Seroprevalence of hepatitis B, C and D markers in indigenous patients seen at the Native American Outpatient Clinic of Universidade Federal de São Paulo

ABSTRACT Objective To detect and treat cases of viral hepatitis B, C and D in patients seen at the Native American Outpatient Clinic of Universidade Federal de São Paulo. Methods This sample comprised 81 indigenous recruited between 2018 and 2020. Volunteers were aged 7 months to 70 years (mean age of 28±20 years), belonged to 26 ethnic groups spanning the Brazilian territory and answered a questionnaire, which was attached to their medical records. Peripheral blood samples (20mL) were collected, transported to the Clinical Laboratory of Hospital Israelita Albert Einstein, processed, and tested for markers of viral hepatitis B, C and D. Results In this study, 39 (48.1%) individuals were anti-HBs (+) only, 13 (16.0%) individuals were anti-HBs (+) and anti-HBc (+), and 28 (34.6%) individuals were negative for all markers. No anti-HBc IgM+ samples were found. No cases of hepatitis C and D were found. Conclusion This analysis provided evidence of previous infection by the hepatitis B virus. These findings led to prescription of vaccination against hepatitis B to all participants who were negative for all viral hepatitis B markers, given records of prior hepatitis B vaccination were unreliable.

Long term persistence of coronavirus SARS-CoV-2 infection / infecção persistente de longo prazo pelo coronavírus SARS-CoV-2

ABSTRACT During the COVID-19 pandemic, a case of a long-term persistence of SARS-CoV-2 infection (from March 26 to May 20, 2020) was identified at a private hospital in São Paulo, SP, Brazil. The long-term positivity for SARS-CoV-2 in reverse transcriptase polymerase chain reaction tests of a patient diagnosed with COVID-19 suggests, at least part of patients who recovered, may still carry and transmit the SARS-CoV-2 virus. This fact emphasizes the importance of having at least two negative reverse transcriptase polymerase chain reaction test results for SARS-CoV-2. Serological assays were not particularly helpful in the case described, since the patient had very low antibodies titers at the end of the follow-up period. Low viral loads may not be detected by current molecular methods, leading to wrong conclusions regarding viral clearance.

RESUMO Durante a pandemia da COVID-19, um caso de persistência de longo prazo de infecção por SARS-CoV-2, de 26 de março a 20 de maio de 2020, foi identificado em um hospital privado localizado em São Paulo, SP, Brasil. A positividade de longo prazo para SARS-CoV-2 nos exames de reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa de uma paciente diagnosticada com COVID-19 sugere que parte dos pacientes que se recuperaram podem ser portadores e transmitir o SARS-CoV-2. Esse fato enfatiza a importância da obtenção de pelo menos dois resultados negativos para SARS-CoV-2 no exame de reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa. Os ensaios sorológicos não foram de grande utilidade no caso descrito, uma vez que a paciente apresentava baixos títulos de anticorpos no final do período de acompanhamento. Baixas cargas virais podem não ser detectadas pelos métodos moleculares vigentes, levando a conclusões equivocadas a respeito da eliminação do vírus.

Validation of interphase fluorescence in situ hybridization (iFISH) for multiple myeloma using CD138 positive cells

BACKGROUND: Multiple myeloma is a plasma cell neoplasm with acquired genetic abnormalities of clinical and prognostic importance. Multiple myeloma differs from other hematologic malignancies due to a high fraction of low proliferating malignant plasma cells and the paucity of plasma cells in bone marrow aspiration samples, making cytogenetic analysis a challenge. An abnormal karyotype is found in only one-third of patients with multiple myeloma and interphase fluorescence in situ hybridization is the most useful test for studying the chromosomal abnormalities present in almost 90% of cases. However, it is necessary to study the genetic abnormalities in plasma cells after their identification or selection by morphology, immunophenotyping or sorting. Other challenges are the selection of the most informative FISH panel and determining cut-off levels for FISH probes. This study reports the validation of interphase fluorescence in situ hybridization using CD138 positive cells, according to proposed guidelines published by the European Myeloma Network (EMN) in 2012. METHOD: Bone marrow samples from patients with multiple myeloma were used to standardize a panel of five probes [1q amplification, 13q14 deletion, 17p deletion, t(4;14), and t(14;16)] in CD138+ cells purified by magnetic cell sorting. RESULTS: This test was validated with a low turnaround time and good reproducibility. Five of six samples showed genetic abnormalities. Monosomy/deletion 13 plus t(4;14) were found in two cases. CONCLUSION: This technique together with magnetic cell sorting is effective and can be used in the routine laboratory practice. In addition, magnetic cell sorting provides a pure plasma cell population that allows other molecular and genomic studies.

