Estudio del desempeño de dos métodos de detección de antígenos rápidos en hisopados combinados y en hisopados nasofaríngeos para la detección de SARS-CoV-2 / Performance study of two rapid antigen detection methods in combined swabs and nasopharyngeal swabs for detection of SARS-CoV-2

Resumen Se realizó una comparación del desempeño de los métodos rápidos de detección de antígenos para el diagnóstico de SARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson y Panbio de Abbott versus una reacción en cadena de la polimerasa con retrotranscripción en tiempo real (RT-PCR) de Roche en un triage de demanda espontánea de pacientes febriles de un hospital público, para la detección de COVID-19. Se procesaron 36 hisopados de pacientes sospechosos por los tres métodos. La concordancia entre ambos métodos con la RT-PCR fue del 97%. La sensibilidad de los métodos de detección de antígenos versus la RT-PCR fue del 83% y la especificidad fue del 100%. El valor predictivo positivo (VPP) fue del 100% y el valor predictivo negativo (VPN) fue del 97%. La muestra que resultó discordante presentó un ciclo umbral (Ct) de 29,8. El método para detección de antígenos tuvo un desempeño aceptable, incluso con resultados de sensibilidad mayores que los declarados por los fabricantes (84% para el Veritor System y 93,3% para el Panbio).

Abstract A comparison of the performance of the rapid antigen detection methods for the diagnosis of SARS-CoV-2 Veritor System from Becton Dickinson and Panbio from Abbott versus a real-time polymerase chain reaction with reverse transcription (RT-PCR) Roche in a spontaneous demand triage of febrile patients of a public hospital was made, for the detection of COVID-19. Thirty six swabs from suspected patients were processed by the three methods. The concordance between both methods with RT-PCR real time was 97%. The sensitivity of the antigen detection methods versus RT-PCR real time was 83% and specificity was 100%. The positive predictive value (PPV) was 100% and the negative predictive value (NPV) was 97%. The sample that was discordant presented a threshold point (Ct) of 29.8. The method for antigen detection resulted in an acceptable performance, even with S results higher than those declared by the manufacturers (84% for the Veritor System and 93.3% for the Panbio).

Resumo Uma comparação do desempenho dos métodos rápidos de detecção de antígenos para o diagnóstico deSARS-CoV-2 Veritor System de Becton Dickinson e Panbio de Abbott versus uma reação em cadeia da polimerasecom transcrição reversa em tempo real (RT-PCR) da Roche em uma triagem de demanda espontâneade pacientes febris de um hospital público, para a detecção de COVID-19. Foram processadas 36 amostrasde esfregaços de pacientes suspeitos pelos três métodos e a concordância entre os dois métodos com aRT-PCR foi de 97%. A sensibilidade dos métodos de detecção de antigenos versus a RT-PCR foi de 83% ea especificidade de 100%. O valor preditivo positivo (VPP) foi de 100% e o valor preditivo negativo (VPN)foi de 97%. A amostra que resultou discordante apresentou um ciclo limiar (Ct) de 29,8. O método paradetecção de antígenos teve um desempenho aceitável, mesmo com resultados de sensibilidade superioresaos declarados pelos fabricantes (84% para o Veritor System e 93,3% para o Panbio).

Introduciendo al Hospital El Cruce en la secuenciación de nueva generación: una ventana al futuro / Introducing El Cruce Hospital in the next generation sequencing: a window into the future

OBJETIVO: Introducir al hospital en la investigación traslacional mediante la secuenciación de nueva generación sobre muestras de pacientes que concurrieron al Servicio de Hematología del Hospital El Cruce Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- durante el año 2018. Analizar las mutaciones (variantes) encontradas en los pacientes con diagnóstico Síndrome Mielodisplásico (SMD), e identificar factores pronósticos. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha utilizado la tecnología de Secuenciación de Nueva generación, Next Generation Sequencing (NGS) en 11 pacientes, que concurrieron al Servicio de Hematología con patología mieloide, 6 Síndrome Mielodisplásicos (SMD), 3 Leucemias Mielomonocíticas crónicas y dos Leucemias Agudas. La extracción del ADN se realizó en equipo automatizado MagnaPure Compact de Roche, la cuantificación en un Fluorómetro Qubit 3.0 y la secuenciación propiamente dicha en la empresa Biosystems en un secuenciador MySeq de Illumina, su cuantificación y la generación de las librerías se llevaron a cabo en el área de biología molecular del Servicio de Laboratorio del Hospital El Cruce. La extracción RESULTADOS: Se encontraron 774 variantes totales, de las cuales 35 resultaron variantes en regiones codificantes patogénicas. De éstas, 23 fueron por cambio en un solo nucleótido, 7 inserciones con cambio de lectura, 4 deleciones y 1 variante en múltiples nucleótidos. CONCLUSIONES: Los resultados obtenidos en esta primera experiencia cumplieron con las métricas exigidas por el fabricante, ya que los indicadores de calidad de muestra ADN, preparación de biblioteca y parámetros de secuenciación fueron satisfactorios. Se encontraron mutaciones en 10 de 11 pacientes. Por un lado se hallaron afectados los mismos genes que aparecen reportados en la bibliografía y por el otro hay un número importante de variantes aún no reportadas.

OBJECTIVE: Introduce the hospital in translational research through the sequencing of new generation on samples of patients who attended the Hematology Service of El Cruce Hospital Dr. Néstor C. Kirchner -SAMIC- during the year 2018. To analyze the mutations (variants) found in patients diagnosed with Myelodysplastic Syndrome (MDS), and to identify prognostic factors. MATERIAL AND METHODS: The Next Generation Sequencing (NGS) Sequencing technology was used in 11 patients, who attended the Hematology Service with a diagnosis of Myelodysplastic Syndrome (MDS). DNA extraction was performed on Roche's MagnaPure Compact automated equipment, quantification on a Qubit 3.0 Fluorometer and actual sequencing at the Biosystems company on a MySeq sequencer from Illumina, its quantification and generation of the libraries were carried out in the molecular biology area of the Laboratory Service of El Cruce Hospital. The removal RESULTS: We found 801 total variants, of which 35 were variants in pathogenic coding regions. Of these, 23 were by change in a single nucleotide, 7 insertions with change of reading, 4 deletions and 1 variant in multiple nucleotides. CONCLUSIONS: The results obtained in this first experience complied with the metrics required by the manufacturer, since the indicators of DNA sample quality, library preparation and sequencing parameters were satisfactory. Mutations were found in all samples. On the one hand, the same genes that are reported in the literature were affected and on the other there are a significant number of variants not yet reported or that can not be associated with SMD.