Presencia de Oligoryzomys microtis (Rodentia) en hábitats silvestres en Bolivia / Presence of Oligoryzomys microtis (Rodentia) in wild habitats in Bolivia

Rodents are very important organisms within ecosystems; however, some species are considered pests because they consume and damage crops and because they are vectors, hosts, or reservoirs in the transmission of emerging infectious diseases. Rodents in Bolivia are represented by 148 species, Oligoryzomys microtis (Allen, 1916) being a species of public health importance because it is considered a potential natural reservoir of the Chapare virus, which causes Chapare Hemorrhagic Fever, and it is a deadly disease for humans. Its impact on public health is still unknown. The present study consisted of recording the presence of the species O. microtis through the use of Sherman-type live capture traps for small mammals arranged in linear transects in the wild and intervened habitats of the Samuzabety community, where the Chapare virus was detected for the first time, this community is located in the Chapare Province of the department of Cochabamba, Bolivia. The species recorded were the rodents Oligoryzomys microtis (morphotype matogrossae), Proechimys brevicauda, Neacomys vargasllosai, Hylaeamys perenensis, and the marsupial Metachiurus nudicaudatus. The presence of the species O. microtis (morphotype matogrossae) in the community of Samuzabety is confirmed. This species is associated with forest habitats with nearby and surrounding crops. The species O. microtis has epidemiological relevance as it is the natural reservoir of the Río Mamoré Hantavirus and is currently considered a potential reservoir of the Chapare virus and other Arenaviruses.

Los roedores son organismos muy importantes dentro de los ecosistemas; sin embargo, algunas especies son consideradas como plagas porque consumen y dañan cultivos y porque son vectores, hospederos o reservorios en la trasmisión de enfermedades infecciosas emergentes. Los roedores en Bolivia están representados por 148 especies, entre las cuales Oligoryzomys microtis (Allen, 1916) es una especie de importancia en salud pública, debido a que es considerada como potencial reservorio natural del virus Chapare, el cual produce la fiebre hemorrágica Chapare, enfermedad mortal para el ser humano y con un impacto en la salud pública aún desconocido. En este estudio se registró la presencia de la especie O. microtis?/i>, mediante el uso de trampas de captura viva tipo Sherman para pequeños mamíferos dispuestas en transectos lineales, en los hábitats silvestres e intervenidos de la comunidad de Samuzabety, sitio en el que se detectó por primera vez el virus Chapare. Esta comunidad se encuentra ubicada en la Provincia Chapare del departamento de Cochabamba, Bolivia. Las especies registradas fueron los roedores Oligoryzomys microtis (morfotipo matogrossae), Proechimys brevicauda, Neacomys vargasllosai, Hylaeamys perenensis y el marsupial Metachiurus nudicaudatus. Se confirma la presencia de la especie O. microtis (morfotipo matogrossae) en la comunidad de Samuzabety, la cual se encuentra asociada con hábitats de bosques, con cultivos cercanos y a su alrededor. La especie O. microtis tiene relevancia epidemiológica al ser el reservorio natural del hantavirus Río Mamoré y al ser considerado actualmente como potencial reservorio del virus Chapare y de otros arenavirus.

Ocorrência de ectoparasitas no roedor Oligoryzomys microtis em regiões ao norte do Departamento de La Paz, Bolívia / Occurrence of ectoparasites in rodents of the species Oligoryzomys microtis in northern La Paz Department, Bolivia

O objetivo deste trabalho foi mapear e descrever a ocorrência de roedores e seus ectoparasitas nas regiões norte do departamento de La Paz, Bolívia. De abril a maio e julho a agosto de 2017, 80 indivíduos da espécie Oligoryzomys microtis foram capturados em armadilhas vivas. Uma amostra aleatória de 36 indivíduos foi analisada quanto à presença de ectoparasitas, encontrando um total de 458 ectoparasitas. Os roedores foram capturados em dois tipos de ambientes: floresta secundária e áreas cultivadas, sendo a área cultivada a área com maior captação de roedores. Dos ectoparasitas, Laelaps sp. foi o gênero com maior abundância e Mysolaelaps sp. o mais prevalente; o gênero Polygenis sp. é aparentemente descrito pela primeira vez na selva amazônica, exigindo estudos adicionais para entender melhor os patógenos que são transmitidos no parasitismo desta pulga em roedores devido à sua importância no ecossistema e para a saúde pública.(AU)