Personalized medicine and the clinical laboratory / Medicina personalizada e o laboratório clínico

Personalized medicine is the use of biomarkers, most of them molecular markers, for detection of specific genetic traits to guide various approaches for preventing and treating different conditions. The identification of several genes related to heredity, oncology and infectious diseases lead to the detection of genetic polymorphisms that are involved not only in different clinical progression of these diseases but also in variations in treatment response. Currently, it is possible to detect these polymorphisms using several methodologies: detection of single nucleotide polymorphisms using polymerase chain reaction methods; nucleic acid microarray detection; and nucleic acid sequencing with automatized DNA sequencers using Sanger-derived methods and new generation sequencing. Personalized medicine assays are directed towards detecting genetic variations that alter interactions of drugs with targets or the metabolic pathways of drugs (upstream and downstream) and can be utilized for the selection of drug formulations and detect different immunogenicities of the drug. Personalized medicine applications have already been described in different areas of Medicine and allow specific treatment approaches to be applied to each patient and pathology according to the results of these assays. The application of such a protocol demands an increasing interaction between the clinical laboratory and the clinical staff. For its implementation, a coordinated team composed of basic researchers and physicians highly specialized in their areas supported by a highly specialized team of clinical analysts particularly trained in molecular biology assays is necessary.

Medicina personalizada é o uso de biomarcadores, em sua maioria marcadores moleculares, para a detecção de traços genéticos específicos, a fim de orientar diversas abordagens para a prevenção e o tratamento de diferentes doenças. A identificação de vários genes relacionados a doenças hereditárias, oncológicas e infecciosas permite a detecção de polimorfismos genéticos que estão envolvidos em diferentes evoluções clínicas dessas doenças, bem como com variações na resposta ao tratamento. Atualmente, já é possível detectar esses polimorfismos utilizando diversas metodologias: a detecção de polimorfismos de nucleotídeo único pela reação de polimerização em cadeia; a detecção de microarranjos de ácidos nucleicos; e o sequenciamento de ácidos nucleicos com sequenciadores de DNA automatizados usando métodos derivados de sequenciamento Sanger ou de nova geração. Os ensaios de medicina personalizada são dirigidos para detectar variações genéticas que alteram interações de fármacos com alvos ou vias metabólicas de fármacos (anabólicas e catabólicas), podendo ser utilizados para a seleção de formulações farmacêuticas e para detectar diferentes imunogenicidades da droga. As aplicações de medicina personalizada já foram descritas em várias áreas da Medicina e permitem que abordagens de tratamento específicas sejam aplicadas para cada paciente e para cada doença, de acordo com os resultados dos ensaios utilizados. A aplicação de um protocolo desse tipo exige uma relação intensa entre o laboratório e o corpo clínico. Para sua execução, é necessária uma equipe coordenada, composta por investigadores de pesquisa básica e médicos altamente especializados em suas áreas, apoiada por um time bastante especializado de analistas clínicos treinados em testes de biologia molecular.

SeptiFast for diagnosis of sepsis in severely ill patients from a Brazilian hospital / Uso do SeptiFast para diagnóstico de sepse em doentes graves de um hospital brasileiro

