Identification and complete sequencing of novel human transcripts through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences

The correct identification of all human genes, and their derived transcripts, has not yet been achieved, and it remains one of the major aims of the worldwide genomics community. Computational programs suggest the existence of 30,000 to 40,000 human genes. However, definitive gene identification can only be achieved by experimental approaches. We used two distinct methodologies, one based on the alignment of mouse orthologous sequences to the human genome, and another based on the construction of a high-quality human testis cDNA library, in an attempt to identify new human transcripts within the human genome sequence. We generated 47 complete human transcript sequences, comprising 27 unannotated and 20 annotated sequences. Eight of these transcripts are variants of previously known genes. These transcripts were characterized according to size, number of exons, and chromosomal localization, and a search for protein domains was undertaken based on their putative open reading frames. In silico expression analysis suggests that some of these transcripts are expressed at low levels and in a restricted set of tissues.

Especificidade antigênica e isótipos de auto-anticorpos em LES familiar / Antigenic specificity and isotype of autoantibodies in familial systemic lupus erythematosus

Ojetivo: Comparar a especificidade e isótipos dos auto-anticorpos (AA) em duplas de pacientes com LES familiar em relaçäo a duplas näo consangüíneas. Métodos: Foram selecionados, ao acaso, 19 duplas de pacientes lúpicos consangüíneos de primeiro grau e 19 duplas de pacientes lúpicos näo consangüíneos. Os auto-anticorpos foram estudados pelas técnicas de imunofluorescência indireta (IFI) em células Hep-2 e Crithidia lucilae, por imunodifusäo dupla contra extrato de timo de vitelo (anti-ENA) e por immunoblot com extrato total de células HeLa. A classe isotípica foi determinada por IFI com conjugados específicos. Os resultados obtidos em cada dupla foram analisados através de índices comparativos para esta finalidade: índice de concordância isotípica (ICI), índice de concordância de anticorpos anti-ENA (ICE) e índice de concordância de bandas ao immunoblot (ICB). Para análise estatística foram utilizados o teste de Wilcoxon e teste do qui-quadrado, estabelecendo-se em alfa menor ou igual a 0,05 o nível de rejeiçäo da hipótese de nulidade, Na análise dos resultados näo se observou diferença significante entre as duplas lúpicas consangüíneas e näo consangüíneas em relaçäo à prevalência de anticorpos antinucleares por IFI, à prevalência e concordância das diversas classes isotípicas, e quanto à concordância de anticorpos anti-ENA. Por outro lado, as duplas lúpicas consangüíneas apresentaram maior concordância de bandas ao immunoblot em relaçäo às duplas näo consangüíneas {ICB médio = 45 nas duplas consangüíneas e ICB médio = 17,6 nas duplas näo consangüíneas, com p < 0,05 (T calc.= 15,0 para T crítico= 35)]. Conclusäo: O encontro de maior concordância na especificidade de auto-anticorpos em pacientes lúpicos consangüíneos corrobora a noçäo de que o perfil de auto-anticorpos no LES é determinado, ao menos parcialmente, pela constituiçäo genética dos indivíduos