Estudio cromosómico de 303 pérdidas gestacionales en México / Chromosome analysis of 303 pregnancy losses in Mexico

Resumen Antecedentes: Las alteraciones cromosómicas están presentes en 50 a 60 % de los abortos espontáneos y en 6 a 19 % de los mortinatos. Aunque se prefieren los microarreglos para estudiarlos, numerosos hospitales no pueden ofrecerlos. Objetivo: Presentar los resultados del estudio citogenético de 303 productos de la concepción (POC), 184 se obtuvieron de abortos espontáneos, 49 fueron mortinatos y en 17 no se identificó la de edad gestacional. Material y métodos: Se empleó cariotipo, hibridación in situ con fluorescencia, secuencias cortas repetidas en tándem y microarreglos, según el tipo de pérdida y la muestra disponible. Resultados: En 29 POC se encontró tejido materno, por lo que fueron eliminados de los análisis. En 250 (91.2 %)/274 casos se obtuvieron resultados informativos; la tasa de éxito del cariotipo fue de 80.7 %; la de los microarreglos de SNP, de 94.5 %; y la de la hibridación fluorescente in situ y la repetición corta en tándem, de 100 %. Se observaron anomalías citogenéticas en 57.6 % de los abortos espontáneos y en 24.5 % de los mortinatos; 94 % de las anomalías fueron numéricas y 6 %, submicroscópicas. Conclusiones: El cariotipo en conjunto con el estudio de secuencias cortas repetidas en tándem para descartar contaminación de células maternas es efectivo para estudiar abortos espontáneos; los microarreglos se recomiendan en los mortinatos.

Abstract Background: Chromosomal abnormalities are present in 50 to 60 % of miscarriages and in 6 to 19 % of stillbirths. Although microarrays are preferred for studying chromosomal abnormalities, many hospitals cannot offer this methodology. Objective: To present the results of the cytogenetic analysis of 303 products of conception (POC), which included 184 miscarriages, 49 stillbirths and 17 cases of undefined age. Material and methods: Karyotyping, fluorescence in situ hybridization, short tandem repeats and microarrays were used, depending on the type of loss and available sample. Results: In 29 POCs we found maternal tissue and were eliminated from the analyses. Informative results were obtained in 250 (91.2 %)/274 cases; the karyotyping success rate was 80.7 %; that of single nucleotide polymorphism microarrays, 94.5 %; and that of fluorescence in situ hybridization and short tandem repeat, 100 %. Cytogenetic abnormalities were observed in 57.6 % of miscarriages and in 24.5 % of stillbirths; 94 % of total anomalies were numerical and 6 % were submicroscopic. Conclusions: Karyotyping with simultaneous short tandem repeat study to rule out contamination of maternal cells is effective for studying miscarriages; in stillbirths, microarrays are recommended.

Evaluation of the TRPM2 channel as a biomarker in breast cancer using public databases analysis / Evaluación del canal TRPM2 como biomarcador en cáncer de mama mediante el análisis de bases de datos públicos

Abstract: Background: Breast cancer is one of the most common malignancies affecting women. Recent investigations have revealed a major role of ion channels in cancer. The transient receptor potential melastatin-2 (TRPM2) is a plasma membrane and lysosomal channel with important roles in cell migration and cell death in immune cells and tumor cells. Methods: In this study, we investigated the prognostic value of TRPM2 channel in breast cancer, analyzing public databases compiled in Oncomine™ (Thermo Fisher, Ann Arbor, MI) and online Kaplan-Meier Plotter platforms. Results: The results revealed that TRPM2 mRNA overexpression is significant in situ and invasive breast carcinoma compared to normal breast tissue. Furthermore, multi-gene validation using Oncomine™ showed that this channel is coexpressed with proteins related to cellular migration, transformation, and apoptosis. On the other hand, Kaplan-Meier analysis exhibited that low expression of TRPM2 could be used to predict poor outcome in ER- and HER2+ breast carcinoma patients. Conclusions: TRPM2 is a promising biomarker for aggressiveness of breast cancer, and a potential target for the development of new therapies.

