Resistencia genotípica del HIV a los antirretrovirales en niños de Argentina entre 2006 y 2021 / HIV genotypic drug resistance to antiretrovirals in children in Argentina between 2006 and 2021

Introducción: La resistencia del HIV a los antirretrovirales (ARVs) es una de las principales causas de fallo terapéutico en niños, niñas y adolescentes que conviven con el virus. Desde el año 2006, el Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus del Hospital Garrahan realiza el estudio genotípico de resistencia (ER) del HIV-1 a los ARVs a fin de identificar mutaciones que disminuyen la susceptibilidad del virus a los fármacos que componen el tratamiento ARV. Objetivos: El objetivo del trabajo fue estudiar el tipo y frecuencia de resistencia del HIV a los ARVs, a través de un análisis de 371 ER realizados entre los años 2006 y 2021 en niños, niñas y adolescentes con HIV-1 adquirido por transmisión vertical y con solicitud médica de ER por presentar fallo terapéutico. Resultados: Entre los años 2006 y 2013 la proporción de casos con resistencia a al menos una clase de fármaco ARV fue mayor al 90%, sugiriendo una asociación directa entre el fallo virológico y la disminución en la susceptibilidad del HIV-1 a uno o más componentes del TARV. A partir del año 2012, se observa una disminución progresiva del nivel de resistencia de HIV-1, llegando al 50% en 2021 (p<0.0001). La frecuencia de mutaciones de resistencia fue diferente para cada una de las clases de ARVs. Mientras que la resistencia a INNTR no sufrió cambios significativos a lo largo del período de estudio, oscilando entre 27% y 75%. La proporción de mutaciones a IPs en pacientes con fallo virológico disminuyó de 87% en 2006 a 17% en 2021 y para los INTR, disminuyó de 79% en 2006 a 45% en 2021. Conclusión: El nivel de resistencia a los ARVs ha disminuido de manera sustancial a lo largo de los últimos 16 años, probablemente por el uso de nuevos fármacos ARV con alta potencia que posibilitaron la intensificación de los tratamientos ARV y la implementación de criterios de fallo terapéutico más estrictos tanto a nivel clínico como virológico (AU)

Introduction: HIV resistance to antiretroviral (ARV) drugs is one of the main causes of therapeutic failure in children and adolescents living with the virus. Since 2006, the Cell Biology and Retrovirus Laboratory of the Garrahan Hospital has been performing the genotypic study of HIV-1 resistance to ARV drugs in order to identify mutations that reduce the susceptibility of the virus to the drugs that constitute ARV treatment. Objectives: The aim of this study was to assess the type and frequency of HIV resistance to ARV drugs through an analysis of 371 genotype studies performed between 2006 and 2021 in children and adolescents with HIV-1 acquired through motherto-child transmission and with medical request for genotype study due to therapeutic failure. Results: Between 2006 and 2013, the proportion of cases with resistance to at least one ARV drug class was greater than 90%, suggesting a direct association between virologic failure and decreased susceptibility of HIV-1 to one or more components of ART. From 2012 onwards, a progressive decrease in the level of HIV-1 resistance was observed, reaching 50% in 2021 (p<0.0001). The frequency of resistant mutations was different for each of the ARV classes, while resistance to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTIs) did not change significantly over the study period, ranging from 27% to 75%. The proportion of drug-resistant mutations to protease inhibitors (PI) in patients with virologic failure decreased from 87% in 2006 to 17% in 2021 and for NNRTIs from 79% in 2006 to 45% in 2021. Conclusion: The level of resistance to ARV drugs has decreased substantially over the last 16 years, probably due to the use of new ARV drugs with high potency that allowed the intensification of ARV treatments and the implementation of stricter criteria for therapeutic failure both clinically and virologically (AU)

Epidemiological surveillance of Human Papillomavirus (HPV) genotypes in oral and genital tracts and the impact of HPV vaccination on male university students from Rio de Janeiro state, Brazil / Vigilância Epidemiológica dos genótipos de papilomavírus humano (HPV) nos tratos oral e genital e o impacto da vacinação em estudantes universitários do sexo masculino do estado do Rio de Janeiro, Brasil

