RESUMEN
Abstract: Objective: Due to the fact that K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae are closely related bacterial species, misclassification can occur due to mistakes either in normal biochemical tests or during submission to public databases. The objective of this work was to identify K. variicola and K. quasipneumoniae genomes misclassified in GenBank database. Materials and methods: Both rpoB phylogenies and average nucleotide identity (ANI) were used to identify a significant number of misclassified Klebsiella spp. genomes. Results: Here we report an update of K. variicola and K. Quasipneumoniae genomes correctly classified and a list of isolated genomes obtained from humans, plants, animals and insects, described originally as K. pneumoniae or K. variicola, but known now to be misclassified. Conclusions: This work contributes to recognize the extensive presence of K. variicola and K. quasipneumoniae isolates in diverse sites and samples.
Resumen: Objetivo: Identificar genomas mal clasificados de K. variicola, y K. quasipneumoniae en la base de datos del GenBank. Material y métodos: En el presente estudio se usaron tanto análisis filogenéticos usando rpoB como la identidad media de nucleótidos (ANI, por sus siglas en ingles) para identificar un número significativo de genomas del género Klebsiella. Resultados: Se reportó una actualización de genomas de K. variicola y K. quasipneumoniae correctamente clasificados y una lista de aquellos aislamientos obtenidos de seres humanos, plantas, animales e insectos, descritos originalmente como K. pneumoniae o K. variicola pero ahora se conoce que están mal clasificados. Conclusiones: Este trabajo contribuye a la presencia extensiva de aislamientos de K. variicola y K. quasipneumoniae en diversos sitios y muestras.
Asunto(s)
Animales , Plantas/microbiología , Ursidae/microbiología , Infecciones por Klebsiella/microbiología , Técnicas de Tipificación Bacteriana , Genoma Bacteriano , Insectos/microbiología , Klebsiella/clasificación , Filogenia , ADN Bacteriano , Análisis de Secuencia de ADNRESUMEN
La resistencia bacteriana es un problema de salud pública causante de índices elevados de morbi-mortalidad hospitalaria. En la medida en que se usan los diferentes antibióticos se seleccionan bacterias resistentes a múltiples fármacos. El desarrollo de nuevas herramientas moleculares de la genómica y proteómica, como el PCR en tiempo real, pirosecuenciación de ADN, espectrometría de masas, microarreglos de ADN y bioinformática, permite conocer en forma más estrecha la fisiología y estructura de las bacterias y los mecanismos de resistencia a los antibióticos. Estos estudios hacen posible identificar nuevos blancos farmacológicos y diseñar antibióticos específicos para suministrar tratamientos más certeros que combatan las infecciones producidas por bacterias. Con estas técnicas también es posible la identificación rápida de los genes que confieren la resistencia a los antibióticos y el reconocimiento de las estructuras genéticas complejas como los integrones, que intervienen en la diseminación de los genes que producen la multirresistencia.
Bacterial resistance is a public health problem causing high rates of morbidity and mortality in hospital settings. To the extent that different antibiotics are used, bacteria resistant to multiple drugs are selected. The development of new molecular genomic and proteomic tools such as real-time PCR, DNA pyrosequencing, mass spectrometry, DNA microarrays, and bioinformatics allow for more in-depth knowledge about the physiology and structure of bacteria and mechanisms involved in antibiotic resistance. These studies identify new targets for drugs and design specific antibiotics to provide more accurate treatments to combat infections caused by bacteria. Using these techniques, it will also be possible to rapidly identify genes that confer resistance to antibiotics, and to identify complex genetic structures, such as integrons that are involved in the spread of genes that confer multidrug-resistance.
Asunto(s)
Farmacorresistencia Bacteriana/genética , Técnicas Genéticas , GenómicaRESUMEN
OBJECTIVE: In this work we report the molecular characterization of beta-lactam antibiotics resistance conferred by genes contained in plasmids from enterobacteria producing extended-spectrum beta-lactamases (ESBL). MATERIAL AND METHODS: Fourteen enterobacterial clinical isolates selected from a group of strains obtained from seven different hospitals in Mexico during 1990-1992 and 1996-1998 were analyzed at the Bacterial Resistance Laboratory (National Institute Public Health, Cuernavaca). Molecular characterization included PFGE, IEF of beta-lactamases, bacterial conjugation, PCR amplification and DNA sequencing, plasmid extraction and restriction. RESULTS: Isolates were genetically unrelated. ESBL identified were SHV-2 (5/14) and SHV-5 (9/14) type. Cephalosporin-resistance was transferable in 9 of 14 (64 percent) clinical isolates with only one conjugative plasmid, DNA finger printing showed a similar band pattern in plasmids. CONCLUSIONS: The dissemination of cephalosporin resistance was due to related plasmids carrying the ESBL genes.
OBJETIVO: En este trabajo se reporta la caracterización molecular de la resistencia a antibiótico beta-lactámicos conferida por genes contenidos en plásmidos de enterobacterias productoras de beta-lactamasas de espectro extendido (BLEEs). MATERIAL Y MÉTODOS: Catorce aislamientos clínicos de enterobacterias fueron seleccionados por conveniencia de un banco de cepas obtenidas de siete diferentes hospitales de México durante los periodos 1990-1992 y 1996-1998 y fueron procesados en el Laboratorio de Resistencia Bacteriana (Instituto Nacional de Salud Pública, Cuernavaca). En la caracterización se empleó PFGE, IEF para beta-lactamasas, conjugación bacteriana, amplificación por PCR y secuenciación de DNA, extracción y restricción de plásmidos. RESULTADOS: Las 14 cepas fueron no relacionadas genéticamente. Se identificaron BLEEs tipo SHV-2 (5/14) y SHV-5 (9/14). La resistencia a cefalosporinas fue transferida por conjugación en 9 de 14 (64 por ciento) aislamientos clínicos mediante un plásmido que mostró un patrón de restricción similar entre ellos. CONCLUSIÓN: Se sugiere que la diseminación de la resistencia a cefalosporinas fue debida a plásmidos relacionados que contienen los genes que codifican BLEEs.