Resumen: Introducción: El cáncer de mama es la neoplasia maligna más común que afecta a mujeres. Estudios recientes han revelado un papel importante de los canales iónicos en el cáncer. El receptor de potencial transitorio melastatin-2 (TRPM2) es un canal que se expresa en la membrana plasmática y en los lisosomas; posee funciones importantes en la migración y muerte celular de células inmunes y tumorales. Métodos: En este estudio se investigó el valor pronóstico del canal TRPM2 en cáncer mama. Se realizó el análisis de bases de datos públicos empleando las plataformas OncomineTM (Thermo Fisher, Ann Arbor, MI) y Kaplan-Meier Plotter. Resultados: Los resultados mostraron que el mRNA de TRPM2 se sobreexpresa significativamente en los carcinomas de mama in situ e invasivo en comparación con el tejido mamario normal. Además, la validación de múltiples genes empleando OncomineTM reveló que este canal se coexpresa con proteínas relacionadas con la migración celular, la transformación celular y apoptosis. Por otra lado, el análisis de la sobrevivencia promedio usando curvas Kaplan-Meier mostró que la baja expresión de TRPM2 podría utilizarse como un marcador de pronóstico pobre en pacientes con carcinoma de mama receptor de estrógeno negativo (ER-) y receptor 2 del factor de crecimiento epidermal positivo (HER2+). Conclusiones: El TRPM2 podría emplearse como biomarcador de agresividad en cáncer de mama, y como blanco para el desarrollo de nuevas terapias.

Quick and inexpensive method to elaborate tissue punches useful in paraffin tissue microarrays / Método rápido y económico para la elaboración de dispositivos de punch útiles en microarreglos de tejidos en parafina

The tissue microarrays (TMAs) were first called multitumor block. In 1998 was described the current technique, that uses an innovated sampling method for more than 1,000 cylindrical paraffin tissue core biopsies in a single paraffin block. TMAs are now considered as a useful powerful research tool in Histology and Pathology laboratories, for the standardization of immunohistochemical techniques along with in situ hybridization. However, one disadvantage to its widespread use is the high cost of professional paraffin tissue punches, and the complexity in the development of homemade devices previously described in other studies. This study describes a step by step process to develop four different home-made devices made with materials that are common in hospitals and offices. These devices are useful in Histopathology laboratories to obtain paraffin blocks with until 360 samples of tissue, investing from two to fifteen dollars in the development of each device described.

Los microarreglos de tejido (TMAs) fueron llamados por primera vez como bloque multitumor. En 1998 se describió la técnica actual, que utiliza un novedoso método de muestreo para obtener más de 1,000 cilindros de biopsias de tejidos incluidos en un solo bloque de parafina. Actualmente, los TMAs se consideran una poderosa herramienta de investigación en laboratorios de Histología y Patología, para la estandarización de técnicas inmunohistoquímica e hibridación in situ entre otras. Sin embargo, uno de los inconvenientes para su uso generalizado es el alto costo de los dispositivos profesionales para tejidos en parafina, y la complejidad en la elaboración de los dispositivos caseros descritos previamente en otros estudios. Este estudio describe paso a paso el proceso de elaboración de cuatro dispositivos caseros útiles para la obtención de matrices de tejido elaborados con materiales que son comunes en hospitales y oficinas. Estos dispositivos son útiles en laboratorios de Histopatología con el fin de obtener bloques de parafina de hasta 360 muestras de tejido, con una inversión de 2 a 15 dólares en la elaboración de cada uno de los dispositivos descritos.

