Prevalencia de β-lactamasa CTX-M-15 en grupos filogenéticos de Escherichia coli uropatógena aisladas en pacientes de la comunidad en Mérida, Venezuela / Prevalence of β-lactamase CTX-M-15 in phylogenetic groups of uropathogenic Escherichia coli isolated from patients in the community of Merida, Venezuela

En este estudio se determinó la prevalencia de b-lactamasas de espectro extenso (BLEEs) en grupos filogenéticos de E. coli uropatógena (ECUP) aislados en pacientes de la comunidad. Durante Enero 2009 a Julio 2010, se coleccionaron 21 cepas de ECUP, con susceptibilidad disminuida a las cefalosporinas de amplio espectro, provenientes de pacientes que asistieron al Laboratorio de Salud Pública del estado Mérida, Venezuela con diagnóstico de infección del tracto urinario (ITU). La caracterización genotípica determinó que todas las cepas ECUP albergaban genes blaBLEEs. En el 76,2% de las cepas se observó la presencia de un único gen productor de BLEE, representado por blaCTX-M-15, mientras que el 23,8% estuvo conformado por ECUP con diversas combinaciones de genes bla (blaCTX-M-15 + blaTEM-1, blaCTX-M-15 + blaSHV y blaSHV + blaTEM-1). El 61,9% de los aislados se ubicó en el filogrupo A y el resto de las cepas en el grupo B2 (38,1%). No se evidenció la diseminación de una clona de ECUP particular, solo 7 cepas demostraron pertenecer a un grupo clonal con un índice de similitud de más de 85%. De acuerdo a nuestro conocimiento, esta es la primera descripción de blaCTX-M-15 en ECUP causantes de ITU en pacientes de la comunidad, lo que evidencia que Venezuela también forma parte de la llamada pandemia CTX-M-15. Los hallazgos obtenidos en este estudio y las implicaciones clínicas y epidemiológicas que de ello derivan, conllevan a la necesidad de controlar y vigilar la diseminación de ECUP productora de CTX-M-15 no sólo en el ámbito regional sino también nacional.

In this study we determined the prevalence of extended-spectrum b-lactamases (ESBLs) in phylogenetic groups of uropathogenic E. coli (UPEC) isolated from patients in the community. Twenty one UPEC strains with reduced susceptibility to broad-spectrum cephalosporins were collected between January 2009 and July 2010, from patients with urinary tract infection who attended the Public Health Laboratory in Mérida, Venezuela. Genotypic characterization determined that all UPEC strains harbored blaBLEEs genes: 76.2% of the strains showed the presence of a single ESBL-producer gene, represented by blaCTX-M-15, whereas 23.8% of UPEC showed various combinations of bla genes (blaCTX-M-15 + blaTEM-1, blaCTX-M-15 + blaSHV and blaSHV + blaTEM-1). In this study, 61.9% of the isolates were placed in phylogroup A and the remaining strains were assigned to group B2 (38.1%). There was no evidence of spread of a particular UPEC clone; only seven strains belonged to a clonal group with an index of similarity greater than 85%. To our knowledge, this is the first description of blaCTX-M-15 in UPEC from patients with community-acquired urinary tract infections, which shows that Venezuela is also part of the so-called CTX-M-15 pandemic. The findings in this study, as well as its clinical and epidemiological implications, lead to the need for monitoring and controlling the spread of CTX-M-15 producing UPECs, not only regionally, but also nationwide.

Analysis of real time PCR amplification efficiencies from three genomic region of dengue virus / Análisis de las eficiencias de amplificación por PCR en tiempo real de tres regiones genómicas del virus dengue

Early diagnosis of dengue virus (DENV) infection represents a key factor in preventing clinical complications attributed to the disease. The aim of this study was to evaluate the amplification efficiencies of an in-house quantitative real time-PCR (qPCR) assay of DENV, using the non-structural conserved genomic region protein-5 (NS5) versus two genomic regions usually employed for virus detection, the capsid/pre-membrane region (C-prM) and the 3’-noncoding region (3’NC). One-hundred sixty seven acute phase serum samples from febrile patients were used for validation purposes. Results showed that the three genomic regions had similar amplification profiles and correlation coefficients (0.987-0.999). When isolated viruses were used, the NS5 region had the highest qPCR efficiencies for the four serotypes (98-100%). Amplification from acute serum samples showed that 41.1% (67/167) were positive for the universal assay by at least two of the selected genomic regions. The agreement rates between NS5/C-prM and NS5/3’NC regions were 56.7% and 97%, respectively. Amplification concordance values between C-prM/NS5 and NS5/3’NC regions showed a weak (k= 0.109; CI 95%) and a moderate (k= 0.489; CI 95%) efficiencies in amplification, respectively. Serotyping assay using a singleplex NS5-TaqMan® format was much more sensitive than the C-prM/SYBR Green® I protocol (76%). External evaluation showed a high sensitivity (100%), specificity (78%) and high agreement between the assays. According to the results, the NS5 genomic region provides the best genomic region for optimal detection and typification of DENV in clinical samples.