Objective To test and validate a multiplex real-time polymerase chain reaction method for bloodstream infections, as well as to compare the results with conventional blood culture. Methods A total of 114 consecutive patients with clinical evidence of sepsis were submitted to blood culture and LightCycler™ SeptiFast tests. Results More positive specimens (23; 20.2%) were detected using the LightCycler™ SeptiFast than the blood culture (17; 14.9%), with an agreement of 86.8%. Discordant results were seen in four patients positive only to blood culture, ten positive only to LightCycler™ SeptiFast and one to different pathogens found by each test. Infections with microorganisms detected only using blood culture reassured the need to perform both tests. The mean time to results for blood culture was 5 days for negative and 3.5 days for positive results. LightCycler™ SeptiFast results were achieved in less than 8 hours. Conclusion LightCycler™ SeptiFast showed a high potential as a test to be carried out concomitantly with blood culture for sepsis diagnosis in severely ill patients. This test allowed a faster diagnosis of bacterial and fungal infections that helped to reduce hospital stay and to control the use of antibiotics. LightCycler™ SeptiFast can also eventually detect microorganism and infections that are hardly detected by blood culture, especially Candida non-albicans infections. .

Objetivo Testar e validar um método molecular multiplex para detecção de infecções sanguíneas, além de comparar os resultados com os obtidos pela hemocultura convencional. Métodos Os testes de hemocultura e o LightCycler® SeptiFast foram realizados em 114 pacientes consecutivos com evidência clínica de sepse. Resultados Mais amostras positivas (23; 20,2%) foram detectadas pelo LightCycler® SeptiFast do que pela hemocultura (17; 14,9%), mostrando concordância de 86,8%. Os resultados discordantes foram de quatro pacientes positivos apenas para hemocultura, dez positivos apenas para LightCycler® SeptiFast e um com patógenos diferentes encontrados em cada método. Infecções por micro-organismos não reconhecidos pelo LightCycler® SeptiFast e detectados apelas pela hemocultura confirmam a necessidade da realização dos dois métodos. O tempo médio para os resultados da hemocultura foi de 5 dias para amostras negativas e de 3,5 dias para as positivas. Os resultados pelo LightCycler® SeptiFast foram obtidos em menos de 8 horas. Conclusão O LightCycler® SeptiFast mostrou ser um teste de grande potencial para ser realizado simultaneamente à hemocultura para diagnóstico de sepse em doentes graves, permitindo um diagnóstico mais rápido de infecções por bactérias e fungos e, dessa forma, auxiliando a redução do tempo de hospitalização e racionalização do uso de antibióticos. Eventualmente, o LightCycler® SeptiFast pode detectar inclusive infecções por micro-organismos dificilmente detectáveis via hemocultura, especialmente aquelas causadas por Candida não albicans. .

Detecção de mutações no gene KIT em leucemia mieloide aguda / The detection of KIT mutations in acute myeloid leukemia

OBJETIVO: Descrever a metodologia para detecção de mutações nos éxons 8 e 17 do gene KIT em pacientes portadores de leucemia mieloide aguda, para implementação desse teste no laboratório clínico do Hospital Israelita Albert Einstein. MÉTODOS: Extração do DNA genômico de 54 amostras de sangue periférico ou medula óssea de pacientes com leucemia mieloide aguda para amplificação, por reação em cadeia da polimerase, sequenciamento e análise de fragmentos. RESULTADOS: Dentre as amostras analisadas, quatro apresentaram mutação no éxon 8, duas no éxon 17 e uma amostra apresentou mutação nos dois éxons. CONCLUSÃO: A pesquisa de mutação nos éxons 8 e 17 do gene KIT foi padronizada com sucesso e o teste está em processo de inclusão no menu de exames do laboratório clínico do Hospital Israelita Albert Einstein.

OBJECTIVE: This study describes a new method used in the clinical laboratory at Hospital Israelita Albert Einstein to detect mutations in exons 8 and 17 of the KIT gene in patients with acute myeloid leukemia. METHODS: Genomic DNA extraction was performed on 54 samples of peripheral blood or bone marrow from patients with acute myeloid leukemia. The extracted DNA was amplified by polymerase chain reaction and sequenced, and the fragments were analyzed. RESULTS: Within the analyzed samples, we detected four mutations in exon 8, two mutations in exon 17, and mutations or a double mutation in one sample. CONCLUSION: The tests detecting mutations in exon 8 and 17 on the KIT gene were successfully standardized. The test is now included among the routine diagnostics employed for patients at Hospital Israelita Albert Einstein clinical laboratory.