The objective of this work was to map and describe the occurrence of rodents and their ectoparasites in regions to the North of the department of La Paz in Bolivia. From April to May and July to August 2017, 80 Oligoryzomys microtis rodents were captured and 36 random samples of their ectoparasites were analyzed, totaling 458 ectoparasites. Rodents were captured in two types of environments: secondary forest and crops areas, being the second one with greater amount of capture of rodents. Among the ectoparasites, Laelaps sp was the genus with the highest abundance and Mysolaelaps sp with the highest prevalence; the genus Polygenis sp is apparently described for the first time in the Amazon rainforest, requiring more studies to better understand the pathogens transmitted in the parasitism of this flea in rodents due to their importance in the ecosystem and public health.(AU)

Aporé virus, a novel mammarenavirus (Bunyavirales: Arenaviridae) related to highly pathogenic virus from South America

Here, we report the complete genome sequence of the Aporé virus (Bunyavirales: Arenaviridae), obtained from a wild rodent Oligoryzomys mattogrossae captured in Mato Grosso do Sul state, Brazil. The genome of this virus showed strong similarity to highly pathogenic mammarenavirus from South America.

Comparison between Oligoryzomys nigripes and O. flavescens by RAPD and genetic diversity in O. nigripes (Rodentia, Cricetidae) / Comparação entre Oligoryzomys nigripes e O. flavescens e diversidade genética em O. nigripes (Rodentia, Cricetidae) por RAPD

The genus of Oligoryzomys includes species of small size, morphologically similar, which may impede taxonomic identification, mainly between O. flavescens (Waterhouse, 1837) and O. nigripes (Olfers, 1818). The main objective of this work was to investigate whether the RAPD markers are capable of genetically differentiating the specimens O. nigripes and O. flavescens, coming from Rio Grande do Sul (RS) and Santa Catarina (SC) states, and also to estimate the genetic variability among populations of O. nigripes, with the Uruguay River as a geographical barrier. For this purpose, samples were collected in fragments of forests situated in the North of RS, at FLONA (Floresta Nacional de Passo Fundo) and in fragments from SC, close to the Uruguay River. The karyotyping of two samples for each species was carried out and compared using the RAPD technique together with non- karyotyped individuals. Samples of O. nigripes presented 2n = 62; NA = 82, with submetacentric arms on the largest chromosomes, while samples of O. flavescens showed 2n = 64; NA = 66, with the largest chromosomes presenting acrocentric morphology, making such a result the main difference between the species. The analysis was able to detect two distinct groups, being the first one with karyotyped O. flavescens and the second with karyotyped O. nigripes. Identification afforded 211 loci, among them 181 (85.78%) polymorphic. The Jaccard similarity coefficient was in the range of 0.45 to 0.87. The UPGMA and Main Coordinate Analysis techniques demonstrated the existence of heterogeneous genetics among populations, but did not separate them completely in terms of geographical standards, and they are not influenced by the Uruguay River, which did not act as an efficient barrier.

O gênero Oligoryzomys inclui espécies de tamanho pequeno, morfologicamente semelhantes, com difícil identificação taxonômica, principalmente entre O. flavescens e O. nigripes. O objetivo principal deste trabalho foi investigar se os marcadores RAPD são capazes de diferenciar geneticamente as amostras de O. nigripes e O. flavescens, oriundas do Rio Grande do Sul (RS) e Santa Catarina (SC) e também para estimar o variabilidade genética entre populações de O. nigripes, tendo o rio Uruguai como uma barreira geográfica. Para este fim, as amostras foram coletadas em fragmentos florestais situados no Norte do RS, na FLONA (Floresta Nacional de Passo Fundo) e em fragmentos florestais de SC, próximos ao Rio Uruguai. O cariótipo de duas amostras de cada espécie foi realizado e comparado com a técnica RAPD em conjunto com indivíduos não cariotipados. As amostras de O. nigripes apresentaram 2n = 62, NA = 82, com braços submetacêntricos nos cromossomos maiores, enquanto que as amostras de O. flavescens mostraram 2n = 64, NA = 66, com os maiores cromossomos apresentando morfologia acrocêntrica, tornando tal resultado a principal diferença entre as espécies. As análises por RAPD foram capazes de detectar dois grupos distintos, sendo o primeiro com O.flavescens cariotipados e o segundo com O. nigripes cariotipados. Foram avaliados 211 loci, e entre eles 181 (85,78%) foram polimórficos. O coeficiente de similaridade de Jaccard variou de 0,45 a 0,87. A análise por UPGMA e análise de coordenadas principais demonstraram a existência de heterogeneidade genética entre as populações, mas não foi possível separá-las completamente em termos de padrões geográficos, e estas não são influenciadas pelo rio Uruguai, o qual não agiu como uma barreira eficiente.

