DNA extraction methods for molecular detection of Eimeria spp. in cattle and sheep / Métodos de extração de DNA para detecção molecular de Eimeria spp. em bovinos e ovinos

Molecular detection of Eimeria species in fecal samples can be useful for experimental and diagnostic purposes. However, the parasite quantity presence in feces and the oocyst wall are an obstacle in DNA extraction protocols. Therefore, adequate sampling and effective disruption of the oocysts are essential to improve the accuracy of DNA detection by PCR. The aims of this study were to evaluate the suitability of six protocols for DNA extraction from Eimeria spp. present in bovine and sheep. Twenty pools of fecal samples from cattle (10 pools) and sheep (10 pools) were distributed to six DNA extraction protocols: commercial kit, commercial kit with modification, DNAzol, cetyl-trimethyl ammonium bromide (CTAB), glass beads and commercial kit for fecal samples. Fecal samples were submitted to DNA extraction and PCR. Among the protocols tested, CTAB was determined to be most suitable for DNA extraction from oocysts (90% of DNA detection by PCR); DNAzol and CTAB resulted in higher DNA detection from bovine samples (80%). CTAB and commercial kit with modification improved PCR detection of Eimeria spp. in sheep samples, with positive amplification of DNA in all tested samples.(AU)

A detecção molecular de espécies de Eimeria em amostras fecais pode ser útil para fins experimentais e de diagnóstico. No entanto, a quantidade de parasitas nas fezes e a parede do oocisto são um obstáculo nos protocolos de extração de DNA. Portanto, uma amostragem adequada e a ruptura efetiva dos oocistos são essenciais para melhorar a precisão da detecção de DNA por PCR. Os objetivos deste estudo foram avaliar seis protocolos para extração de DNA de Eimeria spp. em amostras de bovinos e ovinos. Foram distribuídos 20 grupos de amostras fecais de bovinos (10 grupos) e ovinos (10 grupos) em seis protocolos de extração de DNA: kit comercial, kit comercial com modificação, DNAzol, brometo de cetil-trimetil amônio (CTAB), pérolas de vidro e kit comercial para amostras fecais. As amostras fecais foram submetidas à extração de DNA e PCR. Entre os protocolos testados, CTAB foi considerado o mais adequado para extração de DNA de oocistos (90% de detecção de DNA por PCR); DNAzol e CTAB resultaram em maior detecção de DNA em amostras de bovinos (80%). CTAB e kit comercial com modificação melhoraram a detecção por PCR de Eimeria spp. em amostras de ovinos, amplificação positiva de DNA em todas as amostras testadas.(AU)

Frequency of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) in non-clinical Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium strains / Frequência das repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente interespaçadas (CRISPRs) em cepas não-clínicas de Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium

Abstract The fidelity of the genomes is defended by mechanism known as Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) systems. Three Type II CRISPR systems (CRISPR1- cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas) have been identified in enterococci isolates from clinical and environmental samples. The aim of this study was to observe the distribution of CRISPR1-cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas in non-clinical strains of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolates from food and fecal samples, including wild marine animals. The presence of CRISPRs was evaluated by PCR in 120 enterococci strains, 67 E. faecalis and 53 E. faecium. It is the first report of the presence of the CRISPRs system in E. faecalis and E. faecium strains isolated from wild marine animal fecal samples. The results showed that in non-clinical strains, the CRISPRs were more frequently detected in E. faecalis than in E. faecium. And the frequencies of CRISPR1-cas and CRISPR2 were higher (60%) in E. faecalis strains isolated from animal feces, compared to food samples. Both strains showed low frequencies of CRISPR3-cas (8.95% and 1.88%). In conclusion, the differences in the habitats of enterococcal species may be related with the results observe in distribution of CRISPRs systems.

Resumo A fidelidade dos genomas ​​é defendida por mecanismos conhecidos como sistemas de repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente interespaçadas (CRISPRs). Três tipos de sistemas CRISPR II (CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas) têm sido identificados em cepas de enterococos isolados de amostras clínicas e ambientais. O objetivo deste estudo foi observar a distribuição dos CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas em cepas não-clínicas de Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium isoladas de amostras alimentícias e fecais, incluindo animais marinhos selvagens. A presenca dos CRISPRs foi determinada por PCR em 120 cepas de enterococos, sendo 67 E. faecalis e 53 E. faecium. É o primeiro relato da presença do sistema CRISPRs nas estirpes E. faecalis e E. faecium isoladas de amostras fecais de animais marinhos selvagens. Os resultados mostraram que em cepas não-clínicas, os CRISPRs foram mais frequentemente detectados em E. faecalis do que em E. faecium. E as frequências de CRISPR1-cas e CRISPR2 foram maiores (60%) em cepas de E. faecalis isoladas de fezes de animais, quando comparadas à amostras de alimentos. Ambas as cepas apresentaram baixas freqüências de CRISPR3-cas (8,95% e 1,88%). Em conclusão, as diferenças nos habitats das espécies de enterococos podem estar relacionadas com os resultados observados na distribuição dos sistemas CRISPRs.