Introduction: Human Papillomavirus (HPV) infections are of significant concern in men, given its potential impact on their health and the risk of transmission to partners. Understanding and addressing this infection in men is crucial to evaluate the effectiveness of vaccination in reducing HPV-related diseases. Objective: To assess the impact of HPV vaccination, potential genotype shifts, and adverse effects, through a prospective study conducted with male university students. Methods:The study involved 286 volunteers who were examined at Sexually Transmitted Disease Clinics at the Universidade Federal Fluminense in Niterói, Rio de Janeiro, Brazil. The HPV prevalence was evaluated using generic PCR, genotyped by DNA microarray and monitored adverse effects. Results: The findings of this study revealed the absence of moderate or severe adverse effects. Genetic shifts were observed, including the disappearance of oncogenic HPV types 16 and 18. Surprisingly, even after completing the full vaccine regimen, students still harbored HPV11 in the oral tract. Furthermore, persistent HPV 6 and 11 infections were identified in three students, who had pre-existing infections prior to vaccination, at the follow-up visit. Multivariate analysis uncovered independent associations, notably an increased risk of HPV infection in the oral tract among men who have sex with men. HPV prevalence rates remained low both before and after the vaccination scheme (T0: 14.7%, T1: 8.7%). Even after the full vaccination scheme, the prevalence remained similar at T2 (14.6%), with no statistically significant differences recorded. HPV11 emerged as the most prevalent type throughout the study, followed by HPV6. Vaccine genotypes were detected in a significant proportion of samples at T0 (85.4%), T1 (89.5%), and T2 (100%). Conclusion: Overall, this study suggests that vaccination may represent a promising approach to reducing HPV-related health risks. These findings shed light on the potential benefits and challenges of HPV vaccination, emphasizing the need for continued monitoring and vaccination efforts

Introdução: As infecções por papilomavírus humano (HPV) são de grande preocupação em homens, dada sua possível influência na saúde deles e no risco de transmissão para parceiros. Compreender e abordar essa infecção em homens é fundamental para avaliar a eficácia da vacinação na redução de doenças relacionadas ao HPV. Objetivo: Avaliar o impacto da vacinação contra o HPV, possíveis alterações genotípicas e efeitos adversos, por meio de um estudo prospectivo realizado em estudantes universitários do sexo masculino. Métodos: O estudo envolveu 286 voluntários examinados em Clínicas de Doenças Sexualmente Transmissíveis na Universidade Federal Fluminense, em Niterói, Rio de Janeiro, Brasil. A prevalência do HPV foi avaliada por polymerase chain reaction (PCR) genérico e genotipada por microarranjo de DNA, e foram monitorados os efeitos adversos. Resultados: Os resultados deste estudo revelaram a ausência de efeitos adversos moderados ou graves. Observaram-se mudanças genéticas, incluindo o desaparecimento dos tipos oncogênicos do HPV 16 e 18. Surpreendentemente, mesmo após a conclusão do esquema completo de vacinação, os estudantes ainda abrigavam o HPV 11 na cavidade oral. Além disso, foram identificadas infecções persistentes pelo HPV 6 e 11 em três estudantes que já tinham infecções preexistentes antes da vacinação e na visita de acompanhamento. A análise multivariada revelou associações independentes, especialmente um aumento no risco de infecção pelo HPV na cavidade oral em homens que têm relações sexuais com homens. As taxas de prevalência do HPV permaneceram baixas tanto antes quanto depois do esquema de vacinação (T0: 14,7%, T1: 8,7%). Mesmo após a conclusão do esquema de vacinação, a prevalência permaneceu semelhante em T2 (14,6%), sem diferenças estatisticamente significativas registradas. O HPV 11 emergiu como o tipo mais prevalente ao longo do estudo, seguido pelo HPV 6. Genótipos da vacina foram detectados em uma proporção significativa de amostras em T0 (85,4%), T1 (89,5%) e T2 (100%). Conclusão: No geral, este estudo sugere que a vacinação pode representar uma abordagem promissora para a redução dos riscos à saúde relacionados ao HPV. Esses achados lançam luz sobre os benefícios e desafios potenciais da vacinação contra o HPV, enfatizando a necessidade de monitoramento contínuo e esforços de vacinação

Selección del tratamiento de rescate en pacientes con VIH-1: respuesta y supervivencia / Selection method of rescue treatment in patients with HIV-1: response and survival

Resumen Objetivo: Determinar el impacto del uso de la prueba genotípica de resistencia en la respuesta y supervivencia a largo plazo de los pacientes infectados con el VIH-1 que presentaron fracaso a la terapia antirretroviral. Métodos: Se realizó un estudio de cohorte, retrospectivo, se definieron dos grupos basados en la forma de selección de la terapia de rescate utilizada: en base al resultado de la prueba genotípica de resistencia (grupo A) y en base al criterio de expertos (grupo B). Los pacientes fueron evaluados antes del cambio de la terapia de rescate según variables demográficas, clínicas y de laboratorio y evaluados a los 6, 12, 18, y 24 meses del cambio de tratamiento según respuesta virológica, respuesta de células CD4+, incidencia de enfermedades oportunistas y supervivencia. La información fue obtenida de las actas de la Comisión Nacional de Terapia Antirretroviral, la base de datos del IPK y las Historias Clínicas. Se utilizaron números absolutos y porcentajes, media y mediana, con sus respectivas desviaciones estándares (DE), Chi2, se aplicó el Riesgo Relativo (RR), prueba U de Mann-Whitney, y el método de Kaplan-Meier. Resultados: Los pacientes de grupo A tuvieron 1,44 veces mayor probabilidad de alcanzar supresión virológica completa que los pacientes del grupo B a los 6 meses, RR 1,44 (1,046- 2,054) p=0,017. El incremento promedio de Linfocitos T CD4+ fue de 117,40 células/mm3 en pacientes del grupo A y de 30,04 células/mm3 en pacientes del grupo B, p<0,005 a los 12 meses de iniciado el tratamiento. La incidencia de enfermedades oportunistas fue de 25,7% en el grupo B y de 5,6% en grupo A. El mayor porcentaje de sobrevida acumulada se observó en el grupo el grupo A (98,1%), en comparación con el grupo B (79%). Conclusiones: Los pacientes en los cuales el tratamiento de rescate se escogió basado en una prueba genotípica de resistencia tuvieron una mejor respuesta virológica, un mayor incremento de Linfocitos T CD4+ y una mayor supervivencia que aquellos en los que el tratamiento se eligió basado en el criterio de expertos.