Pequenos mamiferos nao-voadores (Didelphimorphia, Rodentia) em campos litoraneos do extremo sul do Brasil

Non-volant small mammals are key elements in natural environments due its importance as food resource. This study aimed to investigate the species composition and habitat occupancy by non-volant small mammals (Didelphimorphia, Rodentia) in a coastal grassland area in southern Rio Grande do Sul coastal plain. Between April 2009 and March 2010 pitffal traps were used to capture small mammals in coastal grasslands associated to sand dunes and arbustive Restinga. We sampled 180 individuals including two marsupials (Cryptonanus guahybae and Didelphis albiventris) and seven rodent species (Calomys laucha, Cavia aperea, Ctenomys flamarioni, Deltamys kempi, Oligoryzomys flavescens, Oxymycterus nasutus and Scapteromys tumidus). Cryptonanus guahybae, D. albiventris and C. flamarioni were captured only in dunes while C. aperea and O. nasutus were recorded only in arbustive Restinga habitats. Calomys laucha, D. kempi, O. flavescens and O. nasutus were captured in both habitats. Oligoryzomys flavescens and C. laucha were the most representative species in both habitats, comprising respectively 40.7 and 38.9% of captures in dunes and 56.3 and 34.9% of captures in Restinga habitats. The species richness recorded in the sampled coastal grasslands area was lower than those previously recorded in subtropical forest coastal systems.

Pequenos mamíferos não-voadores são elementos chave em ambientes naturais devido a sua importância como recurso alimentar. Este estudo teve como objetivo investigar a composição de espécies e a ocupação de habitat por pequenos mamíferos não-voadores (Didelphimorphia, Rodentia) em uma área de campos litorâneos na região sul da planície costeira do Rio Grande do Sul. Entre abril de 2009 e março de 2010 armadilhas de interceptação e queda foram utilizadas para a captura de pequenos mamíferos em campos associados a dunas e a restinga arbustiva. Foram amostrados 180 indivíduos pertencentes a duas espécies de marsupiais (Cryptonanus guahybae e Didelphis albiventris) e sete espécies de roedores (Calomys laucha, Cavia aperea, Ctenomys flamarioni, Deltamys kempi, Oligoryzomys flavescens, Oxymycterus nasutus e Scapteromys tumidus). Cryptonanus guahybae, D. albiventris e C. flamarioni foram capturados somente em dunas, enquanto que C. aperea e O. nasutus foram registrados somente em restinga arbustiva. Calomys laucha, D. kempi, O. flavescens e O. nasutus foram capturados em ambos os ambientes. Oligoryzomys flavescens e C. laucha foram as espécies mais representativas em ambos os ambientes, compreendendo respectivamente 40,7 e 38,9% das capturas em dunas, e 56,3 e 34,9% das capturas em restinga. A riqueza de espécies registrada na área de campo litorâneo amostrada foi inferior a aquelas previamente registradas em sistemas florestais costeiros subtropicais.