Frequency of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) in non-clinical Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium strains

Abstract The fidelity of the genomes is defended by mechanism known as Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) systems. Three Type II CRISPR systems (CRISPR1- cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas) have been identified in enterococci isolates from clinical and environmental samples. The aim of this study was to observe the distribution of CRISPR1-cas, CRISPR2 and CRISPR3-cas in non-clinical strains of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolates from food and fecal samples, including wild marine animals. The presence of CRISPRs was evaluated by PCR in 120 enterococci strains, 67 E. faecalis and 53 E. faecium. It is the first report of the presence of the CRISPRs system in E. faecalis and E. faecium strains isolated from wild marine animal fecal samples. The results showed that in non-clinical strains, the CRISPRs were more frequently detected in E. faecalis than in E. faecium. And the frequencies of CRISPR1-cas and CRISPR2 were higher (60%) in E. faecalis strains isolated from animal feces, compared to food samples. Both strains showed low frequencies of CRISPR3-cas (8.95% and 1.88%). In conclusion, the differences in the habitats of enterococcal species may be related with the results observe in distribution of CRISPRs systems.

Resumo A fidelidade dos genomas é defendida por mecanismos conhecidos como sistemas de repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente interespaçadas (CRISPRs). Três tipos de sistemas CRISPR II (CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas) têm sido identificados em cepas de enterococos isolados de amostras clínicas e ambientais. O objetivo deste estudo foi observar a distribuição dos CRISPR1-cas, CRISPR2 e CRISPR3-cas em cepas não-clínicas de Enterococcus faecalis e Enterococcus faecium isoladas de amostras alimentícias e fecais, incluindo animais marinhos selvagens. A presenca dos CRISPRs foi determinada por PCR em 120 cepas de enterococos, sendo 67 E. faecalis e 53 E. faecium. É o primeiro relato da presença do sistema CRISPRs nas estirpes E. faecalis e E. faecium isoladas de amostras fecais de animais marinhos selvagens. Os resultados mostraram que em cepas não-clínicas, os CRISPRs foram mais frequentemente detectados em E. faecalis do que em E. faecium. E as frequências de CRISPR1-cas e CRISPR2 foram maiores (60%) em cepas de E. faecalis isoladas de fezes de animais, quando comparadas à amostras de alimentos. Ambas as cepas apresentaram baixas freqüências de CRISPR3-cas (8,95% e 1,88%). Em conclusão, as diferenças nos habitats das espécies de enterococos podem estar relacionadas com os resultados observados na distribuição dos sistemas CRISPRs.

Intestinal parasites in two indigenous ethnic groups in northwestern Amazonia / Parasitos intestinais em dois grupos indígenas no noroeste da Amazônia

Approximately 90% of the population in the northwestern Amazonia is composed of indigenous people and their healthcare is still a challenge. The objective of this study was to determine the frequency of parasites in two indigenous ethnic groups (Baré and Baniwa) in northwestern Amazonia. Stool samples from 270 individuals (199 Baniwa and 71 Baré) were analyzed using Richie's method and the spontaneous sedimentation method. Statistical differences among the proportions of infected individuals based on gender, age, and ethnicity were determined. All individuals were infected by protozoans or helminths. The most frequent parasites in the indigenous people were Ascaris lumbricoides (73%), Entamoeba spp. (53%), and Giardia intestinalis (48%). Protozoan parasites were more common among children aged 0-12 years; however, the frequency of helminths, such as hookworms and A. lumbricoides, was higher in adults. There were no significant differences in parasite frequencies between different genders or ethnic groups. Mixed infections by two or more protozoan and/or helminth species were detected in 96% of individuals. One individual was infected by 14 species. A high frequency of intestinal parasites was found in Baré and Baniwa ethnic groups. Improvements to infrastructure and health education programs are required to reduce risk of infection by intestinal parasites.

Aproximadamente 90% da população no noroeste da Amazônia é composta de grupos indígenas e o acesso deles aos serviços de saúde ainda é um desafio. O objetivo deste estudo foi determinar a frequência de parasitos em dois grupos indígenas (Baré e Baniwa) no noroeste da Amazônia. Amostras de fezes de 270 indivíduos (199 Baniwa e 71 Baré) foram analisadas pelos métodos de Richie e sedimentação espontânea. Foram determinadas diferenças estatísticas entre as proporções de indivíduos infectados com base no sexo, idade e etnia. Todos os indivíduos estavam infectados por protozoários ou helmintos. Os parasitos mais frequentes nos índios foram Ascaris lumbricoides (73%), Entamoeba spp. (53%), e Giardia intestinalis (48%). Protozoários parasitos foram mais comuns entre as crianças com idade entre 0-12 anos; no entanto, a frequência de ancilostomídeos e A. lumbricoides foi maior em adultos. Não houve diferenças significativas nas frequências de parasitos entre os diferentes sexos ou grupos étnicos. Infecções mistas por duas ou mais espécies de protozoários e/ou helmintos foram detectadas em 96% dos indivíduos. Um indivíduo estava infectado por 14 espécies. Uma alta frequência de parasitos intestinais foi encontrada em indígenas dos grupos Baré e Baniwa. Melhorias dos programas de infra-estrutura e educação em saúde são necessárias para reduzir o risco de infecção por parasitos intestinais.

