RESUMEN
Abstract Background: Genetic variability of populations is essential for their genetic conservation and improvement, and genealogy analysis is a useful tool to estimate it. Objective: To determine genetic variability and inbreeding levels in Tropical Milking Criollo (LT). Methods: This study analyzed the genealogy of LT using the ENDOG software. Registration certificates of 3,427 LT animals born between 1945 and 2013, and from 608 born between 1950 and 2013 were used. Two populations were defined: the first one with all registered animals (PLT), and the second with nucleus animals (PCP). Results: Estimates for PLT and PCP were: founders 890, 114; ancestors 855, 102; effective founders 111, 43; effective ancestors 72, 26, and effective population size 68.1 and 64.6, respectively. Inbreeding coefficients were 4.32 and 3.48% for the highest genetic integrity index; and the average relatedness (AR) coefficients were 1.19 and 5.55 for PLT and PCP, respectively. Genealogy depth was shallow in both populations, with full equivalent generations of 2.00 and 3.53. Global generation intervals were about seven years. Conclusions: The LT population is not endangered and its genetic improvement program should continue.
Resumen Antecedentes: la variabilidad genética de las poblaciones es esencial para su conservación y mejora genética, y el análisis de genealogía es útil para estimarla. Objetivo: determinar la variabilidad genética y los niveles de consanguinidad en la raza criolla Lechero Tropical (LT). Métodos: el estudio analizó la genealogía de la raza criolla LT con el programa ENDOG v4.8. Se utilizaron 3.427 registros de animales LT nacidos entre 1945 y 2013, y de 608 nacidos entre 1950 y 2013. Se definieron dos poblaciones, una que incluye todos los animales registrados (PLT) y otra solamente con los animales provenientes del núcleo genético (PCP). Resultados: en la PLT y PCP se estimaron animales fundadores 890, 114; ancestros 855, 102; número efectivo de fundadores 111, 43; número efectivo de ancestros 72, 26, y tamaño efectivo de población 68,1, 64,6, respectivamente. Para la categoría más alta de índice de integridad genética, los coeficientes de consanguinidad fueron 4,32 y 3,48%; y el coeficiente medio de relación global (AR) fue 1,19 y 5,55 para PLT y PCP, respectivamente. La profundidad de la genealogía en ambas poblaciones fue superficial con generaciones completas equivalentes de 2,00 y 3,53. Los intervalos generacionales globales fueron cercanos a siete años. Conclusiones: la población LT no se encuentra en riesgo de extinción y puede continuar con su programa de mejora genética.
Resumo Antecedentes: a variabilidade genética das populações é essencial para sua conservação e melhora genética e a análise da genealogia é útil para estimá-la. Objetivo: determinar a variabilidade genética e os níveis de consanguinidade na raça crioula Leiteiro Tropical (LT). Métodos: o estudo analisou a genealogia da raça crioula LT com o programa ENDOG v4.8. Foram utilizaram 3.427 registros de animais LT nascidos de 1945 a 2013, e de 608 nascidos entre 1950 e 2013. Foram definidas duas populações, uma que inclui todos os animais registrados (PLT) e outra somente com os animais provenientes do núcleo genético (PCP). Resultados: na PLT e PCP foram estimados animais fundadores 890, 114; ascendentes 855, 102; número efetivo de fundadores 111, 43; número efetivo de ascendentes 72, 26 e tamanho efetivo da população 68,1, 64.6, respectivamente. Para a categoria mais alta de índice de integridade genética os coeficientes de consanguinidade foram 4,32 e 3,48%; o coeficiente médio da relação global (AR) foi 1,19 e 5,55 para PLT e PCP, respectivamente. A profundidade da genealogia em ambas populações foi superficial com gerações completas equivalentes de 2,00 e 3,53. Os intervalos geracionais globais foram próximos a sete anos. Conclusões: a população LT não se encontra em risco de extinção e pode continuar com seu programa de melhoria genética.
