Inactivación del virus Zika con medio de transporte de ácidos nucleicos, potencialmente aplicable a muestras clínicas para el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 / Inactivation of Zika virus with nucleic acids transport media, potentially applicable to clinical samples for the molecular diagnosis of SARS-CoV-2

RESUMEN Introducción: Los medios de colecta de muestras clínicas con capacidad de desnaturalizar virus reducen los riesgos de contagio durante el transporte y procesamiento. Objetivo: Emplear el medio de transporte de ácidos nucleicos (TAN) en muestras de exudado nasofaríngeo colectadas para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Métodos: Se realizó un estudio experimental para demostrar la capacidad del medio de inactivar la infectividad viral. Se tomó como modelo de virus envuelto el virus Zika (VZk), cuyo nivel de bioseguridad es 2. Se evaluó el desempeño clínico del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2. Se empleó una cepa del VZk propagada en la línea celular Vero y, previo a la infección de las células, el VZk se puso en contacto a intervalos de tiempo diferentes (2; 15 y 30 min) con el medio TAN puro; y luego se realizaron diluciones seriadas (10-1-10-4). La inactivación viral se evaluó por RT-PCR, en el sobrenadante y células colectadas, al culminar el periodo de propagación. El desempeño clínico del medio TAN se estimó tomando como referencia el CITOSWAB® VTM, en 30 exudados nasofaríngeos colectados para diagnóstico de la infección por SARS-CoV-2. Resultados: El VZk preservó su infectividad a diluciones del inóculo ≥ 10-2, independientemente del tiempo de contacto. La sensibilidad y especificidad clínica del medio TAN para el diagnóstico de SARS-CoV-2 fueron del 100 %, respectivamente. Conclusiones: Los resultados sugieren que muestras clínicas positivas a VZk en diluciones ≤ 10-1 del medio TAN pueden ser manipuladas de forma segura, lo que pudiera aplicarse potencialmente al diagnóstico molecular del SARS-CoV-2.

ABSTRACT Introduction: Collection media of clinical samples with the capacity to denature viruses reduce the risk of contagion during transportation and processing. Objective: To use the nucleic acids transport media (NATM) in nasopharyngeal swab samples collected for the diagnosis of SARS-CoV-2. Methods: An experimental study was conducted to demonstrate the medium capacity to inactivate viral infectivity. Zika virus (ZIKV), of biosafety level 2, was used as an enveloped virus model. The clinical performance of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 was evaluated. A ZIKV strain propagated in the Vero cell line was used and, prior to cells infection, ZIKV was in contact at different intervals (2; 15, and 30 min) with pure NATM; subsequently, serial dilutions (10-1-10-4) were performed. Viral inactivation was evaluated by RT-PCR in the supernatant and the collected cells when the propagation period was completed. CITOSWAB® VTM was used as reference to estimate the clinical performance of the NATM in 30 nasopharyngeal swabs collected for the diagnosis of SARS-CoV-2 infection. Results: ZIKV remained infectious at inoculum dilutions of ≥ 10-2, regardless of contact time. Clinical specificity and sensitivity of the NATM for the diagnosis of SARS-CoV-2 were 100%, respectively. Conclusions: Results suggest that ZIKV positive clinical samples at dilutions ≤ 10-1 of the NATM can be safely handled, which could potentially be applied to the molecular diagnosis of SARS-CoV-2.

Evaluación de estuches de PCR-tiempo real para detección de virus del papiloma humano de alto riesgo / Evaluation of real-time PCR kits to detect high-risk human papillomavirus

RESUMEN Introducción: El empleo de técnicas moleculares para el diagnóstico de virus del papiloma humano de alto riesgo oncogénico (VPH-AR) es crucial para la detección precoz del cáncer cervicouterino. Objetivo: Evaluar el desempeño analítico de dos estuches de PCR-tiempo real, comercializados por el Centro de Inmunoensayo de Cuba, para detectar VPH-AR. Métodos: Se utilizaron dos paneles de ADN de muestras cervicouterinas: uno con 150 muestras, para validar el estuche SUMASIGNAL HPV 16/18, el proceso de extracción de ADN y su utilidad como prueba cuantitativa, y otro con 163 muestras para evaluar el estuche HPV 13+2. Se determinó la utilidad clínica del estuche HPV 13+2 en 55 muestras cervicovaginales autocolectadas. Se calcularon los indicadores de desempeño analítico de ambos estuches con respecto a pruebas de referencia. Resultados: Los indicadores de desempeño para SUMASIGNAL HPV 16/18 fueron excelentes (> 95 %), concordancia 96 %, índice kappa=0,93 [0,85-1,01]. La extracción de ADN mostró 100 % de especificidad clínica y analítica y 95 % de sensibilidad analítica. Se obtuvo buena correlación con la prueba de referencia cuantitativa (r = + 0,688). El estuche HPV 13+2 tuvo especificidad y sensibilidad clínicas del 100 %, la especificidad analítica fue del 84 % debido a reactividad cruzada con otros VPH-AR. Su aplicación clínica reveló alta frecuencia de infección (41,8 %): 23,6 % con VPH-AR, particularmente en mujeres jóvenes (50 %). La muestra autocolectada resultó útil (100 %). Conclusión: Los ensayos evaluados mostraron altos estándares de calidad, lo que permitiría su uso con una cobertura nacional en una plataforma tecnológica disponible para todo el país.

ABSTRACT Introduction: The use of molecular techniques for the diagnosis of high oncogenic risk human papillomavirus (hrHPV) is crucial for the early detection of cervical cancer. Objective: To evaluate the analytical performance of two real-time PCR kits, commercialized by the Cuban Immunoassay Center, to detect hrHPV. Methods: Two DNA panels from cervical samples were used: one with 150 samples to validate the SUMASIGNAL HPV 16/18 kit, the DNA extraction process and its usefulness as a quantitative test; and another with 163 samples to evaluate the HPV 13+2 kit. The clinical utility of the HPV 13+2 kit was determined in 55 self-collected cervicovaginal samples. The analytical performance indicators of both kits were calculated with respect to reference tests. Results: Performance indicators for SUMASIGNAL HPV 16/18 were excellent (>95%), concordance 96%, kappa index=0.93 [0.85-1.01]. DNA extraction showed 100% clinical and analytical specificity and 95% analytical sensitivity. Good correlation was obtained with the quantitative reference test (r = + 0.688). The HPV 13+2 kit had 100% clinical specificity and sensitivity, analytical specificity was 84% due to cross-reactivity with other hrHPVs. Its clinical application revealed a high frequency of infection (41.8%): 23.6% with hrHPV, particularly in young women (50%). The self-collected sample was viable (100%). Conclusion: The assays evaluated showed high quality standards, which would allow their use with national coverage in a technological platform available for the whole country.