African markers respectively; the genetics diversity analysis shows a value of 0.72 in Pijao indigenous, these values are close to diversity index of mestizos from Cali (0.75). AMOVA of allelic frequencies from 12 STRÆs shows that genetic structures donÆt was significatively different (FST de 0.032); in addition itÆs to exhibit high endogamy in mestizos from Caldas sample (0.43) and Coyaima indigenous (0.34). Conclusions: was established genetic structure for southwest Colombian population. Additionally, the results confirm the mixing process and the genetics flow among many populations groups from Andean and southwest Colombia regions.

Enteroparasitos en niños residentes en zona rural del Partido del Carmen de Patagones: Provincia de Buenos Aires, Argentina / Enteroparasites in children living in rural areas at the Partido de Carmen de Patagones: province of Buenos Aires, Argentina

Como parte del programa de atención primaria de la salud (APS) del año 1996, y en virtud que no existían datos epidemiológicos referidos a enteroparásitos hallados en niños de 0 a 14 años, residentes en una zona rural del Partido de Carmen de Patagones, Provincia de Buenos Aires, es que se realizó el presente estudio epidemiológico descriptivo. Se estudiaron 210 niños a los que se les efectúo un estudio parasitoscópico seriado de materia fecal y mucus anal. Los resultados mostraron que el 60,5 por ciento de la población estudiada era portadora de algún parásito intestinal. El monoparasitismo hallado fue de 67 por ciento, mientras que 33 por ciento restante presentó entre 2 y 5 formas parasitarias. El espectro parasitario fue el siguiente: entamoeba coli 31,5 por ciento, giardia lamblia 24,7 por ciento; enterobius vermicularis 18 por ciento; hymenolepis nana 10,4 por ciento; blastocystis hominis 10,4 por ciento; 10,3 por ciento; chilomastix mesnili 2,5 por ciento; entamoeba hystolytica 0,9 por ciento y trichuris 0,5 por ciento. La distribución parasitaria en los distintos sectores estudiados fue en general homogénea excepto para H. nana la cual presentó una prevalencia más altas en zonas de riesgos con relación a la zona seca. Los resultados obtenidos fueron comunicados a las autoridades sanitarias correspondientes