Reliability of CNEURO hyssops for sample collection in the SARS-CoV-2 diagnosis / Fiabilidad de los hisopos CNEURO para la recogida de muestras en el diagnóstico del SARS-CoV-2

ABSTRACT Introduction: The detection of SARS-CoV-2 genetic material from nasopharyngeal swab samples by RT-PCR is the most specific and sensitive way to test suspected cases. However, factors such as the sampling process, the type of hyssop used, and the anatomical area from which the sample is collected can distort the result and cause false negatives. Objective: To evaluate the reliability of CNUERO hyssops for sample collection for the SARS-CoV-2 diagnosis versus IMPROSWAB hyssops. Material and Methods: To study the reliability of hyssops developed in Cuba for swabbing for the COVID-19 diagnosis by comparing them to other hyssops successfully used for this task, 2 swabbing samples were obtained from each patient (136). One of these two samples was taken using the hyssops made in Cuba, while the other was taken using another hyssop imported from Germany. The positive detections obtained with the use of both hyssops were compared using the Fisher's exact test. The result of the detection of each hyssop was evaluated and compared using the ROC curve. Results: The use of CNEURO hyssops allowed the detection of 45 out of 59 positive cases, while IMPROSAWAB hyssops detected 52 out of 59 true positive cases. There were no significant differences between positive cases detected with the use of each hyssop. The sensitivity of sample detection using CNEURO hyssops was 76,3 % while the one using IMPROSWAB hyssops was 88,1 %. Hence, there are no significant differences in the detection of cases using these two hyssops. Conclusion: CNEURO hyssops are safe and reliable to be used to take nasopharyngeal samples from COVID-19 patients.

RESUMEN Introducción: La detección de material genético del SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopos nasofaríngeos mediante RT-PCR es la forma más específica y sensible de analizar los casos sospechosos. Sin embargo, factores como el proceso de toma de muestra, el tipo de hisopo y el área anatómica de la que se extrae la muestra, pueden distorsionar el resultado y provocar falsos negativos. Objetivo: Evaluar la confiabilidad de hisopos CNUERO para la recolección de muestras en el diagnóstico de SARS-CoV-2 versus hisopos IMPROSWAB. Material y Métodos: Se obtuvieron 2 muestras de exudado de cada paciente (136). Una de estas dos muestras se tomó con hisopos CNEURO, mientras que la otra se tomó con el hisopo IMPROSWAB. Las detecciones positivas entre ambos hisopos se compararon mediante la prueba exacta de Fisher. El resultado de la detección de cada hisopo se evaluó y comparó utilizando la curva ROC. Resultados: El uso de hisopos CNEURO permitió detectar 45 de 59 casos positivos, mientras que los hisopos IMPROSAWAB detectaron 52 de 59 casos verdaderos positivos. Se detectaron diferencias no significativas entre los casos positivos detectados entre hisopos. La sensibilidad de detección de muestras utilizando hisopos CNEURO fue del 76,3 % y del 88,1 % cuando se utilizaron hisopos IMPROSWAB. Por tanto, no se detectaron diferencias significativas en la detección de casos utilizando estos dos hisopos. Conclusión: Los hisopos CNEURO son seguros y fiables para su uso en la toma de muestras nasofaríngeas de pacientes con COVID-19.

Estudio comparativo de la detección de SARS CoV-2 por RT-PCR en muestras de hisopado nasofaringeo y saliva un estudio piloto en Bolivia

Objetivos: El muestreo de hisopado nasofaríngeo para la detección de SARS CoV-2 es un método estándar para el diagnóstico de COVID-19, pero su recolección generalmente ocasiona incomodidad en el paciente y expone a un mayor riesgo al personal de salud. La muestra de saliva parece ser una buena alternativa con respecto a las muestras de hisopado nasofaringeo, no es invasiva, reduce el riesgo de contaminación del personal sanitario y permite la auto recolección. Este estudio tiene por objetivo comparar la capacidad de detectar al SARS CoV-2 por RT-PCR en un mismo paciente, a partir de muestras de saliva y de hisopado nasofaríngeo para analizar la concordancia de los resultados obtenidos entre ambas muestras. Métodos: Treinta muestras de saliva y de HNF de pacientes con síntomas de COVID-19 que ingresaron al servicio de emergencia del Hospital Clínico Viedma fueron tomadas en paralelo. Ambas muestras fueron analizadas por RT-PCR para la detección de SARS CoV-2. La concordancia de resultados fue calculada por el coeficiente de kappa de Cohen. Resultados: Nuestros resultados muestran que existe una buena concordancia (Índice Kappa 0,730; IC del 95%: 0,486 - 0,974) entre los dos tipos de muestras analizadas. Conclusiones: La saliva parece ser una muestra fiable y efectiva para la detección del SARS CoV-2.