Abstract Objective: To determine the impact of the use of genotypic resistance testing on the response and long-term survival of HIV-1 infected patients who have failed antiretroviral therapy. Methods: A retrospective cohort study was carried out; two groups were defined based on the method of selection of the rescue therapy used: based on the result of the genotypic resistance test (group A) and based on the criteria of experts (group B). The patients were evaluated before the change of rescue therapy according to demographic, clinical and laboratory variables and evaluated at 6, 12, 18, and 24 months after the change of treatment according to virological response, CD4 + cell response, incidence of opportunistic diseases. and survival. The information was obtained from the minutes of the National Commission for Antiretroviral Therapy, the IPK database and the Medical Records. Absolute numbers and percentages, mean and median, with their respective standard deviations (SD), Chi2, were used, the Relative Risk (RR), the Mann-Whitney U test, and the Kaplan-Meier method were applied. Results: Group A patients were 1.44 times more likely to achieve complete virological suppression than group B patients at 6 months, RR 1.44 (1.046-2.054) p = 0.017. The average increase in CD4 + T lymphocytes was 117.40 cells / mm3 in group A patients and 30.04 cells / mm3 in group B patients, p <0.005 12 months after startin treatment. The incidence of opportunistic diseases was 25.7% in group B and 5.6% in group A. The highest percentage of cumulative survival was observed in group A (98.1%), compared to the group B (79%). Conclusions: Patients in whom salvage treatment was chosen based on a genotypic resistance test had a better virological response, a greater increase in CD4 + T lymphocytes, and a longer survival than those in whom treatment was chosen based on expert judgment.

Genotypic diversity of Streptococcus mutans isolated from preschoolers with and without early dental care / Diversidade genotípica de Streptococcus mutans isolados de pré-escolares com e sem atendimento odontológico precoce

Abstract Introduction Streptococcus mutans (S. mutans) exhibits extensive genotypic diversity, but the role of this variation is poorly understood. Objective To evaluate the genotypic diversity of S. mutans in preschoolers with and without early dental care and to associate it with dental caries experience. Material and method Twenty children, aged five year old, with history of dental care since they were one year old (G1) and 20 children without history of dental care (G2) were included. Their oral health status was assessed by the dmft index. S. mutans samples were isolated from the saliva and analysed by polymerase chain reaction. A total of 339 S. mutans isolates (173 from G1 and 166 from G2) were genotyped by random amplified polymorphic DNA with arbitrary primers OPA-02 and OPA-13. Result The results revealed 75 distinct genotypes of S. mutans in G1 and 73 in G2. Furthermore, G1 and G2 subjects harboured one to eight and one to seven distinct genotypes of S. mutans, respectively. A statistically significant association (P=0.021) and a moderate correlation (r= 0.503) were observed between dental caries experience and genotypic diversity of S. mutans in G1. Conclusion From the limitations of the study design, we just can hypothesize that actions of early dental care carried out by an educative-preventive program can contribute to a distinct oral microbiota.

Resumo Introdução Streptococcus mutans (S. mutans) apresentam ampla diversidade genotípica, mas o papel desta variação ainda é pouco compreendido. Objetivo Avaliar a diversidade genotípica de S. mutans em pré-escolares com e sem assistência odontológica precoce e associá-la à experiência de cárie dentária. Material e método Participaram da pesquisa 20 crianças, de cinco anos de idade, com história de assistência odontológica desde o primeiro ano de vida (G1) e 20 crianças sem história de assistência odontológica precoce (G2). A experiência de cárie dentária foi avaliada por meio do índice ceo-d. Amostras de S. mutans foram isoladas a partir da saliva dos participantes e analisadas pela Reação em Cadeia da Polimerase para identificação molecular da espécie. Um total de 339 isolados bacterianos (173 do G1 e 166 do G2) foram genotipados através da Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico, utilizando-se os primers OPA-02 e OPA-13. Resultado Os resultados revelaram 75 diferentes genótipos de S. mutans no G1 e 73 no G2. Além disso, as crianças do G1 e G2 abrigaram em sua cavidade bucal de um a oito e de um a sete genótipos distintos de S. mutans, respectivamente. Foram observadas uma associação estatisticamente significante (P=0.021) e uma moderada correlação (r=0,503) entre a diversidade genotípica de S. mutans e a experiência de cárie somente no G1. Conclusão A partir das limitações do desenho do estudo, os resultados apenas sugerem que as ações realizadas por meio de um atendimento odontológico precoce podem estar contribuindo para o estabelecimento de uma microbiota bucal distinta.

