Genetic variations and phylogenetic relationship of genus Uromastyx from Punjab Pakistan / Variações genéticas e relação filgenética do gênero Uromastyx de Punjab, Paquistão

Abstract During the present study, specimens were collected from selected sites of Cholistan desert and Kalabagh Game Reserve, Punjab province, Pakistan. Each captured specimen was tagged with voucher number and morphometric measurements were taken. The average snout to vent length was 172.559±1.40 mm and average weight was 92.1±1.30 g. The DNA of Uromastyx hardwickii was amplified and sequenced using 16S rRNA primer set. The obtained DNA sequence has shown reliable and clear species identification. After trimming ambiguous bases, the obtained 16S rRNA fragment was 520 bp while 16S rRNA fragments aligned with closely matched sequence from NCBI comprised of 510 bp. Closely matched sequences of genus Uromastyx were retrieved from NCBI in blast searches. Neighbour-joining tree of genus Uromastyx was constructed based on p-distance using MEGA X. The mean intraspecific variation was 0.095±0.01 while intraspecific variation was ranging from 0-1%. Similarly, interspecific variation of Uromastyx hardwikii with Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti was 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19% respectively. The newly produced DNA was submitted to NCBI and accession number was obtained (MW052563.1). Results of current study provided information about the molecular and morphological identification of Genus Uromastyx. In our recommendation, comprehensive molecular based identification of Pakistan's reptiles is required to report any new or subspecies from country.

Resumo Durante o presente estudo, os espécimes foram coletados em locais selecionados do deserto do Cholistan e da Reserva de Caça de Kalabagh, província de Punjab, Paquistão. Cada espécime capturado foi etiquetado com o número do comprovante e medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento médio do focinho à cloaca foi de 172,559 ± 1,40 mm, e o peso médio foi de 92,1 ± 1,30 g. O DNA de Uromastyx hardwickii foi amplificado e sequenciado usando o conjunto de primer 16S rRNA. A sequência de DNA obtida mostrou identificação de espécies confiável e clara. Após o corte de bases ambíguas, o fragmento de rRNA 16S obtido tinha 520 pb, enquanto os fragmentos de rRNA 16S alinhados com a sequência próxima do NCBI composta por 510 pb. Sequências semelhantes do gênero Uromastyx foram recuperadas do NCBI em pesquisas de explosão. A árvore de união de vizinhos do gênero Uromastyx foi construída com base na distância-p usando MEGA X. A variação intraespecífica média foi de 0,095 ± 0,01, enquanto a variação intraespecífica foi de 0-1%. Da mesma forma, a variação interespecífica de Uromastyx hardwikii com Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti foi de 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19%, respectivamente. O DNA recém-produzido foi submetido ao NCBI e o número de acesso foi obtido (MW052563.1). Os resultados do estudo atual forneceram informações sobre a identificação molecular e morfológica do Gênero Uromastyx. Em nossa recomendação, a identificação de base molecular abrangente de répteis do Paquistão é necessária para relatar qualquer nova ou subespécie do país.

Genetic variations and phylogenetic relationship of genus Uromastyx from Punjab Pakistan

Abstract During the present study, specimens were collected from selected sites of Cholistan desert and Kalabagh Game Reserve, Punjab province, Pakistan. Each captured specimen was tagged with voucher number and morphometric measurements were taken. The average snout to vent length was 172.559±1.40 mm and average weight was 92.1±1.30 g. The DNA of Uromastyx hardwickii was amplified and sequenced using 16S rRNA primer set. The obtained DNA sequence has shown reliable and clear species identification. After trimming ambiguous bases, the obtained 16S rRNA fragment was 520 bp while 16S rRNA fragments aligned with closely matched sequence from NCBI comprised of 510 bp. Closely matched sequences of genus Uromastyx were retrieved from NCBI in blast searches. Neighbour-joining tree of genus Uromastyx was constructed based on p-distance using MEGA X. The mean intraspecific variation was 0.095±0.01 while intraspecific variation was ranging from 0-1%. Similarly, interspecific variation of Uromastyx hardwikii with Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti was 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19% respectively. The newly produced DNA was submitted to NCBI and accession number was obtained (MW052563.1). Results of current study provided information about the molecular and morphological identification of Genus Uromastyx. In our recommendation, comprehensive molecular based identification of Pakistans reptiles is required to report any new or subspecies from country.