Objectives: Nasopharyngeal swab sampling for the detection of SARS-CoV-2 is a standard method for the diagnosis of COVID-19, but its collection usually causes discomfort in the patient and exposes healthcare workers to a higher risk. Saliva seems to be a good alternative to nasopharyngeal swabs, as it is non-invasive, reduces the risk of contamination of healthcare workers, and allows self-collection. This study aims to compare the ability to detect SARS-CoV-2 by RT-PCR in the same patient using saliva and nasopharyngeal swab samples to analyze the concordance of the results obtained between the two samples. Methods: Thirty saliva and nasopharyngeal swab samples from patients with COVID-19 symptoms who were admitted to the emergency department of the Viedma Clinical Hospital were taken in parallel. Both samples were analyzed by RT-PCR for the detection of SARS-CoV-2. The concordance of results was calculated using the Cohen's Kappa coefficient. Results: Our results show that there is good concordance (Kappa index 0.730; 95% CI: 0.486-0.974) between the two types of samples analyzed. Conclusions: Saliva seems to be a reliable and effective sample for the detection of SARS-CoV-2.

Detección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientes ambulatorios con estudio de COVID-19

Resumen Introducción: La pandemia de COVID-19 ha afectado a millones de personas en todo el mundo. La identificación de sujetos infectados ha sido importante para el control. Objetivo: Evaluar el rendimiento de una reacción de polimerasa en cadena (RPC) cuantitativa en tiempo real (en inglés: RT-qPCR) para SARS-CoV-2, utilizando saliva como matriz en comparación con un hisopado nasofaríngeo (HNF). Metodología: Se reclutaron adultos en atención ambulatoria, la mayoría sintomáticos. Fueron estudiadas 530 muestras pareadas de saliva e HNF con RT-qPCR. Resultados: Fueron positivas 59 muestras de HNF y 54 de saliva. La sensibilidad con saliva fue 91%, especificidad 100%, el valor predictor positivo (VPP) 100%, valor predictor negativo (VPN) 98%. El índice Kappa fue de 0,95 y LR-0,08. En promedio, el umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-CT) de la saliva fue 3,99 puntos más alto que los de HNF (p < 0,0001) mostrando que la carga viral (CV) es menor en saliva. La carga viral en ambas disminuyó con el tiempo después del inicio de los síntomas. El muestreo de saliva fue preferido por los sujetos en lugar de HNF. Conclusión: Este estudio demuestra que la RPC para SARS-CoV-2 utilizando saliva, es adecuada para el diagnóstico de COVID-19 en adultos ambulatorios, especialmente en la etapa temprana de los síntomas.

Abstract Background: The COVID-19 pandemic has affected millions of people around the world. Part of control strategies is testing a large proportion of the population to identify and isolate the infected subjects. Aim: To evaluate the SARS-CoV-2 detection by the performance of a reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) against SARS-CoV-2, using saliva as a matrix compared to a nasopharyngeal swab (NPS) to simplify obtaining a diagnostic sample. Methods: Adults in outpatient care were recruited, 95% of them symptomatic. We studied 530 paired saliva and NPS samples by SARS-CoV-2 RT-qPCR. Results: Fifty-nine individuals tested positive in NPS and 54 in saliva samples. Sensitivity for saliva sample was 91%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) 100%, negative predictive value (NPV) 98%. The Kappa index was 0.95 and LR-0.08. On average, the cycle threshold (CT) of saliva was 3.99 points higher than those of NPS (p < 0.0001) showing that viral load (VL) is lower in saliva than in NPS. Viral load in both decreased over the time after onset of symptoms. Saliva sampling was preferred by subjects instead of NPS. Conclusion: This study demonstrates that SARS-CoV-2 RT-qPCR using saliva, even with lower VL, is suitable for the diagnosis of COVID-19 in outpatient adults, especially at early stage of symptoms.

