Patrones de frecuencias en 100 marcadores informativos de ancestría entre dos etnias indígenas y dos poblaciones mestizas de Colombia / Frequency pattern analysis of 100 ancestry informative markers between two ethnics groups and two populations of Colombia

Colombia es el segundo país con mayor cantidad de etnias Amerindias del continente gracias a su ubicación geográfica y a que se encuentra en el Noroccidente del continente Sur Americano tuvo que haber sido un corredor para las migraciones de los Amerindios. Pero debido a la mezcla amerindia, europea y africana, ocurrida en diferentes proporciones a lo largo del país hubo cambios en las dinámicas poblacionales. Ojetivo: se caracterizó molecularmente una muestra indígena proveniente de dos etnias ­ Pijao y Nasa Paez, - y otra muestra de individuos mestizos no relacionados del Tolima; con el fin de identificar heterocigocidad, frecuencias alélicas y distancias Fst, mediante el análisis de 100 marcadores informativos de ancestría (SNPs autosómicos). Metodología: Para la realización de este estudio se obtuvo ADN a partir de muestras de sangre tomadas en personas indígenas y mestizas de las regiones ya mencionadas, para tipificar 100 SNPs autosómicos o Marcadores de informativos de Ancestría (AIMs). Resultados: los análisis de la Heterocigocidad (Het) mostraron que los valores bajos se presentaban en las etnias indígenas Nasa (0,181) y Pijaos (0,250), mientras que los de Planadas (0,402) e Ibagué (0,415) presentaron los valores altos. Los análisis realizados de manera global mostraron que las poblaciones del Tolima son menos heterocigotas que las poblaciones ancestrales. Conclusiones: La población nativa Nasa, es la de mayor conservación de la variación nativa ancestral reflejada con los análisis de heterocigocidad y posee una mayor distancia genética con respecto a las poblaciones mestizas.

Colombia is the second country with the largest number of amerindian ethnic groups on the continent thanks to its geographical location and that it is located in the Northwest of the South American continent, it had to have been a corridor for the Amerindian migrations. But due to the Amerindian, European and African mix, which occurred in different proportions throughout the country, there were changes in population dynamics. Objective: an indigenous sample from two ethnic groups - Pijao and Nasa Paez, was molecularly characterized - and another sample of unrelated mestizo individuals from Tolima; to identify heterozygosity, allelic frequencies and Fst distances, by analyzing 100 informative markers of ancestry (autosomal SNPs). Methodology: To carry out this study, DNA was obtained from blood samples taken in indigenous and mestizo people from the aforementioned regions, to typify 100 autosomal SNPs or ancestry informative markers (AIMs). Results: Heterozygous (Het) analyzes showed that low values were presented in the Nasa (0,181) and Pijaos (0,250) indigenous ethnic groups, while those of Planadas (0,402) and Ibagué (0,415) presented high values. Analyzes performed globally showed that Tolima populations are less heterozygous than ancestral populations. Conclusions: The Nasa native population is the one with the greatest conservation of the ancestral native variation reflected with the heterozygous analyzes and has a greater genetic distance concerning the mestizo populations.

Hemoglobinopatías y Malaria. ¿Están protegidos? / Hemoglobinopathies and Malaria. They are protected?

Se presenta el caso de un paciente femenina de 9 años procedente de Puerto Obaldía en la Comarca Guna Yala con heterocigocidad para HbS/Talasemia beta y parasitación por Plasmodium vivax.

We present the case of a 9-year-old female patient from Puerto Obaldía in the Comarca Guna Yala with heterozygosity for HbS / beta thalassemia and parasitism by Plasmodium vivax

Genética poblacional para el sistema sanguíneo ABO en una población con malaria endémica / Population Genetics for the ABO Blood System in a Population with Endemic Malaria