Correlations and selection of parents to technological traits of upland cotton / Correlações e seleção de genitores para caracteres tecnológicos em algodoeiro herbáceo

ABSTRACT: Technological traits improvement of cotton fiber is a constant demand by textile industry. This research aimed to identify the potential of improved materials with high lint percentage to contribute with alleles that increase the lint percentage in Extra long staple fiber (ELS) upland cotton. Two contrasting materials for lint percentage (LP) and fiber length (FL) were used, one with long fiber and a low lint percentage (parent A) and another with high lint percentage and medium length (parent B). The following variables were evaluated: lint percentage (LP), upper half mean length (UHML), fiber uniformity (FU), fiber strength (FS), and elongation (EL). Diallel analysis was performed using the Griffing's Method 4 adapted to partial diallel. Additive effects were predominant over non-additive effects. The mean LP was higher when using parent B. The opposite occurred for UHML. A negative correlation was detected between LP and UHML, showing the difficulty of obtaining genetic gain for both traits at the same time.

RESUMO: O aprimoramento das características tecnológicas da fibra de algodão é uma demanda constante da indústria têxtil. Este trabalho teve como objetivo identificar o potencial de materiais melhorados com alta porcentagem de plumas para contribuir com alelos que aumentam a porcentagem de plumas com fibra extra longa (ELS) no algodão de terras altas. Dois materiais contrastantes para porcentagem de fibra (LP) e comprimento de fibra (FL) foram usados, um com fibra longa e uma baixa porcentagem de fibra (pai A) e outro com alta porcentagem de fibra e comprimento médio (pai B). As seguintes variáveis foram avaliadas: porcentagem de fibra (LP), comprimento médio da metade superior (UHML), uniformidade da fibra (FU), resistência da fibra (FS) e alongamento (EL). A análise dialélica foi realizada utilizando o Método 4 de Griffing adaptado para dialelo parcial. Os efeitos aditivos foram predominantes em relação aos efeitos não aditivos. O LP médio foi maior quando se usou o pai B. O oposto ocorreu para o UHML. Uma correlação negativa foi detectada entre LP e UHML, mostrando a dificuldade de obter ganho genético para ambas as características ao mesmo tempo.

Papel de cepas de Streptococcus mutans e Bifidobacterium spp. na etiologia ou proteção contra doenças bucais / The role of Streptococcus mutans strains and Bifidobacterium spp. in the etiology or protection against oral diseases

A boca é um ecossistema complexo composto por centenas de espécies microbianas que apresentam características genotípicas e fenotípicas distintas que permitem sua adaptação e sobrevivência às adversidades desse ambiente. Streptococcus mutans é a espécie bacteriana mais relacionada à etiologia da cárie dentária, devido principalmente ao seu potencial acidogênico, acidúrico e na aderência e formação de biofilme dental. Outras espécies bacterianas, como as bifidobactérias, foram detectadas em diversos sítios bucais incluindo lesões cariosas iniciais ou cavitadas e estão sendo relacionadas à etiologia da cárie precoce da infância (CPI). Contrariamente, efeito benéfico na prevenção da doença periodontal tem sido observado para as bifidobactérias pelo fato dessas espécies competirem e interferirem na aderência e formação do biofilme de patógenos periodontais. Assim, ambiguidade em relação ao papel das bifidobactérias na etiologia ou prevenção de doenças bucais está sendo observada na literatura. Este trabalho foi dividido em três capítulos. Os objetivos foram: 1) avaliar a diversidade genotípica e as características fenotípicas de cepas de S. mutans, isoladas do biofilme dental de crianças CPI e CPI-severa (CPI-S) em comparação com crianças livres de cárie (LC); 2) avaliar a capacidade de produzir e tolerar ácidos, de formar biofilme e de induzir lesões iniciais de cárie in vitro por espécies de bifidobactérias comparadas à de espécies bacterianas já reconhecidas no contexto da cárie dentária e 3) investigar o efeito antagonista in vitro de algumas espécies de bifidobactérias sobre biofilmes de Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis e Streptococcus oralis. No capítulo 1, cepas de S. mutans de amostras de biofilme de crianças com CPI, CPI-S e LC foram isoladas em meio Agar Mitis Salivarius com bacitracina e avaliadas geneticamente pelo método de AP-PCR (Reação em Cadeia da Polimerase usando Iniciadores Arbitrários) e fenotipicamente pelos métodos de...