Comparison between nasopharyngeal swabs and saliva as reliable specimens for the diagnosis of SARS-CoV-2 / Comparación de la confiabilidad del diagnóstico del SARS-CoV-2 entre muestras de hisopado y saliva

Introduction: The SARS-CoV-2 virus is a positive-strand RNA virus. The virus can also be detected in many different specimens as throat swabs, nasal swabs, sputum, saliva, blood, etc. Objective: The aim of this paper is to compare the reliability of different types of specimen collection, saliva and swabs samples for the detection of SARS-CoV-2. Material and Methods: A sample of 22 COVID-19 positive patients was selected. Paired samples from saliva, nasopharyngeal, oropharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal swabs were collected on the 7th day after diagnosis. The hyssops and medium employed was IMPROSWAB and IMPROVIRAL NAT Medium, Germany. The sample evaluation was conducted through RT-PCR. The results were compared using Fisher's exact test and ROC curve. The gold standard proposed in this paper was the nasopharyngeal + oropharyngeal swabs specimen. Results: The gold standard method detected 10 true positive cases, of which oropharyngeal swabs, nasopharyngeal swabs and saliva only detected three positive cases. Significant differences (Fisher's exact test p = 0.003) were detected in the comparison between saliva and the gold standart proposed. The ROC curve analysis showed that saliva had an area under the curve of 0.650, with a 30 percent of sensibility. However, the nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples had an area under curve of 0.950 and 1.000, respectively, with a sensibility of 90 percent and 100 percent, respectively. Conclusion: Saliva samples are not a reliable specimen for SARS-CoV-2 RNA detection. In turn, the most reliable specimens are nasopharyngeal and nasopharyngeal + oropharyngeal samples collected by swabbing(AU)

Introducción: El SARS-CoV-2 es un virus ARN positivo. Este virus puede ser detectado en diferentes tipos de secreción como hisopada bucal, nasal, esputo, saliva, sangre, etc. Objetivo: El objetivo de este estudio es comparar la confiabilidad de diferentes tipos de muestras, saliva y exudado, en la detección de SARS-CoV-2. Material y Métodos: Una muestra de 22 pacientes con diagnóstico de Covid-19 fue estudiada. Se tomaron muestras pareadas de saliva y exudado nasofaríngeo y orofaríngeo en cada paciente. Se emplearon los hisopos y medios de la firma alemana IMPROVE®. Los resultados de las determinaciones por RT-PCR se compararon mediante test de Fisher (test de la probabilidad exacta de Fisher) y cada sets de muestras fue evaluada individualmente y luego comparadas por curvas ROC. El estándar de oro propuesto fue el doble hisopado nasofaríngeo/orofaríngeo. Resultados: El método de oro propuesto detectó 10 casos positivos. La coincidencia de detección entre todos los sets de muestras fue de 3 casos (30 por ciento). Se obtuvieron diferencias significativas (Fisher p = 0.003) en la comparación de los casos detectados en saliva vs el estándar de oro. El análisis de curvas ROC mostró un área bajo la curva de 0.650 (30 por ciento de sensibilidad) para la saliva. En el caso del hisopado nasofaríngeo y el estándar de oro mostraron un área bajo la curva de 0.95 y 1.00, respectivamente, con una sensibilidad del 90 (AU) por ciento y 100 por ciento, respectivamente. Conclusiones: La saliva no es una muestra confiable para la detección de SARS-CoV-2. La muestra más confiable para el diagnóstico fue el hisopado nasofaríngeo y el doble hisopado(AU)

Fístula de líquido cefalorraquídeo después de hisopado nasofaríngeo en pandemia COVID-19. A propósito de dos casos

Resumen Uno de los pilares fundamentales en el manejo de la pandemia por SARS-CoV2 es la detección temprana de la presencia del virus en pacientes. El método más utilizado es mediante hisopado nasofaríngeo para amplificar ácidos nucleicos mediante reacción en cadena de polimerasa (PCR). Las complicaciones asociadas a la técnica de hisopado aún no están completamente caracterizadas. Hasta ahora hay un caso reportado internacionalmente de fístula de líquido cefalorraquídeo poshisopado nasofaríngeo. Presentamos dos casos de fístula posterior a dicho examen: el primer caso un paciente de género femenino con sospecha de hipertensión intracraneal idiopática, cuya brecha se reparó quirúrgicamente; el segundo caso un paciente de género masculino con antecedente de hidrocefalia y meningitis neonatal que, al estudio por rinorraquia, se encuentra un meningoencefalocele en el receso frontal derecho, también reparado quirúrgicamente.

