RESUMEN
A pleuropneumonia suína é uma importante doença respiratória que ocasiona grandes perdas econômicas na suinocultura. O Actinobacillus pleuropneumoniae (APP) é o agente etiológico desta enfermidade que é classificado em 15 sorotipos. Estes secretam diferentes combinações das exotoxinas ApxI, ApxII, Apx III e ApxIV, que têm sido utilizadas na diferenciação dos sorotipos pela PCR multiplex (mPCR). A técnica descrita não permite a diferenciação dos sorotipos 2, 8 e 15 (apresentam mesmo padrão de amplificação) como também os sorotipos 12 e 13. Visando a melhorar a capacidade discriminatória desse procedimento, o presente trabalho descreve a combinação de um segundo mPCR baseado na amplificação de genes dos antígenos capsulares. O ensaio conjugado foi testado com cepas de referência pertencentes aos 15 sorotipos e também de 10 isolados de campo. A técnica proposta auxiliou na diferenciação dos 15 sorotipos testados (cepas de referência), como também proporcionou a identificação dos isolados de campo provenientes de casos clínicos, demonstrando que a técnica molecular é uma forma rápida e eficiente na identificação desse importante patógeno que afeta a criação de suínos, mesmo levando em consideração as limitações da técnica.
The swine pleuropneumonia is a major respiratory disease that causes great economic losses in pig farming. The Actinobacillus pleuropneumoniae (APP) is the etiologic agent of this disease and are classified into 15 serotypes. These secrete different combinations of exotoxins ApxI, ApxII, APX and ApxIV III have been used in the differentiation of serotypes by multiplex PCR (mPCR). The reported technique does not allow the differentiation of serotypes 2, 8 and 15 (exhibit same pattern of amplification) as well as serotypes 12 and 13. In order to improve the discriminatory capacity of this procedure, this paper describes the combination of a second mPCR based on amplification of genes of capsular antigens. The combined test was tested with reference strains belonging to 15 serotypes and also 10 field isolates. The proposed technique was capable of differentiating all 15 serotypes tested (reference strains), and was able to identify field isolates from clinical cases, demonstrating that the molecular technique is a quick and efficient identification of this important pathogen that affects the swine production. The proposed technique assisted in differentiating the 15 serotypes tested (reference strains), but also provided identification of field isolates from clinical cases, demonstrating that the molecular technique is a quick and efficient identification of this important pathogen that affects pig farming, even taking into account the limitations of the technique.
RESUMEN
Escherichia coli is one of the most important bacterial avian pathogens and a common inhabitant of the gastrointestinal tract of animals. Most pathogenic E. coli can not be differentiated biochemically or by classic microbiologic methods. Molecular typing methods, particularly PCR, facilitated epidemiological and ecological studies of bacteria. Here we describe the application of a random amplified polymorphic DNA- polymerase chain reaction (RAPD-PCR) for molecular genetic differentiation of E. coli isolates in Iran. In this study 58 E. coli isolates including 4 standard strains, 3 food originated isolates, 33 avian isolates, 8 isolates form diarrheic calves and 10 isolates from unweaned diarrheic lambs were analyzed by RAPD-PCR using primer 1247(5/-AAG AGC CCG T-3/). The RAPD analysis showed that these isolates could be grouped into 33 RAPD types and avian isolates were discriminated into 29 genotypes. It was shown that the primer could not differentiate E. coli isolated from lambs. Discriminatory index for entire isolates was 0.912 and for avian isolates was 0.990. We concluded that RAPD-PCR can be used as a method for molecular differentiation of E. coli isolates.
Escherichia coli é um dos patógenos aviários mais importantes e um habitante comum do trato gastrointestinal de animais. A maioria das cepas patogênicas não pode ser diferenciada por métodos bioquímicos ou outros métodos microbiológicos clássicos. Métodos de tipagem molecular, particularmente PCR, têm facilitado os estudos epidemiológicos e ecológicos a respeito desse microrganismo. Nesse estudo, descrevemos a aplicação do RAPD-PCR para a diferenciação molecular de isolados de E.coli do Irã. No estudo, 58 isolados, incluindo 4 isolados padrão, 3 isolados de alimentos, 33 isolados de aves, 8 isolados de bezerros diarréicos e 10 isolados de carneiros diarréicos foram analisados por RAPD-PCR com o primer 1247 (5'-AAG AGC CCG T-3'). A análise mostrou que esses isolados podiam ser agrupados em 33 tipos RAPD, sendo os isolados de aves agrupados em 29 genótipos diferentes. Verificou-se que o primer utilizado não diferenciou os isolados de carneiros. O índice discriminatório para todos os isolados foi 0,912 e para os isolados de aves foi 0,990. Concluiu-se que o RAPD-PCR pode ser usado como método para diferenciação molecular de isolados de E. coli.