El diagnóstico precoz de la infección por el virus dengue (DENV) constituye un elemento clave para la prevención de las complicaciones clínicas propias de la enfermedad. El objetivo del estudio fue evaluar la detección de DENV mediante un ensayo cuantitativo de PCR-tiempo real (qPCR), desarrollado localmente, utilizando la región no-estructural-5 (NS5), versus dos regiones tradicionalmente empleadas para la detección del virus, la región cápside/pre-membrana (C-prM), y la región noncodificante-3’ (3’NC). Se recolectaron 167 muestras de suero de pacientes en fase aguda de la enfermedad. Las tres regiones génicas tuvieron perfiles de amplificación/coeficientes de correlación similares (0,987-0,999). Sin embargo, la región NS5 tuvo la eficiencia de amplificación más elevada para los cuatro serotipos (98-100%). Durante el proceso de validación, 41,1% (67/167) de las muestras de suero resultaron positivas para DENV al menos por dos de las regiones genómicas empleadas. Los valores de concordancia entre las regiones NS5/C-prM y NS5/3’NC fueron de 56,7% y 97%, respectivamente. La concordancia fue débil entre las regiones NS5/C-prM (k= 0,109; CI 95%), sin embargo, fue moderada entre las regiones NS5/3’NC (k= 0,489; CI 95%). El ensayo de tipificación uniplex en formato NS5/TaqMan® mostró alta sensibilidad (100%) que el protocolo C-prM/SYBRGreen®-I (76%). La validación externa del ensayo mostró una alta sensibilidad (100%), especificidad (78%) y acuerdo alto entre los ensayos utilizados. De acuerdo a los resultados obtenidos, la región NS5 ofrece la mayor opción para la detección y serotipificación del DENV en muestras clínicas.

Comparative analysis of three methods for HPV DNA detection in cervical samples / Análisis comparativo de tres métodos para la detección del ADN de VPH en muestras de cuello uterino

High risk HPV infection is considered to play a central role in cervical carcinogenesis. HPV DNA testing has shown to be a very useful tool for screening and following cervical infections. The aim of this study was to compare three methods for HPV DNA detection, along with cytology and colposcopy analysis. Cervical samples were collected from 100 sexually active women in Mérida, western Venezuela. HPV infection was screened using Hybrid-Capture 2 (HC2), L1-Nested-PCR and E6/E7-PCR assays. 40% of the samples (40/100) were HPV positive by at least one of the DNA detection methods. HC2 detected HPV in 12% specimens. L1- and E6/E7-PCRs showed 50% sensitivity and 77% specificity.The agreement rate between HC2 and both PCR assays was 65%. Kappa value showed moderate concordance between HC2 and both PCR methods (κ=0.55; CI 95%). Also moderate concordance was seen when L1- and E6/E7-PCRs were compared (κ=0.48; CI 95%). There was a significant association between the Schiller test and E6/E7-PCR (p=0.006) for HPV infection. An acceptable agreement between all three assays for HPV detection was observed. Nevertheless, different PCR formats need to be further analyzed in order to make the right choice of method for HPV testing.

La infección con VPH de alto riesgo es el principal factor etiológico asociado al desarrollo de carcinogénesis cervical y las pruebas de detección de ADN-VPH han mostrado ser una herramienta esencial para la pesquisa y seguimiento de estas infecciones. El objetivo del estudio ha sido comparar tres métodos para la detección del ADN viral, en combinación con los análisis colposcópico y citológico. Se obtuvieron muestras cervicales de 100 mujeres sexualmente activas, en Mérida, Venezuela. La detección de infecciones por VPH se realizó por Captura Híbrida 2 (CH2) y los ensayos de PCR “L1-Nested-PCR” y “E6/E7-PCR”. 40% de las muestras (40/100) fueron positivas para VPH por al menos uno de los métodos aplicados. 12% de las muestras analizadas fueron positivas para VPH por CH2. Las dos PCR utilizadas mostraron un 50% de sensibilidad y 77% de especificidad. La coincidencia observada entre CH2 y las dos PCR fue del 65%. La determinación del valor Kappa mostró una concordancia moderada entre CH2 y ambos métodos de PCR (κ=0,55; CI 95%). También existió concordancia moderada al comparar las PCR de las regiones L1 y E6/E7 de VPH (κ=0,48; CI 95%). Hubo una asociación significativa entre el resultado del test de Schiller y la PCR E6/E7 (p=0,006) para la infección por VPH. Se determinó una concordancia aceptable entre los tres métodos aplicados para la detección de VPH; sin embargo, las PCR deben ser analizadas en trabajos futuros con el fin de establecer las pruebas más adecuadas para la detección viral.

Infección cervical por el virus del papiloma humano: diagnóstico por citología y por captura de híbridos del ADN viral / Infection cervical by the papillomavirus human: diagnostic by citology and by capture of hybrid of the ADN viral

Comparar la citología con el método de captura de híbridos del ADN viral para diagnóstico del virus del papiloma humano. Se estudiaron 101 mujeres que acudieron a la consulta de ginecología en la Sociedad Anticancerosa de Mérida, Estado Mérida. Facultad de Medicina y Farmacia de la Universidad de Los Andes, Mérida. Se obtuvieron muestras cervicales para la realización de ambos métodos. Diez resultaron positivas para el método de captura. La citología detectó "lesión intraepitelial escamosa de bajo grado" en dos de los casos positivos por el método de captura. Los casos restantes fueron descritos como "otras alteraciones". Las citologías "normales" resultaron negativas por el mismo método. La citología de células cervicales es un método poco sensible para establecer diagnóstico de infección por virus del papiloma humano. Se recomienda el método de captura de híbrido del ADN viral en mujeres con citología anormal y confirmación de casos dudosos