Abstract One of the cornerstones in the management of coronavirus pandemic is the early identification of virus presence in patients. The most used test is the nasopharyngeal swab, used to amplify nucleic acids through polymerase chain reaction. Complications with this test have not been completely characterized. Until now, only one international report of cerebrospinal fluid leak has been reported. We present two cases of leak after nasopharyngeal swab test: the first case corresponded to an adult feminine gender patient with suspected idiopathic intracranial hypertension, whose gap was surgically repaired; the second case adult male patient with medical history of hydrocephalus and neonatal meningitis who was further studied for rhinoliquorrhea that showed a meningoencephalocele occupying the right frontal recess.

Hongos anamorfos biodegradan los libros del Área Histórica de la Universidad Central del Ecuador (UCE) / Anamorphous fungi biodegrade the books of the Historical Area from the Central University of Ecuador (CUE)

Determinamos los géneros de hongos anamorfos que contaminan los libros del área de cuarentena y limpieza, dentro del Área Histórica de la Universidad Central del Ecuador (UCE). Realizamos un hisopado aleatorio a una muestra representativa de 50 de estos libros de acuerdo a una Tabla militarizada estándar. También hisopamos como muestra preferencial a 21 libros gravemente contaminados con hongos. Los hisopados tuvieron una superficie de 5x5 cm, friccionando en la pasta, el borde y el interior de estos libros. Las 213 muestras tomadas fueron inoculadas en medio de cultivo Agar Malta. Los medios fueron incubados a una temperatura de 28°C durante 7 días. Realizamos observaciones por microscopía a 40 y 100x además de usar literatura especializada para la identificación hasta el nivel de género de hongos anamorfos. Los géneros más abundantes en este estudio fueron Penicillium (80,2%) y Mucor (8,1%). (AU)

We determined the genera of anamorphic fungi that contaminate the books in the quarantine and cleaning area, within the Historical Area of the Central University of Ecuador (CUE). We performed a random swab on a representative sample of 50 of these books according to a standard militarized Table. We also swabbed as a preferential sample 21 books seriously contaminated with fungi. The swabs had a surface area of 5x5 cm, rubbing on the paste, the edge and the interior of these books. The 213 samples taken were inoculated in Agar Malta culture medium. The media were incubated at a temperature of 28° C for 7 days. We made observations by microscopy at 40 and 100x in addition to using specialized literature for the identification down to the genus level of anamorphic fungi. The most abundant genus in this study were Penicillium(80,2%) and Mucor(8,1%). (AU)

Evaluación de tres métodos de tamizaje para detección de Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas en hisopados rectales / Evaluation of three screening methods for detection of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae in rectal swabs

Resumen Introducción: Las Enterobacteriaceae productoras de carbapenemasas (EPC) han tomado gran importancia en salud pública a una escala global, haciendo necesario implementar test rápidos para su detección oportuna. Objetivo: Evaluar tres metodologías para el tamizaje de EPC en hisopados rectales. Materiales y Métodos: Estudio prospectivo transversal. Se evaluaron 73 hisopados rectales por tres metodologías. Se realizó identificación y evaluación de susceptibilidad por sistemas automatizados y la producción de carbapenemasas se confirmó por test de Hodge modificado, sinergia con ácido borónico y EDTA. Resultados: Método 1 (ChromID CARBA®): detectó 20 muestras positivas (27,4%), 5 falsos positivos (6,9%), con índice de concordancia de 93,2%, sensibilidad 100% y especificidad de 90%. Método 2 (HB&L Carbapenemase®): detectó 17 muestras positivas (23,3%) y 3 falsos negativos (4,1%). La sensibilidad y especificidad fue 85 y 100% respectivamente, con concordancia de 95,9%. Método 3 (Xpert Carba-R®): detectó 19 muestras positivas (57,5 %) y 1 falso negativo (3,1%), sensibilidad 95%, especificidad 100% e índice de concordancia de 97%. Discusión: Existe amplia variedad de metodologías para búsqueda y detección rápida de microorganismos productores de carbapenemasas. La elección del método debe tener como requisito una buena sensibilidad y especificidad, rapidez y costo efectividad.