Pequenos mamíferos não-voadores (Didelphimorphia, Rodentia) em dois fragmentos de mata de restinga de Rio Grande, planície costeira do Rio Grande do Sul / Non-volant small mammals ((Didelphimorphia, Rodentia) in two forest fragments in Rio Grande, Rio Grande do Sul coastal plain, Brazil

As matas de restinga representam formações vegetais originais na Planície Costeira do estado do Rio Grande do Sul. O objetivo deste trabalho foi avaliar a composição de espécies de pequenos mamíferos não-voadores em dois fragmentos de matas de restinga (mata palustre e mata arenosa ciliar) no município de Rio Grande, região sul da Planície Costeira do Rio Grande do Sul. Um total de 234 indivíduos pertencentes a três espécies de marsupiais (Didelphidae: Cryptonanus guahybae, Didelphis albiventris, Lutreolina crassicaudata) e oito espécies de roedores (Cricetidae: Deltamys kempi, Holochilus brasiliensis, Oligoryzomys flavescens, O. nigripes, Oxymycterus nasutus, Scapteromys tumidus; Muridae: Mus musculus, Rattus rattus) foi capturado. As espécies C. guahybae, D. albiventris, D. kempi, H. brasiliensis, O. nigripes, S. tumidus e M. musculus foram registradas no fragmento de mata palustre, enquanto que C. guahybae, D. albiventris, Lutreolina crassicaudata, D. kempi, O. flavescens, O. nigripes, S. tumidus e R. rattus ocorreram no fragmento de mata arenosa ciliar. Oligoryzomys nigripes e S. tumidus foram as espécies mais abundantes no fragmento de mata palustre, representando respectivamente 40,4 e 22,1% do total de indivíduos capturados. No fragmento de mata arenosa ciliar, as espécies mais abundantes foram O. nigripes e D. albiventris, representando respectivamente 63,4 e 12,4% do total de indivíduos capturados. Indivíduos de C. guahybae e O. nigripes foram capturados em estrato arbóreo (alturas entre 0,50 e 1,65 m) enquanto que todos os indivíduos das demais espécies foram capturados no solo.

The restinga forests represent original vegetal formations in Coastal Plain of Rio Grande do Sul state. This work aimed to evaluate the species composition of non-volant small mammals in two restinga forests (peat forest and sandy riparian forest) in Rio Grande, Southern Rio Grande do Sul Coastal Plain. A total of 234 individuals belonging to three species of marsupials (Didelphidae: Cryptonanus guahybae, Didelphis albiventris, Lutreolina crassicaudata) and eight species of rodents (Cricetidae: Deltamys kempi, Holochilus brasiliensis, Oligoryzomys flavescens, O. nigripes, Oxymycterus nasutus, Scapteromys tumidus; Muridae: Mus musculus, Rattus rattus) was captured. The species C. guahybae, D. albiventris, D. kempi, H. brasiliensis, O. nigripes, S. tumidus and M. musculus were recorded in the peat forest while C. guahybae, D. albiventris, Lutreolina crassicaudata, D. kempi, O. flavescens, O. nigripes, S. tumidus and R. rattus occurred in the riparian sandy forest. Oligoryzomys nigripes and S. tumidus were the most abundant species in the peat forest, representing 40.4 and 22.1% of the total of captured individuals, respectively. The most abundant species in the riparian sandy forest were O. nigripes e D. albiventris, representing 63.4 and 12.4% of the total of captured individuals. Individuals of C. guahybae and O. nigripes were captured on trees (heights between 0.50 and 1.65 m) while all individuals of the remaining species were captured on the ground.

Expansión geográfica del síndrome pulmonar por hantavirus en la Argentina: Informe del caso más austral / Geographic expansion of hantavirus pulmonary syndrome in Argentina: The southernest case report

Desde 1995 se han informado más de 1000 casos de síndrome pulmonar por hantavirus (SPH) en la Argentina, enfermedad grave y muchas veces fatal para los humanos. La mayoría de los casos fueron asociados al virus Andes (AND) único hantavirus que ha sido informado como causante de transmisión persona a persona. Se han descrito varios linajes patogénicos del virus AND, de los cuales AND Sur, cuyo reservorio es el roedor Oligoryzomys longicaudatus, afecta a la región patagónica de Argentina y Chile. En el presente estudio se informan las manifestaciones clínicas y las características epidemiológicas de un caso de SPH. El objetivo fue describir la presentación clínica del caso, su entorno epidemiológico, el sitio probable de contagio, la variante viral implicada y su relación con los casos más cercanos notificados. Se realizó el seguimiento clínico, el diagnóstico serológico y molecular y la investigación epidemiológica, incluyendo un estudio de la población de roedores reservorios en las áreas involucradas. Se trató de una presentación clásica de SPH moderada, causada por el linaje viral AND sur y su secuencia nucleotídica se comparó con casos del sur argentino y chileno. El caso de hantavirus investigado resultó ser el más austral (48° 46´ 1.2´´ S; 70° 15´ 0´´ O) notificado hasta el momento e involucró a una nueva provincia argentina.

