Evaluación de la metilación del DNA en tejidos de cáncer colorrectal fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE) / Evaluation of DNA methylation in formalin-fixed, paraffin embedded colorectal cancer tissues (FFPE)

Resumen Las alteraciones en la metilación de dinucleótidos CpG en regiones promotoras es uno de los mecanismos epigenéticos implicados en cáncer que tiene uso potencial como biomarcador. Su evaluación, a partir de tejidos fijados en formalina y embebidos en parafina (FFPE), representa un gran desafío dadas la degradación parcial, el entrecruzamiento y las bajas cantidades del DNA obtenido. En esta nota técnica, describimos un protocolo para el estudio del estado de metilación del promotor distal del proto-oncogén K-RAS, a partir de varias muestras obtenidas de dos tejidos FFPE de cáncer colorrectal con antigüedad de 11 años. Se empleó un protocolo de conversión con bisulfito alternativo al usual; se usó una DNA polimerasa modificada y una PCR anidada y se optimizó la secuenciación directa del DNA convertido con bisulfito. Este protocolo podría ser aplicado para determinar estados de metilación en otros genes y tipos de cáncer en tejidos FFPE.

Abstract Alterations in the methylation of CpG dinucleotides in promoter regions is one of the epigenetic mechanisms involved in cancer that has potential use as a biomarker. Its evaluation from formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues represents a great challenge given the partial degradation, crosslinking, and low amounts of the obtained DNA. In this technical note we describe a protocol for the study of the methylation status of the distal promoter of the K-RAS proto-oncogene from several samples obtained from two 11-years old FFPE tissues of colorectal cancer. An alternative bisulfite conversion protocol to the usual one was used; a modified DNA polymerase and a nested PCR were used and the direct sequencing of the converted DNA with bisulfite was optimized. This protocol could be applied to determine methylation states in other genes and types of cancer.

Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas / Pathways of colorectal carcinogenesis and their clinical implications

El cáncer colorrectal (CCR) es la cuarta causa de mortalidad por cáncer en Colombia y en el mundo, en ambos sexos; por esta razón, es considerado un problema de salud pública. El CCR es altamente heterogéneo en su fenotipo y genotipo, lo que está en relación con las diferentes vías de carcinogénesis descritas que implican diferentes mecanismos de progresión y agresividad de la enfermedad. Las vías clásicas, supresora y mutadora, se caracterizan por una serie de alteraciones genéticas relacionadas con los cambios fenotípicos de la progresión morfológica en la secuencia adenoma-carcinoma. Las vías alternas, originadas por mutaciones en los genes, BRAF y KRAS, se relacionan con la progresión de pólipo aserrado a carcinoma. Conocer estas vías es muy importante para comprender la enfermedad de manera integral y profundizar en el estudio de sus mecanismos de control, que incluyen: diagnóstico temprano, tratamiento y seguimiento.

Colorectal cancer (CRC) is ranked fourth among causes of cancer mortality in Colombia and in the world, for both genders; it is therefore regarded as a public health issue. CRC´s phenotype and genotype are highly heterogeneous, a fact related to the various carcinogenic pathways described, and which is also implicated in the different progression mechanisms and the aggressiveness of the disease. The classic pathways, suppressive and mutable, are characterized by a series of genetic alterations related to phenotype changes in the morphologic progression of the adenoma-carcinoma sequence. The alternate pathways, originated by BRAF and KRAS gene mutations, are linked to the serrated polyp progression to carcinoma. Knowledge of these pathwaysis very important in achieving a fuller understanding of the disease and for broadening the study of mechanisms for its control; these include: early diagnosis, treatment and follow-up.