Avaliação da expressão de microRNAs em linhagens celulares de carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço e em cultura primária de queratinócitos orais / Evaluation of microRNA expression in head and neck squamous cell carcinoma cell lines and in primary culture of oral keratinocytes

Objective: Functional in vitro studies are fundamental to understand the role of microRNAs, small non coding RNA molecules that function as post-transcriptional regulators, in cancer. The objective of this study was to determine the applicability of head and neck squamous cell carcinoma cell lines and human oral keratinocytes as models for functional studies on microRNAs previously identified as deregulated in head and neck squamous cell carcinomas. Methods: The expression level of four microRNAs was assessed in cell lines and in primary cultures of oral keratinocytes using specific real-time polymerase chain reactions. The identity of oral squamous cell carcinoma cell lines was confirmed by means of STR (short tandem repeats) profiling. The possible impact of feeder-layer gene expression in global microRNA expression results from keratinocyte primary culture was also evaluated. Results: Significant differences in microRNA gene expression were observed among squamous cell carcinoma cell lines, particularly among cells lines from distinct subsites, as well as between primary culture of human keratinocytes and immortalized keratinocyte cell lines. Conclusions: Primary cultures of human keratinocytes and diverse tumor cell lines are relatively easy to obtain. However, each cell model possesses a characteristic phenotype; whereas one may be useful for a specific study, it may be inappropriate for another. Therefore, it is imperative that suitable cell lines are cautiously selected for functional studies in cancer.

Objetivo: Estudos funcionais in vitro são essenciais para a compreensão do papel de microRNAs, pequenas moléculas de RNA que desempenham papel importante na regulação gênica, no câncer. Neste estudo, analisamos a viabilidade de linhagens celulares derivadas de carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço, queratinócitos orais provenientes de culturas primárias e queratinócitos imortalizados, como modelos para estudos funcionais de microRNAs previamente identificados como desregulados nesse tipo de carcinoma. Métodos: Avaliamos a expressão de quatro microRNAs em linhagens celulares e em cultura primária de queratinócitos orais por meio de reações em cadeia da polimerase em tempo real específica. As linhagens celulares de carcinoma epidermoide de boca foram previamente caracterizadas quanto ao seu perfil de sequências de DNA do tipo STR (do inglês short tandem repeats ou repetições curtas em sequência) com o objetivo de confirmar a identidade da linhagem. Avaliamos ainda a possível influência da expressão gênica detectada na camada de sustentação usada no cultivo de queratinócitos no resultado global obtido. Resultados: Nossos resultados apontam diferenças significativas na expressão dos microRNAs entre linhagens celulares passíveis de serem utilizadas como modelos para estudos funcionais em carcinoma epidermoide de cabeça e pescoço. Ressaltam-se diferenças entre linhagens de carcinoma de língua e de faringe, bem como diferenças expressivas entre a linhagem de queratinócitos orais imortalizados e queratinócitos orais normais provenientes de culturas primárias. Conclusão: Culturas primárias de queratinócitos orais bem como linhagens tumorais são obtidas de forma relativamente simples. Entretanto, cada modelo celular possui características particulares que os tornam mais ou menos adequados para um determinado estudo. Conclui-se que a seleção cuidadosa das linhagens é fundamental para estudos funcionais sobre câncer.

Real-time PCR in infectious uveitis as an alternative diagnosis / PCR em tempo real em uveites infecciosas como um diagnóstico alternativo

PURPOSE: Uveitis is a major visual impairment disease affecting parts or the entire uveal tract and occasionally the sclera, the cornea or the optic nerve. The disease is a major cause of ocular morbidity and blindness in immunocompetent and immunocompromised patients. In this work we analyzed the sensitivity and specificity of real-time PCR to detect the etiological agent from blood, plasma, vitreous and aqueous humor and compared with the diagnostic hypothesis. METHODS: Twenty-seven patients (13 male) were studied and Real-time PCR method was used for the detection of herpes simplex virus 1 (HSV-1), herpes simplex virus 2 (HSV-2), varicella zoster virus (VZV), cytomegalovirus (CMV), Mycobacterium tuberculosis (TB) and Toxoplasma gondii (Toxo) in the aqueous humor as well as in the vitreous, blood and plasma. RESULTS: Our results showed the presence of Toxo, CMV, VZV or HSV-2 in 19.2 percent of aqueous humor samples, and in 30 percent of vitreous humor samples. In plasma and blood samples, only CMV was detected (11.1 percent and 3.7 percent, respectively). CONCLUSION: Real-time PCR was able to detect and to confirm diagnostic hypothesis in uveitis. Our data also confirms that vitreous humor is the best source for molecular diagnosis of infectious uveitis but indicates aqueous humor samples that are easier to obtain may also be appropriate to be tested by Real-time PCR.