Asunto(s)
Animales , Embrión de Pollo , Diferenciación Celular , Diarrea , Dermatoglifia del ADN , Infecciones por Escherichia coli , Escherichia coli/genética , Escherichia coli/aislamiento & purificación , Tracto Gastrointestinal , Técnicas In Vitro , Aves de Corral , Técnica del ADN Polimorfo Amplificado Aleatorio , Métodos , Métodos , VirulenciaRESUMEN
The Thamnophilus punctatus complex has been recently reviewed on the basis of morphological and vocal characters, and is divided in six different species. Two of the new species, although well defined on the basis of morphological differences, could not be unambiguously distinguished through their loudsongs. The Planalto Slaty-antshrike (Thamnophilus pelzelni) and the Sooretama Slaty-antshrike (T. ambiguus) are most easily distinguished by subtle and localized changes in plumage colors of males and females. In the present study we used sequences of the control region, Cytochrome b, and ND2 genes, of the mitochondrial DNA (mtDNA) to evaluate the levels of molecular differentiation between these two species. The mean pairwise distance between the two species was 3.8 percent, while it varied from 2.7 percent to 4.9 percent for each mtDNA region. Although extensive variation was also detected among haplotypes within species, especially for T. ambiguus, we suggest that the genetic divergence found between T. ambiguus and T. pelzelni is high enough to corroborate the separate species status of these two antbird taxa.
O complexo Thamnophilus punctatus foi recentemente revisado, com base em caracteres morfológicos e vocais, sendo dividido em seis diferentes espécies. Duas dessas novas espécies, embora bem definidas com base em distinções morfológicas, não puderam ser definitivamente diferenciadas por seus cantos. Thamnophilus pelzelni (choca-do-planalto) e T. ambiguus (choca-de-sooretama) são mais facilmente diferenciadas por sutis e localizadas mudanças de coloração da plumagem de machos e fêmeas. Neste estudo, foram utilizadas seqüências de DNA mitocondrial (região controle, Citocromo b e ND2) a fim de avaliar os níveis de diferenciação molecular entre estas duas espécies. A divergência genética média entre as duas espécies foi de 3,8 por cento, enquanto para cada região mitocondrial esta variou entre 2,7 por cento e 4,9 por cento. Embora tenha sido observada grande variabilidade entre haplótipos dentro das espécies, especialmente para T. ambiguus, os resultados sugerem que a divergência genética observada entre T. ambiguus e T. pelzelni é suficientemente elevada para corroborar o status de espécies separadas destes dois Thamnophilidae.
Asunto(s)
Animales , Femenino , Masculino , ADN Mitocondrial/genética , Variación Genética , Passeriformes/genética , Secuencia de Bases , Marcadores Genéticos/genética , Datos de Secuencia Molecular , Passeriformes/clasificación , Análisis de Secuencia de ADNRESUMEN
The Thamnophilus punctatus complex has been recently reviewed on the basis of morphological and vocal characters, and is divided in six different species. Two of the new species, although well defined on the basis of morphological differences, could not be unambiguously distinguished through their loudsongs. The Planalto Slaty-antshrike (Thamnophilus pelzelni) and the Sooretama Slaty-antshrike (T. ambiguus) are most easily distinguished by subtle and localized changes in plumage colors of males and females. In the present study we used sequences of the control region, Cytochrome b, and ND2 genes, of the mitochondrial DNA (mtDNA) to evaluate the levels of molecular differentiation between these two species. The mean pairwise distance between the two species was 3.8%, while it varied from 2.7% to 4.9% for each mtDNA region. Although extensive variation was also detected among haplotypes within species, especially for T. ambiguus, we suggest that the genetic divergence found between T. ambiguus and T. pelzelni is high enough to corroborate the separate species status of these two antbird taxa.
O complexo Thamnophilus punctatus foi recentemente revisado, com base em caracteres morfológicos e vocais, sendo dividido em seis diferentes espécies. Duas dessas novas espécies, embora bem definidas com base em distinções morfológicas, não puderam ser definitivamente diferenciadas por seus cantos. Thamnophilus pelzelni (choca-do-planalto) e T. ambiguus (choca-de-sooretama) são mais facilmente diferenciadas por sutis e localizadas mudanças de coloração da plumagem de machos e fêmeas. Neste estudo, foram utilizadas seqüências de DNA mitocondrial (região controle, Citocromo b e ND2) a fim de avaliar os níveis de diferenciação molecular entre estas duas espécies. A divergência genética média entre as duas espécies foi de 3,8%, enquanto para cada região mitocondrial esta variou entre 2,7% e 4,9%. Embora tenha sido observada grande variabilidade entre haplótipos dentro das espécies, especialmente para T. ambiguus, os resultados sugerem que a divergência genética observada entre T. ambiguus e T. pelzelni é suficientemente elevada para corroborar o status de espécies separadas destes dois Thamnophilidae.