Desarrollo y validación del método de amplificación isotérmica mediada en lazo para la detección del virus Zika / Development and validation of loop-mediated isothermal amplification for the detection of the Zika virus

RESUMEN Se desarrolló un método de amplificación isotérmica mediada en lazo de transcriptasa inversa (RT-LAMP) para detectar Zika. Los primers se diseñaron basándose en la región NS5 de 64 genomas completos. Se usó reactivo LAMP liofilizado. Inicialmente, se probaron siete arbovirus diferentes y solo las muestras de Zika resultaron positivas. Además, las diluciones seriadas de una de los ARN de Zika se compararon mediante RT-LAMP y qRT-PCR, demostrando que RTLAMP es 1000 veces más sensible. También se evaluó 300 muestras de suero usando RT-LAMP y los resultados se compararon con los métodos de qRT-PCR estándar y obtuvimos un 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de sensibilidad, 100% (IC95%: 99,7 - 100,0) de especificidad, 100% (IC95%: 99,7 -100,0) de valor predictivo positivo y 99,3% (IC95%: 97,7 - 100,0) de valor predictivo negativo. En conclusión, este método brinda una alternativa de bajo costo, alto rendimiento, viabilidad y confiabilidad para el diagnóstico rápido de Zika en instalaciones de atención primaria de salud.

ABSTRACT A Reverse Transcription Loop-mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) method was developed to detect Zika. The primers were designed based on the NS5 region of 64 complete genomes. Lyophilized LAMP reagent was used. Initially, seven different arboviruses were tested and only Zika samples tested positive. Additionally, serial dilutions of one of Zika's RNA were compared using RT-LAMP and qRT-PCR, demonstrating that RT-LAMP is 1,000 times more sensitive. We also evaluated 300 serum samples with RT-LAMP comparing the results with standard qRT-PCR methods, and we obtained a 99.3% sensitivity, 100% specificity, 100% positive predictive value, and 99.3% negative predictive value. In conclusion, this method provides a low-cost, high-performance, viable, and reliable alternative for the rapid diagnosis of Zika in primary health-care facilities.

Variabilidad genética en regiones codificantes del antígeno de superficie y el dominio de la transcriptasa inversa de la polimerasa del virus de la hepatitis B, Colombia, 2002-2014 / Genetic variability in coding regions of the surface antigen and reverse transcriptase domain of hepatitis B virus polymerase, Colombia, 2002-2014

Introducción. Se estima que 240 millones de personas en el mundo tienen infección crónica con el virus de la hepatitis B (HBV). En Colombia, la endemia es variable y circulan diferentes genotipos virales. Las mutaciones a lo largo del genoma se han asociado con resistencia antiviral, el escape ante la reacción de anticuerpos neutralizadores tras la vacunación o a la infección natural, la infección oculta y la progresión a carcinoma hepatocelular. Objetivo. Identificar los genotipos y las mutaciones presentes en la región codificante del antígeno de superficie (S) y del dominio de la transcriptasa inversa (reverse transcriptase, RT) de la polimerasa del HBV en muestras de suero remitidas al Instituto Nacional de Salud de Colombia para el diagnóstico de hepatitis B, entre el 2002 y el 2014. Materiales y métodos. En 495 muestras de suero positivas para el antígeno de superficie de la hepatitis B (HBsAg) se buscó el ADN viral, se amplificó y secuenció un fragmento de 1.591 nucleótidos y, posteriormente, se hizo el análisis filogenético correspondiente. Resultados. En 66 de las muestras se logró detectar el genoma viral y 28 de ellas se secuenciaron exitosamente. El análisis filogenético permitió identificar los genotipos y subgenotipos F3 y A2. Una muestra presentó simultáneamente las sustituciones de resistencia L180M y M204V, otra presentó la sustitución I169L y en una se identificó la mutación P120Q, previamente asociada con variantes de escape. Dos muestras presentaron una deleción de 105 nucleótidos en la región preS1-preS2. Conclusiones. Se corroboró la circulación en Colombia de los genotipos y subgenotipos F3 y A2, así como la presencia de mutaciones de resistencia y escape. El presente estudio constituye un aporte a la epidemiologia molecular del HBV en Colombia.

Introduction: Despite the availability of an effective vaccine and treatment to reduce the viral load and progressive hepatocellular injury, approximately 240 million people worldwide are chronically infected with the hepatitis B virus (HBV). In Colombia, the circulation of different viral genotypes has been confirmed. Mutations in the genome have been associated to antiviral therapy resistance, viral escape to neutralizing antibodies, occult infection and progression to hepatocellular carcinoma. Objective: To identify the genotypes and the presence of mutations in the coding region of the surface (S) antigen and the reverse transcriptase (RT) domain of the polymerase of HBV obtained from serum samples for hepatitis B diagnosis received by the Instituto Nacional de Salud during the period 2002-2014. Materials and methods: A total of 495 serum samples with previous HBsAg reactive result were used for molecular detection. A fragment of 1,591 nucleotides was sequenced, and the corresponding phylogenetic analysis was performed. Results: We detected the viral genome of HBV in 66 samples and 28 were successfully sequenced. The phylogenetic analysis allowed the identification of subgenotypes F3 and A2. The L180M and M204V resistance mutations were simultaneously identified in one sample, while the I169L resistance mutation was identified in another one. A single escape mutation, P120Q, was identified in one more. Two samples showed a deletion of 105 nucleotides in the preS1-preS2 region. Conclusions: The circulation of genotypes/subgenotypes F3 and A2 of HBV in Colombia was corroborated, as well as the presence of some resistance and escape mutations. The present study constitutes a contribution to the molecular epidemiology of HBV in Colombia.