OBJETIVO: Uveíte é a maior causa de doença ocular que afeta o trato uveal, e ocasionalmente a esclera, cornea e o nervo óptico. Esta doença é a maior causa de morbidade ocular e cegueira em pacientes imunocompetentes e imunossuprimidos. Neste trabalho nós analisamos a sensiblidade e especificidade do PCR em tempo real para detectar agentes etiológicos no sangue, plasma, humor vítreo e aquoso, e comparamos com a hipótese diagnóstica. MÉTODOS: Vinte e sete pacientes (13 homens) foram estudados e o método de PCR em tempo real foi usado para detectar o vírus da herpes simples 1 (HSV-1), vírus da herpes simples 2 (HSV-2), vírus varicella zoster (VZV), citomegalovírus (CMV), Mycobacterium tuberculosis (TB) e Toxoplama gondii (Toxo) no humor aquoso e vítreo, além do sangue e plasma. RESULTADOS: Nossos resultados mostraram a presença de Toxo, CMV, VZV ou HSV-2 em 19,2 por cento das amostras de humor aquoso, e em 30 por cento das amostras de humor vítreo. Nas amostras de plasma e sangue somente CMV foi detectado (11,1 por cento e 3,7 por cento, respectivamente). CONCLUSÃO: PCR em tempo real foi capaz de detectar e confirmar a hipótese diagnóstica em uveíte. Nossos dados confirmam que o humor vítreo é a melhor fonte para diagnóstico molecular de uveíte infecciosa, porém o humor aquoso também foi uma fonte importante de detecção, além de ser mais fácil de se obter.

Full-length genomic sequence of hepatitis B virus genotype C2 isolated from a native Brazilian patient

The hepatitis B virus (HBV) is among the leading causes of chronic hepatitis, cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In Brazil, genotype A is the most frequent, followed by genotypes D and F. Genotypes B and C are found in Brazil exclusively among Asian patients and their descendants. The aim of this study was to sequence the entire HBV genome of a Caucasian patient infected with HBV/C2 and to infer the origin of the virus based on sequencing analysis. The sequence of this Brazilian isolate was grouped with four other sequences described in China. The sequence of this patient is the first complete genome of HBV/C2 reported in Brazil.

Alterações citogenéticas e moleculares em leucemia mieloide aguda: revisão e descrição de casos / Molecular and cytogenetic abnormalities in acute myeloid leukemia: review and case studies

Objective: To study the frequency of mutations that may lead to a good or bad prognosis, as well as their relation with the karyotype and immunophenotype in patients with acute myeloid leukemia. Methods: Thirty samples of patients with acute myeloid leukemia were studied, in which FLT3-ITD, FLT3-TKD and NPM1 mutations were investigated. All samples were submitted to immunophenotyping and 25 to karyotyping. Results: An occurrence of 33.3% NPM1 mutation and an equal number of FLT3-ITD mutation were observed. When only the cases with normal karyotype were studied, this figures increased to 50 and 40%, respectively. Eight percent of cases with normal karyotype and genotype NPM1+/FLT3- were included in the group of acute myeloid leukemia with good prognosis. The typical phenotype of acute myeloid leukemia with normal karyotype and mutated PM1 (HLA-DR and CD34 negative) was not observed in this small series. Conclusion: Good prognosis cases were identified in this series, emphasizing the need to include new genetic markers in the diagnostic routine for the correct classification of acute myeloid leukemia, to more properly estimate prognosis and determine treatment.