Asunto(s)
Humanos , Proteínas Bacterianas/genética , Infección Hospitalaria/microbiología , Farmacorresistencia Bacteriana Múltiple/genética , Infecciones por Escherichia coli/microbiología , Escherichia coli/enzimología , Infecciones por Klebsiella/microbiología , Klebsiella/enzimología , Factores R/genética , Resistencia betalactámica/genética , beta-Lactamasas/genética , Proteínas Bacterianas/clasificación , Proteínas Bacterianas/aislamiento & purificación , Infección Hospitalaria/epidemiología , Dermatoglifia del ADN , ADN Bacteriano/genética , Infecciones por Escherichia coli/epidemiología , Proteínas de Escherichia coli/clasificación , Proteínas de Escherichia coli/genética , Proteínas de Escherichia coli/aislamiento & purificación , Escherichia coli/efectos de los fármacos , Escherichia coli/genética , Infecciones por Klebsiella/epidemiología , Klebsiella/efectos de los fármacos , Klebsiella/genética , México/epidemiología , beta-Lactamasas/clasificación , beta-Lactamasas/aislamiento & purificaciónRESUMEN
OBJETIVO: Cuantificar diversos indicadores de contaminación fecal en los efluentes de dos plantas de tratamiento de aguas residuales y en muestras recogidas en varios canales de Xochimilco. MATERIAL Y MÉTODOS: Estudio transversal efectuado en Xochimilco, México. Durante noviembre y diciembre de 2001 se muestrearon 10 sitios, cinco efluentes y cinco canales, para la cuantificación de coliformes fecales y enterococos (filtración en membrana de nitrocelulosa), colifagos somáticos (técnica de doble capa de agar), ooquistes de Cryptosporidium sp. y quistes de Giardia sp. (concentración en filtros Envirocheck y microscopía de inmunofluorescencia). Se efectuó comparación de los promedios de las cuentas de organismos hallados, en efluentes y canales, mediante t de Student. RESULTADOS: El agua tratada que descarga en los canales mostró cantidades bajas de coliformes fecales (media de 40.4/100 ml), enterococos (media de 58.8/100 ml) y quistes de Cryptosporidium (media de 13.2/100 l), mientras que los colifagos y quistes de Giardia estuvieron presentes en gran cantidad (media de 1467.5/100 ml y 1199.8/100 l, respectivamente), sugiriendo que el tratamiento del agua puede ser ineficaz para remover estos agentes. En los canales de irrigación de vegetales se encontró una cantidad significativamente menor de quistes de Giardia (media de 45/100 l) y no se encontraron ooquistes de Cryptosporidium, lo que sugiere la remoción natural de estos agentes. Algunos aislamientos de E coli obtenidos de un canal contaminado con descargas cloacales mostraron una multirresistencia a antibióticos que fue transferida por conjugación a otras bacterias mediante plásmidos. Esto sugiere la posible diseminación de la resistencia a bacterias del medio (posibles patógenas). Existen numerosos asentamientos humanos cercanos a las chinampas que descargan desechos directamente a los canales. CONCLUSIONES: La implantación de métodos de tratamiento de excretas que resulten costeables y culturalmente aceptables debe realizarse mediante una cuidadosa planeación y consulta, si estos métodos han de ser adoptados y sostenidos por la población local
Asunto(s)
Microbiología del Agua/normas , Abastecimiento de Agua , MéxicoRESUMEN
In this review article, we make suggestions on how to approach the increasing problem worlwide of bacterial acute respiratory infections resistant to antibiotics. After a brief description of the main mechanisms of bacterial resistance, i.e., enzymatic inactivation by ß-lactamases, reduction in the permeability of the outer membrane and the developlment of PBPs that have decreased affinity for the antibiotic, we analyze documented experiences on the response to different groups of antibiotics (ß- lactam antibiotics, cephalosporins, carbapenems and quinolones), of the most commonly isolated bacteria from invasive respiratory infections (Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae and Moraxela (Branhamella) catarrhañis). Antimicrobial agent susceptibility in vivo and in vitro testing and the corelation of their results provide the basic information for the adoption of adequate policies and strategies for better use of antibioticas in bacterial respiratory infections; proper surveillance would allow to make intelligent changes in such a policy. Standardized recommendations for clinical practice on the use of antibiotics could be misleading, iatrogenic, and could complicate the resistance problem. To prevent and control. the rise and spread of bacterial resistance, an interdisciplinary approach is needed
Asunto(s)
Humanos , Masculino , Femenino , Adulto , Anciano , Antibacterianos/administración & dosificación , Antibacterianos/clasificación , Antibacterianos/farmacología , Infecciones Bacterianas/tratamiento farmacológico , Farmacorresistencia Microbiana , Pruebas de Sensibilidad Microbiana , Infecciones del Sistema Respiratorio/tratamiento farmacológicoRESUMEN
With the simultaneous use of an isoelectric focusing gel (IEF) and a nitrocefin/cefotaxime bioassay, it is possible to identify the Extended-Spectrum ß-lactamases (ESBL) with precision. A mixture of soft agar and susceptible bacterial cells are layered over the gel following overnight inncubation and areas of cell growth are detected where the antibiotic has been hydrolyzed by specific enzymes. This innovative mehtod improves sensitivity and specificity for the identification of ESBLs in those enterobacteria strains producing more than one ß-lactamase and are resitant to third generation cephalosporines