Introducción: el sistema sanguíneo ABO es un factor de riesgo para la malaria. Esta asociación afecta la estructura genética de poblaciones donde la malaria es endémica. Se desconoce la estructura genética para el sistema ABO en pacientes de Gambia. Objetivo: caracterizar la estructura genética para el sistema ABO de la población gambiana. Métodos: se realizó un estudio transversal en una muestra de 739 individuos admitidos en el Hospital Docente Reina Victoria, Gambia, desde diciembre de 2011 hasta septiembre de 2012. Los grupos del sistema ABO fueron determinados con el uso de antisueros comerciales. Los datos fueron digitalizados en forma de archivos Excel y procesados con el software SPSS y GDA. Resultados: las frecuencias para la grupos A, AB, B y O fueron: 0,24; 0,06; 0,22 y 0,48, respectivamente. Se asumió un equilibrio de Hardy-Weinberg, las frecuencias alélicas estimadas fueron de 0,16; 0,15 y 0,69 para los alelos I A, I B e I O, respectivamente. Esta distribución no mostró desviación significativa del equilibrio genético (p=0,9978). La heterocigocidad observada (H O=0,4804) mostró un ligero incremento respecto a la esperada (H E=0,4796). El mayor valor para el índice de fijación global correspondió al alelo I O (F ST=-0,002594). Conclusiones: existió un ligero incremento en la diversidad genética para el sistema ABO en pacientes de Gambia, que favoreció la transmisión del alelo I O y que sugirió la ocurrencia de cambios micro-evolutivos en respuesta a la presión selectiva impuesta por la malaria endémica, que significó el grupo O protector frente a la infección por el Plasmodium falciparum.

Introduction: the ABO blood system is a risk factor for malaria. This association affects the genetic structure of populations where malaria is endemic. Genetic structure for the ABO system in Gambia is unknown. Objective: to characterize the genetic structure for the ABO system of the Gambian population. Methods: a cross-sectional study was performed in a sample of 739 individuals admitted to the Reina Victoria Teaching Hospital , Gambia , from December 2011 to September 2012. ABO groups were determined using commercial antiserum The data were digitized in the form of Excel files and processed with SPSS software and GDA. Results: frequencies for groups A, AB, B and O were 0.24, 0.06, 0.22 and 0.48, respectively. A balance of Hardy -Weinberg equilibrium was assumed, estimated allele frequencies were 0.16, 0.15 and 0.69 for I A, I B and I O, respectively alleles. This distribution showed no significant deviation from genetic equilibrium (p = 0.9978). The observed heterozygosity (H O = 0.4804) showed a slight increase from the expected one (H E = 0.4796). The highest value for the overall index corresponded to first allele fixation (F ST = -0.002594). Conclusions: there was a slight increase in genetic diversity for the ABO system in Gambia, favoring transmission first allele and suggested the occurrence of micro - evolution changes in response to selective pressure imposed by endemic malaria, which represented the group O protector against infection by Plasmodium falciparum.

Pérdida de heterocigocidad e identificación de portadoras de distrofia muscular de Duchenne: un caso familiar con evento de recombinación / Loss of heterozygosity and carrier identification in Duchenne muscular dystrophy: a familiar case with recombination event / Perda de heterozigosidade e identificação de portadoras de distrofia muscular de Duchenne: um caso familiar com evento de recombinação

La distrofia muscular de Duchenne y Becker (DMD/DMB) es una entidad de herencia recesiva ligada al cromosoma X que se presenta con debilidad muscular y es causada por mutaciones en el gen de la distrofina. La pérdida de heterocigocidad permite identificar a las mujeres portadoras de deleción en el gen de la distrofina mediante haplotipos. Objetivo: identificar mujeres portadoras en una familia con un paciente afectado por DMD mediante análisis de pérdida de heterocigocidad. Materiales y métodos: se analizaron nueve miembros de una familia con un afectado de DMD. Se hizo extracción de ADN y amplificación de diez STR del gen de la distrofina; se construyeron haplotipos, y se determinó el estado de portadora de deleción en dos de las seis mujeres analizadas, quienes mostraron pérdida de heterocigocidad de tres STR. Se establecieron algunos eventos de recombinación. Resultados: dos de las seis mujeres analizadas, mostraron pérdida de heterocigocidad en tres de los diez STR genotipificados, indicando su estado de portadora de deleción en este fragmento del gen de la distrofina. Con la segregación familiar de los haplotipos se establecieron eventos de recombinación. Conclusiones: mediante pérdida de heterocigocidad es posible establecer el estado de portadora de deleción en el gen de la distrofina con un 100% de certeza. La construcción de haplotipos identifica el cromosoma X portador de la deleción en familiares del caso índice. Se evidenció un evento de recombinación en una de las hermanas del afectado, lo que hace indeterminado su estado de portadora.