Resumo Durante o presente estudo, os espécimes foram coletados em locais selecionados do deserto do Cholistan e da Reserva de Caça de Kalabagh, província de Punjab, Paquistão. Cada espécime capturado foi etiquetado com o número do comprovante e medidas morfométricas foram realizadas. O comprimento médio do focinho à cloaca foi de 172,559 ± 1,40 mm, e o peso médio foi de 92,1 ± 1,30 g. O DNA de Uromastyx hardwickii foi amplificado e sequenciado usando o conjunto de primer 16S rRNA. A sequência de DNA obtida mostrou identificação de espécies confiável e clara. Após o corte de bases ambíguas, o fragmento de rRNA 16S obtido tinha 520 pb, enquanto os fragmentos de rRNA 16S alinhados com a sequência próxima do NCBI composta por 510 pb. Sequências semelhantes do gênero Uromastyx foram recuperadas do NCBI em pesquisas de explosão. A árvore de união de vizinhos do gênero Uromastyx foi construída com base na distância-p usando MEGA X. A variação intraespecífica média foi de 0,095 ± 0,01, enquanto a variação intraespecífica foi de 0-1%. Da mesma forma, a variação interespecífica de Uromastyx hardwikii com Saara asmussi, Uromastyx alfredschmidti, Uromastyx geyri, Uromastyx thomasi, Uromastyx alfredschmidti foi de 0-12%, 0-19%, 0-19%, 0-20%, 12-19%, respectivamente. O DNA recém-produzido foi submetido ao NCBI e o número de acesso foi obtido (MW052563.1). Os resultados do estudo atual forneceram informações sobre a identificação molecular e morfológica do Gênero Uromastyx. Em nossa recomendação, a identificação de base molecular abrangente de répteis do Paquistão é necessária para relatar qualquer nova ou subespécie do país.

Assessing extinction risk from geographic distribution data in Neotropical freshwater fishes

The IUCN Red List (RL) provides high-quality conservation assessments for individual species, yet the rate and scale of environmental deterioration globally challenges the conservation community to develop expedited methods for risk assessment. Here we compare threat assessments for 3,001 species of Neotropical freshwater fishes (NFF) in the IUCN-RL using readily accessible data types as proxies for extinction risk: geographic range, elevation, and species publication date. Furthermore, using geographic and taxonomic data alone, we generated preliminary conservation assessments for 2,334 NFF species currently awaiting IUCN assessment, identifying an additional 671 NFF species as potentially threatened. This number of potentially threatened species represents an increase of 59% over the number of species currently assigned to threat categories by the IUCN-RL. These results substantially expand the number of threatened NFF species from 422 currently on the IUCN RL to 1,093 species as threatened or potentially threatened, representing about 18% of all NFF species. Extinction risk is greater in species with smaller geographic ranges, which inhabit upland rivers, and which were described more recently. We propose the Central and Southern Andes, and Eastern Guiana Shield as priorities in the upcoming IUCN RL assessment of NFF species conservation risk.(AU)

A Lista Vermelha (IUCN) fornece avaliações precisas sobre status de conservação das espécies, porém a taxa e escala de deterioração ambiental desafia a comunidade conservacionista a desenvolver métodos rápidos para avaliações de riscos de extinção. Aqui, comparamos as avaliações da IUCN para 3.001 espécies de peixes dulcícolas neotropicais com dados facilmente acessíveis de risco de extinção: extensão de ocorrências, altitude e data de publicação das espécies. Além disso, usando apenas dados geográficos e taxonômicos, geramos avaliações preliminares de conservação para 2.334 espécies de peixes neotropicais aguardando avaliação da IUCN, e identificamos 671 espécies adicionais como potencialmente ameaçadas. Este número de espécies potencialmente ameaçadas representa um aumento de 59% em relação aquelas classificadas nas categorias de ameaça pela IUCN. Estes resultados expandem o número de espécies ameaçadas segundo a IUCN de 422 para 1.093 espécies ameaçadas ou potencialmente ameaçadas, representando cerca de 18% das espécies de peixes neotropicais. O risco de extinção é maior para espécies com distribuições geográficas restritas, que habitam rios de terras altas e que foram descritas mais recentemente. Sugerimos a região Central e Meridional do Andes e o Escudo das Guianas Orientais como prioridades para as próximas avaliações da IUCN sobre a conservação das espécies de peixes dulcícolas neotropicais.(AU)