The mouth is a complex ecosystem composed of hundreds of microbial species with different genotypic and phenotypic characteristics that allow their adaptation and survival in the adversity of that environment. Streptococcus mutans is the bacterial species more closely related to the etiology of dental caries, mainly due to its acidogenic and aciduric potential and adherence and formation of dental biofilm. Other bacterial species, such as bifidobacteria, have been detected in oral sites including initial and cavitated carious lesions and have been related to the etiology of early childhood caries (ECC). In contrast, beneficial effect of bifidobacteria in the prevention of periodontal disease has been observed because they compete and interfere with the adherence and biofilm formation by periodontal pathogens. Thus, ambiguity regarding the role of bifidobacteria in the etiology or prevention of oral diseases has been observed in the literature. This work was divided into three chapters. The objectives were: 1) to evaluate the genotypic diversity and phenotypic characteristics of S. mutans strains isolated from dental biofilm of ECC and severe-ECC (S-ECC) children compared to caries-free children (CF); 2) to evaluate the ability to produce and tolerate acids, to form biofilm and inducing in vitro initial carious lesions by species of bifidobacteria compared to the bacterial species already recognized in the context of dental caries and 3) to investigate the in vitro antagonistic effect of some bifidobacteria species on biofilms of Fusobacterium nucleatum, Porphyromonas gingivalis and Streptococcus oralis. In Chapter 1, S. mutans strains from biofilm samples of children with ECC, S-ECC and CF were isolated in Agar Mitis Salivarius with bacitracin and genetically evaluated by AP-PCR method (Arbitrary Primers - Polymerase Chain Reaction) and phenotypically by acidogenicity methods, verifying the final pH of the cultures after exposure to high glucose concentration...

Isolation and characterization of lactic acid bacteria and yeasts from the Brazilian grape sourdough

Sourdough is a mixture of flour and water fermented by lactic acid bacteria and yeast, with a large use in bakery products. This study was developed with Brazilian grape (Niagara rosada) sourdough obtained from spontaneous fermentation. The aim of this work was to characterize genotypic and phenotypically lactic acid bacteria and yeasts isolated from sourdough. The phenotypic identification for bacteria and yeasts was performed by using the kit API50CHL and 20CAUX and the genotypic characterization was performed by sequencing method. A total of four isolated strains were analyzed in this study. Two of these strains were phenotypically and genotypic identified as Lactobacillus paracasei and one as Saccharomyces cerevisiae. Another sample phenotypically identified as Candida pelliculosa did not show the same identity by sequencing. It shows the need to use phenotypic and genotypic characterization associated for the correct microorganism identification.

Fermento natural é mistura de farinha e água fermentada por bactérias láticas e leveduras, amplamente utilizada em produtos de panificação. Neste estudo desenvolveu-se um fermento natural de uva brasileira (Niagara rosada), obtido a partir de fermentação espontânea. O objetivo deste trabalho foi caracterizar fenotipicamente e genotipicamente bactérias láticas e leveduras isoladas do fermento natural de uva. A identificação fenotípica para bactéria lática e leveduras foi realizada usando os kits API50CHL e 20CAUX e a caracterização genotípica foi realizada pelo método de sequenciamento. Neste estudo, isolaram-se quatro cepas. Duas cepas foram identificadas fenotipicamente e genotipicamente como Lactobacillus paracasei e outra cepa como Saccharomyces cerevisiae. A outra amostra de levedura, identificada fenotipicamente como Candida pelliculosa, não obteve a mesma identidade com a técnica de sequenciamento. Isso mostra a necessidade do uso da caracterização fenotípica e genotípica em associação para a correta identificação do micro-organismo.

Determinación de la resistencia a meticilina y eritromicina de cepas de Staphylococcus aureus aisladas en un hospital del estado Zulia / Determination of methicillin and erythromycin resistance of Staphylococcus aureus strains isolated at a hospital in Zulia State

Staphylococcus aureus resistente a meticilina (SARM) está asociado a diversos procesos infecciosos y su creciente resistencia representa un grave problema de salud publica. Los objetivos de este trabajo fueron: detectar fenotípica y genotípicamente la resistencia a meticilina y eritromicina en 60 cepas SARM y confirmar la resistencia a meticilina. Ésta última fue confirmada por concentración inhibitoria mínima (CIM), prueba de descarte, resistencia a cefoxitina (FOX), detección de PBP2a, producción de β-lactamasa y detección del gen mecA (PCR). Para la resistencia a eritromicina se utilizó el método de difusión en disco, CIM, resistencia inducible a clindamicina (D-test) y detección de los genes ermA, ermB, ermC y msrA (PCR). Los métodos de CIM, descarte, FOX y PBP2a, mostraron en cada prueba una sensibilidad y valor predictivo de 100% y 98,3% respectivamente. Una cepa fue mecA negativo, negativa para PBP2a y β-lactamasa positiva y se consideró “borderline”. Treinta y cinco (58,3%) SARM fueron resistentes a eritromicina y mostraron los fenotipos MS B (6/17,1%), cMLS B (25/71,4%) y iMLS B (4/11,4%), siendo estas últimas D-test positivo. El gen ermA fue el más frecuente. La resistencia a eritromicina encontrada constituye un problema serio, por ser una de las alternativas para su tratamiento.