Duchenne/Becker Muscular Dystrophy (DMD/BMD) is an X-linked recessive disease characterized by muscular weakness. It is caused by mutations on the dystrophin gen. Loss of heterozygosity allows us to identify female carriers of deletions on the dystrophin gen. Objective: identify female carriers in a family with a patient affected by DMD. Material and methods: nine family members and the affected child were analyzed using DNA extraction and posterior amplification of ten STRs on the dystrophin gen. Haplotypes were constructed and the carrier status determined in two of the six women analyzed due to loss of heterozygosity in three STRs. Additionally, we observed a recombination event. Conclusions: loss of heterozygosity allows us to establish with a certainty of 100% the carrier status of females with deletions on the dystrophin gen. By the construction of haplotypes we were able to identify the X chromosome with the deletion in two of the six women analyzed. We also determined a recombination event in one of the sisters of the affected child. These are described with a high frequency (12%). A possible origin for the mutation is a gonadal mosaicism in the maternal grandfather or in the mother of the affected child in a very early stage in embryogensis. This can be concluded using the analysis of haplotypes.

A distrofia muscular de Duchenne e Becker (DMD/DMB) é uma entidade de herança recessiva ligada ao cromossoma X que se apresenta com debilidade muscular e é causada por mutações no gene da distrofia. A perda de heterozigosidade permite identificar às mulheres portadoras de deleção no gene da distrofina mediante haplótipos. Objetivo: identificar mulheres portadoras em uma família com um paciente afetado de DMD mediante análises de perda de heterozigosidade. Materiais e métodos: se analisaram nove membros de uma família com um afetado de DMD. De fez extração de ADN e amplificação de dez STR do gene da distrofina; construíram-se haplótipos, e determinou-se o estado de portadora de deleção em duas das seis mulheres analisadas, as quais mostraram perda de heterozigosidade de três STR. Estabeleceram-se alguns eventos de recombinação. Resultados: duas das seis mulheres analisadas mostraram perda de heterozigosidade em três dos dez STR genotipados, indicando seu estado de portadora de deleção neste fragmento do gene da distrofina. Com a segregação familiar dos haplótipos se estabeleceram eventos de recombinação. Conclusões: mediante perda de heterozigosidade é possível estabelecer o estado de portadora de deleção no gene da distrofina com um 100% de certeza. A construção de haplótipos identifica o cromossoma X portador da deleção em familiares do caso índice. Evidenciou-se um evento de recombinação em uma das irmãs do afetado, o que faz indeterminado seu estado de portadora.

Loss of heterozygosity in the short arm of human chromosome 3 in sporadic lung cancer / Pérdida de heterocigocidad en el brazo corto del cromosoma 3 humano en cáncer esporádico de pulmón

Introduction: Loss of Heterozygocity (LOH) in the short arm of human chromosome 3 (3p) is a frequent event in different types of sporadic tumors, including lung cancer (LC). Aim: To determine 3p LOH in LC samples using 17 microsatellite markers. Methodology: In a pilot study on volunteers, thirteen LC biopsies (tumor tissue) and 4 ml of blood (normal tissue) from the same patient were collected. DNA extraction and Polymerase Chain Reaction (PCR) were performed with 17 microsatellite markers to analyze LOH. Amplified fragments were run on 6% denaturalizing polyacrilamide gels and were visualized by using silver stain. Descriptive analysis was performed for each region on the 3p chromosome. Results: All tumors were informative for one or more of the analyzed markers. LOH was found in one or more loci in eleven samples (84.6%). The markers with major LOH were UBE1L (23.1%), D3S1317, D3S1300, D3S1284, D3S1274, D3S3049, and D3S1577 (15.4%). Three samples showed microsatellite instability (changes in the length of the microsatellite) in different loci. The percentages of LOH for the regions of 3p were: 17.6 % for 3p24-25, 11.62% for 3p21-22, 20% for 3p13-14, and 18.42% for the 3p12 region. Conclusions: Chromosomal regions with allelic loss were identified where probably other GSTs involved in the development of the LC are localized. It should increases sample size and marker number in order to narrow a minimal region and to identify a unknown gene involved in LC.