Fisheries, life-history and conservation status of the catfish pirá Conorhynchos conirostris (Ostariophysi: Siluriformes) in Brazil

Pirá, Conorhynchos conirostris (Valenciennes, 1840), a large migratory catfish endemic to the São Francisco River (SFR), is listed as threatened in the red lists of both Brazil and the state of Minas Gerais. Although fishing for pirá has been prohibited, it is still an important fishery resource, particularly in the middle SFR. We used historical and current occurrence and abundance data regarding pirá to determine if it meets the IUCN criteria of a threatened species. Pirá occurs in the main course of the SFR as well as in its major tributaries. Unlike the most well-known migratory fishes of the SFR, pirá does not use floodplain lakes as nurseries. In the first half of the 20th century, pirá occurred from the upper to the lower SFR. Currently, it is most abundant in the middle SFR, and is rare in the upper SFR and even rarer in the sub-middle SFR. Pirá has not been captured in the lower SFR since around the mid-1980's. Despite the reduction in its geographic distribution, we did not find evidence to justify considering pirá as threatened. Thus, we recommend that it be removed from the red lists of Brazil and the state of Minas Gerais.(AU)

Pirá, Conorhynchos conirostris (Valenciennes, 1840), um grande siluriforme migrador endêmico do rio São Francisco (RSF), está incluído como ameaçado nas listas vermelhas do Brasil e do estado de Minas Gerais. Embora sua pesca esteja proibida, ele ainda é recurso pesqueiro importante, particularmente no médio RSF. Utilizamos dados históricos e atuais de ocorrência e abundância do pirá para determinar se ele atende aos critérios da UICN para ser classificado como ameaçado. Pirá ocorre na calha do RSF, bem como em seus principais afluentes. Ao contrário dos peixes migradores mais conhecidos do RSF, ele não usa lagoas das várzeas como berçários. Na primeira metade do século 20, pirá costumava ocorrer do alto ao baixo RSF. Atualmente, ele é mais abundante no médio RSF. A espécie é rara no alto RSF e parece ainda mais rara no sub-médio RSF. O pirá não é capturado no baixo RSF desde cerca da metade da década de 1980. Apesar da redução na distribuição geográfica, não encontramos evidências para classificar o pirá como espécie ameaçada e, portanto, recomendamos que ele seja removido das listas vermelhas do Brasil e do estado de Minas Gerais.(AU)

Spondias tuberosa Arruda (Anacardiaceae), a threatened tree of the Brazilian Caatinga? / Spondias tuberosa Arruda (Anacardiaceae), uma árvore ameaçada de extinção da Caatinga?

Abstract Spondias tuberosa Arr., a fructiferous tree endemic to the northeast Brazilian tropical dry forest called Caatinga, accounts for numerous benefits for its ecosystem as well as for the dwellers of the Caatinga. The tree serves as feed for pollinators and dispersers as well as fodder for domestic ruminants, and is a source of additional income for local smallholders and their families. Despite its vantages, it is facing several man-made and natural threats, and it is suspected that S. tuberosa could become extinct. Literature review suggests that S. tuberosa suffers a reduced regeneration leading to population decrease. At this juncture S. tuberosa cannot be considered threatened according to the International Union for Conservation of Nature Red List Categories and Criteria, as it has not yet been assessed and hampered generative regeneration is not considered in the IUCN assessment. The combination of threats, however, may have already caused an extinction debt for S. tuberosa. Due to the observed decline in tree density, a thorough assessment of the S. tuberosa population is recommended, as well as a threat assessment throughout the entire Caatinga.

Resumo Spondias tuberosa Arr., é uma árvore frutífera endêmica da Caatinga, floresta seca tropical localizada no Nordeste do Brasil. A árvore traz diversos benefícios para o ecossistema e para a população local. Ela serve de alimento tanto para polinizadores e dispersores quanto para ruminantes domésticos e é fonte de renda extra para os agricultores familiares da região. Apesar de seus benefícios, esta árvore enfrenta várias ameaças naturais e antrópicas que podem levar a sua extinção. A revisão da literatura científica sugere que S. tuberosa sofre de reduzida capacidade de regeneração, o que leva à diminuição da população. Todavia, S. tuberosa não é considerada uma espécie ameaçada de extinção de acordo com as categorias e critérios da Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza, já que a espécie ainda não foi avaliada e capacidade regenerativa reduzida não é considerado critério pelo UICN. A combinação de ameaças, entretanto, pode já ter levado ao débito de extinção da S. tuberosa. Devido ao declínio observado da densidade das árvores, recomenda-se uma avaliação completa da população de S. tuberosa e uma avaliação de todas as ameaças sofridas pela árvore na Caatinga.