Methicillin resistant Staphylococcus aureus strains (MRSA) are associated to diverse infectious processes and their growing resistance represents a serious public health problem. The objectives of this study were to detect methicillin and erythromycin resistance of 60 MRSA strains phenotypically and genotypically, and confirm methicillin resistance. This last one was confirmed by the minimal inhibitory concentration (MIC) method, screening test, cefoxitin resistance (FOX), PBP2a detection, β-lactamase production, and mecA gene detection (PCR). For erythromycin resistance, the disk diffusion method, MIC, inducible clindamycin resistance (D-test), and ermA, ermB, ermC, and msrA gene detection (PCR) were used The MIC, discard test, FOX, and PBP2a methods showed in each test a sensitivity and predictive value of 100% and 98% respectively. One strain was mecA negative, PBP2a negative, and β-lactamase positive and it was considered “borderline”. Thirty five (58.3%) were erythromycin resistant and showed MS B (6/17.1%), eML.S B (25/71.4%) and iML.S B (4/11.4%); these last ones were D-test positive. ermA gene was the most frequent. The erythromycin resistance found contitutes a serious problem since it is one of the treatment alternatives.

Isolation and genotyping of Toxoplasma gondii from pregnant dairy cows (Bos taurus) slaughtered / Isolamento e genotipagem de Toxoplasma gondii em vacas de leite (Bos taurus) prenhas abatidas

The current study aimed to evaluate serology, and isolate and genotype Toxoplasma gondii strains from pregnant dairy cows, slaughtered in an abattoir for human consumption, and their fetuses. Blood from 60 pregnant dairy cows and blood and tissue samples (brain, lung, heart, and liver) from their fetuses were collected and analyzed in a mouse bioassay. Antibodies against T. gondii were observed in 48.3% of cows and 3.7% of fetuses (IFAT, titers ≥ 50 for cows and 25 for fetuses were considered positive). Fourteen fetuses (23.3%) and six cows (10.0%) were identified as positive in the bioassay. T. gondii was isolated from a blood sample of a cow older than 4 years old in the 6th month of pregnancy, and from a blood sample of a fetus in the 6th month of gestation. These isolates were identified by polymerase chain reaction (PCR) as being of T. gondii and both strains showed type II alleles for all PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) markers tested. T. gondii type II strain from cattle was isolated for the first time in Brazil. The current study also showed that transplacental transmission of T. gondii naturally occurs in dairy cows (23.3%) from Southern Brazil.

O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência de anticorpos, isolar e genotipar Toxoplasma gondii de vacas prenhas abatidas em um matadouro para consumo humano e de seus respectivos fetos. Sangue de 60 vacas gestantes e amostras de sangue e tecidos (cérebro, pulmão, coração e fígado) de seus fetos foram coletados e utilizados para bioensaio em camundongos. Anticorpos contra T. gondii foram observados em 48,3% das vacas e em 3,7% dos fetos (foram considerados positivos títulos ≥50 para as vacas e ≥25 para os fetos). Quatorze fetos (23,3%) e seis vacas (10,0%) apresentaram-se positivas para T. gondii ao bioensaio. T. gondii foi isolado de amostra de sangue de uma vaca com mais de quatro anos no 6º mês de gestação e de amostra de sangue de um feto no 6º mês de gestação. Por PCR esses isolados foram identificados como sendo de T. gondii e ambas as cepas apresentaram o alelo tipo II em todos os marcadores de PCR-RFLP testados. Esta é a primeira identificação de genótipo tipo II de T. gondii em bovinos do Brasil. Além disso, este estudo mostrou que a transmissão transplacentária de T. gondii ocorre naturalmente em bovinos de leite (23,3%).

Genetic characterization of bovine viral diarrhoea virus detected in persistently infected cattle in Southern Minas Gerais, Brazil / Caracterização genética do vírus da diarreia bovina detectada em bovinos do Sul de Minas Gerais, Brasil, persistentemente infectados

Isolates of bovine viral diarrhoea virus (BVDV) detected in serum samples of two persistently infected animals (PI) identified in a herd located in the southern state of Minas Gerais, Brazil, underwent genetic characterization trough partial nucleotide sequencing and analysis of the 5’ Untranslated Region (5’UTR) of the viral genome. The isolates were characterized as belonging to genotype BVDV-1, subgenotype BVDV-1b. The results of this study suggest BVDV-1b as an agent of importance in the occurrence of bovine viral diarrhoea (BVD) in the herds of the region. Moreover, the genotypic characterization of isolates of BVDV helps to better understand the epidemiology of the disease, as the genetic variability of BVDV interferes in the serological tests and has implications for the use of vaccines, whose majority is produced only with reference strains of BVDV. Therefore, the investigation on the genetic diversity of BVDV existing in Brazil is required for the improvement of the disease prevention and control measures.