Caracterización molecular de los genes pr1 y tpt1 en especies y variedades cubanas de tabaco (Nicotiana tabacum L. ) / Molecular characterization of pr1 and tpt1 proteins in cuban tobacco species and varieties (Nicoatiana tabacum L. )

La identificación de genes nuevos relacionados con la respuesta de Nicotiana tabacum L. al estrés biótico y abiótico contribuye al mejoramiento genético del cultivo del tabaco en todo el mundo. El objetivo de este trabajo fue detectar la presencia de los genes tpt1 y pr1 en el genoma de algunas especies y variedades cubanas de tabaco. Se identificaron 265 etiquetas de secuencias expresadas (ESTs-expressed sequences tags) que nunca se habían informado con anterioridad en especies vegetales, y el gen que codifica para la proteí­na tumoral controlada durante la transcripción (Transcriptional Controlled Tumor Protein) (tpt1) nunca se había informado en N. tabacum, pues los estudios del mismo se han centrado en su mayoría en animales y humanos. Los resultados del microarreglo se confirmaron utilizando la RT-PCR cuantitativa en tiempo real. Los genes tpt1 y proteí­na relacionada con la patogénesis (pr1) se utilizaron para diseñar cebadores para la caracterización molecular de algunas especies y variedades de tabaco cubano. El gen tpt1 solamente se expresó en dos especies (N. glutinosa y N. tomentosiformis) y el pr1, después de la digestión, mostró diferentes bandas entre las variedades susceptibles y resistentes. La presencia de estos genes en una parte del germoplasma analizado constituye un paso inicial para la utilización de este conocimiento en el mejoramiento genético del tabaco.

The identification of new genes related with Nicotiana tabacum L. response to biotic and abiotic stress contribute to the genetic improvement of tobacco plants around the world. The aim of this research was to identify tpt1 and pr1 genes in the genomic of some cuban tobacco varieties and species. The microarray technology has been used with ESTs for the construction of a cDNA library. 265 expressed sequences tags (ESTs) that have never been reported before in vegetables species were identified and the gene that codified for the Transcriptional Controlled Tumor Protein (tpt1), has never been reported before in N. tabacum, with the studies about this gene being focused on human and animals mostly. The microarray results were confirmed using quantitative RT- PCR. TCTP and pathogenesis-related protein 1 (PR-1) ESTs were used to design primers for the molecular characterization of some species and cuban tobacco varieties. The tpt1 gene was only expressed in two species (N. glutinosa y N. tomentosiformis) and pr1 gen, after a digestion, exhibited different bands for susceptible and resistant varieties. The detection of these genes in some species and cuban tobacco varieties represents one step to go deeply in the molecular characterization of cuban germoplasm.

Evaluación de la expresión del factor de transcripción Yin-Yang-1 y su asociación con TGF-β en un modelo murino de inflamación alérgica pulmonar con diferentes grados de severidad / Evaluation of the expression of the transcription factor Yin-Yang-1: association with TGF-β in a lung allergic inflammation in a mouse model with different severity grades

Introducción. El asma alérgica es una de las enfermedades más prevalecientes en la edad pediátrica. Los mecanismos implicados en este padecimiento no han sido esclarecidos totalmente. Se sabe que el factor de crecimiento transformante-beta (TGF-β) juega un papel muy importante en la fisiopatología de esta enfermedad y que la activación del factor de trascripción Yin-Yang-1 (YY1) induce un aumento en la expresión de esta citocina. El factor YY1 también regula la expresión de otras citocinas involucradas en el asma tales como la IL-4 y la IL-10. El objetivo de este trabajo fue evaluarla asociación entre YY1 y TGF-β en un modelo murino de inflamación alérgica pulmonar. Métodos. Se trabajó con un modelo murino de inflamación alérgica pulmonar con diferentes grados de severidad empleando ovalbúmina como alérgeno. Posteriormente se obtuvo el tejido pulmonar, que fue incluido en parafina, se construyó un microarreglo del tejido en un equipo semiautomático y, mediante inmunohistoquímica, se evaluó la expresión de YY1 y de TGF-β La densidad de la expresión se midió de manera cuantitativa por métodos computarizados. Resultados. Se observó inflamación alérgica pulmonar diferencial acorde con el grado de severidad del modelo; se observó el mismo patrón con la producción de moco. La expresión de ambas proteínas se correlacionó de manera directa con el grado de severidad de la inflamación alérgica pulmonar. Conclusiones. Los resultados obtenidos corroboran el papel que juegan ambas proteínas en la fisiopatología de la inflamación alérgica pulmonar.

