Distribución de genotipos del virus de hepatitis C en la población Argentina / Distribution of hepatitis C virus genotypes in an Argentine population / Distribuição dos genótipos do vírus da hepatite C na população Argentina

Mundialmente se han identificado 6 genotipos (1 al 6) del virus de la hepa­titis C (HCV). Dichos genotipos se subdividen en diferentes subtipos (a, b, c y otros). La respuesta al tratamiento instaurado depende del genotipo del virus infectante. El objetivo del trabajo fue determinar la frecuencia de los diferentes genotipos del HCV en la población de Argentina. Se estudiaron 510 pacientes infectados con HCV; la genotipificación del virus se realizó utilizando el equipo Versant HCV genotype assay 2.0 (LiPA). Los resultados obtenidos indican que el genotipo predominante del HCV en Argentina es el 1 (67,6%), con una prevalencia similar de subtipos 1a y 1b (33,3% y 34,5%, respectivamente). Se observó también una frecuencia similar de los genotipos 2 y 3 (14,5% cada uno). Con este estudio se actualizan los datos de las frecuencias de los diferentes genotipos de HCV que circulan en Argentina utilizando la nueva versión del reactivo para diagnóstico, el cual permitió una correcta subtipificación de las muestras.

Six hepatitis C virus genotypes have been identified worldwide so far. The­se genotypes have been subclassified into different subtypes (a, b, c and others). It is known that the response to treatment is highly dependent on the genotype involved. The aim of this work was to assess the frequency of occurrence of the different HCV genotypes in the population of Argentina. To this end, 510 infected patients were subjected to HCV genotyping using the commercial kit Versant HCV genotype assay 2.0. Results indicated that the genotype 1 was the most frequent (67.6%), and that subtypes 1a and 1b showed a similar prevalence (33.3% and 34.5%, respectively). Genotypes 2 and 3 also displayed a similar frequency (14.5% and 14.5% respectively). This study provides an update regarding the frequency of all HCV genotypes circulating in Argentina. The results were obtained by the novel version of the genotyping kit, which enabled a correct subtyping of samples.

Globalmente foram identificados 6 genótipos (1 ao 6) do vírus da hepatite C (HCV). Estes genótipos são subdivididos em vários subtipos (a, b, c, etc.). A resposta ao tratamento depende do genótipo do vírus infectante. O objetivo do estudo foi determinar a freqüência dos diferentes genótipos do HCV na população Argentina. Foram estudados 510 pacientes infectados com o HCV, a genotipagem do vírus foi realizada utilizando o kit Versant HCV genotype assay 2.0 (LiPA). Os resultados obtidos indicam que o genótipo predominante na Argentina é o tipo 1 (67,6%), observando-se uma prevalência dos subtipos 1a e 1b (33,3% e 34,5% respectivamente). Observou-se também uma freqüência semelhante do genótipos 2 e 3 (14,5% e 14,5% respectivamente). Este estudo atualiza os dados das freqüências dos diferentes genótipos do HCV em circulação na Argentina usando a nova versão do kit, o que permitiu uma correta subtipagem das amostras.

Hibridização reversa e sequenciamento na genotipagem do vírus da hepatite C / Reverse hybridization and sequencing for genotyping the hepatitis C virus

INTRODUÇÃO: Os métodos de genotipagem do vírus da hepatite C têm sido muito discutidos. O objetivo deste trabalho foi comparar as metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C. MÉTODOS: Noventa e uma amostras de plasma de pacientes assistidos na Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista foram utilizadas. A genotipagem por hibridização reversa foi realizada utilizando o kit comercial INNO-LiPA® v.1.0. O sequenciamento direto foi efetuado em sequenciador automático utilizando protocolos in house. RESULTADOS: A genotipagem por sequenciamento direto mostrou-se eficiente na resolução dos resultados inconclusivos pelo kit comercial. O kit mostrou resultados errôneos em relação à subtipagem viral. Além disso, a genotipagem por sequenciamento direto revelou um erro do kit com relação à determinação genotípica questionando a eficiência do método também para a identificação do genótipo viral. CONCLUSÕES: A genotipagem realizada por meio de sequenciamento direto permite uma maior acurácia na classificação viral quando comparada à hibridização reversa.

INTRODUCTION: The methods for genotyping the hepatitis C virus have been much discussed. The aim of this study was to compare the methodologies of reverse hybridization and direct sequencing for genotyping the hepatitis C virus. METHODS: Ninety-one plasma samples from patients attended at the Botucatu Medical School, São Paulo State University, were used. Genotyping by reverse hybridization was performed using the INNO-LiPA® v.1.0 commercial kit. Direct sequencing was performed in an automated sequencer using in-house protocols. RESULTS: Genotyping by direct sequencing was shown to be efficient for resolving cases that had remained inconclusive after using the commercial kit. The kit showed erroneous results in relation to virus subtyping. Moreover, direct sequencing revealed an error of the kit regarding the genotypic determination, thereby raising doubts about the efficiency of reverse hybridization for identifying the virus genotype. CONCLUSIONS: Genotyping by direct sequencing allowed greater accuracy of virus classification than did reverse hybridization.