Isolados do vírus da diarreia viral bovina (BVDV) detectados em amostras de soro sanguíneo de dois animais persistentemente infectados (PI), identificados num rebanho bovino localizado na região sul do Estado de Minas Gerais, Brasil, foram submetidos à caracterização genética através do sequenciamento parcial de nucleotídeos da região 5’UTR do genoma viral. Os isolados foram caracterizados como pertencentes ao genótipo BVDV-1, subgenótipo BVDV-1b. Os resultados do presente estudo sugerem o BVDV-1b como um agente de importância na ocorrência da diarreia viral bovina (BVD) nos rebanhos da região. Ademais, a caracterização genotípica dos isolados do BVDV contribui para a melhor compreensão da epidemiologia da enfermidade, pois a variabilidade genética do BVDV interfere nos testes sorológicos e também possui implicações na utilização de vacinas, cuja maioria é produzida apenas com estirpes de referência do BVDV, requerendo, portanto, investigações sobre a diversidade genética do BVDV existente no Brasil para o aprimoramento das medidas de prevenção e controle da enfermidade no país.

Restriction enzyme analysis of the human cytomegalovirus genome in specimens collected from immunodeficient patients in Belém, State of Pará, Brazil / Análise de restrição enzimática do genoma viral do citomegalovírus humano em espécimes clínicos de pacientes imunodeficientes, Belém, Estado do Pará

INTRODUCTION: Human cytomegalovirus is an opportunistic betaherpesvirus that causes persistent and serious infections in immunodeficient patients. Recurrent infections occur due to the presence of the virus in a latent state in some cell types. It is possible to examine the virus using molecular methods to aid in the immunological diagnosis and to generate a molecular viral profile in immunodeficient patients. The objective of this study was to characterize cytomegalovirus genotypes and to generate the epidemiological and molecular viral profile in immunodeficient patients. METHODS: A total of 105 samples were collected from immunodeficient patients from the City of Belém, including newborns, hemodialysis patients, transplant recipients and HIV+ patients. An IgG and IgM antibody study was completed using ELISA, and enzymatic analysis by restriction fragment length polymorphism (RFLP) was performed to characterize viral genotypes. RESULTS: It was observed that 100 percent of the patients had IgG antibodies, 87 percent of which were IgG+/IgM-, consistent with a prior infection profile, 13 percent were IgG+/IgM+, suggestive of recent infection. The newborn group had the highest frequency (27 percent) of the IgG+/IgM+ profile. By RFLP analysis, only one genotype was observed, gB2, which corresponded to the standard AD169 strain. CONCLUSIONS: The presence of IgM antibodies in new borns indicates that HCMV continues to be an important cause of congenital infection. The low observed genotypic diversity could be attributed to the small sample size because newborns were excluded from the RFLP analysis. This study will be continued including samples from newborns to extend the knowledge of the general and molecular epidemiology of HCMV in immunodeficient patients.

INTRODUÇÃO: O citomegalovírus é um betaherpesvírus oportunista, causador de infecções persistentes e graves em pacientes imunodeficientes. As infecções recorrentes ocorrem devido à presença do vírus em estado de latência, em alguns tipos celulares, o que possibilita a pesquisa viral por métodos moleculares para auxiliar nos diagnósticos imunológicos, assim como traçar o perfil epidemiológico e molecular viral em pacientes imunodeficientes. O objetivo deste estudo foi caracterizar os genótipos de citomegalovírus e traçar o perfil epidemiológico e molecular viral em pacientes imunodeficientes. MÉTODOS: Um total de 105 amostras foi coletado de pacientes imunodeficientes da Cidade de Belém, incluindo recém-nascidos, hemodialisados, transplantados e pacientes HIV+. Foi realizada a pesquisa de anticorpos IgG e IgM pelo método ELISA e análise enzimática pelo método restriction fragment length polymorphism (RFLP) para caracterização dos genótipos virais. RESULTADOS: Foi observado que 100 por cento dos pacientes apresentavam anticorpos IgG, 87 por cento eram IgG+/IgM-perfil de infecção pregressa; e 13 por cento IgG+/ IgM+ sugestivo de infecção recente. O grupo dos recém-nascidos apresentou maior frequência (27 por cento) do perfil IgG+/IgM+. Na análise por RFLP, foi observado um único genótipo, o gB2, que corresponde ao padrão genotípico da cepa AD169. CONCLUSÕES: A presença de anticorpos IgM nos recém-nascidos indica que o vírus CMV continua sendo causa importante de infecção congênita; a baixa diversidade genotípica pode ser atribuída ao tamanho amostral devido a exclusão dos recém-nascidos na análise por RFLP. Esse estudo será continuado incluindo amostras de recém-nascidos a fim de contribuir para um amplo conhecimento da epidemiologia geral e molecular do citomegalovírus em pacientes imunodeficientes da Cidade de Belém.