Detection of Cryptosporidium parvum oocysts in calf fecal samples by direct immunofluorescence assay / Detecção de oocistos de Cryptosporidium parvum em amostras fecais de bezerros pela reação de imunofluorescência direta

The aim of this study was to produce a conjugate containing anti-Cryptosporidium parvum polyclonal antibodies and standardize a Direct Immunofluorescence Assay (DIF) for detecting C. parvum oocysts in fecal samples from calves. In order to obtain anti-C. parvum polyclonal antibodies, two New Zealand rabbits were immunized with a purified solution of C. parvum oocysts and Freund's adjuvant. Purification of the immunoglobulin G (IgG) fraction was performed by means of precipitation in ammonium sulfate and chromatography using a DEAE-cellulose column. The anti-C. parvum polyclonal antibody titer was determined by means of the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). The rabbit anti-C. parvum IgG fraction was conjugated with fluorescein isothiocyanate and standardization of the DIF was performed using various dilutions of conjugate on slides positive for C. parvum oocysts. The cross-reactivity of the anti-C. parvum conjugate was tested using oocysts of Cryptosporidium serpentis, Cryptosporidium andersoni, Escherichia coli, Eimeria sp., and Candida sp. An anti-C. parvum conjugate was successfully produced, thus allowing standardization of DIF for detection of Cryptosporidium oocysts in fecal samples. Cross-reactivity of anti-C. parvum polyclonal antibodies with C. andersoni and C. serpentis was also observed.

O objetivo deste estudo foi produzir um conjugado contendo anticorpos policlonais anti-Cryptosporidium parvum e padronizar a Reação de Imunofluorescência Direta (RID), para detecção de oocistos de C. parvum em amostras fecais de bezerros. Para produção de anticorpos policlonais anti-C. parvum, dois coelhos da raça Nova Zelândia foram imunizados com uma solução purificada de oocistos de C. parvum e adjuvante de Freund. A purificação da fração de imunoglobulina G (IgG) foi realizada por meio de precipitação em sulfato de amônio e cromatografia em coluna de DEAE celulose. A titulação dos anticorpos policlonais anti-C. parvum foi determinada por meio de ensaio imunoenzimático (ELISA). A fração IgG de coelho anti-C. parvum foi conjugada com isotiocianato de fluoresceína, e a padronização da RID foi feita utilizando-se várias diluições do conjugado, em lâminas positivas para C. parvum. Foi pesquisada também a presença de reatividade cruzada do conjugado anti-C. parvum com C. serpentis, C. andersoni, Escherichia coli, Eimeria sp. e Candida sp.. A produção do conjugado anti-C. parvum foi bem sucedida, sendo possível a padronização da RID para detecção de oocistos em fezes. Foi também observada reatividade cruzada dos anticorpos policlonais anti-C. parvum, com C. andersoni e C. serpentis.

Freqüência de parasitoses intestinais em crianças atendidas no ambulatório do Hospital Universitário Lauro Wanderley em João Pessoa – PB / Intestinal parasitose frequency in children attended in the laboratory from the Lauro Wanderley University Hospital, in João Pessoa – PB

Os dados apresentados demonstram a freqüência de parasitoses intestinais em crianças atendidas no Ambulatório do Hospital Universitário Lauro Wanderley em João Pessoa – PB, no período de setembro a dezembro de 1994. Em 754 amostras fecais, 302 (40,05%) foram positivas para mais de um parasita e 452 (59,95%) foram negativas. As enteroparasitoses de maior índice na população em estudo foram Ascaris lumbricoides (21,47%), Trichocephalus trichiurus (8,75%), Entamoeba coli (18,69%) e Entamoeba histolytica (15,31%).

Cultivo da Entamoeba histolytica Schaudinn, 1903 a partir de amostras fecais / Cultivation of Entamoeba histolytica Schaudinn, 1903 from fecal samples

O presente trabalho teve como objetivo padronizar o isolamento e a manutenção de cepas de E. histolytica a partir de fezes humanas, para posteriores estudos. No período de agosto de 1989 a junho de 1990 foram estudadas 105 amostras fecais contendo cistos viáveis de E. histolytica. O isolamento e a manutenção das cepas foram realizados segundo a técnica descrita por Silva, com algumas modificações. Após a sedimentação espontânea das fezes pelo métod de Lutz, uma parte do sedimento foi semeada diretamente em meio de Pavlova modificado e outra, após tratamento prévio com HCl 0,5 N. As culturas foram mantidas com sucesso. Os autores discutem a metodologia empregada e concluem que as modificações introduzidas foram satisfatórias. Constataram também que Escherichia coli e Klebsiella sp presentes nos subcultivos favorecem o desenvolvimento do protozoário.