Since 1995 more than 1000 cases of hantavirus pulmonary syndrome (HPS) were reported in Argentina, a severe disease and often fatal to humans. Most cases were associated with Andes virus (AND) that caused few events of person-to-person transmission. Several lineages of pathogenic AND viruses have been described, including AND South, hosted by the rodent Oligoryzomys longicaudatus which affects the Patagonian region of Argentina and Chile. We studied the clinical and epidemiological characteristics of a HPS case. The objective was to describe the clinical presentation of the case, its epidemiology, the likely site of infection, the viral variant implicated and its relationship with the closest reported cases. We carried out the clinical follow up, serological and molecular diagnosis and the epidemiological research, including a rodent reservoir study. The clinical presentation of the case was the classical and moderate, caused by AND South virus. Its viral nucleotide sequence was compared with cases from Southern Argentina and Chile. This case was found to be the most Southern (48° 46´ 1.2´´ S; 70° 15´ O) case reported and involved a new Argentinean province.

Genetic structure of sigmodontine rodents (Cricetidae) along an altitudinal gradient of the Atlantic Rain Forest in southern Brazil

The population genetic structure of two sympatric species of sigmodontine rodents (Oligoryzomys nigripes and Euryoryzomys russatus) was examined for mitochondrial DNA (mtDNA) sequence haplotypes of the control region. Samples were taken from three localities in the Atlantic Rain Forest in southern Brazil, along an altitudinal gradient with different types of habitat. In both species there was no genetic structure throughout their distribution, although levels of genetic variability and gene flow were high.

Identificação das espécies de roedores reservatórios de hantavírus no sul e sudeste brasileiro: (Nota Prévia) / Identification of hantavirus rodent reservoirs species in south and southeastern Brazil: (Previous Note)

BACKGROUNS: Hantavirus is a genus belonging to the Bunyaviridae family. Human infection occurs mainly by inhalation of aerosols formed from wild rodent droppings. The objectives of this study were to identify the species of rodent reservoirs of hantavirus that cause the cardiopulmonary syndrome in the southern and southeastern regions of Brazil; to understand the eco-epidemiology of this virus and the wild rodents' systematics. MATERIAL AND METHODS: Rodents were captured using Sherman traps distributed throughout natural environments and around human settlements in localities were hantavirus cardiopulmonary syndrome was detected. After species identification, biometric measures were taken of each animal. Samples of blood, liver, kidney, spleen, heart and lung were preserved in liquid nitrogen and sent to the laboratory. Blood samples were tested for IgG antibodies for hantavirus using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). Voucher specimens are available at the Instituto Adolfo Lutz collection. RESULTS: A total of 4,069 rodents, belonging to 22 species, were captured. From these rodents, 201 had IgG antibodies for hantavirus. The number of positive specimens per number of captured rodents according to the natural environments studied is the following: a) Mainland: Bolomys lasiurus (130/1187), Oximicterus ruttilans (1/6), Thalpomys lasiotis (0/2), Oligoryzomys stramineus (0/1), Oryzomys nitidus (0/24), Pseudoryzomys simplex (0/14), Calomys tener (22/910), Calomys callosus (2/107); b) Atlantic rainforest: Bolomys sp (1/51), Brucepattersonius soricinus (0/16), Oximicterus quaestor (0/15), Thaptomys nigrita (1/59), Delomys dorsalis (0/1), Delomys sublineatus (0/4) Oligoryzomys delticola (0/5), Oryzomys capito (0/3), Oryzomys ratticeps (0/7), Calomys laucha (0/26); c) Both habitats: Akodon sp (14/910), Oligoryzomys nigripes (28/360), Rattus rattus (0/9), Mus musculus (2/352). Oligoryzomys nigripes was more frequent in the Atlantic rainforest. Bolomys lasiurus showed the highest capture index (44%) and the highest antibody prevalence among mainland species (10.9%). In the Atlantic rainforest, Akodon sp was the most captured species (45,4%) and Oligoryzomys nigripes showed the highest antibody prevalence (7,8%). CONCLUSIONS:Antibody prevalence indicates Bolomys lasiurus as the reservoir of hantavírus in the mainland regions of São Paulo and Minas Gerais and Oligoryzomys nigripes in the Atlantic rainforest of São Paulo, Rio Grande do Sul, Paraná and Santa Catarina. Species belonging to the genus Akodon and Calomys showed lower prevalence, and complementary studies are needed to clarify their role in hantavirus epidemiology.