Objetivo: Estudar a frequência de mutações, que podem configurar bom ou mau prognóstico, bem como sua relação com estudo de cariótipo e imunofenotípico, em portadores de leucemias mieloides agudas. Métodos: Foram estudadas 30 amostras de portadores de leucemias mieloides agudas, que foram submetidas à pesquisa das mutações FLT3-ITD, FLT3-TKD e NPM1. Todas as amostras foram submetidas a estudo munofenotípico e 25 delas foram submetidas a estudo cariotípico. Resultados: Pudemos observar frequência de 33,3% de mutação NPM1 e igual número em FLT3-ITD, frequênciaque se elevou para 50 e 40% quando se estudaram apenas os casos com cariótipo normal. Dos casos com cariótipo normal, 8% apresentaram o genótipo NPM1+/FLT3-, migrando para o grupo de leucemia mieloide aguda de bom prognóstico. Não observamos o fenótipo típico das leucemias mieloides agudas com cariótipo normal e NPM1 mutado (HLA-DR e CD34 negativos) nesta pequena casuística. Conclusão: O presente estudo foi capaz de identificar casos de bom prognóstico, enfatizando que há necessidade de se incorporarem à rotina diagnóstica novos marcadores genéticos, para a correta estratificação prognóstica e orientação terapêutica da leucemia mieloide aguda.

A real-time quantitative assay for hepatitis B DNA virus (HBV) developed to detect all HBV genotypes / Ensaio quantitativo em tempo real para o DNA do vírus da hepatite B (HBV) desenvolvido para detectar todos os genótipos do HBV

Hepatitis B virus (HBV) is a major cause of chronic liver disease worldwide. Besides genotype, quantitative analysis of HBV infection is extensively used for monitoring disease progression and treatment. Affordable viral load monitoring is desirable in resource-limited settings and it has been already shown to be useful in developing countries for other viruses such as Hepatitis C virus (HCV) and HIV. In this paper, we describe the validation of a real-time PCR assay for HBV DNA quantification with TaqMan chemistry and MGB probes. Primers and probes were designed using an alignment of sequences from all HBV genotypes in order to equally amplify all of them. The assay is internally controlled and was standardized with an international HBV panel. Its efficacy was evaluated comparing the results with two other methods: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) and another real-time PCR from a reference laboratory. Intra-assay and inter-assay reproducibilities were determined and the mean of CV values obtained were 0.12 and 0.09, respectively. The assay was validated with a broad dynamic range and is efficient for amplifying all HBV genotypes, providing a good option to quantify HBV DNA as a routine procedure, with a cheap and reliable protocol.

O vírus da Hepatite B (HBV) é uma das principais causas de doença crônica do fígado no mundo. Além do genótipo, a análise quantitativa do HBV é amplamente utilizada para monitorar a progressão da doença e o tratamento. Em locais com recursos escassos, métodos baratos para o monitoramento da carga viral são desejáveis e, em países em desenvolvimento, sua utilidade já foi demonstrada para outros vírus, como o da Hepatite C e HIV. Neste trabalho, descrevemos a validação de um teste de PCR em Tempo Real para a quantificação do DNA do HBV utilizando sondas Taqman/MGB. Os oligos e sondas foram escolhidos usando um alinhamento contendo seqüências de todos os genótipos do HBV para garantir uma amplificação igual de todos eles. O teste possui um controle interno e foi padronizado com um painel internacional de HBV. Sua eficácia foi testada comparando-se os resultados com outros dois métodos: Versant HBV DNA Assay 3.0 (bDNA, Siemens, NY, USA) e outro PCR em tempo real realizado em um laboratório de referência. As reprodutibilidades intra e inter-ensaio foram determinadas e a média dos valores de CV obtidos foram de 0,12 e 0,09, respectivamente. O teste foi validado com uma ampla faixa dinâmica e amplificou com eficiência os diferentes genótipos de HBV, fornecendo uma boa opção para a quantificação de rotina do DNA do HBV, com um protocolo barato e confiável.

