RESUMEN
Resumen Antecedentes: Chlamydia trachomatis es la bacteria que se detecta con mayor frecuencia en las infecciones de transmisión sexual. Se han identificado 20 genotipos de C. trachomatis mediante el gen ompA y varias genovariantes mediante el análisis de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP). En México, el genotipo F es el más frecuente. Objetivo: Identificar la existencia de subtipos del genotipo F. Método: Se analizaron siete cepas del genotipo F de C. trachomatis aisladas en 2011, mediante secuenciación de nucleótidos y mapeo con enzimas de restricción. Resultados: El análisis de SNP mostró dos cepas con el mismo SNP en el nucleótido 288 (C288T), mientras que con enzimas de restricción se identificó una variante con diferente RFLP (polimorfismo de la longitud de fragmentos de restricción) cuando se tratan con la mezcla de enzimas HinfI y TaqI. Conclusión: En México se encuentran dos subtipos del genotipo F y solo las enzimas de restricción HinfI y TaqI pueden identificar la existencia de uno de estos genotipos F.
Abstract Background: Chlamydia trachomatis is the most frequently identified bacterium in sexually transmitted infections. Twenty C. trachomatis genotypes have been determined using the ompA gene and several genovariants by single nucleotide polymorphism (SNP) analysis. In Mexico, the F genotype is the most frequent. Objective: To identify subtypes of the F genotype. Method: Seven C. trachomatis genotype F strains isolated in 2011 were analyzed by nucleotide sequencing and restriction enzyme mapping. Results: SNP analysis showed two strains with the same SNP at nucleotide 288 (C288T), while with res-triction enzymes, a variant with different RFLP (restriction fragment length polymorphism) was identified when treated with the mixture of HinfI and TaqI enzymes. Conclusion: In Mexico, there are two subtypes of F, and only with restriction enzymes HinfI and TaqI can identify one of the genovariants of the F genotype.
RESUMEN
La entomología forense es una disciplina que utiliza insectos para obtener información útil en la determinación del intervalo postmortem (IPM). Las moscas de la familia Calliphoridae son muy utilizadas en entomología forense, sin embargo, su identificación a nivel de especie puede dificultarse cuando el individuo se encuentra incompleto o en estadio inmaduro. En el presente trabajo, se evaluó el potencial de la región ITS2 del genoma nuclear para la identificación de especies de Calliphoridae en Colombia utilizando tres aproximaciones: comparando distancias genéticas utilizando la metodología de códigos de barra, haciendo una reconstrucción filogenética, y con enzimas de restricción (PCR-RFLPs). Se secuenciaron un total de 520 pb en 44 individuos pertenecientes a 16 especies. Se calcularon los valores de distancia intraespecífica e interespecíficas utilizando el modelo K2P. Los valores de distancia intraespecífica oscilaron entre 0 y 0,252 %, mientras que las distancias interespecíficas fluctuaron entre 3,6 y 18,9 %, evidenciándose que esta técnica puede ser utilizada como código de barras genético en la identificación de especies de la familia Calliphoridae. Tanto en los análisis de Neighbour-Joining como en los análisis bayesianos el 90 % de los géneros presentan una monofilia sustentada en probabilidad posterior de 0,89 a 1. En todos los casos la especie Blepharicnema splendens agrupa con el género Lucilia. Con base en las secuencias obtenidas se utilizó la aplicación NEBCutter para identificar cuatro enzimas de restricción las cuales se probaron en el laboratorio y se comprobó su utilidad para la identificación rápida de especies de Calliphoridae en Colombia.
Forensic entomology is a discipline that uses insects to obtain useful information for the determination of the postmortem interval (PMI). Flies of the family Calliphoridae are extensively used for this purpose, however, the identification of these flies can be difficult when the individual is not an adult or when it is incomplete. In the present work, we tested the utility of the ITS2 region of the nuclear genome for the identification of Calliphoridae species in Colombia using three approaches: comparing genetic distances using the barcoding methodology, with a phylogenetic reconstruction, and with PCR-RFLPs. We sequenced 520 bp in 44 individuals belonging to 16 species of califorids. Intraspecific and interspecific distance values were calculated using the K2P model. The intraspecific distance values ranged between 0 and 0.252 %, while the interspecific distance values ranged between 3.6 and 18.9 %, indicating that this gene can be used as a genetic barcode for the identification of species of the Calliphoridae family. Both the Neighbour-Joining and Bayesian analyses recovered 90 % of the genera as monophyletic, with pp values between 0.89 and 1. Blepharicnema splendens was always recovered within the Lucilia genera. Based on the obtained sequences we used the NEBCutter application to identify four restriction enzymes that cut in a differential way and generated useful patterns for the identification of the species. The enzymes were successfully tested and confirmed the utility of this technique as a fast way to identify species of Calliphoridae in Colombia.