DELINEAMENTO DO PROBLEMA: Os hantavirus formam um gênero da família Bunyaviridae . A infecção humana ocorre, principalmente, pela inalação de aerossóis formados a partir de excretas de roedores silvestres infectados. Os objetivos deste trabalho foram identificar as espécies de roedores reservatórios de hantavírus causadores de síndrome cardiopulmonar nas regiões Sul e Sudeste do Brasil; e compreender a ecoepidemiologia desses vírus e a sistemática de roedores silvestres. MATERIAL E MÉTODOS: Em locais onde ocorreram casos de síndrome cardiopulmonar por hantavírus, foram realizadas capturas de roedores silvestres com auxílio de armadilhas tipo Sherman, distribuídas nos diversos biomas e ambientes domiciliares, peridomiciliares e silvestres. Após identificação sistemática da espécie, medidas biométricas foram tomadas de cada animal. Amostras de sangue, fígado, rim, baço, coração e pulmão foram conservadas em nitrogênio líquido e levadas para o laboratório. O sangue foi testado pela técnica imunoenzimática (ELISA) para detecção de anticorpos IgG para hantavírus. As carcaças dos roedores foram depositadas na coleção do Instituto Adolfo Lutz. RESULTADOS: Foram capturados 4.069 roedores, de 22 espécies. Desses, 201 roedores apresentaram anticorpos IgG para hantavírus. As espécies e os respectivos números de roedores positivos por capturados, de acordo com os biomas estudados foram: a) cerrado: Bolomys lasiurus (130/1187), Oximicterus ruttilans (1/6), Thalpomys lasiotis (0/2), Oligoryzomys stramineus (0/1), Oryzomys nitidus (0/24), Pseudoryzomys simplex (0/14), Calomys tener (22/910), Calomys callosus (2/107), b) Mata Atlântica: Bolomys sp (1/51), Brucepattersonius soricinus (0/16), Oximicterus quaestor (0/15), Thaptomys nigrita (1/59), Delomys dorsalis (0/1), Delomys sublineatus (0/4) Oligoryzomys delticola (0/5), Oryzomys capito (0/3), Oryzomys ratticeps (0/7), Calomys laucha (0/ 26); c) nos dois biomas: Akodon sp (14/910), Oligoryzomys nigripes (28/360), Rattus rattus (0/9), Mus musculus (2/352). Oligoryzomys nigripes foi consideravelmente mais freqüente na mata atlântica. Bolomys lasiurus apresentou maior índice de captura (44%) e de prevalência de anticorpos entre espécies de cerrado (11%), enquanto na mata atlântica, Akodon sp foi a mais capturada (45%) e Oligoryzomys nigripes apresentou maior soropositividade (8%). CONCLUSÕES: Baseando-se na prevalência de anticorpos, Bolomys lasiurus foi identificado como reservatório de hantavírus nas regiões de cerrado de São Paulo e Minas Gerais e Oligoryzomys nigripes nas regiões de mata atlântica de São Paulo, Rio Grande do Sul, Paraná e Santa Catarina. Espécies do gênero Akodon e Calomys mostraram baixas soroprevalências e requerem novos estudos para esclarecer seu papel na epidemiologia do hantavírus.