Registros inéditos de borboletas (Papilionoidea e Hesperioidea) ameaçadas de extinção para o Estado do Paraná, Brasil: novos subsídios para reavaliação dos critérios de ameaça / Unpublished records of threatened butterflies (Papilionoidea and Hesperioidea) to Paraná State, Brazil: new contributions for the evaluation of threat criteria

Many countries regard the red lists of threatened species as useful tools for promoting the biological conservation. However, little effort has been made to gather base-line information on the presence and distribution of such species, or their conservation. Therefore, the present work provides new records of some threatened butterflies species distributed through Paraná, one of which is already included in the Brazilian red list, and thus complementing the knowledge of geographical distribution and conservation. In total, 15 new records belonging to 8 species are given, confirming past records, or representing new distribution records. The species addressed in our study are: Passova passova practa Evans, 1951 (CR), Zonia zonia diabo Mielke & Casagrande, 1998 (VU - Brazil), Alesa prema (Godart, [1824]) (VU), Symmachia arion (C. Felder & R. Felder, 1865) (VU), Cyanophrys bertha (Jones, 1912) (EN), Euryades corethrus (Boisduval, 1836) (EN), Charonias theano (Boisduval, 1836) (EN), and Pampasatyrus glaucope glaucope (C. Felder & R. Felder, 1865) (VU). Except for Charonias theano and Pampasatyrus glaucope glaucope, all species were recorded on the past three years (2007-2009). Approximately one-half of the records included here correspond to small conservation units located at the northwest and northeast regions of Paraná, while records from central-south region correspond to non-protected areas, specially the endemic grasslands species. From these new data, we suggest the following modifications to threat status: remove P. p. practa, C. bertha and S. arion from the red list. Z. z. diabo should be considered critically endangered (CR), while the status of E. corethrus should be revised to critically endangered (CR). We make no recommendations for change in status for A. prema, P. g. glaucope and C. theano.

Hoje a presença de listas vermelhas de espécies ameaçadas de extinção é comum em muitos países que as julgam necessárias para promover a conservação da natureza. No entanto, poucos esforços vêm sendo realizados com objetivo de resgatar as informações básicas acerca da presença e distribuição dessas espécies, sobretudo sua conservação. Portanto, o presente trabalho fornece novos registros de borboletas consideradas ameaçadas de extinção com distribuição no Paraná, incluindo uma da lista vermelha brasileira e complementando assim o conhecimento de suas distribuições geográficas e estudos de conservação. Ao total, somam-se 15 registros inéditos correspondentes a oito espécies, confirmando a presença onde já havia registros ou adicionando novos registros de distribuição. As espécies abordadas em nosso estudo são: Passova passova practa Evans, 1951 (CR), Zonia zonia diabo Mielke & Casagrande, 1998 (VU - Brasil), Euryades corethrus (Boisduval, 1836) (EN), Cyanophrys bertha (Jones, 1912) (EN), Alesa prema (Godart, [1824]) (VU), Symmachia arion (C. Felder & R. Felder, 1865) (VU), Pampasatyrus glaucope glaucope (C. Felder & R. Felder, 1865) (VU) e Charonias theano (Boisduval, 1836) (EN). Exceto P. g. glaucope e C. theano, todas foram registradas nos últimos três anos. Metade dos registros corresponde a pequenas unidades de conservação do noroeste e nordeste paranaense, enquanto os fornecidos para região centro-sul não estão protegidos, especialmente as espécies endêmicas dos Campos Naturais. A partir dos novos dados, são sugeridas as seguintes alterações na situação de ameaça das espécies: descaracterização dos graus de ameaça de P. p. practa, C. bertha e S. arion. Z. z. diabo deve ser inserida como criticamente em perigo (CR), assim como E. corethrus deveria elevar sua categoria em perigo (EN) para criticamente em perigo (CR). A. prema, P. g. glaucope e C. theano não tiveram as categorias e critérios alterados.