Distribución de las frecuencias alélicas y genotípicas del polimorfismo GHRd3 en pacientes venezolanos con talla baja

Objetivos. La deleción (GHRd3) o inserción (GHRfl) del exón 3 es un polimorfismo común en el gen del receptor de la hormona de crecimiento (GHR) en los seres humanos. La presencia del alelo GHRd3 se ha asociado con el grado de respuesta de terapia con Hormona de Crecimiento Recombinante Humana (rhGH). El objetivo de este estudio fue determinar las frecuencias alélicas y genotípicas de este polimorfismo en un grupo de 69 niños venezolanos con talla baja que estaban recibiendo rhGH. Métodos. Se extrajo DNA a través de la técnica del método combinado Fenol/Sevag e Inorgánica. Se determinó el genotipo del exón 3 del gen GHR usando tanto PCR- monoplex como PCR-multiplex. Resultados. Entre los pacientes con talla baja la frecuencia genotípica se distribuyó de la siguiente manera: GHRfl/GHRfl (55%) GHRfl/GHRd3 (35%) y GHRd3/GHRd3 (10%) y la frecuencia alélica fue de 0,27 para GHRd3 y 0,73 para GHRfl. Para el grupo testigo la frecuencia genotípica se distribuyo así: GHRfl/GHRfl (56%), GHRfl/ GHRd3 (30%) y GHRd3/GHRd3 (14%) y la frecuencia alélica era de 0,29 para GHRd3 y 0,71 para GHRfl. Las características clínicas basales de los pacientes con talla baja eran similares entre los diferentes genotipos encontrados en el grupo de estudio. Conclusiones. La proporción del genotipo y los alelos del gen GHR fueron similares entre el grupo testigo y los pacientes con talla baja, lo que traduce que la etiología de la talla baja no obedece a este polimorfismo.

Objective. The deletion (GHRd3) or insertion (GHRfl) of exon 3 is a common polymorphism in the receptor growth hormone gene (GHR) in humans. The presence of the allele GHRd3 has been associated with the degree of responsiveness to therapy with recombinant human Growth Hormone (rhGH). The aim of this study was to determine the genotypic and allele frequencies of this polymorphism in a group of 69 Venezuelan children with short stature who were receiving rhGH. Methods. Genomic DNA was extracted from blood lymphocytes using combined method Fenol/SEVAG + Salting out. The GHR-exon 3 was genotyped using both PCR monoplex and multiplex assays. Results. Among patients with short stature, genotype frequency was distributed as follows: GHRfl/GHRfl (55%), GHRfl/GHRd3 (35%) and GHRd3/GHRd3 (10%) and allele frequency for GHRd3 and GHRfl was 0.27 and 0.73, respectively. For the control group, genotype frequency was distributed as follows: GHRfl/GHRfl (56%), GHRfl/GHRd3 (30%) and GHRd3/GHRd3 (14%) and allele frequency for GHRd3 and GHRfl was 0.29 and 0.71, respectively. The baseline clinical features of patients with short stature were similar among different genotypes found in the study group. Conclusions. The proportion of genotype and allele of the GHR gene were similar between the control group and patients with short stature, which translates that the etiology of short stature is not due to this polymorphism.

Correlações fenotípicas e genético-aditivas em maracujá-amarelo pelo delineamento I / Phenotypic and genetic-additive correlations in yellow passion fruit obtained by design I

Objetivou-se, neste estudo, avaliar o grau de associação entre características de importância econômica de uma população de maracujá-amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) por meio da estimação dos coeficientes de correlação fenotípica e genético-aditivas. Cento e treze progênies de maracujá-amarelo foram obtidas conforme Delineamento I e avaliadas nas localidades de Viçosa, MG, e Miracema, RJ, em arranjos em três agrupamentos, com delineamentos em blocos ao acaso, com três repetições e três plantas por parcela. A característica número de frutos por planta demonstrou estar associada negativamente com peso, comprimento e largura de frutos, e positivamente com espessura de casca. Além disso, a característica peso de frutos apresentou correlações fenotípicas e genético-aditivas positivas com todas as demais, excluindo-se número de frutos por planta. Assim, o aumento nas dimensões do fruto pode resultar em diminuição da produção em números de frutos, de modo que métodos mais elaborados de seleção no melhoramento podem ser necessários para que se atinja uma população com alta produtividade e boas características comerciais. Por conseguinte, o uso de índices de seleção pode contribuir para obtenção de ganhos simultâneos em características de importância econômica em maracujá-amarelo.

The aim of this research was to evaluate the association among economically important traits of a yellow passion fruit population (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) through the estimate of the phenotypic and genetic-additive correlations. Hundred thirteen yellow passion fruit progenies were obtained by using nested design and evaluated in two environments, Viçosa, MG, and Miracema, RJ, in Brazil, grouped in three sets in a randomized block design, with three replications and three plants per plot. The trait number of fruits per plant demonstrated to be associated negatively with weight, length and width of fruits, and positively with peel thickness. Moreover, the trait weight of fruits expressed positive values for phenotypic and genetic-additive correlations with others, excluded number of fruits by plant. Thus, the increase in the dimensions of fruit may result in decrease of the production in numbers of fruits, so that elaborated methods of selection may be necessary for a high productivity population and good commercial traits. Consequently, the use of selection indexes can contribute to obtain genetic gain in traits of economical importance in yellow passion fruit.