Genotyping of hepatitis B virus in a cohort of patients evaluated in a hospital of Porto Alegre, south of Brazil

CONTEXT: In recent years the hepatitis B virus (HBV) genotyping has been considered a relevant factor in the natural history of the disease. OBJECTIVE: To determine hepatitis B virus genotypes and its epidemiological and clinical implications, in a cohort of patients in a hospital in Porto Alegre, South of Brazil. Methods - Sixty seven patients with HBV chronic infection markers who were being treated at ''Complexo Hospitalar Santa Casa'', in Porto Alegre, RS, Brazil, were evaluated. Demographic and epidemiological data were collected from these group of patients by following a standard protocol and ALT and HBeAg were determined. The genotypes and subtypes were determined by in-house PCR and, finally, the samples were sequenced. The level of significance used was 5 percent. RESULTS: The qualitative analysis for HBV-DNA by PCR was positive in 79.1 percent of the samples (53/67). The genotype was determined in all positive VHB-DNA samples and the genotypes A (34 percent), D (60.4 percent) and F (5.4 percent) as well as the subtypes adw, ayw and adw4 were found. No significant correlation was found between the hepatitis B virus genotypes and demographic variables considered as risk factors for hepatitis B virus infection. There was also no correlation between the genotypes and the serological and laboratory variables related to liver disease. CONCLUSION: We concluded that the most prevalent genotype found was D. However, further studies are needed to allow us to evaluate the implications of genetic variability in the clinical evolution of HBV carriers.

CONTEXTO: Nos últimos anos a genotipagem do vírus da hepatite B (VHB) tem sido considerado fator relevante para a história natural da doença. OBJETIVOS: Determinar os genótipos do VHB e suas implicações clínicas e epidemiológicas, em uma coorte de pacientes em um hospital de Porto Alegre, RS, sul do Brasil. MÉTODOS: Foram avaliados 67 pacientes com marcadores de infecção crônica pelo VHB que estavam sendo tratados no Complexo Hospitalar Santa Casa de Porto Alegre, RS. Foi aplicado um protocolo com dados demográficos e epidemiológicos dos pacientes, e AgHBe e ALT foram determinadas. Os genótipos e subtipos foram determinados por PCR in-house e, finalmente, as amostras foram sequenciadas. O nível de significância utilizado foi de 5 por cento. RESULTADOS: A análise qualitativa de VHB-DNA por PCR foi positiva em 79,1 por cento das amostras (53/67). O genótipo foi determinado em todas as amostras de VHB-DNA positivo. A análise demonstrou a presença dos genótipos A (34 por cento), D (60,4 por cento) e F (5,4 por cento). Foram encontrados os seguintes subtipos: adW, ayw e adw4. Nenhuma correlação significativa foi encontrada entre os genótipos do VHB e as variáveis demográficas estudadas como fator de risco para infecção pelo VHB, e com os exames sorológicos e laboratoriais de doença hepática. CONCLUSÃO: O genótipo mais prevalente encontrado foi o D. No entanto, mais estudos são necessários para que se possa avaliar as implicações da variabilidade genética na evolução clínica de portadores do VHB.

Simultaneous quantitation of serum HBV DNA and HBeAg can distinguish between slow and fast viral responses to antiviral therapy in patients with chronic hepatitis B / A quantificação simultânea do DNA VHB e do AgHBe séricos podem distinguir entre resposta viral lenta e rápida à terapêutica anti-viral em pacientes com hepatite crônica B

BACKGROUND: The quantitation of serum HBeAg is not commonly used to monitor viral response to therapy in chronic hepatitis B. METHODS: In this study, 21 patients receiving varying therapies were followed and their viral response monitored by concomitant viral load and HBeAg quantitation in order to study the meaning and the kinetics of both parameters. RESULTS: It was possible to distinguish between three different patterns of viral response. The first was characterized by a simultaneous decrease in serum HBV DNA and HBeAg. The second pattern was characterized by a decrease in serum HBeAg but persistent detection of HBV DNA. The third pattern was characterized by undetectable HBV DNA with persistent HBeAg positivity, which points to a non-response (Pattern III-B) except when HBeAg levels showed a slow but steady drop, characterizing a "slow responder" patient (Pattern III-A). CONCLUSIONS: The first pattern is compatible with a viral response. A long-term HBeAg seropositivity with a slow and persistent decrease (Pattern III-A) is also compatible with a viral response and calls for a prolongation of anti-viral treatment.