Introducción: La pérdida de heterocigocidad (LOH) en el brazo corto del cromosoma 3 (3p) humano es un evento frecuente en diferentes tipos de tumores esporádicos, incluyendo cáncer de pulmón (CP). Objetivo: Determinar la LOH de 3p en muestras de CP, con 17 marcadores microsatelitales. Metodología: En un estudio piloto en voluntarios, se recolectaron 13 biopsias de CP (tejido tumoral) y 4 ml de sangre periférica (tejido normal) del mismo paciente, se extrajo el ADN y se realizaron reacciones en cadena de la polimerasa (PCR) con 17 marcadores microsatelitales para analizar LOH. Los fragmentos amplificados se corrieron en geles de poliacrilamida desnaturalizante al 6% y se visualizaron por medio de la coloración de tinción de plata. El análisis descriptivo se realizó para cada región estudiada en el cromosoma 3p. Resultados: Todos los tumores fueron informativos para uno o más de los marcadores analizados. Se encontró LOH en uno o más loci en 11 muestras (84.6%). Los marcadores con mayores LOH fueron UBE1L (23.1%), D3S1317, D3S1300, D3S1284, D3S1274, D3S3049 y D3S1577 con 15.4%. Tres muestras presentaron inestabilidad microsatelital (cambios en la longitud del microsatélite) en diferentes loci. Los porcentajes de LOH para las regiones de 3p fueron: 17.6 % para 3p24-25, 11.6% para 3p21-22, 20% para 3p13-14 y 18.4% para la región 3p12. Conclusiones: Se identificaron regiones cromosómicas con pérdida alélica donde es probable que se localicen otros GST involucrados en el desarrollo de CP, diferentes de los ya identificados como VHL, RASSF1A, FHIT y DUTTI, entre otros. Se debe aumentar el número de muestras y de marcadores para delimitar una región mínima e identificar algún gen no descrito implicado en la carcinogénesis de pulmón.

Avances en el diagnóstico de las lesiones cancerizables y malignas del complejo bucal / Advances in the diagnosis of cancerous and malignant lesions of the oral complex

Fundamento: los pacientes con cáncer bucal presentan una pobre supervivencia de cinco años. Muchas de las lesiones se desarrollan sobre leucoplasias y eritroplasias por lo que resulta necesario lograr avances en el diagnóstico del precáncer bucal. Objetivo: describir los avances recientes en el diagnóstico precoz del precáncer bucal que nos permitan valorar su progresión y recurrencia. Método: se revisaron los artículos más recientes utilizando base de datos computarizada: MEDLINE, CANCERLIT, EMBASE que abordaran los siguientes tópicos: lesiones y estados cancerizables, cambios moleculares en la carcinogénesis, examen clínico y técnicas diagnósticas. Resultados: los marcadores moleculares se convertirán en esenciales para el diagnóstico y manejo de pacientes con cáncer bucal. Ellos permiten el diagnóstico precoz y estadiamiento de los cambios tisulares antes que los cambios morfológicos que en las células ocurran, sin embargo conducen a una mejor supervivencia y tratamientos menos agresivos. Conclusiones: se concluye planteando que el examen clínico, la biopsia y el empleo de marcadores moleculares son fundamentales en el diagnóstico de las lesiones cancerizables y malignas del complejo bucal. Además, los avances logrados a nivel molecular mejoran nuestro entendimiento en la patogénesis del cáncer bucal.