RESUMEN
Abstract Background: The lack of information on population structure is one of the main obstacles to develop breeding and conservation programs for animal genetic resources. Objective: To characterize the population structure of Crioula Lageana cattle breed (Bos taurus) in order to assess its genetic diversity. Methods: Database with information of 1,638 Crioula Lageana animals, collected during 38 years, was analysed using the ENDOG v.4.4 program. Results: Effective population size ranged from 72.53 in complete generations to 143.90 in maximum generations. Inbreeding and Average Relatedness coefficients were 0.34 and 0.91%, respectively. The effective number of founders and ancestors were 29 and 28 animals, respectively, and only ten ancestors were responsible for 50% of the genetic variability of the whole population. The average generation interval was 5.84 years in the paternal line and 7.70 in the maternal one. Wright´s F statistics indicated low genetic distances between subsets in relation to the total population (Fst = 0.0015), between individuals with respect to their subpopulation (Fis = -0.0027), and between individuals in relation to the total population (Fit = -0.0012). Conclusion: Analysis of the population indicated that, despite the small number of animals with known parentage and considerable loss of genetic variability by the constant use of a few sires, and same value of number of founders and ancestors, the population showed good genetic management, low inbreeding, low genetic differentiation among subpopulations, and probably adequate effective population size for breed preservation.
Resumen Antecedentes: La falta de información sobre estructura poblacional es una de las principales barreras para el desarrollo de programas de mejoramiento genético y conservación de los recursos zoogenéticos. Objetivo: Caracterizar la estructura poblacional de la raza bovina Crioula Lageana (Bos taurus) para evaluar su diversidad genética. Métodos: Una base de datos con información de 1.638 animales Crioula Lageana (Bos taurus), recogidos durante 38 años, fue analizada utilizando el programa ENDOG v.4.4. Resultados: El tamaño efectivo de la población varió de 72,53 en las generaciones completas a 143,90 en las generaciones máximas. La endogamia y la relación media de los coeficientes fue 0,34 y 0,91%, respectivamente. El número efectivo de fundadores y antepasados fue de 29 y 28 animales respectivamente, y sólo diez antepasados fueron responsables del 50% de la variabilidad genética de la población. El intervalo promedio de generación fue de 5,84 años en la línea paterna y de 7,70 en la línea materna. El índice estadístico de Wright's F indica una baja distancia genética entre los subconjuntos en relación con la población total (Fst = 0,0015), entre los individuos con respecto a su subpoblación (Fis = -0,0027), y entre los individuos en relación con la población total (Fit = -0,0012). Conclusión: El análisis de la población indica que a pesar del pequeño número de animales con origen conocido y la considerable pérdida de variabilidad genética por el uso constante de pocos toros y el mismo valor del número de fundadores y antepasados, la población mostró un buen manejo genético, baja endogamia, baja diferenciación genética entre las subpoblaciones y probablemente un tamaño efectivo adecuado de la población.
Resumo Antecedentes: A falta de informações sobre a estrutura da população está entre os principais obstáculos ao desenvolvimento de programas de melhoramento e conservação de recursos genéticos animais. Objetivo: Caracterizar a estrutura populacional da raça bovina Crioula Lageana (Bos taurus) para acessar a diversidade genética da raça. Métodos: Banco de dados com informação de 1.638 animais Crioula Lageana, recolhidos durante 38 anos, foi analisado utilizando EndoG v.4.4. Resultados: O tamanho efetivo populacional variou de 72,53 nas gerações completas para 143,90 nas gerações máximas. Coeficientes de Endogamia e Relação foram 0,34 e 0,91%, respectivamente. O número efetivo de fundadores e ancestrais foram 29 e 28 animais, respectivamente, sendo que apenas dez ancestrais foram responsáveis por 50% da variabilidade genética de toda a população. O intervalo de gerações foi de 5,84 anos para linha paterna e 7,70 para linha materna. As estatísticas F de Wright indicaram uma pequena distância genética das subpopulacoes entre os subgrupos em relação à população total (FST = 0,0015), entre os indivíduos em relação à sua subpopulação (FIS = -0,0027) e entre indivíduos em relação à população total (Fit = -0,0012). Isto indica uma baixa diferenciação genética na população estudada. Conclusão: A análise populacional indicou que, apesar do número pequeno de animais com ascendência conhecida e considerável perda de variabilidade genética pelo uso constante de alguns touros e mesmo valor do número de fundadores e antepassados, a população mostrou boa gestão genética, endogamia baixa, baixa diferenciação genética entre subpopulações e provavelmente adequado tamanho efetivo da população para a preservação da raça.