Background. Allergic asthma is one of the most prevalent childhood diseases. This disease is characterized by airway inflammation and remodelling. The mechanisms implicated in the pathogenesis of this disease remain unclear. Several studies have shown that TGF-β plays an important role in the pathogenesis of asthma. In addition, the polymorphism of the TGF-β promoter region results in the overexpression of TGF-β via regulation of the transcription factor Yin-Yang-1 (YY1). It is has recently been demonstrated that YY1 may be involved in the pathogenesis of asthma by the regulation of IL-4 and IL-10. The aim of this study was to evaluate the association between the YY1 and TGF-β expression levels in a murine model of lung allergic inflammation. Methods. In this study we used a lung allergic inflammatory murine model with different severity degrees. Tissue microarray technology and immunohistochemistry were used to evaluate YY1 and TGF-p expression. The density expression was measured by quantitative methods using specific software. Results. Expression of both proteins correlated with the degrees of severity of lung allergic inflammation. A similar result was observed with mucus production. Conclusions. These results corroborate the role of YY1 and TGF-p in the pathogenesis of this disease.

Diseño de microsondas mediante hibridación virtual para el estudio de variantes en los sitios REP-CMT1A / Microarray design using virtual hybridization to study variations in REP-CMT1A sites

Antecedentes: El gen PMP22 se encuentra duplicado en pacientes con Charcot-Marie-Tooth 1A (CMT1A); se ha descrito que el origen de la duplicación es el intercambio desigual de las cromátidas durante la meiosis entre dos regiones de 24 kb denominadas sitios REPCMT1A, encontrándose un REP proximal y un REP distal, los cuales tienen una homología de 98%. Dentro de cada uno de estos sitios existen zonas denominadas puntos calientes de mutación (hot spot), donde se presenta el mayor número de variantes y mutaciones que pudieran dar origen al intercambio desigual. El objetivo de este trabajo fue diseñar un conjunto de microsondas para elaborar un microarreglo con el cual pueda detectarse la presencia de variantes y puntos de mutación en los sitios REP-proximal y REP-distal CMT1A. Material y métodos A partir de las secuencias informadas de los REP distal y proximal, se delimitaron los sitios hot spot dentro de las regiones proximal y distal. Estas secuencias se alinearon, se empalmaron y se detectaron 12 zonas de diferencia secuencial. Resultados y conclusiones. Se diseñaron y analizaron 24 microsondas mediante el programa Genosensor Probe Designer. Las sondas podrán ser sintetizadas y utilizadas en un microarreglo que permita encontrar variaciones, puntos de mutación, y facilitar el diagnóstico de pacientes con CMT1A.

BACKGROUND: Gene PMP22 is duplicated in patients with CMT1A. Duplication is due to an unequal chromatid interchange during meiosis that takes place between two 24 Kb regions named REP-CMT1A proximal and distal sites. Homology is approximately 98%. Within each one of the sites we find zones termed hot spots where a greater number of variants and mutations could give origin to an unequal interchange. The aim of this study was to design a set of probes to create a microarray that could detect the presence of variants and mutation points in distal and proximal REP sites among patients with CMT1A. MATERIAL AND METHODS: With reported sequences of distal and proximal REPs, we determined hot spot sites within proximal and distal regions. These sequences were aligned and matched, hence 12 zones were detected. RESULTS AND CONCLUSIONS: Twenty four probes were designed and analyzed using the Genosensor Probe Designer program. Probes could be synthesized and used in a microarray that is able to find variations and mutation points and facilitates diagnosis of patients with CMT1A.