Background: Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) have taken great importance on public health at global scale, which makes it necessary to implement rapid test for its prompt detection. Aim: To evaluate three screening methods to detect CPE in rectal swabs. Material and Methods: Transverse study, prospective. Seventy three rectal swabs were evaluated by three methodologies. Microorganism identification and susceptibility testing were made using automated systems. Carbapenemase production was confirmed by modified Hodge test and synergy tests using boronic acid and EDTA. Results: The method 1 (ChromID CARBA®) detected 20 positive samples (27.4%), 5 false positives (6.9 %), with concordance index of 93.2%, sensitivity 100% and specificity of 90%. Method 2 (HB&L Carbapenemase®) detected 17 positive samples (23.3%) and 3 false negatives (4.1%). The sensitivity and specificity of the assay were 85% and 100%, with concordance index of 95.9%. Method 3 (Xpert Carba-R®) detected 19 positive samples (57.5%) and 1 false negatives (3.1%), sensitivity 95%, specificity 100% and concordance index of 97%. Discussion: There is a wide variety of methodologies for rapid detection of carbapenemase-producing microorganisms. Choosing the best method must have as requirement a good sensitivity, specificity, and cost-effectiveness.

Descripción de la muestra del banco de ADN de recién nacidos con malformaciones congénitas / Description of the DNA sample bank about congenital malformations

Objetivos. Este artículo describe una muestra de recién nacidos con malformaciones congénitas a quienes se les tomó muestra de mucosa oral mediante la técnica de hisopado bucal. Se hizo lo anterior con el fin de generar un banco de ADN, de manera que exista la posibilidad de acceder al material genético para investigaciones moleculares de malformaciones congénitas. Métodos. Siguiendo la metodología del Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas (ECLAMC), se examinaron los recién nacidos de dos hospitales de Bogotá, el Hospital Universitario San Ignacio y la Fundación Clínica Emmanuel, durante el periodo comprendido entre el 1º de agosto de 2007 y el 31 de julio de 2008. Para la extracción del ADN, se tomaron muestras de mucosa oral mediante la técnica de hisopado bucal y el ADN se almacenó a -20°C en el Instituto de Genética Humana de la Pontificia Universidad Javeriana. Resultados. Se registraron 6.219 nacimientos, de los cuales, 213 niños nacieron con alguna malformación congénita; de éstos, a 125 se les tomó muestra de hisopado bucal. En la población general, la mayoría de nacimientos registrados fueron de sexo masculino (51,6%). Sin embargo, la muestra presentó una mayor tendencia hacia pacientes femeninos (53,6%Se registraron dos casos de mortinatos en la muestra (1,6%). La mortalidad de los pacientes con malformaciones se aumentó a 7 casos (5,6%) al momento del alta. No se encontró una diferencia importante en la edad materna al momento de la gestación, entre la población general y la muestra (promedio de 26,89 años y 27,06 años, respectivamente). La malformación que se observó con mayor frecuencia fueron las deformidades congénitas del pie (16,8%), seguida de la cardiopatía (6,4% del total de las malformaciones) y la polidactilia (5,6%)...

Objective: To describe a sample of newborns with congenital malformations that were part of a surveillance program. DNA samples were taken from this patient´s oral mucosa using buccal swabs with the purpose of creating a DNA bank for the future molecular investigation of congenital anomalies.Methods: Following the methodology of the Latin American Collaborative Study of CongenitalMalformations (ECLAMC), we evaluated all newborns from August 1, 2007 to July 31, 2008 that were born in two hospitals in Bogotá- Colombia: Hospital Universitario San Ignacio and Fundaci ón Clínica Emmanuel. For the extraction of DNA, samples were taken from the newborn´s oral mucosa using buccal swabs and they werestoraged at a -20°C temperature at the Human Genetic Institute of the Pontificia Universidad Javeriana.Results: From August 1, 2007 to July 31, 2008, 6219 births were registered; 213 of which had a congenital malformation. Samples of DNA were taken from 125 malformed newborns, using buccal swabs. 51% of the infants were males, and 48% were females, but in the sampled babies, females predominated (53,6%). Two cases of stillbirths were registered (1,6%). We found no difference when comparing the general population´s maternal age at the moment of birth with the sample´s maternal age at the moment of birth (average, 26, 89 and 27, 09 years, respectively).The most frequent anomalies observed were: Malformations of the feet (16,8%), cardiopathies (6.4%) and polydactyly (5,6%).Conclusions: Samples taken from oral mucosa using buccal swabs represent an easy and noninvasive method for the extraction of DNA and the creation of a DNA bank that will contribute for the future molecular research of congenital anomalies...