INTRODUÇÃO: A quantificação do AgHBe sérico não é habitualmente utilizada para monitorizar a resposta viral ao tratamento da hepatite crônica B. MÉTODOS: Neste estudo, 21 pacientes sob tratamento com diferentes terapias foram acompanhados e a resposta viral monitorizada pela quantificação concomitante da carga viral e do AgHBe a fim de investigar o significado e a cinética de ambos os parâmetros. RESULTADOS: Distinguiram-se três diferentes padrões de resposta viral. O primeiro caracterizou-se pela redução simultânea do HBV DNA e AgHBe séricos. O segundo padrão caracterizou-se por uma redução do AgHBe porém com detecção persistente do HBV DNA. O terceiro padrão caracterizou-se por HBV DNA indetectável com positividade persistente do AgHBe, sugerindo ausência de resposta (Padrão III-B), exceto quando os níveis de AgHBe mostraram uma queda lenta porém persistente, caracterizando um "respondedor lento" (Padrão III-A). CONCLUSÕES: O primeiro padrão é compatível com resposta viral. Uma seropositividade prolongada do AgHBe porém com uma redução lenta e persistente (Padrão III-A) é também compatível com resposta viral, sugerindo o prolongamento do tratamento anti-viral.

Utilização da técnica de PCR para monitoramento molecular de quimerismo pós-transplantes / Using PRC for molecular monitoring of p´post transpalntation chimerism

O monitoramento pós-transplante de órgãos sólidos e medula óssea tornou-se uma ferramenta imprescindível para aumentar a sobrevida dos enxertos, sendo o termo quimerismo utilizado paradescrever a presença de células do doador nos pacientes receptores de transplantes. O presente artigo descreve as diversas aplicações e avanços nas técnicas que podem ser utilizadas para a detecção e monitoramento quantitativo do quimerismo póstransplantes,em especial a metodologia de PCR utilizando oligonucleotídeos fluorescentes e seqüenciadores automáticos para amplificação e detecção de marcadores conhecidos como microssatélites, ou STRs.

Predictive factors for response to lamivudine in chronic hepatitis B

BACKGROUND: Lamivudine has been shown to be an efficient drug for chronic hepatitis B (CHB) treatment. AIM: To investigate predictive factors of response, using a quantitative method with high sensitivity. METHODS: We carried out a prospective trial of lamivudine in 35 patients with CHB and evidence for viral replication, regardless to their HBeAg status. Lamivudine was given for 12 months at 300 mg daily and 150 mg thereafter. Response was considered when DNA was undetectable by PCR after 6 months of treatment. Viral replication was monitored by end-point dilution PCR. Mutation associated with resistance to lamivudine was detected by DNA sequencing in non-responder patients. RESULTS: Response was observed in 23/35 patients (65.7 per cent) but only in 5/15 (33.3 per cent) HBeAg positive patients. Only three pre-treatment variables were associated to low response: HBeAg (p = 0.006), high viral load (DNA-VHB > 3 x 10(6) copies/ml) (p = 0.004) and liver HBcAg (p = 0.0028). YMDD mutations were detected in 7/11 non-responder patients. CONCLUSIONS: HBeAg positive patients with high viral load show a high risk for developing drug resistance. On the other hand, HBeAg negative patients show a good response to lamivudine even with high viremia.

Quantitation of HIV-1 RNA viral load using Nucleic Acid Sequence Based Amplification methodology and comparison with other surrogate markers for disease progression

In this study, HIV-1 viral load quantitation determined by Nucleic Acid Sequence Based Amplification (NASBA) was compared with other surrogate disease progression markers (antigen p24, CD4/CD8 cell counts and Beta-2 microglubulin) in 540 patients followed up at Säo Paulo, SP, Brazil. HIV-1 RNA detection was statistically associated with the presence of antigen p24, but the viral RNA was also detected in 68 per cent of the antigen p24 negative samples, confirming that NASBA is much more sensitive than the determination of antigen p24. Regarding other surrogate markers, no statistically significant association with the detection of viral RNA was found. The reproducibility of this viral load assay was assessed by 14 runs of the same sample, using different reagents batches. Viral load values in this sample ranged from 5.83 to 6.27 log (CV=36 per cent), less than the range (0.5 log) established to the determination of significant viral load changes.