Background: patients with oral cancer present a poor survival of five years. Many of the lesions are developed on leukoplakia and erythroplasia therefore it is necessary to achieve advances in the diagnosis of oral precancer. Objective: to describe recent advances in the precocious diagnosis of oral precancer that may allow us to value its progression and recurrence. Method: the most recent articles that were reviewed on computerized databases as: MEDLINE, CANCERLIT, EMBASE dealt with: injuries and cancerous states, molecular changes in carcinogenesis, clinical examination and diagnostic techniques. Results: molecular markers will become essentials for diagnosis and patient´s management with oral cancer. It allows for precocious diagnosis and the staging of tissular changes before morphological changes in the cells happen. Contribute therefore to achieve a better survival and less aggressive treatments. Conclusions: it is concluded that clinical examination, biopsy and the employment of molecular markers are fundamental in diagnosis of cancerous and malignant lesions of the oral complex. Also, advances achieved at molecular level have improved our understanding in the pathogenesis of oral cancer.

Frecuencias de las perdidas de heterocigocidad en la regi¨®n que codifica para HLA en biopsias de pacientes con c¨¢ncer de cuello uterino / Frequency of Heterozygosity Loss in the Region to be Encoded by HLA in Biopsies of Patients with Cervical Cancer

Objetivo: Determinar las frecuencias de p¨¦rdidas de heterocigocidad de LOH en las regiones 6p21.3 y 15q21 que codifican para HLA y ¦Â2 microglobulina, para establecer su correlaci¨®n con el estadio tumoral, teniendo en cuenta que las LOH en HLA I ocurren como un evento gen¨¦tico temprano del c¨¢ncer y pueden contribuir a su desarrollo. M¨¦todos: Se tomaron muestras de sangre perif¨¦rica (SP) y biopsias de cuello uterino de pacientes con NICIII y CCU. Se amplificaron 11 microsat¨¦lites relacionados con el sistema HLA en pares normal-tumor a partir de ADN purificado de c¨¦lulas de SP y c¨¦lulas tumorales microdisectadas. Las LOH fueron determinadas por electroforesis capilar y analizadas mediante los programas GeneScan y Genotyper. Resultado: Todas las muestras amplificaron m¨¢s de 7 microsat¨¦lites (promedio 9,5). El porcentaje de heterocigocidad para los marcadores de microsat¨¦lites utilizados en las muestras de cuello uterino vari¨® entre 51,8% y 95%, y la LOH, entre 17,4% y 50,0%. Las frecuencias observadas para LOH en los diferentes estadios tumorales fueron: 42,9% en el grupo de NIC-III; 57% en CCU en estadio I; 63,6% en CCU en estadio II y 92,85% en pacientes con estadios m¨¢s avanzados (III-IV). Conclusi¨®n: Se observ¨® una mayor frecuencia de LOH en los grupos de pacientes con estadios avanzados de CCU, al comparar con pacientes con NIC-III.

Objective: To determine the frequency of LOH heterozygosity in the regions 6p21.3 and 15q21 which encode for HLA and ¦Â2microglobulina in order to establish their correlation with tumoral stage, taking into account that LOH and HLA I occur as an early genetic event in cancer and can contribute to its development. Methods: Peripheral blood (PB) samples and cervical biopsies were taken from patients with CIN III and invasive cancer. Amplification was made of eleven microsatellites related to the HLA system, in normal-tumor pairs, based on purified DNA PB cells and micro-dissected tumor cells. LOH were determined through capillary electrophoresis and analyzed with GeneScan and Genotyper programs. Results: All samples amplified at more than 7 microsatellites (average 9.5). The percentage of heterozygosity for microsatellite markers used in the cervical samples varied between 51.8% and 95%; the LOH, between 17.4% and 50.0%. The frequencies observed for LOH in the different tumoral stages were: 42.9% in the CIN III group; 57% in invasive cancer Stage I; 63.6% in Stage II, and 92.85% in patients in the most advanced stages (III-IV). Conclusion: Greater frequency of LOH was observed in groups of patients with advanced stages of invasive cancer in comparison with patients with CIN III.